이월결손금 과다공제로 2005〜2007 사업연도 법인세를 부과한 처분에 대하여 청구기간 내에 적법하게 심판청구를 제기하였으므로, 이월결손금이 발생한 2000〜2004 사업연도 임차료에 대한 부당행위계산부인의 시가산정 적정여부를 다툴 수 있는 것임
이월결손금 과다공제로 2005〜2007 사업연도 법인세를 부과한 처분에 대하여 청구기간 내에 적법하게 심판청구를 제기하였으므로, 이월결손금이 발생한 2000〜2004 사업연도 임차료에 대한 부당행위계산부인의 시가산정 적정여부를 다툴 수 있는 것임
OOO세무서장이 2010.1.6. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도 OOO의 부과처분은 청구법인이 1998.12.4. 주식회사OOO에게 매각하였다가 재임차한 인천광역시 OOO소재 공장용 부동산(토지, 건물, 구축물, 기계장비 등)의 임차료에 대하여 부당행위계산 부인을 함에 있어 적정임대료 시가가 합리적으로 산정되었는지 여부와 환율 변동에 따른 원화 산정이 적정한지 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (본안심리 여부) 처분청은 이 건 심판청구가 불복청구기간 도과하여 제기된 심판청구에 해당한다는 의견이나, 당초 조사관서는 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하면서 청구법인의 회계담당자로부터 조사 지적사항에 대해 건별로 확인서를 징구하였으나 부당행위계산부인 부분에 대하여는 이를 징구하지 아니하였고, 그 후 세무조사결과통보를 하면서도 부당행위계산부인 내역에 대하여 이를 통보누락하였으며, 청구법인도 그 당시 가산세를 제외하고는 법인세 부과세액이 없으므로 이러한 부당행위계산부인액이 있는 사실을 인지하지 못하였다가 이 건 부과처분 이후에 이를 인지하였기 때문에 세무조사결과통지서상 조사적출내역 중 세무지적사항으로 확인되지 아니한 부당행위부인에 대하여 이를 통보하지 아니함으로 인하여 당해 세무조사결과에 대한 심사청구 등 적절한 조치를 하지 못하였던 것으로서 이 건 부과처분이 있는 이후에 이를 인지하였으므로 이 건 부과처분의 통지를 받은 날로부터 적법한 심판청구기간내에 종전 세무조사결과통지내용을 다투는 것은 적법하다.
(2) (본안 내용) 청구법인은 일본법인인 주식회사 OOO에게 공장용 부동산 및 기계장치를 매각하고 이를 다시 임차하는 형태의 OOO계약을 체결하였는바, 조사관서에서는 당초 세무조사시 청구법인이 OOO에게 시가보다 높게 임차료를 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점금액을 산정하였으나, 청구법인이 OOO와 체결한 임대차계약은 형식상 임대차계약이지만 그 계약내용에서 ① 청구법인이 원할 경우 재계약에 응하여야 한다고 명시한 점, ② 임대기간 중 청구법인 이외의 자에게 임대차목적물의 매매, 양도, 전매를 금하도록 약정한 점, ③ 임대차계약기간 중에 청구법인이 매수의사를 표시할 경우 이에 응하여야 한다고 약정한 점과 청구법인은 OOO에게 OOO방식으로 들어 온 자금으로 금융기관의 차입금을 상환함으로써 실질적인 이자비용의 절감효과가 발생하였던 점 등을 감안하면, 당해 임대차계약의 본질은 일반적인 임대차계약이 아니라 사실상 금융리스계약에 해당된다 할 것으로서 조사관서에서 이를 일반적인 임대차계약으로 보아 부당행위계산부인을 한 것은 부당하다. 