결손금 소급공제에 따른 법인세 환급세액 한도계산시, 이후 사업연도에 납부(추징)한 세액공제액은 차감하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 법인세법제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업인 청구법인은 무선통신장비 부품(배터리) 제조업을 영위하는 법인으로서 2006사업연도 법인세 신고시 각사업연도 소득금액 538,442,213원에 대한 산출세액 122,610,553원에서 투자금액(434,947,429원)의 100분의 7 상당의 임시투자세액공제액 30,446,320원을 차감한 세액을 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2007사업연도 법인세 신고시 결손금을 2,513,110,001원으로 하면서 2006사업연도에 임시투자세액공제를 적용받은 기계장치에 대하여 투자를 완료한 후 2년 이내에 처분한 사유로 2006년 임시투자세액공제액에 이자상당액을 가산한 33,780,192원 등 법인세 92,572,562원을 추가 납부한 후, 결손금 소급공제를 신청하여 청구법인이 2006사업연도에 납부한 법인세 122,610,550원을 2008년 4월에 전액 환급받았다.
• 다. 이후, 중부지방국세청장은 2009년 9월에 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, ○○○ 현지법인에 대한 매출채권 지연회수액에 대한 부당행위계산부인액 등 335,033,359원을 익금산입하여 재산정한 2006사업연도 과세표준 873,475,572원에 대하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세를 경정·고지하면서, 과세표준의 경정이 있었다 하여 소급공제 대상 결손금이 자동 공제되는 것은 아니라는 이유로 청구법인에게 결손금의 소급공제와 관련된 신청서를 다시 제출하도록 안내하였다.
• 라. 이에 청구법인은 2010.1.28. 소급공제 대상인 2007사업연도의 결손금을 873,475,572원으로 하여 2006사업연도 법인세(71,758,339원)의 환급을 추가로 신청하였으나, 처분청은 2010.4.23. 청구법인의 2006사업연도 법인세 산출세액에서 임시투자세액공제액을 차감한 금액을 한도로 하여 법인세 41,312,019원만을 환급하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시 납부한 감면세액에 대한 추가분은 결손금이 발생한 2007사업연도의 소득금액에 대한 세액이 아니라 2006사업연도의 소득금액에 대한 법인세의 추징세액이므로 결손금의 소급공제로 인한 법인세 환급세액을 계산함에 있어서 추가로 신고·납부한 임시투자세액공제액은 공제 또는 감면받은 세액이 아니므로 환급세액의 한도계산시 산출세액에서 차감할 금액이 아니며, 아울러, 청구법인이 2006사업연도 법인세 신고시 공제받은 세액을 2007사업연도에 신고·납부하여 그 경제적 실질이 임시투자세액공제를 받지 아니한 것과 동일함에도, 단지 당초 법인세 신고시 세액공제를 적용받은 사실이 있다고 하여 환급을 거부한 것은 실질과세의 원칙에 부합하지 아니하는 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은조세특례제한법제26조에 따라 임시투자세액을 2006사업연도 산출세액에서 공제하여 신고하였으나, 같은 법 제146조에 의하여 투자완료일로부터 2년 이내에 처분함에 따라 임시투자세액공제액에 이자상당액을 가산하여 투자자산을 처분한 2007사업연도에 추가로 납부한 바 있는데, 이는 당초 적법하게 행한 공제사실에 근거하여 투자자산을 2년 이내에 처분함에 따라 사후관리 요건이 충족되지 아니하여 그 사유가 발생한 사업연도에 자진납부한 것이지, 실질적으로 당초 임시투자세액공제를 잘못 적용하여 세액을 경정한 것이 아니므로 결손금 소급공제에 따른 환급세액의 한도 계산시 공제할 세액이 아니라는 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 중소기업인 청구법인의 2007사업연도 결손금을 소급공제하여 2006사업연도 법인세 환급시 환급세액의 한도를 계산하면서, 청구법인의 2006사업연도의 법인세 산출세액에서 2007사업연도에 추가납부한 2006사업연도분 임시투자세액공제액을 차감하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제64조【납 부 】① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 산출세액에서 다음 각호의 법인세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

2. 제63조의 규정에 의한 당해 사업연도의 중간예납세액

3. 제69조의 규정에 의한 당해 사업연도의 수시부과세액

4. 제73조의 규정에 의하여 당해 사업연도에 원천징수된 세액 (2) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】

① 법 제72조 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다.

