자료상혐의자로부터 교부받은 세금계산서의 일부 금액을 실물이 수반된 세금계산서로 보아 필요경비로 인정하여 이를 공제하는 것이 타당함.

○○○세무서장이 2010.3.2. 청구인에게 한 부가가치세 5건 합계 85,804,610원(2004년 제1기분 8,162,740원, 2004년 제2기분 14,274,780원, 2005년 제1기분 17,064,230원, 2005년 제2기분 25,577,480원, 2006년 제1기분 20,725,380원)과 종합소득세 3건 합계 283,894,240원(2004년 귀속분 76,404,580원, 2005년 귀속분 140,942,000원, 2006년 귀속분 66,547,660원)의 부과처분은 3건 합계 483,957,690원(2004년 귀속 120,227,300원, 2005년 귀속 233,725,200원, 2006년 귀속 130,005,190원)을 필요경비로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1992.6.1.부터 자동차부품 등의 도·소매업을 영위하면서 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지 ○○○”이라 한다)으로부터 공급가액 합계가 511,557,690원(2004년 제1기 45,028,200원, 2004년 제2기 81,199,100원, 2005년 제1기 100,169,900원, 2005년 제2기 155,155,300원, 2006년 제1기 130,005,190원, 이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당인 세금계산서(아래 <표1> 참조, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 매입세액을 공제하고 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세와 2004년 귀속분부터 2006년 귀속분까지의 종합소득세를 신고·납부하였다.

