쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보이므로, 법인세는 손금산입하고 부가가치세는 매입세액 불공제하는 것이 타당한 것임.

1.○○○세무서장이 2010.5.4. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 15,744,810원 및 2003사업연도 법인세 7,049,620원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. 부가가치세 관련 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000.8.8.부터 귀금속 제조 및 수출업을 영위하고 있는 법인으로 ○○○로부터 2002년 제2기 2건 공급가액 31,952,319원, 2003년 제1기 2건 공급가액 26,934,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 동 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입액을 손금에 산입하여 각 해당기간의 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 ○○○가 자료상으로 고발되었고, 청구법인이 쟁점세금계산서에 대하여 실지거래를 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하므로 쟁점세금계산서와 관련된 거래를 가공거래로 보고 2010.5.4. 청구법인에게 2002년 제2기 부가가치세 8,369,820원, 2003년 제1기 부가가치세 5,219,810원 및 2002사업연도 법인세 15,744,810원, 2003사업연도 법인세 7,049,620원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 현재까지 본건 외에는 어떠한 자료에 대해서도 소명요구를 받은 적이 없는 성실한 납세자로 지금수불대장에 기록된 대로 구입과 사용처가 명확함에도, 장부보존기간이 지난 시점에서 현금결제 하였다는 사실만으로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분청의 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서를 발행·교부한 ○○○에게 실제로 지급되었는지 여부가 확인되지 않으므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호내지 제4호의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 지금매입과 관련하여 ○○○로부터 2002년 제2기 2건 공급가액 31,952,319원, 2003년 제1기 2건 공급가액 26,934,000원의 쟁점세금계산서를 수취한 후 동 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입액을 손금에 산입하여 각 해당기간의 부가가치세 및 법인세 신고를 하였는바, 청구법인의 2002년 제2기 및 2003년 제1기 부가가치세 신고내역은 <표1>과 같고, 지금 매입신고 내역은 <표2>와 같다.○○○

(2) ○○○에 대하여 2002년 2기 매입의 98.2%(13억6,414만원), 매출의 38.5%(5억3,569만원) 및 2003년 1기 매입의 99.8%(51억5,357만원), 매출의 52.5%(19억5,443만원)가 가공인 부분자료상으로 확정하였고, 쟁점세금계산서와 관련하여서는 청구법인의 소명결과 현금거래를 주장하고, ○○○에 판매하였다고 하나 이에 대한 확인이 필요하다고 보아 가공혐의거래로 처분청에 통보하였음이 ○○○에 대한 조사복명서 등에 나타난다.

(3) 처분청은 ○○○의 통보자료에 근거하여 과세전적부심사청구를 거쳐 2010.5.4. 청구법인에게 2002년 제2기 부가가치세 8,369,820원, 2003년 제1기 부가가치세 5,219,810원, 2002사업연도 법인세 15,744,810원 및 2003사업연도 법인세 7,049,620원을 경정·고지하였는바, 처분청의 과세전적부심사청구 결정문에는 ○○○에 지급되었는지는 알 수 없으며, 청구법인이 실제 거래를 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있으며 달리 실거래 사실을 확인할 방도가 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다고 되어 있다.

(4) 청구법인 명의의 ○○○이 2003.6.15.까지 영업 후 폐업하였고 2003.6.24. 외상대금 1,440만원을 현금회수하여 이를 쟁점세금계산서 거래대금으로 사용하였다고 주장하면서 국세청 폐업사실 조회화면, 관련 거래처 원장 및 현금출납장 등을 제출하고 있다.

(5) 청구법인은 처분청의 과세전적부심사청구과정에서 제출하지 않은 지금수불대장 9매, 필적감정서, 지금사용내역, 수출신고필증 등을 제출한바, 청구법인의 대표이사 이○○○은 2010.11.24. 조세심판관회의에 참석하여 과세전적부심사 청구시에는 동 자료들을 준비하지 못하여 처분청에 제출하지 못하였다고 진술하였다. (가) 청구법인이 제출한 지금수불대장 9매에는 2001.7.5.부터 2005.10.27.까지의 지금의 수불내역이 적혀있는데 2001.7.5.부터 2003년말까지는 금매입처가 어디인지에 대하여 표시되어 있지 않고 2004년 이후 매입분부터 금매입처가 표시되어 있는 바, 2002년 제1기부터 2003년 제2기까지 지금 매입내역은 <표3>과 같으며, ○○○에서 2010.9.13.자로 작성한 감정서에는 위 지금수불대장 중 2001.7.5.부터 2002.11.27.까지 1매 및 2002.12.10.부터 2003.3.28.까지 1매의 지질과 필적을 감정한 결과 모두 기재년도 경에 작성된 것으로 추정된다고 되어 있다. (나) 청구법인은 <표4>와 같이 지금을 금제품생산에 사용하였음을 주장하면서 이에 따른 수출신고필증○○○ 및 매출세금계산서를 제출한바, 제출된 수출신고필증과 세금계산서는 14K 또는 18K 금제품인 것으로 나타난다.

(6) 청구법인은 그 외 ○○○와의 거래명세서, 입금증, 계정별 원장 등을 제출하였다.

(7) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 보건대, 청구법인은 지금수불대장에 기록된 대로 ○○○와 실제 거래하였다고 주장하는바, 청구법인은 지금을 사용하는 제조업체로 금제품을 만들어 수출하거나 국내에 매출한 사실이 수출신고필증 등에 나타나므로 이에 대응하는 금매입이 반드시 필요한 점, 청구법인이 제출한 지금수불대장이 그 내용이나 감정결과 등에 비추어 신빙성이 있어 보이는 점 등을 고려할 때 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 수출에 필요한 지금을 실제 구입하였다고 보여진다. 그러나 지금수불대장에 매입거래처가 나타나지 않는 점, ○○○로부터 매입하였다고 단정하기는 어려우므로, 쟁점세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보인다. 따라서 쟁점세금계산서에 해당되는 지금을 실지매입한 사실은 인정되고 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보이므로, 법인세는 손금산입하고 부가가치세는 매입세액 불공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.