총공사예정비 산정 시 세부근거 없이 외부기관에서 참고용으로 사용되는 연동제 적용지수율 등을 적용한 금액을 물가변동 및 설계변동 금액으로 추정한 것은 객관적이고 합리적이지 않음
총공사예정비 산정 시 세부근거 없이 외부기관에서 참고용으로 사용되는 연동제 적용지수율 등을 적용한 금액을 물가변동 및 설계변동 금액으로 추정한 것은 객관적이고 합리적이지 않음
심판청구를 기각한다.
(2) 청구법인은 OOO”라 한다)의 난방․가스배관 교체공사비 및 OOO라 한다) 리모델링 공사비OOO(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 수익적 지출로 보아 당기비용으로 회계처리하였으나, 조사청은 자산의 내용연수를 연장시키는 자본적 지출로 보아, 2007사업연도에 쟁점공사비를 손금불산입하였다.
(3) 청구법인이 추진하는 OOO1단지 외 7개 단지의 개발사업과 관련하여 설계비, 측량 및 조사비 등 OOO(이하 “쟁점조사분석비”라 한다)을 당기비용으로 회계처리하였으나, 조사청은 관련 사업이 시행중이므로 토지구입 등과 관련된 취득부대비용으로 보아, 2005사업연도OOO을 익금산입하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(3) 청구법인은 연구비의 인식기준에 대하여 특별히 규정하고 있는 ‘지방공기업 결산지침’에 따라 당기비용 처리한 쟁점조사분석비는 사업추진 여부를 결정하기 전에 수행되고, 그 결과에 따라 사업추진 여부가 결정되는 것이므로 해당 토지 구입과 관련한 부대비용의 성격이 아니다.
(1) 당초 조사청의 총공사비예정비 계산근거는 실제발생기준으로 산정된 것이 아니라 법인세법 및 기업회계기준에서 정하는 공사금액 변경사유를 감안하여 산출한 것임에도 과세전적부심사에서는 세법규정, 회계기준, 예규․판례의 취지에 맞지 않게 청구법인 같은 건설업체의 특수성을 감안하여 예외적으로 당해연도 뿐만아니라 다음연도 계약변경분까지 당해연도 총공사예정비로 인정한 것임에도 청구법인은 과세전적부심사에서 주장하였던 총공사예정비 산정근거를 스스로 배제시켜 버리고, 과세전적부심사 결정취지를 자의적으로 왜곡 해석하여 심판청구시 총공사예정원가 산정에 무관한 금액들을 모두 망라한 다음, 이전연도로 소급하여 인정해 달라고 주장하고 있다. (가) 청구법인이 제시한 근거서류에 의하여 합리적으로 추정이 가능한 OOO을 2005사업연도 총공사예정비에 추가로 포함하여야 한다는 주장은 부당하다. 청구법인의 내부결재 문서 등에 기재된 내용을 살펴보면 “옵션품목은 주로 마감재이거나 건물완성 후 설치되는 가전제품으로 초기에 비용이 드는 것이 아니므로 수분양자의 자금부담을 완화하는 측면에서 1차 중도금과 2차 중도금 사이에 계약을 체결하고, 잔금의 납부시기는 아파트 잔금납부시기(통상 입주시기와 비슷한 시기)와 동일하게 하는 것이 타당”하다고 판단[2004.12.6. OOO]하고 있는 것으로 보아 청구법인 스스로도 공사 초기에 드는 비용이 아니라 최종연도에 추정되는 원가로 판단하고 있고, 청구법인이 2007.11.14.자로 기안한 문서인OOO)를 살펴보면, 추가공사 설계변경 내역에 건축관련 옵션공사 등 총OOO을 설계변경 공사로 추정하였고, 변경계약을 체결하였으며, 이 변경계약은 과세전적부심사에서 2006년 총공사예정비에 소급하여 반영되었으므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다. OOO지의 경우 청구법인이 주장하고 있는 토사반입 관련 OOO등도 청구법인이 제출한 내부문서 등을 검토하여 보면, 2006년 이후 공사진행시 발생한 현장문제점을 보고하여 이후 처리여부를 판단하는 문서로 이후 사업연도에 설계변경분으로 변경계약되었으며, 과세전적부심사에서는 2006년 총공사추정액에 반영하였으므로 2005년 설계변경분에 총공사예정비에 포함하라는 청구법인의 주장은 타당성이 없다(OOO도 동일상황의 설계변경분임). (나) 청구법인은 물가변동기준일이 속하는 사업연도와 계약변경일이 속하는 사업연도의 중간 사업연도에 대한 물가변동 예상액 반영이 누락되거나 공사착공 연도의 물가변동 예상액 반영이 누락되었으므로 이를 반영하여 총공사예정비를 산정하여야 한다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 부당하다. 