사실상 신차에 대하여는 매입세액공제 특례 적용을 배제하는 것이 실질과세의 원칙에 부합됨

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2001.6.1. 개업하여 차량부품도소매 및 무역업을 영위하는 법인으로, 타인명의로 출고된 자동차(이하 “쟁점자동차”라 한다)를 구입하여 ○○○ 등에 수출하고 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 관련 매입세액 80,715,710원(2009년 제1기 11,022,120원, 2009년 제2기 69,693,590원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 조세특례제한법 제108조 의 ‘재활용폐자원 등에 대한 매입세액’ 공제대상으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점자동차가 사실상의 신차로서 부가가치세 매입세액 공제 특례 적용대상이 아니라는 ○○○의 감사지적에 따라 공제를 부인하여 2010.5.14. 청구법인에게 2009년 제1기분 부가가치세 13,070,330원과 2009년 제2기분 부가가치세 80,137,860원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 중고자동차인지 여부는자동차관리법에 의해 판단하여야 하는바, 국토해양부는 유권해석에서 자동차 회사에서 출고하여 임시 운행이 허가된 모든 차량은 중고자동차로 보고 있고, 청구법인이 수출한 중고자동차에 대해 관세청 산하 ○○○에서 발행한 수출신고필증을 보면 품명 및 세번부호에 중고자동차○○○로 명기되어 있는 등 쟁점자동차는 중고자동차에 해당하며, 중고자동차의 범위는 2010년 조세특례제한법 제108조 개정시 조정되어 차량제작년월일로부터 1년 이내에 수출하는 중고자동차는 재활용폐자원 매입세액 공제대상에서 제외되었는바, 동 법령 개정 전인 2009년에 청구법인이 수출한 중고자동차는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제의 대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제108조 의 취지는 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집과 재활용을 촉진하는 데에 있다고 보여지는바, 제작회사로부터 출고된 이후 운행된 사실이 없는 쟁점자동차는 사실상 재활용폐자원인 중고자동차로 볼 수 없고, 국토해양부는 조세부과행정의 주무부처가 아니어서 동 기관의 유권해석이 과세관청의 처분을 기속할 수 없으며, 기획재정부는 ‘자동차 수출업자가 개인으로부터 출고된 이후 운행한 사실이 없는 신차를 구입한 경우에는 중고자동차에 해당하지 아니하므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 받을 수 없는 것’으로 보고 있으므로○○○, 쟁점자동차에 대하여 매입세액공제특례의 적용을 배제하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점자동차가 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례대상인 중고자동차에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1., 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18., 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

2. 중고품: 자동차관리법에 따른 자동차(중고자동차에 한한다) (3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18., 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】④ 법 제108조 의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

2. 자동차관리법에 따른 자동차 중 중고자동차. 다만, 중고자동차를 수출하는 경우로서 자동차등록령 제8조 에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조 에 따른 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차는 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 조세특례제한법 제108조 에 따라 재활용폐자원 및 중고품에 대한 매입세액을 공제받기 위해 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서를 제출하고, 쟁점매입세액을 조세특례제한법 제108조 의 ‘재활용폐자원 등에 대한 매입세액’으로 공제하여 신고한 사실이 제출된 자료에 나타난다.

(2) 이 건 심리자료에 의하면, 처분청은 청구법인이 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서로 제출한 자동차에 대한 자동차등록증 및 차량말소등록사실증명서에 아래 표와 같이 ‘최초등록일’과 ‘차량말소등록일’이 같은 날이고, 청구법인이 신고한 쟁점자동차의 상황이 이와 동일하다 하여 쟁점자동차를 중고자동차가 아닌 사실상의 신차로 보아 재활용폐자원 매입세액 공제를 부인하고 2010.5.14. 청구법인에게 2009년 제1기분 부가가치세 13,070,338원과 2009년 제2기분 부가가치세 80,137,865원을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 중고자동차인지 여부는자동차관리법에 의해 판단하여야 하고, 국토해양부의 유권해석, 중고자동차(USED CARS)로 명기되어 있는 ○○○ 발행의 수출신고필증, 2010년 조세특례제한법내용 등으로 보아 동 법령 개정 전인 2009년에 청구법인이 수출한 쟁점자동차는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제의 대상에 해당한다고 주장한다.

(4) 살피건대, 조세특례제한법의 입법취지는 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집과 재활용을 촉진하고자 하는 것이고, 제작회사로부터 출고되었으나 운행된 사실이 전혀 없는 차량까지 재활용폐자원인 중고자동차로 볼 수는 없으므로 사실상 신차에 대하여는 매입세액공제 특례 적용을 배제하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 할 것○○○인 바, 청구법인이 매입하여 수출한 쟁점자동차는 자동차 제작회사로부터 출고 받은 자가 운행한 사실이 없는 사실상의 신차로 조사되었을 뿐만 아니라, 청구법인이 수출하고자 하는 차가 중고차임을 확인할 수 있는 거증의 제시도 없으므로, 쟁점자동차가 조세특례제한법에서 규정한 재활용폐자원 매입세액 공제대상인 중고자동차에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점자동차의 수출과 관련한 쟁점매입세액을 조세특례제한법 소정의 매입세액공제 적용대상에서 제외하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.