설사, 청구법인과 OOO와의 계약을 금융리스계약이 아닌 임대차계약으로 보더라도 부당행위계산부인을 하기 위해서는 ‘법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에 해당되어야 하는데, 청구법인은 임대차계약을 체결하기 직전사업연도인 1997사업연도에 OOO의 결손이 발생하였고, 누적결손금이OOO이었으며, 1998사업연도에도OOO의 결손이 발생하였기 때문에 임대차계약을 체결할 당시 법인세를 부당하게 감소시키기 위하여 임차료를 높게 지급할 하등의 이유가 없었으며, OOO의 경우에는 1998년도부터 계속하여 이익이 발생하고 있어 청구법인으로부터 지급받은 임차료에 대하여 법인세를 납부하고 있었으므로 오히려 법인세를 감소시킬 목적이었다면 임차료를 낮게 책정하여 OOO의 법인세부담을 경감할 수 있었고, 이와 같이 청구법인이 결손이 발생하고 OOO는 순이익이 발생하여 법인세를 부담하는 상태에서 OOO에게는 높은 임차료에 대한 법인세를 부과하면서 청구법인에게는 이를 부당행위로 보아 부인하여 필요경비로 인정하지 아니하는 것은 동일한 거래에 대하여 법인세를 이중으로 부담하는 불합리함이 발행하게 되는 점을 고려할 때, 청구법인의 경우에 법인세를 부담하게 감소시킬 목적으로 높은 임차료를 지급한 경우로 볼 수는 없다 하겠다. 또한, 부당행위계산부인액을 산정함에 있어서도, 1) 임대차목적물인 공장용 부동산 등의 시가를 기준으로 부당행위계산부인액을 산정하여야 할 것인데 조사관서에서는 공장용 부동산 등의 매매금액을 기준으로 100분의 50에 해당하는 금액에 정기예금이자율을 곱하여 시가를 산정하였는바, 당해 매매금액은 특수관계에 있는 법인간의 매매금액일 뿐만 아니라 청구법인의 차입금을 상환할 목적으로 OOO 형태의 형식적인 매매계약을 체결한 것이므로 이를 시가로 보아 부당행위계산부인액을 산정할 수 없다 할 것이며, 2) 조사관서에서는 부당행위계산부인의 대상이 되는 사업연도(2000년～2004년)에 있어서 동일한 금액을 기준으로 부당행위계산부인액을 산정하였으나, 공장용부동산 등의 시가는 매년 변동이 됨에도 동일한 금액을 기준으로 이를 산정한 것은 잘못이고, 3) 조사관서에서 기준으로 삼은 공장용 부동산 등의 매매계약에는 매매대금과 임차료가 원화가 아닌 엔화로 표기되어 있고, 실제 임차료를 엔화로 지급하였는데, 조사관서에는 매매계약 당시의 환율에 따라 산정한 금액을 기준으로 과다지급임차료를 산정하였으나, 이는 환율변동을 고려하지 아니한 것으로서 부당하다 할 것이므로, 처분청은 공장용 부동산 등의 시가를 재조사하여 부당행위계산부인액을 재산정하여야 할 것이다.
(1) (본안심리 여부) 청구법인은 2005.6.20.부터 2005.7.15.까지 실시된 조사관서의 세무조사와 관련하여 2005.11.14. 조사관서에서 발송한 세무조사결과통지서를 수령하였으나, 세무조사결과통지서가 청구법인에게 충분한 정보를 제공하지 않아 이월결손금이 감소한 사실을 인지하지 못하였다고 주장하나, 조사관서는 청구법인에 대한 세무조사결과통지서를 2005. 11.8. 발송하였고, 동 세무조사결과통지서는 총 3면으로서 제1면에 ‘세무조사결과통지서(표지부로 조사대상 세목, 연도, 과세대상기간, 예상 총고지세액이 표기됨)’, 제2면에 ‘수입금액․과세표준 및 세액의 산출내역’, 제3면에 ‘조사적출내용(과목, 금액, 처분, 적출내용이 표기됨)’이 명시되어 있고, 조사관서가 조사를 종결할 무렵인 2005.7.13. ‘임차료에 대한 부당행위계산부인’사항과 관련하여 국세청에 과세기준자문 신청을 하였으며, 조사종결시점과 세무조사결과 통지일 간에 상당한 시차가 있어 조사관서가 세무조사결과통지서가 지연된 사유를 청구법인에 통보할 수 밖에 없는 상황이었고, 청구법인이 수령한 세무조사결과통지서 제1면 중 ‘조사경위 및 조사내용’란을 살펴보면 “국제거래 임대료 부당행위 계산 부인”이라고 분명히 기재되어 있고, 세무조사결과통지서 제2면의 ‘수입금액․과세표준 및 세액의 산출내역’을 보면 청구법인의 법인세 과세표준이 2003사업연도 OOO으로 기재되어 있는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 조사적출 내용에 대해 알 수 없었다는 주장은 신빙성이 없다. 따라서, 청구법인의 주요 청구주장은 감사결과에 따른 부과처분에 대한 것이 아니라, 2005년 실시한 조사관서의 세무조사 내용에 대한 것으로 조사관서의 세무조사결과통지서가 적법하게 청구법인에게 송달된 이상 이미 불복청구기간이 경과하였으므로 본안심리대상에 해당되지 아니한다.
