8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청 적용 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.3.31. ○○도 ○○시 ○○동 261 전 182㎡ 및 같은 동 244-2 전 3,957㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득하였다가 2009.3.17. 양도한 것에 대하여 2009년 귀속 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면)에 의거 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액의 감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 부인함과 더불어 쟁점농지가 비사업용토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제를 배제하여 2010.2.24. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 313,117,740원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지 보유기간 중에 ‘○○○○테크’라는 상호로 사업자등록을 하였으나, 실제로는 제조업을 영위하지 아니하고 공장으로 임대한 바, 2002년 제1기부터 2008년 제2기까지 임대수입에 대하여만 부가가치세 신고를 하였으며, 처분청이 쟁점농지의 실제 경작자로 판단한 청구외 안○○은 2008년도에 쟁점농지의 지목을 답에서 전으로 변경할 때 밭갈이와 로타리 작업을 의뢰한 사실이 있을 뿐, 청구인은 쟁점농지를 실제 자경한 전업농업인에 해당하므로, 처분청이 8년 이상 자경을 부인하여 과세한 이 건 처분은 부당하고, 설령 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 것으로 볼 수 없다 하더라도 쟁점농지 양도일 직전 5년중 3년 이상 자경한 사실은 확인되므로, 처분청이 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하
• 다. 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점농지 보유기간(약 9년) 중 ‘

○○○○ 테크’라는 상호로 제조업을 영위한 사실이 확인되고, 청구인이 제출한 농지경작사실확인서에 날인하였던 청구외 정

○○ 이 처분청 조사시 쟁점농지의 실제 경작자는 청구인이 아니라 안

○○ 이라고 진술하였으며, 쟁점농지의 쌀소득보전직접지불금(이하 “직불금”이라 한다)을 2005년과 2006년에는 청구외 이

○○가 수령하였고, 2007년에는 청구인이 수령하였으나 부당수령자로 판명되어 경찰서에 고발된 점, 청구인이 쟁점농지 보유기간 중에 연평균 137일을 해외에 체류한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 설영 청구인이 쟁점농지 보유기간 동안 제조업을 영위하지 아니하고 임대업을 영위하였다고 하더라도, 청구인이 쟁점농지를 취득하고 양도할 때까지 농작업의 2분의1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작한 것으로 볼 수 없으므로, 청구인의 양도소득세 감면신청을 부인하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 부인하고, 비사업용토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2009.3.25. 법률 제9512호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 ․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2009.6.26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양 보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시 ․ 군 ․ 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시 ․ 구 ․ 구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작” 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 소득세법(2009.3.18. 법률 제9485호로 개정되기 전의 것) 제104조의 3【비사업용토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용토지”라 한다)를 말한다.

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.(단서 생략) (4) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의 3 제1항 각호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 우선, 청구인이 쟁점농지를 소유하고 있었던 기간(2000.3.31.~2009.3.17.)동안 쟁점농지 소재지에 거주하였는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구인의 주민등록표초본(2010.1.18.)에 의하면, 청구인은 쟁점농지를 취득(2000.3.31.)할 즈음인 2000.7.7. 쟁점농지 소재지인 ○○도 ○○군에 전입 하여 쟁점농지 양도일(2009.3.17.) 이후에도 주민등록되어 있는 것으로 나타난다. (나) 청구인의 주민등록표상에 청구인이 2000.7.7.부터 2005.3.17.까지의 기간 동안 주민등록된 것으로 나타난 ○○도 ○○시 ○○동 418-2의 건물주인 청구외 이○○(530110-1)는 처분청에 제출한 확인서(2009년 10월)에서 땅투자 관계로 알게 된 청구인이 자신의 주소지에 주민등록을 하게 해 달라고 요청하여 동의한 사실은 있으나, 청구인이 실제로는 거주하지 아니하였음을 확인하였다. (다) 처분청이 위 주민등록표상에 청구인이 2005.3.18.부터 2009.10.6.까지 주민등록되어 있는 것으로 나타난 ○○도 ○○시 ○○동 94 ○○아파트 103동 204호에 청구인이 실제 거주하였는지 여부에 대하여 확인한 바, 동 아파트 관리사무소장은 거주자 입주시 받은 입주자명부를 근거로 청구인이 2000.5.5.부터 2008.6.14.까지 동 아파트에 거주하였으나, 2008.6.14.이후에는 세입자가 입주하여 거주중임을 확인하였다. (라) 청구인은 농사를 짓기 위하여 약 16년간 보유하던 ○○특별시 소재 ○○주공아파트를 처분(2000.3.28. 매매계약, 2000.5.22. 소유권이전)하고, 쟁점농지 소재지에 전입하여 2000.5.5.부터 위 ○○아파트에 거주하였으나. 이○○기의 주소지에 주민등록을 이전한 이유는 미국영주권자인 가족(처와 자녀)을 만나기 위하여 출국해 있는 동안 우편물 수령이 곤란하였기 때문이라고 주장하고 있다. (마) 살피건대, ○○도 ○○시 ○○동 94 ○○아파트 관리사무소장은 청구인이 2000.5.5.부터 2008.6.14.까지 동 아파트에 거주하였음을 확인하였으나, 청구인의 주민등록표(초본) 및 청구외 이○○의 확인서에 의하면 청구인이 2000.7.7부터 2005.3.18.까지는 실제 거주하지 아니한 곳에 주민등록되어 있었고, 2008.6.14. 이후에도 동 아파트에 주민등록되어 있었던 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점농지 소재지에 8년 이상 실제로 거주하였는지 여부가 분명하지 아니하다.

