[요지] 청구법인은 기업부설연구소 인정 취소기간 중에도 사실상 연구전담조직이 존재하였다고 주장하나, 연구소 인정 취소처분에 대하여 즉시 취소절차를 거치지 아니하고, 2년 후에야 새로이 연구소 인정을 신청하였고, 연구소 인정취소기간 중 연구소가 실제 존재하였고 연구소의 인력이 연구개발 활동에 전념하였다고 인정되기 어려운바, 연구소 인정이 취소된 후부터 재인정받은 때까지 발생한 비용은 당해 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 본 처분은 잘못이 없음
[참조결정] 조심2010서0949 /
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 조세특례제한법 별표6에는 연구 및 인력개발비 세액공제를할 수있는 가술개발비용의 범위를 자체기술개발, 위탁 및 공동기술개발등으로 구분하고 있고, 국세청의 예규(서면2팀-1902, 2006.9.25., 서면2팀-675, 2006.4.28.)에 따르면, 연구기관과 공동으로 기술개발을 수행하는 법인의 경우 전담부서가 설치되지 아니한 경우에도 위탁 및 공동 기술개발에 따른 비용은 세액공제를 받을 수 있다고 해석하고 있다. 청구법인은 국내 유일의 모듈러공법을 개발하여 국가기관인 우리나라 국군이 사용할 군 시설물(사병숙소 등)을 신 건축공법으로 건축할 수 있도록 기술개발활동을 수행하였음은 물론, 비영리법인인 재단법인 OOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOOOOO OO)과도 원천기술을 이전하는 계약을 체결하여공동으로 신기술을 개발하고 있는 사실이 확인되므로 청구법인에서 발생한 비용은 연구개발전담부서 설치유무와 관계없이위탁 및 공동기술개발비용으로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 하여야 한다.
(1) 조세특례제한법 제10조 및 조세특례제한법 시행령제9조에서 규정한 바와 같이, 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받기위해서는 연구전담부서에 대한 인증을 받아야 가능한데 청구법인은 2년이상 기업부설연구소에 대한 변경신고를 하지 아니하였고, 2003.4.23. 기업부설연구소 인정취소가 이루어진 것은 당시 연구소장이 퇴직하는 등 연구소가 실제 폐쇄된 상태로 연구개발 활동이 없었던 것으로 보인다. 또한, 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제를 한 개발비의 대부분이 복리후생비, 일용노무비, 매출과 연계된 제조원가, 연구전담부서가 아닌 타부서 근무자의 인건비, 소모품 구입비, 비용이 아닌 자산, 연구소가 아닌 제조공장 발생비용 등으로 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아닌 항목이 대부분인 점을 고려하면, 기업부설연구소 인정 취소기간 중에는 자체기술개발에 의한 공제요건을 갖추지 못한 것으로 판단된다.
(2) 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 검토시 위탁 및 공동기술개발에 의한 공제요건을 갖춘 개발비에 대하여는 세액공제를 하였으므로 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① OOOOOOOOOO가 기업부설연구소 변경사항(연구소 소재지 등)을 2년 이상 신고하지 않았음을 이유로 기업부설연구소 인정을 취소한 경우, 자체기술개발비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 지 여부
② 청구법인에서 계상한 연구인력개발비를 위탁 및 공동기술개발비로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 지 여부
(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인〔도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표 6] 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용
1. 기술개발
① 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소용되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국·공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서
(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
(4) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부 4.연구실 안전환경 조성에 관한 법률제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 5.연구실 안전환경 조성에 관한 법률제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 6.중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. 제8조【기업의 연구개발전담부서의 신고 등】① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호의2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다. (2006.7.5. 개정)
1. 연구사업개요서 2.연구개발전담부서의 직원현황 및 연구전담요원의 자격을 증명하는 서류
3. 연구시설명세서
4. 회사 조직도
5. 사업자등록증 사본
② 협회장은 제1항에 따른 신고를 받고 연구개발전담부서로 인정한 때에는 별지 제8호의 3 서식의 연구개발전담부서인정서를 교부하여야 한다.