청구법인은OOO의 경우 2005사업연도는 총공사예정비 계산시 물가상승분과 설계변경분을 분리하여 추정하였고, 2006사업연도 이후는 물가상승분과 설계변경분을 분리하지 않고 추정하여, 과세전적부심사에서는 2005사업연도에 추가로OOO만원을 총공사예정비로 소급인정하였고, 2006년은OOO만원(설계변경분과 물가상승분을 합산)을 소급인정하여, 청구법인이 주장하듯이 2005년 인정분OOO원이 2006년도에 총공사예정비에서 누락된 것이 아니라OOO만원에 누적적으로 포함되어 총공사예정비가 계산된 것이므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다(OOO단지와 논현지구 또한 2006년 실지계약분, 2007년 실지계약분을 모두 전년도로 소급하여 총공사예정비로 인정). OOO4단지 추가요구분 OOO의 경우, 과세전적부심사시 OOOO,OOOOO(계약일자 2008.5.29.)은 2007년 귀속분에 기반영되었 으며,OOO원은 계약일자가 2008.7.31.로 귀속연도가 2008년도에 해당되므로 2008년 총공사예정비로 봄이 타당하며, 기타공사분 또한 물가상승 기준일이 모두 2008년에 해당되고 2008년 공사완공시점에서 변경계약한 것이므로 2008년 총공사예정비로 계산함이 타당하다. (다) OOO 정보통신 변경계약분 OOO은 과세전적부심사 결정시 총공사예정비에 기반영되었다. (라) 청구법인은 2005사업연도까지는 공사 종류에 관계없이 총액 으로 하되, 물가변동 예상액과 설계변경 예상액을 각각 구분하여 반영하다가, 2006년 사업연도 이후에는 공사 종류별로는 구분하여 산정하되, 물가 변동과 설계변경 예상액을 구분하지 않고 합산하여 반영하였다고 주장하고 있는바, 청구법인은 인천광역시가 100% 출자한 공기업으로 시공사들과 계약한 계약서 및 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 등에서 물가상승이 일정률 이상 상승하거나, 공사진행 중 특별하게 설계변경을 해야 하는 사유가 발생한 경우 시공사들의 요청하는 내용을 검토하여 계약변경을 할 수 있도록 하고 있다. 따라서, 상기 내용과 같이 계약변경은 물가상승분과 설계변경분을 명확히 구분하고 있으므로 청구법인은 물가상승분과 설계변경분 등 총공사예정비를 추정하면서 합산하여 총공사예정비에 반영하였다면 그 자체로서 근거 없이 총공사예정비를 추정한 것으로 볼 수 있다. 과세전적부심사에서의 총공사예정비에 대한 결정취지는 청구법인이 사전에 정확한 산출근거에 의하여 추정하였으나, 그 추정치에 대한 계약변경이 불가피하게 다음연도에 이루어졌다면 변경계약이 체결된 분에 한하여 소급하여 전년도 총공사예정비에 포함시키는 취지로 결정한 것으로, OOO 지구의 경우 2006년과 2007년 설계변경에 대한 청구법인의 추정액이 없으므로 2007년 공사변경 계약분 OOO만원을 각각 당해연도의 총공사예정비에 산입하여 공사진행률을 결정하였다. 또한, 청구법인은 당초 신고시 총공사예정비 집계표 기재 누락이 있었다고 주장하나, 조사당시 청구법인에서 총공사예정비 자료로 제시되지 않았던 내용이고, 청구법인이 요구하는 OOO도 마찬가지이며, 과세전적부심사에서는 옥내전기의 경우 직전변경계약이 2007.7.16.에 체결된 것이 있고, 정보통신의 경우 직전변경계약이 2007.8.21.에 체결된 것으로서 직전계약일로부터 동일한 사업연도에 해당되며 그 기간도 짧은 기간에 해당하여 총공사예정비 귀속연도를 2007년으로 판단하여 공사진행률을 계산하였으므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다.