(2) (본안 내용) 우리심판원에서 2011.4.19. 본안에 대한 의견과 증빙자료의 제시를 요구하였으나 의견을 제출하지 아니하였다.
① 본안심리 대상인지 여부
② 청구법인이 2000～2004사업연도에 지급한 임차료에 대하여 부당행위계산부인을 한 것이 적법한지 여부
(1) 쟁점①관련 (가) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 【경정 등의 효력】① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제55조【불 복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이 익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】세무공무원은 범칙사건의 조사, 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 대통령령으로 정하는 부과처분을 위한 실지조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.
(2) 쟁점②관련 (가) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것 으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가" 라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 한국증권선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한
(1) 먼저, 처분청은 이 건 심판청구가 불복청구기간이 도과한 후에 제기된 부적법한 청구에 해당된다는 의견이므로 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지에 대하여 살펴본다. (가) 조사관서는 2005.6.20.부터 2005.7.15.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하고 2000～2004사업연도 법인세와 관련된 부당행위계산 부인액으로 쟁점금액을 적출하였으며, 2005.11.8. 이에 대한 세무조사결과통지서를 청구법인에게 발송(2005.11.14. 청구법인이 이를 수령)하였고, 처분청은 위 세무조사와 관련하여 2006.1.16. 청구법인에게 2001사업연도 법인세(가산세)OOO을 고지하였으나, 이월결손금으로 인하여 나머지 과세기간에 대한 법인세는 과세하지 아니하였다. (나) 이후, 청구법인은 처분청이 2010.1.6.자로 2005～2007사업연도분인 이 건 법인세를 과세하자, 이 건 심판청구를 제기하여 2000～2004사업연도 법인세와 관련된 부당행위계산이 잘못되어 이후 사업연도의 이월결손금이 과소 공제되었다고 주장하고 있다. (다) 살피건대, 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다 할 것이다(대법 2001두2652, 2002.11.26. 같은 뜻). 위와 같은 관점에서 이 건을 살펴보면, 당초 조사관서의 세무조사에서 적출사항이 있다 하더라도 이에 따른 부과처분이 이루어지지 아니한다면 당해 세무조사결과통보만으로 독립된 처분이 있다고 보기는 어렵다 할 것인데, 청구법인의 경우 1997～1999사업연도까지 계속하여 결손이 발생하였고, 2000～20 02사업연도까지는 법인소득에 대하여 이월결손금을 공제함으로써 납부할 세액이 없었으며, 2003～2004사업연도에도 결손이 발생하여 조사관서에서 부당행위계산을 부인한다 하더라도 그와 관련하여 납부할 세액이 없고 공제대상 이월결손금만 감소하는 형태에 불과한 점에서 향후 이월결손금 공제액이 감소된 것을 이유로 청구법인이 독립적으로 불복청구를 제기할 수 있다고 보기 어려우므로, 결국 이후 사업연도에 이월결손금 공제와 관련하여 다툼이 발생한 경우에 이를 다툴수 밖에 없다 하겠으므로, 처분청이 청구법인에게 이월결손금 과다공제를 이유로 2005사업연도 내지 2007사업연도 법인세를 부과함에 따라 이에 불복하여 납세고지서를 수령한 날로부터 적법한 청구기간내에 이 건 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 본안심리대상에 해당된다고 판단된다.
(2) 본안내용에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 청구주장이 사실임을 입증하기 위하여 아래의 자료를 제출하였으나, 처분청은 본안심리 대상이 아니라는 의견만 제출하고 본안내용과 관련된 의견을 제출하지 아니하였으므로 이하 청구인이 제출한 자료를 중심으로 본안 내용에 대하여 살펴본다. (나) 청구법인은 1998.11.1.OOO와 ‘건물 및 생산설비 임대차계약’을 체결하였는바 그 내용은 아래와 같으며, 당해 계약서 별지에 일본어로 임대료 산정에 관한 내용이 약정되어 있는 것으로 나타난
1. 우선 청구법인은 OOO와 체결한 임대차계약을 일반적인 임대차계약이 아니라 OOO계약으로 이를 임대차계약으로 보아 부당행위계산부인을 한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인이 OOO와 체결한 임대차계약서의 내용을 보면, 청구법인이 원할 경우 재계약에 할 수 있는 점, 임대기간 중 다른 자에게 임대차목적물의 매매, 양도, 전매를 금하도록 약정한 점과 임대차계약기간 중에 청구법인이 매수의사를 표시할 경우 이에 응하여야 한다고 약정한 점 등에서 일반적인 임대차계약과는 상이한 측면이 있지만, 리스계약에 해당되는 경우 리스기간이 종료하는 시점에서 리스자산의 소유권의 귀속에 관한 사항이 계약내용에 포함되어야 하는데 청구법인이 체결한 계약서에는 이러한 부분이 약정되어 있지 아니한 점에서 이를 특수한 형태의 리스계약이라고 인정하기는 어려워 보인다.