(5) 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령(과학기술부 고시 제2001-27호) 제4조【연구소 등의 일반기준】① 연구소를 설립하고자 하는 기업은 연구업무를 전담할 수 있도록 매출·영업 등 기업활동과 관련된 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. 제7조 【연구시설 등의 세부기준】① 제2조 제3호에 규정된 “독립된 일정한 연구공간”(이하 “독립공간”이라 한다)이라 함은 다른 부서와 차단된 출입문이 있는 폐쇄된 공간으로서 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없다. 제9조 【변경신고】연구소·전담부서 또는 영리연구법인을 신고한 자가 그 신고사항 중 변경사항이 있는 경우에는 별지 제3호 서식에 의한 변경신고서에 관련 증빙서류를 첨부하여 협회장에게 이를 신고하여야 한다. 제13조【현지확인 실시】① 협회장은 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 방문하여 연구개발 활동 수행여부, 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 인정요건 유지여부 등을 조사할 수 있다(과학기술부 고시 제2003-10호, 2003.8.23. 신설)
1. 신고된 서류에 의하여 연구개발 활동 수행여부를 판단하기 어려운 경우
2. 연구시설 보유 및 연구소 직원의 연구개발 업무수행 사실 여부의 확인이 필요한 경우 3.장기간 변경신고및 실적보고를하지 않아 연구개발활동 수행여부 확인이 필요한 경우
② 협회장은 현지확인을 실시하고자 하는 기업에 대하여 사전통지를 하지 않을 수 있다. 제15조【취소 등】① 협회장은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 연구소 또는 영리연구법인의 인정이나 전담부서의 확인을 취소할 수 있다.(종전 제13조) 4.연구소·전담부서 및 영리연구법인의 인정 또는 확인요건에 미달되어 협회장으로부터 보완 요청을 받은 후 1개월이 경과하여도 보완하지 아니한 경우 5.연구개발 활동이 없거나 연구개발 수행능력이 없다고 인정되는 경우
6. 기술개발촉진법·병역법·관세법 및 신고요령 등 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 신고관리와 관련한 법규를 위반하여 연구소·전담부서 및 영리연구법인을 정상적으로 운영할 수 없을 경우
(1) 청구법인의 기업부설연구소에 대한 인정이 취소되었다가 재인정받은 과정을 살펴보면, (가) OOOOOOOOOO의 청구법인에 대한 기업부설연구소 변경신고 안내 공문(OO OOOOOO, OOOOOOOOOO) 및 인정취소 통보공문(OO OOOOOO, OOOOOOOOOO)에는 2003.3.18. 청구법인이 2년 이상 기업부설연구소에 대한 변경신고를 하지 아니하여 연구소 인정요건 유지여부를 확인할 수 없으므로 2003.4.17.까지 변경신고를 할 것을 안내하였고, 청구법인이 지정된 기한까지 변경신고를 하지 않자 2003.4.23. 기술개발촉진법 시행규칙 제8조와연구소 신고요령(과학기술부고시 제2001-27호) 제13조 제1항 제5호와 제6호를 근거로 청구법인에 대한 기업부설연구소 인정을 취소한 것으로 나타나며, 기업부설연구소 변경신고 안내 공문에는 “인정 취소시에는 각종 연구개발 지원제도의 혜택을 받지 못한다”는 내용이 명기되어 있다. (나) 청구법인은 인정취소일 이후2년간 기업부설연구소의 재인정을위한 신고서를 제출하지 아니하다가 2005.12.9. OOOOOOOOOOOOOOOOOO OOO OOOOO, OOOOOOOOOO는 2005.12.30. 청구법인의 기업부설연구소 인정서를 교부(OO OOOOOOOOOO)하였음이 확인되며, 2005.12.30.자 인정서에는 기업부설연구소의 연구전담요원은 5명(학사)으로 나타난다.