○○○

• 나. 처분청은 ○○○에 대한 자료상혐의자 조사결과, ○○○이 실물거래 없이 가공세금계산서를 교부한 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 필요경비 부인하여 2010.3.2. 청구인에게 부가가치세 5건 합계 85,804,610원(2004년 제1기분 8,162,740원, 2004년 제2기분 14,274,780원, 2005년 제1기분 17,064,230원, 2005년 제2기분 25,577,480원, 2006년 제1기분 20,725,380원)과 종합소득세 3건 합계 283,894,240원(2004년 귀속분 76,404,580원, 2005년 귀속분 140,942,000원, 2006년 귀속분 66,547,660원)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.28. 심판청구를 제기하였다. 청구인은 ○○시 소재 ○○ 오피스텔을 취득한 후 과세사업으로 사용하는 것으로 하여 관련 매입세액을 공제하는 등 2003년 제2기분 부가가치세를 환급 받은 바 있다. 처분청은 청구인이 위 오피스텔을 주거용으로 사용함에 따라 매입세액 공제를 부인하고 2005.6.15. 및 2005.6.24. 2회에 걸쳐 청구인의 당시 주소지인 ○○동(이하 "종전주소지"라 한다)로 2003년 제2기분 부가가치세 5,822,000원의 납세고지서를 등기우편으로 발송하였으나 "이사감"을 사유로 반송되자 처분청 담당자가 종전주소지 방문후 2005.7.19. 공시송달하고 2005.9.10. 청구인의 새로운 주소지인 ○○동(이하 "새주소지"라 한다)로 가산금 244,520원을 가산하여 독촉장을 발송하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.10.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○ 다른 곳에서 자동차부품을 실제 매입하고 허위의 세금계산서를 제3자로부터 교부받았다 하더라도 재고나 매입한 부품을 청구인 등에게 공급할 수 있는 것이고, 청구인으로서는 ○○○이 정상적인 세금계산서를 수취하였는지 여부와 무자료상품을 매입하였는지 여부까지 확인하여 거래를 하는 것은 무리이므로 청구인이 가공인 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 이 건을 과세한 처분은 근거과세의 원칙 및 납세자 성실추정의 원칙을 위반한 것이며, ○○○ 대표자이며 ○○○ 임원으로 등기된 ○○○은 대지를 매입하고 2002년 12월 건물을 신축·준공하여 폐업할 때까지 자신의 ○○○ 사업장으로 사용하며 사업을 영위하였고, 청구인 또한 1992년 개업한 이래 사업장 건물을 소유하여 자동차부품 대리점을 현재까지 영위하고 있으며, ○○○ 등으로부터 수리용 자동차부품을 구입하여 40여개 택시회사에 납품하면서 대부분 현금거래를 하며 문제가 없도록 거래명세표, 세금계산서, 입금표, 매입·매출장 등 통상적인 증빙으로 장부를 정리하여 왔고, 가격이 저렴하며 거리도 가까워서 ○○○ 소유하는 ○○○ 부품거래를 하였으며, 매입대금 중 일부인 102,564,000원은 ○○○ 예금계좌에 이체하여서 지급하고, 나머지는 매출처인 택시회사로부터 현금·수표로 받아 이를 곧바로 지급하였는 바, 이는 업종의 특성상 매출처인 택시회사로부터 대부분 현금·수표를 지급받았기 때문임에도, 이러한 현실을 부인하는 것은 부당하다. 처분청은 ○○○ 및 실제의 행위자인 ○○○ 자료상 혐의자로 대구지방검찰청에 고발하였는데, ○○○ 등은 증거가 불충분하여서 혐의가 없는 것으로 불기소처분을 받았는 바, 일부 거래처의 금액에 혐의가 인정되기는 하였으나 그렇다고 하여 다른 거래에서 허위의 세금계산서를 수수한 것으로 보기는 어렵고, 처분청은 매입대금의 대부분을 현금으로 지급한 점을 들어 실지거래를 부인하고 있으나, 그에 대한 증빙으로 부품명세를 기재한 거래명세표, 세금계산서, 인터넷뱅킹 송금내역 및 금융거래조회내역, 현금·수표를 지급하고 받은 입금증, 매입처 원장 및 거래처의 현금결제확인서 등을 구체적으로 제시하고 있음에도 단지 매입대금 전액에 대한 금융거래증빙이 없다는 이유만으로 쟁점세금계산서상의 거래를 부인하는 것은 위법·부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 ○○○ 세금계산서를 수취한 자가 아닌 ○○○ 등을 통하여 자동차부품을 공급받았다고 주장하고 있으나, ○○○ 실질적인 운영자인 ○○○ 진술만으로 실물거래를 인정하기는 어렵고, 쟁점세금계산서의 매입대금 대부분을 현금으로 지급한 이유에 대하여 청구인의 매출처인 택시회사가 업종의 특성상 현금·수표로 매출대금을 지급하기 때문에 매입대금 또한 현금·수표로 지급할 수밖에 없었다고 주장하나, 동 현금·수표를 예금계좌에 입금한 후 지급하는 금융거래를 못할 이유가 없으며, 쟁점세금계산서상 거래를 실지거래라 주장하며 거래명세표 등 일반적인 증빙서류를 제시하고 있으나, ○○○으로부터의 매입금액인 511,557,690원 중 금융거래내역으로 확인되는 금액은 102,564,000원으로 20% 수준에 불과하고, 매월 거래대금을 지급한 것으로 작성되고 있는 입금표와는 달리 부가가치세 신고기간에 집중되어 예금계좌에 이체되는 점 등에 비추어 실제 거래에 대한 대가로 보기는 어려우며, 또한 자동차부품 도·소매업자의 주요 매출처가 택시회사 등이기 때문에 현금·수표로 대금을 받을 수밖에 없다는 특성을 인정한다고 하더라도, 통상적으로 거래처의 매입대금은 거래한 후 상당한 시일이 지난 후에 지급하는 경우가 보통이고, 명확한 증빙서류 없이 자동차부품 도매업자로부터 부품을 구매하며 거액을 현금으로 지급하였다는 주장을 일반적 상거래관행을 고려할 때 인정하기는 어려운 만큼, 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 자동차부품 도소매업자인 청구인이 자료상혐의자로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물이 수반된 정당한 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 공제하고 공급가액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생 략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제8조 【서류의 송달】

① 이 법 또는 세법에 규정하는 서류는 그 명의인(당해 서류에 수신인으로 지정되어 있는 자를 말한다. 이하 같다)의 주소·거소·영업소 또는 사무소［정보통신망을 이용한 송달(이하 “전자송달”이라 한다)인 경우에는 명의인의 전자우편주소(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 명의인의 사용자확인기호를 이용하여 접근할 수 있는 곳을 말한다)를 말하며, 이하 “주소 또는 영업소”라 한다］에 송달한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서, 자료상혐의자 조사종결복명서 등의 심리자료에 의하면, 청구인은 1992.6.1.부터 자동차부품 등의 도·소매업을 영위하면서 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지의 과세기간 중 ○○○으로부터 공급가액 511,557,690원의 쟁점세금계산서를 수취하고 해당 매입세액을 공제하고 공급가액인 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 부가가치세와 종합소득세를 신고·납부한 데 대하여, 처분청은 ○○○에 대한 자료상혐의자 조사결과 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 필요경비 부인하여 부가가치세와 종합소득세를 과세한 사실이 확인되나, 쟁점세금계산서상의 거래가 실지거래인지 여부와 관련하여 당사자인 청구인에 대하여 세무조사한 내역은 달리 확인되지 아니한다.