2. 다음으로, 청구법인은 임대차계약을 체결할 당시 결손이 발생한 상태이었으므로 부당하게 높은 임차료를 지급하여 법인세 부담을 낮출 이유가 없었으므로 부당행위계산부인대상에 해당되지 아니한다고 주장하나, 청구법인이 OOO에게 청구법인의 공장용 부동산과 영업설비 일체를 매각하고 이를 다시 임차하는 계약을 체결할 당시 청구법인은 1997～1999년까지 계속하여 결손이 발생하였고, 이에 따라 구조조정의 일환으로 청구법인이 임대차목적물을 매각하고 그 자금으로 부채상환을 하는 등 구조조정으로 인하여 경영여건이 개선되었다는 점과 1998년 당시 국내의 경제여건 등을 고려하면 청구법인이 특수관계에 있는 법인인 OOO에게 일반적인 임대료보다 높은 임대료를 지급할 합리성은 부족하다고 보여지는 부분이 있으나, 조세회피목적은 실제 조세회피와는 관계없이 그 개연성만으로도 성립하는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이OOO에게 일반적인 임차료보다 높은 임차료를 지급하여 법인세 부담이 감소되었는지 여부에 따라 조세회피목적이 있었는지 여부를 판단하여야 할 것으로서, 단순히 법인재산의 매각 및 재임차 등의 구조조정을 하는 방법으로 하여 경영환경이 개선되었거나 결손이 발생하고 있었다는 사유만으로 조세회피목적이 없다고 단정하기는 어려운 점이 있다.
3. 한편, 부당행위계산 부인액의 산정과 관련하여, 처분청은 청구법인이 OOO에게 공장용 부동산등을 매각한 가액을 기준으로 쟁점금액을 산정하였으나, 청구법인이 시급히 구조조정을 할 필요성이 있었던 점과 OOO와 특수관계에 있는 법인인 점 등을 감안하면, 청구법인이 OOO에게 공장용 부동산 등을 매각한 후에 이를 재임차하면서 임차료의 산정기준으로 삼은 당해 매매가액이 적정한 시가를 반영하고 있는지 여부에 대하여는 재조사가 필요하다고 보여진다. 또한, 임대차계약체결 당시 시가는 연도별로 변동이 발생함에도 이를 반영하지 아니한 것과 환율변동을 고려하지 아니한 것은 잘못이라는 주장의 경우에도, 임대차계약은 통상 임대차시점의 시가를 기준으로 임차료를 산정하는 것이고, 당해 임대차계약기간 동안에 임대차목적물의 가격이 변동되었다 하더라도 임차료에 이를 반영한다는 특약이 없는 이상 임대차계약 당시의 임대차목적물의 시가를 기준으로 부당행위계산부인액을 산정하는 것이 타당하다고 보여지나, 외화로 표기된 자산의 경우 환율변동에 따라 임대차목적물가액에 대한 임차료의 비율이 변동이 될 수 있고, 환율변동에 따라 상대적으로 국내의 유사자산에 대한 임차료와 비교하여 고가의 임차료를 지급하였는지 여부를 판단함에 있어서 차이가 발생할 수 있는데도, 처분청이 이를 고려하지 아니하고 임대차계약 체결 당시의 환율에 따라 임대차목적물의 시가를 산정한 것은 부당하다고 보여진다.
4. 이상의 내용을 종합하면, 처분청이 청구법인의 2000사업연도 내지 2004사업연도의 임차료 지급액에 대하여 부당행위계산 부인을 한 것은 적법한 것으로 보이나, 적정임대료 시가가 합리적으로 산정되었는지 여부와 환율 변동에 따른 원화 산정이 적정한지 여부는 재조사하여 이를 반영할 필요성이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.