(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, (가) OOOOOOOO은 감면법인 사후관리를 실시하는 과정에서 청구법인의 기업부설연구소가 2003.4.23. 인정 취소된 사실을 확인하고 인정 취소기간 중에 발생한 연구인력개발비 중 자체기술개발비에 대하여는 세액공제를 부인하도록 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 2010.2.10. 2004사업연도 법인세 226,520,920원을, 2010.5.10. 2005사업연도 법인세 269,542,240원, 2006사업연도 법인세 1,742,200원, 합계 497,805,360원을 경정·고지한 것으로 나타나고, (나) 처분청은 2004～2005사업연도 기간 동안 청구법인에서 계상한 연구개발비 1,092,326,985원 중 605,234,147원은 제조원가에 해당되는 등 당초부터 연구인력개발비로 계상할 대상이 아니므로 세액공제대상에서 제외하였고, 동 금액을 제외한 차액 487,092,838원 중 아래 〈표1〉과 같이 75,000,000원에 대하여만 위탁 및 공동기술개발비로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하였으며, 나머지 412,092,838원은 기업부설연구소의 인정 취소를 이유로 세액공제를 부인한 것으로 나타난다. OOOOOOOO OOO OO O OOOOOOO OO (OO O O)
(3) 이에 대해, 청구법인은 기업부설연구소의 인정 취소기간 중에도 실질적인 연구전담조직이 존재하고 있었으며, 처분청에서 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 연구인력개발비는 OOOOOOOOO의 위탁을 받아 공동으로 모듈러공법을 개발한 비용이므로 기업부설연구소의 인정이 취소되었다 하더라도 위탁 및 공동기술개발비로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하고 있다.
(4) 상기 사실관계를 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 기업부설연구소의 인정이 취소된 기간 중에도 연구활동에 전념한 연구전담조직이 존재하였으므로 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 부당하다는 주장이나, 청구법인이 2년 이상 기업부설연구소에 대한 변경신고를 하지 아니하여 각종 연구개발 지원제도의 혜택을 받지 못한다는 사실을 공지 받았음에도 변경신고를 하지아니한 점, 연구소 인정이 취소된 처분에 대하여 즉시 이에 대한 취소를 구하는 절차를 거치지 아니하고, 인정이 취소된 2년 후에야 새로이 연구소 인정을 신청한 점, 연구소의 인정취소기간 중 연구활동을 하였다는 구체적인 자료가 발견되지 아니하는 점 등을 미루어 보아, 청구법인이 제시한 자료만으로는 연구소 인정취소기간 중 연구소가 실제 존재하였고 연구소의 인력이 연구개발 활동에 전념하였다고 인정되기 어렵다 할 것이다. 또한, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조에 동 시행령 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 시행규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인은 1995.2.17. OOOOOOOOOO로부터 기업부설연구소의 인정을 받았으나, 2년 이상 변경신고를 이행하지 아니하였다는 이유로 2003.4.23. 연구소의 인정이 취소되었다가, 2005.12.30. 재인정받은 것으로 확인되고 있어, 연구소 인정이 취소된 후부터 재인정받은 때까지 발생한 비용은 당해 세액공제를 적용받을 수 없는 것(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OO O)이므로, 연구소의 인정이 취소된 기간 동안의 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 법인세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 연구소의 인정취소기간 동안에 발생한 비용은 위탁 및 공동기술개발비이므로 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 부당하다는 주장이나, 청구법인이 포항산업과학연구원으로부터 위탁받아 공동으로 개발하였다는 모듈러공법은 독일 등 유럽에서 이미 소개되어 시공되고 있는 공법이므로 독창적인 연구개발이 아닌 점, 청구법인이 제출한 자료에도 2003년 OOOOO OO OO OOOOOO를 모듈러공법에 의해 시공한 사실 및 2004년 3월 모듈러 제작공장을 건립한 사실이 나타나고 있어 청구법인이 세액공제대상이라고 주장하는 연구인력개발비는 연구과정이 아닌 생산·시공단계에서 발생한 비용에 해당되는 점, 연구소 인정 취소기간 동안 연구전담인력이 오로지 모듈러공법의 위탁 및 공동 개발에 전념하였다고 보기 어렵고, 청구법인도 이를 입증할 증빙을 제시하지 아니하는 점, 청구법인은 OOOOOOOOO과 원천기술을 이전하는 계약을 체결하였다고 주장하지만, 계약서 등 근거서류를 제시하지 아니하는 점, 처분청은 청구법인에서 연구인력개발비로 계상한 금액 중 위탁 및 공동기술개발비에 해당되는 비용에 대하여는 세액공제를 인정한 점 등을 고려할 때, 청구법인의 주장은 받아들이기 어려워 보인다. 따라서, 청구법인의 기업부설연구소의 인정취소기간동안 위탁 및 공동기술개발비를 제외한 연구인력개발비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하고 처분청이 법인세를 경정·고지한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.