(2) 자본적 지출과 수익적 지출의 기본적 구별기준은 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 지출로서 미래효익의 증가를 가져오는 것인가로 구분한다. OOO아파트의 경우, 청구법인은 소형열병합발전설비 구축 및 난방배관교체공사 중 소형열병합발전설비 부분을 청구법인의 자본적 지출로 처리하였으므로, 동일한 공사의 일환으로 시행된 난방배관교체공사도 자본적 지출로 보는 것이 타당하며, 난방용 배관을 전면 교체한 것은 소형열병합 발전설비를 구축함에 따라 교체한 것으로, 임대아파트의 노후화된 중앙난방식설비를 고효율에너지설비로 전환하여 입주자의 관리비 부담을 경감하고 열효율을 개선하기 위한 주거환경개선 차원에서 이루어져 노후된 시설을 교체함은 물론 감가상각자산의 내용연수를 연장시킨 것으로 볼 수 있으므로 자본적 지출로 보는 것이 타당하다. OOO아파트의 경우, 리모델링(대수선)비용에 대하여 당초 청구법인은 리모델링을 통하여 아파트의 가치를 증가시킨 후 매각을 추진하였으나, 청구법인의 주거환경 개선사업 등의 이주대책수립에 필요한 임대 및 청학아파트 확보의 필요성이 대두되었고, 리모델링 후 분양시 채무액OOO원 상환에 대한 시민단체 등의 반발 및 공사의 이미지 하락 등의 영향으로 매각계획을 중단하고 일반임대로 추진하였던 사항으로, 리모델링 계획에 의하여 건축수선공사, 기계수선공사(중앙난방→개별난방방식), 급수방식개선공사(고가수조방식→압력가압방식), 도시가스개선공사, 전기 및 정보통신수선공사(수․배전반 교체공사 등)를 망라한 총공사비 40억900만원이 소요되는 대수선공사이므로 수선공사의 목적이 건물의 낡은 부분을 단순히 수선하는 정도가 아니라 그 내용연수와 자산가치를 현저히 증대시키는 전반적인 개․보수공사이므로 자본적 지출로 봄이 타당하다.
(3) 청구인은 지방공기업이므로 ‘지방공기업 결산지침’에 따라 설계비 및 측량조사비 등의 쟁점조사분석비를 당기비용처리하였다고 주장하나, 법인세법제41조에서 자산의 취득가액을 자기가 제조․생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액이라고 명시하고 있고, 사업계획이 예정되어 있거나 확정되어 추진하고 있는 상황이라면 시행에 따라 발생하는 제반비용은 사업용 자산의 취득가액에 합산하여야 하며, 청구법인은 아파트분양과 토지분양을 하는 시행사이므로 재고자산의 취득가액에 합산하여 회계처리하여야 하므로, 쟁점조사분석비를 사업단위별로 보면, OOO2005사업연도에 사업용지를 매입한 것으로 보아 2005년 사업연도 이전 개발계획이 완료된 사업이고,OOO등은 2006년에 사업용지를 매입하여 사업시행하였으며, 검단계획도시․경서임대아파트․영종물류복합단지 등도 2007년 사업시행이 진행중으로 확인되므로 쟁점조사분석비는 토지구입과 관련된 취득부대비용으로 보아야 한다.
