양수인이 공익사업시행자의 조합원에 지나지 않는 경우에는 감면대상 공익사업용 토지에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1987.3.3. 취득한 ○○○ 답 1,888㎡와 1986년 이전에 취득한 같은 리 279 외 2필지 답 및 임야 4,187㎡(합계 6,075㎡이며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.9.11. ○○○주식회사(이하 “○○○”이라 한다)에 양도하고, 8년 자경 감면 대상(임야 제외)으로 신고하였다가, 처분청의 조사에서 재촌자경하지 아니한 사실이 확인되자 8년 자경 감면을 배제하고 쟁점토지를 공익사업용 감면 대상으로 수정 신고하였다.
• 나. 처분청은, ① 양수인인 ○○○이 사업시행자가 아니므로 쟁점토지는 사업시행자에게 양도된 토지에 해당하지 않는다고 보아 공익사업용 감면을 배제하였고, ② ○○○(이하 “274번지 토지”라 한다)는 사업시행자에게 협의매매된 토지가 아니므로 비사업용 토지에서 제외되지 않는다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(60%)을 적용하여, 2010.3.16. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 498,917,620원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.6.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ⑴ 쟁점토지가 공익사업용 감면 대상인지 쟁점토지는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률상 공익사업에 해당하는 ○○○도시개발사업의 도시개발구역에 편입되어 ○○○에 양도된 토지로서, 도시개발법상의 환지방식으로 사업이 진행됨에 따라 사업시행자는 ○○○도시개발사업조합(이하 “조합”이라 한다)이 지정되었으나, ○○○이 조합과 도시개발사업약정을 체결하여 실질적으로 사업을 수행하였고, 조세특례제한법 제77조 에서는 공익사업용 토지의 감면요건을 규정하면서 양수인을 도시개발법상의 사업시행자로 한정하지 않았으므로, 쟁점토지는 실질적인 사업시행자에게 협의 양도된 토지로서 조세특례제한법 제77조 의 감면대상 토지에 해당한다. ⑵ 274번지 토지가 비사업용 제외 토지인지 소득세법 시행령 제168조의14 에서는 비사업용 토지에서 제외되는 토지를 규정하면서 협의매수자가 거래 당시 도시개발법상의 사업시행자로 지정되어 있을 것을 요건으로 하지 않았으므로 사업시행자인 조합과 약정을 체결하여 실질적으로 사업을 수행한 ○○○을 사업시행자라고 할 수 있고, 사업인정고시일 이전에 협의매매가 이루어진 경우도 공익사업용 토지의 협의매수에 해당○○○하는 것이므로, 274번지 토지(나머지는 비사업용에서 제외되었다)는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 사업시행자에게 협의매매한 토지로서 비사업용에서 제외되는 토지에 해당하므로, 중과세율(60%)의 적용을 배제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 쟁점토지가 공익사업용 감면 대상인지 조세특례제한법 제77조 는 공익사업에 필요한 토지를 ‘당해 공익사업의 시행자’에게 양도하는 경우에 발생하는 소득에 대하여 감면하도록 규정하고 있으나, ○○○은 조합의 구성원일 뿐 사업시행자는 아니며, ○○○은 쟁점토지를 조합원 지분을 극대화하여 도시개발사업에서 우월한 지위를 확보하고 이익을 극대화하기 위한 목적으로 쟁점토지를 취득한 것으로서, ○○○이 조합원 중 지분이 가장 많고 조합의 업무를 주도적으로 수행하였다고 하여 사업시행자로 볼 수 없으므로, 쟁점토지는 조세특례제한법 제77조 의 감면대상에 해당하지 아니한다. ⑵ 274번지 토지가 비사업용 제외 토지인지 청구인은 274번지 토지가 사업인정고시일 이전에 공익사업을 추진하는 시행예정자에게 양도되었으므로 공익사업용 토지의 협의매매에 해당한다는 주장이나, ○○○은 사업인정고시일은 물론 이후에도 사업시행자로 지정받지 못하였으므로 사업시행자에 해당하지 아니한다. 따라서 쟁점토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 의 사업시행자에게 협의매매된 토지로 볼 수 없으므로, 비사업용 토지로 보아 감면대상에서 제외하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지가 감면(10%) 대상인 공익사업용 토지인지 여부

② ○○○번지 토지가 중과세율(60%) 대상인 비사업용 토지에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령 ⑴ 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 ⑵ 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지” 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

• 나. 대통령령이 정하는 바에 의하여 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. ⑶ 소득세법시행령(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 10년 이전인 토지

