영농법인의 주차장 운영업에 따른 소득의 법인세 면제 여부

1. ○○○세무서장이 2010.3.15. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 15,389,520원, 2005사업연도 법인세 14,544,820원, 2006사업연도 법인세 7,320,590원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 농업·농촌기본법에 의하여 설립된 ○○○에서 영위한 주차장 운영업과 관련된 소득(이하 “쟁점소득”이라 한다)이조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제66조 제1항에 따라 법인세가 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당한다고 보아, 2004~2008사업연도 법인세 신고시 산출세액 전액(2004사업연도: 10,055,880원, 2005사업연도: 10,174,050원, 2006사업연도: 5,548,000, 2007사업연도: 9,882,780원, 2008사업연도: 9,574,140원)에 대하여 감면신청을 하였다.
• 나. ○○○은 청구법인의 감면신청 대상 소득은 농업·농촌기본법 시행령 제13조 소정의 ○○○의 사업에서 발생하는 소득에 해당하지 아니한다는 내용의 통보를 처분청에 하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점소득 관련 법인세의 감면을 배제하여 2010.3.15. 청구법인에게 2004~2008사업연도 법인세 59,755,270원(2004사업연도: 15,389,520원, 2005사업연도: 14,544,820원, 2006사업연도: 7,320,590원, 2007사업연도: 11,961,128원, 2008사업연도: 10,539,223원)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2004~2006사업연도 법인세의 경우 개정 전 조특법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항이 적용되는데, 개정 전 시행령에서는 농업소득 이외 소득에 대하여 일정 한도 내에서 면제된다고 규정하였을 뿐 소득의 범위에 대하여는 별다른 규정을 하지 아니하였던바, 선결정례○○○와 같이 “농업소득 이외 모든 소득”에 대한 법인세가 일정 한도 내에서 면제된다고 보아야 하고, 2007~2008사업연도 법인세의 경우 개정 후 조특법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제63조 제1항이 적용되고, 동 규정에 따르면농업ㆍ농촌기본법 시행령제13조에 따른 00법인의 사업에서 발생한 소득만이 법인세 감면이 된다 할 것이나, 같은 시행령 제13조 제5호는 ‘00법인의 목적 달성을 위하여 정관으로 정하는 사업’을 000법인의 사업으로 규정하였던바, 청구법인이 목적 달성을 위하여 정관에 정하여 운영하는 사업이면 모두 법인세 감면대상에 해당한다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견

○○○은농업ㆍ농촌기본법을 설립 근거법으로 하므로, 청구법인이 영위한 주차장 운영업이 00법인의 사업 범위에 포함될 수 있어야만 쟁점소득을 법인세 면제 대상이 되는 “농업소득 외의 소득”으로 볼 수 있다 할 것인데, ○○○을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하, 가공, 수출 등을 통하여 조합원의 소득증대를 도모함이 설립 목적인 점, 2007.2.28. 개정된농업ㆍ농촌기본법 시행령제13조에서 면제대상 소득 범위를 신설한 이유는 면제대상 소득이 ○○○의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정하였음에 불과한 점 등을 종합하였을 때, 주차장 운영업은 00법인인 청구법인의 사업범위에 포함되지 아니하므로 쟁점소득에 대한 법인세를 감면하여서는 아니된다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 주차장 운영업에 따른 쟁점소득이조세특례제한법제66조 제1항에 따라 법인세가 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당한다고 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. 사업연도월수 1천200만원 × 조합원 수 × ─────── 12 (3) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은농업ㆍ농촌기본법 시행령제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. 사업연도월수 1천200만원 × 조합원 수 × ─────── 12 [부칙] (2007.2.28. 대통령령 제19888호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조 제1항의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하고, 제100조의 2 내지 제100조의 14의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행하며, 제121조의 3 제11항ㆍ제121조의 4 및 제121조의 5의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행한다.

(4) 농업·농촌기본법(농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률로 개정되기 전의 것) 제15조【영농조합법인의 육성】① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

② 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.

④ 영농조합법인은 대통령령이 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.