(2) 처분청이 2008년 9월 ○○○ 대하여 세무조사를 한 내용을 보면 아래와 같은 사실관계가 인정된다. (가) ○○○ 사업장 소재지를 ○○○ 두고 2003.1.2. 자동차 부품, 용품 등의 도·소매업을 영위하다가 2006.3.31. 폐업하였으며, 사업장은 자료상혐의자로 고발된 ○○○(2001.12.20. 개업하여 2006.7.28. 폐업하였으며 대표자는 ○○○임)와 동일한 장소이고, 대표자는 ○○○으로 되어 있으나 실제의 사업자는 ○○○ 마찬가지로 ○○○ 배우자인 ○○○이며, 동 사업장의 토지(대지 227.3㎡)는 ○○○이 1999.12.8. ○○○ 매매계약을 체결하여 2003.6.28. 소유권이전등기를 하였으며, 건물 346.68㎡(철근콘크리트조 콘크리트평슬래브지붕 3층 건물, 근린생활시설 및 단독주택)은 2002.12.6. ○○○ 명의로 소유권보존등기가 되었다가 2006. 3.16. 토지 및 건물이 함께 매각된 것으로 확인된다. (나) ○○○ 세금계산서 수취·교부내역 및 적출내역은 아래 표와 같고, ○○○ 등으로부터 공급가액 합계가 3,614,534천원(총매입의 80.5%) 상당인 가공매입세금계산서를 수취하고, 청구인 등에게 공급가액 합계가 3,737,083천원(총매출의 68.4%) 상당인 가공매출세금계산서를 교부한 것으로 조사되어 있다.

○○○ (다) ○○○ 매출거래처에 대하여 조사한 내역을 보면, 거래처로부터 소명받은 증빙자료를 검토한 바, ○○○ 관리한 ‘○○○ 구분하지 아니하고 세금계산서를 수취한 경우가 있으며, 거래대금도 ○○○ 예금계좌, ○○○ 예금계좌, ○○○ 자)의 ○○○ 예금계좌로 이체되는 등 세금계산서를 교부받은 업체별로 구분하지 아니하고 지급한 것으로 소명하였으며, 청구인 등 자동차부품 도·소매업체로부터 제출받은 세금계산서, 거래명세표, 입금표 등은 각각의 기재내용이 서로 상충하는 경우가 있고, 입금표 외에는 대금지급과 관련한 증빙이 없거나 ○○○ 예금계좌로 이체한 경우에도 부가가치세 신고기간 중 거래대금의 일부를 이체한 것으로 확인되는 등 정상거래로 볼 수 없으며, ○○○ 외 9개 운수업자는 ○○○ 거래를 하기 전에 청구인으로부터 자동차부품을 납품받고 있었으므로 ○○○으로부터 수취한 세금계산서를 실지거래가 아닌 가공거래에 의한 세금계산서로 확정하였고, ○○○ 외 9명의 운수업자는 관례적으로 현금인 운송수입금액에서 매입대금을 지급한 것으로 소명하였으나, 청구인이 제출한 금융거래내역을 검토한 바, 이들 운수업자는 청구인의 예금계좌로 일정한 금액을 이체한 사실이 확인된다. 청구인은 쟁점세금계산서상의 거래가 실지거래라고 주장하며, 대금지급내역(예금통장), 세금계산서 수취경위 확인서, 거래사실확인서(확인자 ○○○), 매입처별 및 매출처별 원장, 입금표, 거래명세표, 세금계산서 등을 증빙서류로 제시하고 있으나, 청구인의 예금계좌에서 ○○○ 관련한 예금계좌(○○○)로 입금된 금액이 144,776천원으로, 동 금액은 청구인과 운수업자가 ○○○ 관리하는 업체(○○○)로부터 수취한 매입세금계산서의 매입대금인 1,884,820천원의 7.7% 정도의 수준에 불과하고, 계좌이체일이 부가가치세 신고기간에 집중되어 있는 점 등을 고려하여 세금계산서 자료대금으로 판단하여 가공거래금액으로 확정하였다. (라) 조사공무원인 ○○○ 2008.7.15. ○○○ 작성한 전말서의 주요한 내용은, ① ○○○ 개업일부터 폐업일까지 ○○○을 실제 경영한 자이고, ② ○○○(청구인)가 2004년과 2005년에 매입자료가 부족하다고 걱정을 하며 본인이 자발적으로 2004.11.30. 28,676,700원 중 3,676,700원, 2005.7.30. 19,428,300원 가운데 9,600,000원, 2005.8.30. 15,432,000원 중 6,000,000원, 2005.9.30. 15,236,000원 가운데 6,000,000원 합계 78,773,600원 중 25,276,700원은 실제 거래한 금액보다 부풀려서 세금계산서를 교부하였으며, ③ ○○○이 2006.3.31. 폐업한 이후인 2006년 4월부터 7월까지 ○○○로부터 ○○○ 자)의 예금계좌(○○○ 등에 입금을 받은 44,390천원은 청구인으로부터 지급받은 미수금이라는 사실 등이다. 조사공무원인 ○○○ 2008.8.14. ○○○ 작성한 전말서의 주요한 내용은, ① 본인은 ○○○ 운영하고 있으며, ② 2002년부터 ○○○ 알게 되어 연료첨가제 등 자동차용품 등을 납품하여 2003년 제2기부터 2004년 제1기까지 ○○○ 558,870천원의 매출을 올렸고, ③ 자동차 부품을 판매하는 ○○○(신원미상)으로부터 제품을 받아 ○○○에게 전달하여 주고 대금을 ○○○으로부터 받아 ○○○에게 지불하였으며 이들이 부품거래와 관련하여 매입세금계산서를 요구하여 ○○○으로부터 받아 전달하였으며, ④ 동 세금계산서상의 공급자는 ○○○ 등이며, ⑤ ○○○은 자동차부품, 용품을 도매하는 자로 다른 도매업체로부터 매입하는 것보다 20% 이상이 저렴하였고, ⑥ 본인이 직접 서울특별시 성북구 안암동에 위치한 ○○○의 창고를 방문한 적도 있다는 사실 등이다. (마) 처분청은 조사결과, ○○○ 실제사업자 ○○○는 2004년 제1기~2006년 제1기 과세기간 중 ○○○ 외 7개 업체로부터 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 공급가액이 3,614,534천원에 달하는 허위매입세금계산서 138매를 수취하고, ○○○ 외 총 49개 업체에 공급가액이 3,737,083천원에 상당한 가공매출세금계산서 419매를 교부하여 거래처로 하여금 부당하게 매입세액을 공제받도록 하였다 하여조세범처벌법제11조의2 제4항 및조세범처벌절차법제9조에 의거 관할관청에 고발하였다.