① 작업진행률에 의하여 수입금액 계산시 총공사예정비의 산정방법의 당부
② 청구법인이 운영하는 임대아파트의 난방(가스)배관 교체비용 및 아파트 리모델링 공사비용을 수익적 지출로 보아 당기에 비용으로 회계처리할 수 있는지 여부
③ 사업계획 초기에 지출된 설계비 및 측량조사비 등을 토지취득과 관련이 없는 비용으로 보아 당기에 비용으로 회계처리 할 수 있는지 여부
① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액
3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액
② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제31조 (즉시상각의 의제) ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것
③ 법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 그 수선비를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 이를 자본적 지출에 포함되지 아니하는 것으로 한다.
1. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 300만원 미만인 경우
2. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일 현재대차대조표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우
3. 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우
④ 다음 각호의 것을 제외하고 그 취득가액이 거래단위별로 100만원이하인 감가상각자산에 대하여는 이를 그 사업에 사용한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 계상한 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.
1. 그 고유업무의 성질상 대량으로 보유하는 자산
2. 그 사업의 개시 또는 확장을 위하여 취득한 자산
⑤ 제4항에서 "거래단위"라 함은 이를 취득한 법인이 그 취득한 자산을 독립적으로 사업에 직접 사용할 수 있는 것을 말한다.
⑥ 제4항의 규정에 불구하고 다음 각호의 자산에 대하여는 이를 그 사업에 사용한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 계상한 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.
1. 어업에 사용되는 어구(어선용구를 포함한다)
2. 영화필름, 공구(금형을 포함한다), 가구, 전기기구, 가스기기, 가정용 기구·비품, 시계, 시험기기, 측정기기 및 간판
3. 대여사업용 비디오테이프 및 음악용 콤팩트디스크로서 개별자산의 취득가액이 30만원 미만인 것
⑦ 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다. 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 (3) 법인세법 시행규칙 제17조 (수익적 지출의 범위) 다음 각호의 지출은 영 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 한다.
3. 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체
5. 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구·도장 및 유리의 삽입
6. 기타 조업가능한 상태의 유지등 제1호 내지 제5호와 유사한 것 제34조(작업진행률의 계산 등) ① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설 외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 당해사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다. 당해사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 작업진행률 = -------------------------------------- 총공사예정비
② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.
계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액
당해사업연도에 발생된 총비용 (4) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제64조 (물가변동으로 인한 계약금액의 조정) ① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 법 제19조의 규정에 의하여 국고의 부담이 되는 계약을 체결(장기 계속공사 및 장기 물품제조 등의 경우에는 제1차 계약의 체결을 말한다)한 날부터 90일 이상 경과하고 동시에 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 계약금액(장기 계속공사 및 장기 물품제조 등의 경우에는 제1차 계약체결시 부기한 총공사 및 총제조 등의 금액을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 조정한다. 이 경우 조정기준일(조정사유가 발생한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)부터 90일 이내에는 이를 다시 조정하지 못한다.
1. 입찰일(수의계약의 경우에는 계약체결일을, 2차 이후의 계약금액 조정에 있어서는 직전 조정기준일을 말한다. 이하 이 항 및 제6항에서 같다)을 기준일로 하여 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 산출된 품목조정률이 100분의 3 이상 증감된 때
2. 입찰일을 기준일로 하여 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 산출된 지수조정률이 100분의 3 이상 증감된 때
1. 과세표준을 ․ ․ ․ ․ ․ ․ (중간생략) ․ ․ ․ ․ ․ ․ 허위인 경우
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
1. 청구법인은 수입금액을 아래 <표3>과 같이 작업진행률에 의하여 계산하였으며, 작업진행률 계산을 위한 총공사예정비 산정은 아래 <표4>와 같이 시공사와 체결된 도급금액에 물가변동, 설계변경에 따른 추가발생 예상액 등을 가산한 금액으로 산정하였다.
