실지취득가액이 확인되지 않는 경우 토지의 검인계약서상 매매대금을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] OOO세무서장이 2009.12.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 49,909,490원의 부과처분은, OOO OOO OOO OOO OOOOO 답 416㎡ 외 35필지 토지의 취득가액을 240,200,000원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 배우자인 OOOO 공동으로 2004.8.13. OOOOOOOOO OOO OOO OOO OOOOO 답 416㎡ 외 2필지(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를, 2004.8.20. OOO으로부터같은 곳OOOOOOO 답 715㎡ 외 32필지(이하 “쟁점토지②”라 한다)합계 36필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2006.8.8. 양도하고 그에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 나.처분청은 쟁점토지의 취득가액을 검인계약서상의 매매대금인 103,500,000원으로 하고 양도가액은 부동산매매계약서상의 매매대금인 290,070,000원으로 하여 청구인의 소유지분(1/2)에 대한 양도차익을 산정하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 49,909,490원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여2010.2.24. 이의신청을 거쳐 2010.6.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 계약금 10,000,000원, 중도금 30,000,000원 및 잔금 242,680,000원 합계 282,680,000원에 취득하였고, 양도차익이 없어 양도소득세를 신고하지 아니하였는바, 검인계약서상의 취득가액을 쟁점토지의 실지취득가액으로 하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 주장하는 취득가액 중 계약금인 10,000,000원과 중도금 30,000,000원은 2004.5.20. 전소유자인 OOOO OOO 명의 예금통장으로 송금한 사실이 OO은행 영수증 등에 의하여 확인되나, 잔금인 242,680,000원은 OOO의 확인서 외에 지급한 사실을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 매매계약 당사자들이 작성하여 시장·군수 등의 검인을 받은 계약서는 특별한 사정이 없는 한 실제 계약서로 추정되므로 쟁점토지의 취득가액을 검인계약서상의 매매대금인 103,500,000원으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 실지취득가액이 확인되지 아니한다 하여 쟁점토지의 검인계약서상 매매대금을 취득가액으로 보아 양도소득세를과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

(2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하므로 2009.5.11. OO군청에 취득세 및 등록세의 부과내역과 검인계약서를 제출할 것을 요청하였고, 2009.5.12. OO군수가 회신한 쟁점토지①의 검인계약서(2004.8.13.)상 매매대금인 8,500,000원과 쟁점토지②의 검인계약서(2004.8.17.)상 매매대금인 95,000,000원의 합계인 103,500,000원을 쟁점토지의 취득가액으로 하고, 양도당시 쟁점토지의 매매계약서(2006.8.2.)상 매매대금인 290,070,000원을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 실지거래가액에 의하여 청구인이 소유하는 지분(1/2)에 대한 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 한편, 쟁점토지②의 취득당시 검인계약서(2004.8.17.)에는 매매대금 95,000,000원을 2004.8.17. 일시에 지불하기로 하고, 특약사항에는 ② 매수자는 2005년부터 위 토지의 경작권을 매도자에게 부여하며 지료는 300평당 백미 1가마로 한다. ③ 매도자는 OOOOO에 근저당권이 설정된 200,000,000원에 대하여 잔금 수령과 동시 말소등기를 이행한다고 기재되어 있으며, 처분청의 양도소득세 결정결의서 겸 과세자료전에는 쟁점토지의 청구인 소유지분(1/2)에 대한 기준시가가 양도당시 93,606,316원, 취득당시 44,755,912원으로 기재되어 있다.

(3) 청구인은쟁점토지의 실지취득가액은 전 소유자인 OOOO OOOOO 송금한 사실이 금융거래자료에 의하여 확인되는 계약금 10,000,000원 및 중도금 30,000,000원과 청구인이 예금통장에서 현금을 수표로 인출하여 양도인인 OOOO OOOOO 대출금을 상환하고 받은 OOO 명의 영수증상 잔금인 242,680,000원의 합계 282,680,000원이라고 주장하며, 청구인이 2004.5.20. OOOO OOOO OOOO(OOOO O OOOOOOOOOOOOOO) O OOOO OOOO OOOO(OOOO O OOOOOOOOOOOOOO)OO 각각 10,000,000원 및 30,000,000원을 송금한 사실이 나타나는 OO은행 영수증 2매(2004.5.20.)와 쟁점토지①의 계약금으로 10,000,000원을 받았음을 확인하는 내용의 OOO의 영수증(2004.5.20.), 쟁점토지②의 잔금으로 242,680,000원을 수령하였다는 OOO의 영수증(2004.8.18.) 및 쟁점토지②의 등기부등본 등을 증빙자료로 제시하고 있는바, 동 등기부등본에는 OOOOOO 2004.7.8. 채권최고액을 1,950,000,000원, 채무자를 OOO으로 하여 근저당권을 설정등기한 뒤, 2004.8.17. 일부 포기를 원인으로 하여 2004.8.20. 근저당권 설정등기가 말소된 것으로 등재되어 있다.