(3) ○○○ 다른 곳에서 자동차부품을 매입하고 허위의 세금계산서를 제3자로부터 교부받았다 하더라도 재고나 매입한 부품을 청구인 등에게 공급할 수 있는 것이고, 청구인으로서는 ○○○이 정상적인 세금계산서를 수취하였는지 여부까지 확인하여 거래를 하는 것은 무리이며, ○○○ 자신의 부동산을 소유하여 폐업할 때까지 사업을 영위하였고, 청구인 또한 1992년 개업한 이래 현재까지 자동차부품 대리점을 세무상 아무런 문제없이 운영하고 있는 바, ○○○ 부품거래를 하면서 매입대금 중 102,564,000원은 ○○○ 예금계좌에 이체하여 지급하고 나머지는 매출처인 택시회사로부터 받은 현금·수표로 지급하였는 바, 청구인이 이와 같이 쟁점세금계산서상의 거래를 실제 행한 사실이 거래명세표, 세금계산서, 송금내역 및 금융거래조회내역, 현금·수표를 지급하고 받은 입금증, 매입처·매출처 원장, 거래처의 현금결제확인서 등의 증빙서류에 의하여 확인된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인의 부가가치세 신고(매입 및 매출) 내역과 ○○○으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 교부내역을 보면 아래 표와 같다