2. 청구법인은 위 <표4>의 물가변동 추정액을 아래 <표5>와 같이 산정하면서, 물가변동 추정시점을 계약일로부터 90일이 경과하고, 3% 이상 물가상승이 발생된 시점, 물가상승비율은 한국주택공사의 주택공사비 분석자료(연동제 적용 지수율표) 등을 이용하였다.
3. 청구법인은 위 <표4>의 설계변경 추정액을 생산자물가지수 변동추이 자료(한국은행 자료) 등에 의하여 산정하였다.
4. 조사청은 청구법인이 조사종결시까지 총공사예정비에 대한 객관적인 근거를 제시하지 못하였고, 물가변동 추정액 및 설계변경 추정액 등의 산정이 합리적이고 객관적이지 않다고 보아, 아래 <표6>과 같이 동 금액 등을 총공사예정비에서 차감하여 작업진행률을 재계산하여 과세예고통지하였다(조사청은 공사도급변경계약서 등을 근거로 총공사예정비 산정).
5. 청구법인의 과세전적부심사청구에 대하여, 국세청장은 아파트 등을 건설하여 판매하는 장기공사의 경우 당초 계획과는 달리 주문자의 요구사항 등 추가공사 예상액과 준공시점까지의 설계변경 및 물가상승 등의 외부요인에 의하여 공사과정에 계약변경 사유가 수시로 발생하지만, 실무상의 번거로움과 이로 인한 공기지연 등을 방지하고자 구두 합의로 공사를 속행하고 연 1회 정도 변경계약에 반영하는 것이 청구법인의 실무상 관행이고, 또한 건설업계 관행상 계약변경 사유가 발생할 때마다 변경계약이 이루어지기보다는 준공시점에 임박하여 일괄 처리되는 사례가 더 많은 점에 비추어 볼 때, 공사가 완료되기 이전에 이루어진 계약서가 공사완료시까지 발생할 물가상승 및 설계변경 사항 등이 모두 반경된 것으로는 보이지 않으므로 변경계약이 이루어진 것만을 총공사예정비로 인정하는 조사청의 계산방식은 합리적이지 아니하고, 청구법인이 당초 도급금액의 일정한 비율을 적용하여 총공사예정비로 산정하고, 이 중 외부기관에서 참고용으로 사용되는 연동제 적용지수율 등을 적용한 금액을 물가변동액으로 하고 나머지 금액을 설계변동 추정액 산정한 방법도 합리적이 아니하므로, 청구법인이 계약변경 대상금액을 집계하여 연 1회 정도 반영하는 점을 비추어 보면 당해연도 결산일 이후 사업연도에 변동계약이 체결된 부분은 당해연도 결산일에 이에 대한 추정이 가능한 것으로 보여, 당해 사업연도 결산일 이후부터 다음 결산일 전에 체결된 변동계약 금액 범위 내에서는 청구법인과 시공사 간에 계속적인 협의가 있었던 것으로 보이므로, 결산일 다음연도에 실제 변경된 금액 범위 내에서 청구법인이 당해연도에 추정한 물가변동 및 설계변경 추정액을 추가공사예정비로 반영하는 것이 더 합리적이라고 보아, 위 <표6>과 같이 ‘일부채택’ 결정하였다. (나) 청구법인의 주장은 다음과 같다.
1. 다음연도까지 설계변경 계약이 이루어지지는 않았지만, 당해연도 결산 이전에 이미 내부보고가 이루어진 발주자 요구사항(플러스옵션 설치, 발코니 확장 등)과 근거서류가 구비되어 있는 시공사 요구사항(설계도면이 미비하거나 도면대로 공사를 진행할 수 없는 경우)은 당해연도의 총공사예정비에 추가로 반영하여야 한다고 주장하며 내부결재 서류 등을 제시하고 있다.
