양도소득세 이월과세적용신청서를 기한내 제출하지 아니한 경우 이월과세 적용 배제함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.6.10. 개인사업을 개시하여 운영하여 오던 중 2006.11.30. 주식회사 ○○○”라 한다)로 법인전환하고, 부동산 임대업에 사용하던 ○○○ 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2006.12.28. ○○○ 현물출자한 후, 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 양도소득세를 신고하지 않고 이월과세적용신청서를 제출하지 않았다가, 2009.4.27. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 이월과세적용신청서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 과세표준 확정신고 기한까지 이월과세적용신청서를 제출하지 않았다 하여 조세특례제한법 제32조 에 의한 이월과세 적용을 배제하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 745,721,610원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.24. 이의신청을 거쳐 2010.5.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 양도소득세 이월과세 적용요건에 따라 순자산가액 이상으로 ○○○에 출자하였고, 국세기본법 제45조의3 제1항 의 기한 후 신고규정에 따라 적법하게 이월과세신청을 하였으므로 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 이월과세 규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조의3 에 규정하고 있는 기한 후 신고는 무신고의 일종으로서 납세자의 납부불성실가산세 부담을 경감시키기 위하여 추가적으로 신고기회를 준 것에 불과하고, 조세특례제한법 제32조 제1항 및 같은 법 시행령 제29조 제3항에 양도소득세 이월과세를 받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 제출하여야 한다고 규정되어 있는 바, 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위와 같은 기한 내의 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나, 이 건의 경우는 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우는 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 양도소득 과세표준 확정신고)내의 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기 보다는 최소한 당해 과세연도 양도소득 과세표준 확정신고 기한까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하므로, 청구인이 현물출자한 쟁점부동산에 대하여 양도소득 과세표준 확정신고 기한까지 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출하지 아니한 데 대하여 처분청이 이월과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 개인사업자의 법인사업자 전환에 따른 양도소득세 이월과세적용신청서를 양도소득세 과세표준 확정신고 기한까지 제출하지 아니한 경우에도 이월과세를 적용할 수 있는지
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항 내지 제6항의 규정을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 2006.12.28. ○○○ 현물출자한 후, 양도소득세 과세표준 확정신고 기한까지 양도소득세를 신고하지 않고 이월과세적용신청서를 제출하지 않았다가, 2009.4.27. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 이월과세적용신청서를 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 청구인이 양도소득세 과세표준 확정신고 기한까지 이월과세적용신청서를 제출하지 않았다 하여 조세특례제한법 제32조 에 의한 이월과세 적용을 배제하여 이 건 경정·고지하였음이 청구인에 대한 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인의 개인기업 순자산가액은 298,275천원(자산총액 3,500,539천원 - 부채총액 3,202,264천원)이고, 청구인은 자본금 300,000천원(현물 298,270천원 및 현금 1,730천원)을 출자하여 이월과세신청요건은 충족한 것으로 확인된다.

(3) 살피건대, 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위와 같은 기한 내의 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나, 이 건의 경우는 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우는 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 양도소득 과세표준확정 신고)내의 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 양도소득 과세표준확정신고 기한까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하므로, 청구인이 현물출자한 쟁점부동산에 대하여 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 양도소득세 이월과세적용신청서를 제출하지 아니한 데 대하여 처분청이 이월과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2009광3468, 2009.12.14. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.