양도시 임대농지인 경우 농지 대토에 대한 비과세 적용을 배제함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.3.17. ○○도 ○○시 ○○동 237 전 1,884㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2007.12.5. ○○○○공사에 양도(수용)하고, 2008.9.3. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 401-1 전 1,950㎡(이하 “대토토지”라 한다)를 취득한 후, 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조에서 규정하고 있는 농지 대토에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 감사원은 수용농지 실농가보상확인서류를 점검한 결과, 양도일 현재 쟁점토지가 임대농지로 확인된다는 내용을 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 농지 대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 2009.12.2. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 39,714,870원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.26. 이의신청을 거쳐 2010.6.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령 제67조 에서 규정하고 있는 “3년 이상 종전의 농지 소재지에 거주하면서 경작하였을 것”이라는 요건은 종전 토지를 경작하는 기간 중 아무 때나 3년 이상 그 토지 소재지에 거주하면서 경작할 것을 의미하는 것이지, 양도일로부터 소급하여 계속 3년 이상 자경하여야 한다는 의미는 아닌 것으로 해석되는 바(전주 지방법원 2007구합624, 2007.11.1. 같은 뜻), 1990.9.27 ~ 1991.1.25. ○○도 ○○시 ○○동 47-47에서, 1993.9.8 ~ 1996.11.8. ○○도 ○○시 ○○동 940-3 ○○맨션2차 505호에서 거주하면서 청구인이 3년 이상 직접 경작한 쟁점토지는 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조에서 규정하고 있는 농지 대토에 대한 양도소득세 감면대상이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 제67조 에서 규정하고 있는 농지대토라함은 통산하여 3년 이상 거주하고, 통산하여 3년 이상 경작하였으며, 양도일 현재 자경하고 있는 농지를 경작상의 필요에 의하여 양도하고 다른 농지를 취득하여 계속해서 3년 이상 자경하는 것을 말하는 바, 쟁점토지와 같이 양도일 현재 대리경작을 한 경우에는 양도소득세가 감면되는 농지대토에 해당하지 않으므로 처분청이 농지 대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 양도 시 임대농지였다는 이유로 농지 대토에 대한 비과세 규정의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농제소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(괄호생략) 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989.3.17. 쟁점토지를 취득하여 2007.12.5. 대한주택공사에 양도하고, 2008.9.3. 대토토지를 취득한 후, 농지 대토에 대한 양도소득세 감면신청을 하였고, 감사원은 수용농지 실농가보상확인서류를 점검한 결과, 양도일 현재 쟁점토지가 임대농지로 확인된다는 내용을 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 농지 대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 이 건 경정 ․ 고지하였음이 청구인에 대한 양도소득세 경정․결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 과세근거는 아래 (가)~(나)와 같다. (가) 농업손실보상금 지급 공문서류에는 ○○○○공사 ○○지역본부장이 쟁점토지에 대한 농업손실보상금 3,963천원을 최○○에게 지급한 것으로 기재되어 있다. (나) 쟁점토지에 대한 농지임차확인서에는 2007년 11월 ○○인은 쟁점토지를 1999년 4월부터 2007년 8월까지 최○○에게 임대한 것으로 확인하고 있다.

(3) ○○인이 제시한 증빙은 아래 (가)~(다)와 같다. (가) ○○인의 주민등록등본에는 ○○인이 1990.9.27. ~ 1991.1.25. ○○도 ○○시 ○○동 47-47에서, 1993.9.8. ~ 1996.11.8. ○○도 ○○시 ○○동 940-3 ○○맨션2차 000호에서 거주한 것으로 기재되어 있다. (나) 2008년 1월 권○○이 작성한 사실확인서에는 ○○인이 1991 ~ 2002년 쟁점농지를 경작한 것으로 확인하고 있다. (다) 2009.9.7. ○○조합장이 발급한 농협조합원증명서에는 ○○인이 2000.12.31. 동 조합에 가입한 것으로 기재되어 있다.

(4) 살피건대, 비과세되는 자경농지의 대토는 종전 토지의 양도 당시 양도인이 그 토지를 자경하고 있어야 하고 또한 자경할 목적으로 새로 토지를 취득할 것을 전제로 하며, 농지를 자경한다 함은 자기의 계산과 책임 하에 농사를 짓는 것을 의미하는 것인 바(대법원 91누1806, 1991.5.24. 같은 뜻), 양도일 현재 임대한 것이 확인되는 쟁점토지에 대하여 처분청이 농지 대토에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하여 과세한 처분에 잘못이 없어 보이고, ○○인이 제시하는 전주지방법원 2007구합624(2007.11.1.)판례는 양도자가 양도일 현재에 양도토지를 자경한 것에 대한 판례로서 양도일 현재 쟁점토지를 대리경작한 ○○인의 경우와 다르므로 쟁점토지 양도에 대하여 농지 대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다는 ○○주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2010년 8월 24일