2. 국세청장의 과세전적부심사결정은 연 1회 정도 변경계약을 한다고 가정하였으나, 당초 계약과 변경계약이 1년 이상 차이가 나는 경우, 중간 사업연도에 변경예상금액이 총공사예정비에서 누락되고, 공사착공 연도의 물가변동 및 설계변경 예상액은 전년도로 소급하여 반영됨으로써 당해연도에 총공사예정비에 누락되었으므로 이를 추가로 반영하여야 한다.
3. 청구법인이 물가변동 및 설계변경에 따른 공사비용 추정시 착오기재한 부분을 정정하여 과세전적부심사 결정의 취지에 따라 총공사예정비를 산정하여야 하며, 변경계약된 금액을 집계 누락한 것은 이를 총공사예정비에 추가로 반영하여야 한다고 주장하며 누락된 변경계약서를 제출하고 있다. (다) 살피건대, 법인세법 시행규칙제34조에 따르면, ‘총공사예정비’는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 규정하고 있으며, ‘건설업회계처리준칙’ 제5조에서 “ 공사예정원가에 대한 추정은 체계적이고 합리적인 절차에 의하여 일관성 있게 이루어져야 하고, 공사수행과정에서 얻을 수 있는 새로운 정보를 계속해서 적절히 반영하여야 하며 예상되는 하자보수비는 공사예정원가에 포함한다”고 규정하고 있음에도, 청구법인은 세부근거 없이 외부기관에서 참고용으로 사용되는 연동제 적용지수율 등을 적용한 금액을 물가변동 및 설계변동 금액으로 추정하여, 그 방법이 객관적이고 합리적이지 않은 점, 청구법인이 제시한 근거서류에 의하여 추정이 가능한 금액을 2005사업연도 총공사예정비로 포함하여야 달라고 주장하나, 2005년도는 공사의 시작단계로 내부결재 서류 등만으로 그 금액을 신뢰성있게 산정하기 어려운 것으로 보이고, 2006년부터는 총공사예정비 산정시 결산일 다음연도에 계약이 변경된 금액 범위 내에서 청구법인이 추정한 당해연도 물가변동 및 설계변경 예상액을 인정하여 청구주장을 받아들일 경우 총공사예정비 산정방법에 일관성이 없어지는 점, 과세전적부심사 결과 연 1회 정도 설계변경계약을 한다는 전제가 잘못되었으므로, 물가변동기준일이 속하는 사업연도와 계약변경일이 속하는 사업연도가 1년 이상 차이가 있거나 공사착공 연도에는 물가변동예상액을 추가로 반영하고 총공사예정비 추정시 착오기재 및 집계누락된 금액도 추가로 반영하여야 한다고 주장하나, 국세청장은 그 확인할 자료의 방대함 및 건설업계의 실무상 관행 등을 고려하여 예외적으로 결산일 다음연도에 계약이 변경된 금액 범위 내에서 청구법인의 당해연도 추정한 물가변동 및 설계변경 추정액을 인정하여 2005사업연도 OOO을 총공사예정비에 반영한 점 등으로 볼 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
1. 청구법인은 2007사업연도 중 시행한 OOO트의 설비구축, 난방배관교체, 가스배관교체 및 설계용역 공사와 관련하여 아래 <표7>과 같이 쟁점공사비를 수선비로 보아 당기비용으로 회계처리하였다.
2. 조사청은 쟁점공사비를 수익적 지출이 아니라 자산의 내용연수를 연장시키는 자본적 지출로 보았다.