○○○ (나) 청구인이 제시한 증빙서류의 내용에 의하면, 청구인의 사업장 및 부품창고의 사진에 자동차부품 등이 적재되어 있는 것으로 나타나고, ○○○ 청구인 앞으로 발행한 거래명세표는 2004.4.20.부터 2006.3.21.까지 작성된 75매로 품목, 규격, 수량, 공급가액이 기재되어 있으며, ○○○ 청구인 앞으로 발행한 입금표는 2004.4.26.부터 2006.11.30.까지 발행한 98매이며, 2004~2006년의 매입처 및 매출처원장은 거래처별로 매입 및 매출한 내역이 기재되어 있고, 금융거래내역에는 2004.7.15.~2006.4.30. 기간 중 총 14회에 걸쳐 청구인 예금계좌(○○○ 예금계좌로 102,564,000원이 이체된 것으로 되어 있으며, 2008.11.25. ○○○가 청구인 앞으로 발행한 결제대금확인서는 2004년 1월부터 12월까지의 거래대금인 85,590,800원을 2004년 4월부터 2005년 3월까지 청구인 및 직원에게 수표와 현금으로 직접 결제한 사실을 증명한다는 내용이고, 출금전표, 현금출납장 등이 첨부되어 있으며, ○○○(58,710,000원)도 유사한 내용의 확인서를 제시하고 있다. (다) 위 (2)의 (마)와 관련한 대구지방검찰청검사장의 불기소이유통지서(2009 형제50472호, 2009.10.13.)에는, 피의자[○○○)]의조세범처벌법위반에 대하여 혐의 없음(증거불충분)을 이유로 하여 불기소처분으로 사건을 종결하고, 피의자 ○○○(대표자 청구인) 등 7개 거래처에게 발행한 공급가액 247,985,481원 중 206,831,881원 상당의 허위매출세금계산서를 교부한 것은조세범처벌법을 위반한 피의사실이 인정되고, 피의자의 사용인인 ○○○ 본 건으로 인하여 형사처벌을 받았으므로 피의자에 대하여는 기소를 유예하며, ○○○(대표자 청구인)에게 허위매출세금계산서를 교부한 내역은 2004.11.30. 28,676,700원 중 6,000,000원, 2005.7.30. 19,428,300원 가운데 9,600,000원, 2005.8.30. 15,432,000원 중 6,000,000원, 2005.9.30. 15,236,000원 중 6,000,000원 합계 78,773,600원 중 27,600,000원이고, 실제 거래한 금액보다 부풀려서 허위로 매출세금계산서를 발행한 것이라는 조사내용이 기재되어 있다. (라) 청구인이 ○○○ 운영한 업체로 ○○○ 사업장이 동일함)로부터 수취한 공급가액 합계 133,250천원 상당의 매입세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2004년 제2기 부가가치세 20,755,020원과 2004년 귀속 종합소득세 71,100,000원을 과세한 처분에 불복하여 심판청구를 제기한 것에 대하여, 조세심판원은 위 매입세금계산서를 위장세금계산서로 보아 부가가치세는 기각하고 종합소득세는 인용결정(조심 2008중4072, 2009.7.9. 참조)을 하였고, 청구인이 위 심판청구에 대한 부가가치세 기각결정에 불복하여 인천지방법원에 행정소송을 제기하자, 처분청은 법원 조정권고안(2009 구합4139, 2010.4.12.)을 받아들여 2010.5.10. 부가가치세 20,755,020원을 취소한 사실이 심판결정서와 조정권고안에 의하여 확인된다. 또한, ○○○으로부터 수취한 공급가액 222,100천원 상당의 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세 및 2004사업연도부터 2006사업연도까지의 법인세를 부과한 처분에 불복하여 제기한 심판청구에 대하여, 조세심판원은 부가가치세는 기각하고 법인세는 인용으로 결정한 적이 있다(조심 2010서261, 2010.8.23. 참조).

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 청구에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없는 것이라는 점이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2005두16406, 2006.4.14. 참조). 청구인이 제시한 금융거래증빙에 의하면 쟁점세금계산서상의 공급대가인 562,713천원 중 102,564천원이 ○○○ 예금계좌로 송금된 것으로 나타나고 있어 ○○○의 실질거래 여부가 불분명하지만, 택시회사들로부터 현금 등을 받아 매입대금을 지급하였다는 청구주장이 신빙성이 있다고 보이는 점, ○○○으로부터 수취한 매입세금계산서에 대하여 조세심판원에서 위장세금계산서로 판단한 사례가 있는 점, 청구인이 부가가치세를 신고한 2004년 제1기부터 2006년 제1기까지의 과세기간 중 매출액 대비 매입액의 비율이 82.5％ 수준으로 동종 업종의 단순경비율(91.2％)보다 낮고, 쟁점세금계산서상의 공급가액인 쟁점금액을 제외하면 당해 비율이 72.1%에 불과하여 이를 부인하기는 어려운 점, 청구인이 제시한 사업장의 현장사진에 의하면 주택가에서 소규모로 사업을 운영하고 있는 것으로 확인되는 점, 거래명세표 등에 의하여 매출한 사실이 확인되는 점, 매출처에서 대금을 결제한 내역을 확인하고 있는 점, 매입한 자동차부품을 거래처에 매출하였다는 청구주장이 신빙성이 있는 점 등을 감안하면, 청구인이 쟁점금액 상당의 자동차 부품을 위장으로 매입하여 판매한 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하되, 쟁점금액 중 27,600,000원(2004년 귀속 6,000,000원, 2005년 귀속 21,600,000원)을 제외한 나머지 금액은 필요경비로 인정하여 이를 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.