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 쟁점①에 대하여 본다. ㈎ 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 1987.3.3. 취득한 ○○○ 답 1,888㎡, 1982.11.12. 취득한 같은 리 279 답 897㎡, 1982.12.12. 취득한 같은 리 280 답 146㎡ 및 1974.7.25. 취득한 산14-1 임야 3,144㎡를 2008.9.11. ○○○에 2,757,000,000원에 양도한 것으로 나타난다. ㈏ 양도소득 과세표준신고서 등에 의하면, 청구인은 쟁점토지 중 임야를 제외한 3필지를 8년 이상 자경한 농지로 보아 감면소득금액 1,290,631,517원(감면율 100%)을 적용하여 2008년 11월에 양도소득세 229,852,330원을 신고․납부하였으나, 처분청 조사에서 재촌자경하지 아니한 사실이 확인되자 8년 자경 감면을 배제하고, 쟁점토지를 공익사업용 토지에 해당한다고 보아 소득금액 1,693,988,703원에 대하여 감면율(10%)을 적용하여 2009.3.30. 양도소득세 526,247,570원을 수정 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지가 공익사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로, 2010.3.16. 청구인에게 양도소득세 498,917,620원을 경정․고지한 것으로 나타난다. ㈐ 청구인은 ○○○도시개발사업이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 택지조성사업으로서 공익사업에 해당하고, 쟁점토지는 동 도시개발사업에 편입된 토지이며, 도시개발법 절차상 환지방식으로 사업이 진행되어 조합이 사업시행자로 지정되었으나, 조합과 도시개발사업약정을 체결하고 도시개발구역 지정 및 개발계획승인 등 업무를 수행한 ○○○을 실질적인 사업시행자로 보아야 하며, 쟁점토지는 사업시행자에게 협의매수된 공익사업용 토지로서 감면대상에 해당한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

1. 부동산등기부등본 등에 의하면, ○○○은 2007.6.8. (가칭) ○○○도시개발사업조합 명의로 ○○○도시개발사업구역지정 제안서를 작성하였고, 2007.7.11. 청구인과 쟁점토지에 대한 부동산매매계약을 체결하였으며, 2007.8.3. 매매대금의 90%를 수수하고 신탁가등기한 것으로 나타난다. 2007.12.31. (가칭)○○○도시개발구역지정 및 개발계획(안)이 공고○○○되었고, 2008.6.24. ○○○도시개발구역 지정 및 개발계획이 승인○○○되었으며, 2008.9.8. 쟁점토지에 대한 토지거래허가○○○ 및 잔금(10%) 청산, 소유권이전, 신탁가등기 말소, 도시개발사업시행자 지정통보○○○가 있었으며, 2008.9. 조합 설립승인, 등기 및 도시개발사업시행자를 조합으로 지정하였으며, 2009.10.1. 도시개발사업 실시계획 이 인가○○○되었던 일련의 절차로 보면, 당해 도시개발사업의 사업시행자는 조합으로 봄이 타당하다. 2) 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 에서는, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지를 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 10%를 감면하도록 규정하고 있는바, ○○○도시개발사업의 사업시행자는 조합이며, ○○○은 최대지분을 보유한 조합원일 뿐, 조합의 업무를 주도적으로 수행하였다고 하여 ○○○을 사업시행자로 보기 어려운 것으로 판단된다.

3. 따라서 처분청이 쟁점토지는 사업시행자가 아닌 자에게 양도되었으므로 공익사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아 조세특례제한법 제77조 의 규정을 배제하고 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. ⑵ 쟁점②에 대하여 본다. ㈎ 양도소득세 경정결의서 등에 의하면, 처분청은 쟁점토지 중 274번지 토지를 제외한 토지는 2006.12.31. 이전에 20년 이상 소유하였다고 하여 비사업용에서 제외하였으나, 274번지 토지는 비사업용 토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 과세한 것으로 나타난다. ㈏ 청구인은 소득세법시행령 제168조의14 에서 비사업용 제외 토지를 규정하면서 협의매수 당사자를 도시개발법상의 사업시행자로 규정하지 않았으므로, 실질적 사업시행자인 ○○○에 양도된 274번지 토지도 비사업용 토지에서 제외된다는 주장이나, 소득세법시행령 제168조의14 제3항 에서는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정고시일부터 10년 이전인 토지는 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하였고, 274번지 토지는 취득일(1987.3.3.)이 사업인정고시일(2008.6.24.)부터 10년 이전에 해당하나, 위와 같이 ○○○은 사업시행자가 아니며, 사업시행자인 조합 업무를 주도적으로 수행하였다고 하여 ○○○을 사업시행자라고 볼 수 없으므로, 274번지 토지는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지에 해당하지 아니한다. ㈐ 따라서 처분청이 274번지 토지를 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하지 않는다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(60%)을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.