3. 쟁점공사비와 관련하여, 청구법인의 내부서류(임대아파트 난방전환사업 공사시행, 2007.5.14.)에는 정부의 2007년 지역에너지 시설보조사업계획에 따라 임대아파트의 노후된 중앙난방식설비를 고효율에너지설비로 전환하여 입주자의 관리비부담을 경감하고 열효율을 개선하고자 선학․연수아파트에 소형열병합발전설비구축 및 난방배관교체공사를 실시한 것으로 나타나며, 청학아파트 수선공사 공사개요서에는 15층 2개동 33세대 아파트와 3층 1개동 18개 점포에 대하여 건축수선공사(아파트 단위세대 도매 및 장판, 일부 싱크대 교체, 내․외부 도장공사 등), 기계 및 소방수선공사(난방 및 급탕방식 개선공사, 급수방식 개선공사, 도시가스 개선공사 등) 및 전기 및 정보통신수선공사(수․배전반 교체공사, 방송, 주차게이트 및 기타 공사)를 수행한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 OOO아파트의 소형열병합발전설비 구축공사와 배관교체공사는 서로 독립적인 공사로, 소형열병합발전설비 구축공사는 자본적 지출, 배관교체공사는 수익적 지출에 해당한다고 주장하며, OOO 2006.10.20.) 및 내부결재서류(임대아파트 난방전환사업 추진계획, 2007.1.25.)를 제시하고 있는바, 이에 따르면 소형열병합발전설비공사 및 배관교체공사는 서류상 구분되어 있으며, 소형열병합발전설비공사비 중OOO을 국고에서 지원하기로 결정한 것으로 나타난다. (다) 살피건대, 법인세법 시행령제31조 제1항 및 제2항에 따르면, 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산하도록 규정하고 있고, 이 때 자본적 지출이란 “법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말한다”라고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점공사비가 수익적 지출에 해당하여 당기비용으로 회계처리할 대상이라고 주장하나, 선학․연수아파트의 난방용배관교체공사 등은 자본적 지출인 소형열병합발전설비를 구축함에 따른 공사로 보이는 점, 청학아파트에 대한 리모델링 공사는 난방방식의 변경, 급수방식의 변경 등 노후된 건물을 전반적으로 개․보수하는 공사로 보이는 점 등으로 볼 때, 쟁점공사비는 건물의 내용연수를 연장시키는 자본적 지출로 보이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
1. 청구법인은 아래 <표8>과 같이 OOO외 7개 단지의 개발사업과 관련하여, 설계비, 측량 및 조사비 등의 쟁점조사분석비를 당기비용으로 회계처리하였다.
2. 조사청은 아래 <표9>와 같이 청구법인의 관련 사업이 시행중이므로 쟁점조사분석비를 토지구입 등과 관련된 취득부대비용으로 보았다. (나) 청구법인은 사업계획 초기에 지출된 설계비 및 측량조사비 등은 토지취득과 관련이 없는 비용이므로 당기비용으로 회계처리하여야 한다고 주장하며 ‘지방공기업 결산지침’을 제시하고 있고, 이에 따르면 자산인식기준 등에 대한 일반적인 사항이 나타난다. (다) 살피건대, 법인이 토지를 보유하고 있는지 여부에 불문하고 사업타당성조사를 하여 토지매입 여부를 결정하기 위한 사전평가 용역비를 지급한 경우, 사업성이 있다고 판단하여 토지를 매입하기로 한 때에는 사전평가 용역비를 토지에 대한 매매계약을 하고 대금을 지급한 날이 속하는 사업연도의 토지원가에 산입하며, 사업성이 없는 것으로 판단하여 토지를 매입하지 않기로 결정한 때에는 사전평가 용역비를 사업성이 없는 것으로 판단하여 부지를 매입하지 않기로 결정한 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이다 청구법인은 쟁점조사분석비를 당기비용으로 회계처리할 대상이라고 주장하나, 쟁점조사분석비와 관련한 청구법인의 사업은 위 <표9>와 같이 사업시행중이거나 사업계획이 확정되어 청구법인이 토지 등을 구매한 것으로 나타나므로, 청구법인이 당기 비용으로 처리한 쟁점조사분석비를 처분청이 재고자산의 취득가액에 가산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.