(4) 청구인은 OOOO 쟁점토지②와 그 밖의 토지 등을 담보로 하여 OOOOO으로부터 대출을 받았는데, 청구인이 거래은행에서 현금(수표)을 인출하여 상환하였다고 주장하고 있어 우리 심판원은 2010.11.4. OOOOOO OOOO 대출금 변제와 관련한 자료를 요청하였고, 동 OOOOOO OOO 명의 대출금예금통장(OOOO O OOOOOOOOOOOOOOO)O 대출금 거래내역 조회서와 자기앞수표 22매를 회신받았는바, 동 조회서에는 OOO이 2004.7.12. 15억원을 대출받았다가 2004.8.18. 원금 2억원과 이자(기간: 2004.8.13.～2004.8.17.) 189,315원을 변제한 것으로 나타나며, 대출금과 이자의 지급에 사용된 자기앞수표(22매, 금액 200,200,000원)의 발행내역은 다음 표와 같고, 수표 뒷면에는 위 대출금예금통장의 계좌번호가 이서되어 있다. (OO O O) 또한, 청구인의 명의인 OOOO OOOOOOOO OOOO(OOOO OOOOOOOOOOOOOO)O 유동성 거래내역조회표, OOOO OOOOOO OOOO(OOOO OOOOOOOOOOOOOO)O 요구불 거래내역 의뢰 조회표에 의하면, 2004.8.16. 100,000,000원과 2004.8.17. 20,000,000원을 출금한 것으로 나타나고, 처분청의 전산자료에 의하면 청구인은 1997.11.22. OOOOO OOOO OOOO OOOOO OOOO OOOOO O(O)OOOOOO라는 상호로 개업하여 부동산매매업을 영위하고 있으며, 2005.9.30.부터 2008.5.21.까지 OOOOO OOOO OOO OOOO OOOOO OOOOOOOO 부동산임대업을 영위한 것으로 되어 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 취득당시 쟁점토지의 매매계약서를 제시하지 못하고 있으나, 청구인이 2004.5.20. 쟁점토지의 양도인인 OOOO OOOOO 각각 10,000,000원과 30,000,000원을 송금하였고, OOO이 쟁점토지① 계약금으로 10,000,000원을 수령하였다고 확인하고 있으며, 처분청도 이것에 대하여는 다투지 아니하는 점, OOO이 쟁점토지②를 담보로 하여 대출받은 금액 중 2억원과 이자를 청구인이 2004.8.17. OOOO OOOOOO 외 여의도에 위치한 3개 은행의 지점이 발행한 수표 200,200,000원으로 상환하고, 동 수표의 이면에 OOO 명의 대출금예금통장의 계좌번호가 기재되어 있는 점, 청구인 명의 예금통장에서 2004.8.16.과 2004.8.17. 100,000,000원과 20,000,000원이 출금된 것으로 나타나는 점, 청구인이 여의도에 사업장을 가지고 사업을 영위하고 있었던 점 및 쟁점토지②의 등기부등본에 OOOO 채무자로 하여 설정된 근저당권이 2004.8.17. 일부 포기를 원인으로 2004.8.20 말소등기된 점 등을 감안할 때, 청구인이 거래은행에서 현금을 인출하여 발행한 수표 200,200,000원으로 잔금지급에 갈음하여 OOO의 OOOOO 대출금을 상환하였다는 주장은 신빙성이 있다고 보이는 만큼, OOOO OOOOO 송금한 40,000,000원과 OOOO 대출금과 이자의 상환으로 지급한 수표 200,200,000원의 합계인 240,200,000원은 쟁점토지의 취득가액으로 인정하는 것이 합리적이라 하겠다.

(6) 그렇다면, 처분청이 쟁점토지의 취득가액이 확인되지 아니하는 것으로 보아 검인계약서상 매매가액인 103,500,000원을 취득가액으로 하여 양도차익을 산정한 것은 잘못이 있다 할 것이므로 쟁점토지의 취득가액을 240,200,000원으로 하여 이 건 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.