⑥ 영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항 및 해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 농업·농촌기본법 시행령 제13조【영농조합법인의 사업】영농조합법인의 사업은 다음 각호와 같다.

2. 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영

3. 농산물의 공동출하·가공 및 수출

5. 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업 (6) 지방세법 제197조 【정 의】이 절에서 “농업소득”이라 함은 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류표상의 농업중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 “작물”이라 한다)의 재배로 발생하는 소득을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.7.1. 주차장업을 개업하였는데 주차장 면수는 380면, 1일 주차요금은 5,000원이고, 2004~2008사업연도 수입금액은 872,580,840원(2004사업연도: 241,104,594원, 2005사업연도: 159,327,308원, 2006사업연도: 127,506,408원, 2007사업연도: 171,397,019원, 2008사업연도: 173,245,511원)이다.

(2) 청구법인의 주차장사업을 허가한 내용에 대한 질의에 대하여 000이 2009.10.22. 작성한 질의회신문의 내용은 “경마장 주변지역 주민들에게는 도로상 꽉 차 있는 주차차량으로 인해 농기계소통이 원활하지 못하고, 경마장 주변 농지의 무단주차로 인한 농작물 피해가 심각하여 생업인 농사에 막대한 지장을 초래하고 있으며, 내방객의 고성방가 및 쓰레기 무단투기에 시달리는 등 주민들의 생활권 침해가 날로 증가하고 있어, 공영주차장의 위탁관리를 마을주민이 주체가 되어 공동으로 설립한 ○○○에게 허용하게 하여, 주민생활불편을 초래하고 있는 현장에 주민이 직접 참여하고 스스로 체험함으로써 애향심 고취 및 시정의 공감대를 형성할 수 있게 되어 주민들의 소외감을 해소시키는 계기를 마련함”이라는 취지이다.

(3) 청구법인의 정관 제4조 제3호는 설립목적을 달성하기 위하여 “경마장 무단주차방지를 위한 주차장 사업”을 행한다고 규정하였다.

(4) 조특법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항은 영농조합법인의 소득 중 작물재배업에 의하지 않은 “농업소득 외의 소득”에 대하여 일률적으로 조합원 1인당 1,200만원까지 법인세를 면제하여 준다고만 규정하였으나, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 조특법 시행령 제63조 제1항은 농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득을농업ㆍ농촌기본법 시행령제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 제한하여 규정하였다.

(5) 우선, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전 조특법 시행령 제63조 제1항이 적용되는 2004~2006사업연도 법인세에 대하여 살펴보면, 위 규정은 면제 대상 소득을 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생할 것으로 제한하지 아니한 점, ○○○에게 다소 폭넓은 혜택을 부여하는 방향으로 해석함이 합리적인 점 등에 비추어 보았을 때, 쟁점소득 중 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전 조특법 시행령 제63조 제1항이 적용되는 2004~2006사업연도에 발생한 소득은 조특법 제66조에 따라 법인세가 일부 면제되는 “농업소득 외의 소득”에 해당한다 할 것이다○○○.

(6) 다음으로, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 조특법 시행령 제63조 제1항이 적용되는 2007~2008사업연도 법인세에 대하여 살피건대, 2007.2.28. 위 시행령 개정 이후에는 단순히 ○○○의 정관에 규정된 사업이 아니라 “○○○의 목적달성을 위한 사업”에서 발생한 소득만을 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득으로 보아야 하는 점,농업·농촌기본법제15조 제1항은 ○○○의 설립을 “협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하는 것”이라고 규정하고 있는바, 법인세 면제대상이 되는 “농업소득 외의 소득”은 작물재배업과 최소한의 유사성이 있는 사업에서 발생하여야 한다고 해석함이 합리적인 점, 청구법인이 영위한 주차장 운영업의 경우 작물재배업과 유사성이 있다고 보기 어려운 점 등을 종합하였을 때, 쟁점소득 중 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 조특법 시행령 제63조 제1항이 적용되는 2007, 2008사업연도에 발생한 소득은 조특법 제66조에 따라 법인세가 일부 면제되는 “농업소득 외의 소득”에 해당하지 아니한다 할 것이다○○○.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.