(2) 청구인이 쟁점농지를 실제 자경하였는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구인의 농지원부(○○도 ○○시 ○○2동장 발급)에 의하면, 청구인은 2007.2.15. 현재 ○○도 ○○시 소재에 모두 14필지 32,625㎡의 전과 답을 소유하고 있으며, 경작구분은 자경으로 되어 있으며, 쟁점농지가 양도당시 농지인 사실에 대하여는 처분청이 이를 다투지 아니한다. (나) 청구인은 논농사를 지을 때 트렉터나 콤바인 등을 임차한 사실이 있으며, 처분청이 쟁점농지의 실제 경작자로 판단한 청구외 안종욱은 청구인이 쟁점농지의 지목을 답에서 전으로 변경한 2008년도에 콩을 재배하기 위하여 밭갈이와 로타리 작업을 의뢰한 사람일 뿐이고, 쟁점농지 보유기간 중에 ‘○○○○테크’라는 상호로 사업자등록을 하였으나, 직접 농사를 짓기 위하여 제조업을 영위하지 아니하고 2002년부터 공장으로 임대한 바, 2002년 제1기부터 2008년 제2기까지 임대수입에 대하여만 부가가치세 신고를 한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 청구인은 전업농업인으로서 쟁점농지의 농작업에 상시 종사하였다고 주장하면서 농지경작사실확인서 등을 증빙으로 제시한 바, 쟁점농지 소재지 통장인 청구외 정○○과 안○○ 등 3명은 농지경작사실확인서 (2009년 10월)에서 청구인이 쟁점농지를 취득하여 벼를 경작하다가 2008년도에 형질을 변경한 이후에는 콩을 재배한 사실이 있음을 확인하였고, 쟁점농지의 토지대장에 의하면 2008.7.18. 지목이 답에서 전으로 변경된 것으로 나타나며, 2002년 제1기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세 신고서 및 부동산임대공급가액명세서에 의하면 청구인이 부동산임대수입에 대하여만 부가가치세 신고를 한 사실은 확인되나, 그 밖에 쟁점농지를 자경한 것으로 인정할 만한 농사일지, 농자재구입·사용내역 등의 객관적인 증빙은 제시하지 아니하였다. (다) 처분청의 현지확인복명서(2009년 10월) 등에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다.

1. 청구인의 출입국에 관한 사실증명(2009.10.22.)에 의하면, 청구인은 2000.1.1.부터 2009.10.12.까지의 기간동안 해외에 체류한 기간이 연평균 137일 이상인 것으로 확인된다. 2) 쟁점농지 소재지에 거주하는 정○○은 처분청에 제출한 확인서(2009.10.22.) 에서 ○○3통장으로 재직하고 있는 동안 청구외 안○○의 요청으로 위 농지 경작사실확인서에 날인하여 준 사실은 있으나, 청구인의 소유농지는 청구외 안○○이 실제 경작하였으며, 수확물의 절반가량을 농기계 사용대가로 받아간 것으로 알고 있음을 확인하였다.

3. ○○도 ○○시 ○○2동장의 ‘직불금 수령인 조회회신’ 공문서(2009.10.22.)에 의하면, 2005년과 2006년에는 쟁점농지의 직불금을 청구외 이

○○ 가 수령하였으며, 2007년에는 청구인의 동 직불금을 부당 수령하였다는 이유로 경찰서에 고발조치된 것으로 되어 있고, 국세통합전산망의 자료에 의하면, 청구인은 쟁점농지 외의 소유농지에 대하여도 직불금을 부당 수령한 것으로 나타난다.

4. 국세통합전산망에 의하여 확인되는 청구인의 사업자기본사항 및 개인별총 사업내역 조회 결과에 의하면, 청구인은 1995.4.15. ○○도 ○○시 시화공단에서 ‘○○○○테크(사업자번호: --)’라는 상호로 보일러 등 제조업을 개업하여 2009.9.30. 폐업하였으며, 1990.9.1. ○○특별시 ○○구 ○○동 643-2에서 ‘○○빌딩(사업자번호: --)’을 상호로 부동산임대업을 개업하여 현재까지 영위중이고, 종합소득세 신고서 조회(최근 8년) 결과에 의하면, 청구인은 2001년에 ‘○○○○테크’에서 사업소득이 일부 발생하기는 하였으나, 같은 2001년부터 2008년까지 ○○○○테크와 ○○빌딩에서의 부동산임대소득만 신고된 것으로 나타난다. (라) 살피건대, 양도한 농지를 8년 이상 자경한 사실에 대한 입증책임은 양도 소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며(대법원 2002두7074, 2002.11.22.같은 뜻임), 납세자가 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경농민에 해당한다 할 것이지만, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 자경농민에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 1998두9271, 1998.9.22. 같은 뜻임),조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)는 자경농민에게 예외적으로 양도소득세를 부과하지 아니하도록 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 감면요건은 엄격하게 적용하여야 하는 바, 청구인이 쟁점농지 소재지에 8년 이상 거주하였는지 여부도 명확하지 아니하고, 청구인에게 경작확인서를 작성해 준 쟁점농지 소재지 주민들이 처분청 조사시 청구인의 자경사실을 부인하였으며, 청구인이 직불금을 부당하게 수령하였다는 이유로 사법당국에 고발된 사실이 확인되는 점 및 청구인이 쟁점농지 소재지가 아닌 ○○도 ○○시와 ○○특별시 ○○동 소재에서 부동산임대업을 영위한 사실이 확인되는 반면, 청구인이 농지원부 외에 농자재 구입·사용내역 등 쟁점농지에 대하여 농작업의 2분의1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였다는 것을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 부인함과 더불어 쟁점농지가 비사업용토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제를 배제하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.