② 법 제72조제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 "소급공제 결손금액"이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. <개정 2004.3.17>

④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 [법 제72조제3항의 규정에 의한 아니한 결손금을 초과하는 금액 환급세액(이하 이 조에서 × ──────────────── "당초 환급세액"이라 한다)] 소급공제 결손금액

⑤ 법 제72조 제5항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.

⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.

(3) 조세특례제한법(2009.5.21 법률 제9671호로 개정되기 전의 것) 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 제146조【감면세액의 추징】 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며，당해 세액은소득세법제76조 또는법인세법제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인이 제출한 경정청구서 및 이에 대한 처분청의 소급공제법인 법인세액 환급결정결의서 등에 의하면, (가) 청구법인은 아래 <표>와 같이 중부지방국세청장의 세무조사 결과에 따라 증가된 2006사업연도 법인세 산출세액(206,368,893원) 전액의 환급을 구하는 취지의 경정청구서를 2010.1.28. 처분청에 제출하였는데, 기 환급신청 세액(134,610,554원)을 감안할 경우 순환급신청세액은 71,758,339원이었다. (나) 이에 대하여 처분청은 청구법인의 2006사업연도 산출세액(206,368,893원)에서 동 사업연도 공제받았던 임시투자세액공제액(30,446,320원)을 차감하여 환급한도액 175,922,573원을 계산한 후 동 한도액에서 기 환급신청 세액(134,610,554원) 상당액을 차감한 41,312, 019원을 환급세액으로 결정하여 환급하였다. (2)법인세법제72조 제1항 및 같은 법 시행령 제110조 제1항은 중소기업의 경우 각 사업연도에 결손금이 발생하면 직전사업연도의 법인세 산출세액에서 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제된 법인세액을 차감한 금액을 한도로 하여 결손금 소급공제에 따른 법인세액의 환급을 신청할 수 있도록 규정하고 있으며,조세특례제한법제146조는 같은 법 제26조에 의한 임시투자세액공제를 받았으나 투자완료일로부터 2년이 경과하기 전에 당해 자산을 처분한 경우에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 세액공제액 상당액에 이자상당가산액을 가산하여 법인세로 납부하게 되어 있고, 당해 세액은법인세법제64조의 규정에 따라 납부하여야 할 세액으로 보고 있는데,법인세법제64조는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세액으로서 납부하여야 할 세액을 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 청구법인은 2006사업연도 법인세 환급세액의 한도계산시 이미 공제받았던 법인세액을 2007사업연도에 추가납부하였으므로 이를 산출세액에서 차감하지 아니하고 한도액을 재계산하여 산출세액 전액을 환급하여야 한다는 주장이나, 결손금 소급공제에 따른 환급세액의 한도는 직전사업연도의 법인세 산출세액에서 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제된 법인세액을 차감하도록 하고 있고, 청구법인은 2006사업연도에 적법하게 임시투자세액공제액을 공제받았으므로 이를 법인세 산출세액에서 차감하여 한도를 계산하여야 할 것이며, 이후 청구법인이 공제받았던 세액을 추가납부하였다고 하나 동 세액은조세특례제한법제146조에 의하여 2007사업연도에 납부한 금액이므로 이를 납부하였다고 하여 2006사업연도에 각 사업연도 소득에 대한 법인세액 공제를 받은 사실을 부인할 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 청구법인의 2007사업연도 결손금 소급공제에 따른 2006사업연도 법인세 환급세액의 한도를 재계산하면서 청구법인의 2006사업연도의 법인세 산출세액에서 2007사업연도에 추가납부한 2006사업연도분 임시투자세액공제액은 이를 공제받은 세액으로 보아 차감한 것으로 타당하므로 이와 같이 계산한 한도를 초과하는 부분에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.