주식등변동상황명세서를 불분명하게 기재하여 작성・제출할 경우 불성실가산세 대상에 해당됨.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1974.7.24. 설립되어 전기·전자기기 제조판매사업을 영위하는 상장법인으로 2006.3.31. 2005 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서법인세법제119조에 따라 주식등변동상황명세서(이하 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하였다.
• 나. 처분청은 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 청구법인에 대한 주식변동조사결과 1,592,522주(개인 432,660주, 법인 1,159,862주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대한 주식변동상황이 불분명하게 기재된 사실을 통보받아 쟁점주식(1주당 액면금액 5,000원)의 액면금액 합계 7,962,610천원의 2%에 해당하는 159,252천원을 변동상황명세서 제출불성실가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)로 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 변동상황명세서 제출의무는 단순한 협력의무에 불과한 것이고 법인주주의 경우 오류로 인한 과세실익이 없으며, 증권예탁원의 주주명부 등 기타자료로 변동내역이 확인이 가능하고, 변동상황명세서를 작성함에 있어 사전에 주식변동내역을 은폐할 만한 의도가 전혀 없는데다 과세당국의 보정요청이 없었으며, 금융기관과 같은 수탁기관의 경우 변동상황명세서의 작성기준이 모호함에도 이를 기준으로 불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인의 주식변동내역은 주식의 양도차익, 의제배당, 증여의제, 부당행위계산부인 등 다양한 과세자료로 활용되고 있는 점, 법인주주의 주식변동내역에 대하여 세법상 특별히 변동상황명세서 불성실가산세의 적용을 배제하는 규정이 마련되어 있지 아니한 점, 증권예탁원의 주주명부 등의 자료로 변동내역 확인이 가능하기는 하나 동 자료가 세법상 협력의무를 대신할 수 없으므로 청구법인이 주식변동내역을 불성실하게 기재한 것에 대하여 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주식등변동상황명세서를 불분명하게 기재하여 작성·제출하였다 하여 불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제76조 【가산세】⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식등변동상황명세서(이하 이 조에서 "변동상황명세서"라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 100분의 2를 100분의 1로 하고, 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다. 제119조【주식등변동상황명세서의 제출】① 사업연도중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】① 법 제76조 제4항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제157조제1항 각호의 규정에 의한 서류를 제출하지 아니한 경우를 말한다.

② 법 제76조 제5항 및 제9항에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.

2. 비영리법인(제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)

③ 법 제76조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사업자"라 함은 제158조 제1항 각호의 사업자를 말한다.

④ 법 제25조 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 접대비에 대하여는 법 제76조 제5항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 법 제76조 제6항에서 "대통령령이 정하는 불분명한 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우 제161조【주식등변동상황명세서의 제출】② 법 제119조 제2항에서 "대통령령이 정하는 주식등"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

2. 코스닥상장법인의 소액주주의 주식. 다만, 코스닥상장전에 주식을 취득한 경우에는 당해 주식의 액면금액의 합계액이 500만원이하인 주주의 주식과 중소기업의 주식으로서증권거래법의 규정에 의한 코스닥시장을 통하여 양도하는 것

3. 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분중 소액주주의 주식 또는 소액출자자의 출자지분

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 "소액주주"라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 "소액주주"라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주를 말하고, 제2항 제3호에서 "소액출자자"라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다.

④ 제2항 및 제3항의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자와 액면금액ㆍ시가 또는 출자총액은 당해 법인의 사업연도개시일과 사업연도종료일 현재의 현황에 의한다. 이 경우 어느 한 날이라도 소액주주 또는 소액출자자에 해당하지 아니하는 경우에는 제3항의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자로 보지 아니한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도중의 주식등의 변동사항

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 청구법인에 대한 주식변동 조사결과 주식변동불분명 내역은 다음 <표>와 같다.

○○○

(2) 변동상황명세서의 차이발생 원인 등에 대하여 청구법인은 담당자가 사업연도말 시점에 증권예탁원으로부터 수령한 주주명부를 기초로 하여 법인세법 시행령제161조 제3항에서 규정하는 소액주주의 범위를 초과하는 6만주(액면가액 3억원)이상 보유주주를 대상으로 증감내역을 구분하여 작성한 것으로, 증권회사의 펀드들이 보유한 주식의 경우 수탁기관별로 합산하여 주주명부에 기록하는 것이 당시의 관행이었음에도 불구하고 이를 인지하지 못하여 일부 펀드에 대해서는 위탁기관을 기준으로 보유하고 있는 주식을 합산하여 소액주주 여부를 판단하였고 이에 따라 일부 펀드가 보유주식수 계산시 미합산되어 누락되었으며, 변동상황명세서 제출의무는 단순한 협력의무에 불과한 것이고, 법인주주의 경우에는 오류로 인한 과세실익이 없으며, 법인세 신고시 제출한 변동상황명세서상 기재오류가 발생하였으나 증권예탁원의 주주명부 등 기타자료로 그 변동내역의 확인이 가능하고, 변동상황명세서를 작성함에 있어 사전에 주식변동내역을 은폐할 만한 의도가 전혀 없었으며, 추후에 과세관청의 보정요청이 있었다면 이를 보완할 수 있는 상황이었음에도 보정요청없이 가산세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되며 금융기관과 같은 수탁기관의 경우 변동상황명세서의 작성기준이 모호함에도 이를 기준으로 가산세를 부과하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.

(3) 이에 대하여 처분청은법인세법제76조 제6항에 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 주식변동상황의 기재를 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 헌법재판소도 변동상황명세서의 가산세 규정의 위헌여부에 대한 결정(2006헌바3, 2007.1.17)에서 변동상황명세서상의 주식변동에 관한 정보는 과세관청이 다른 경로를 통해 쉽게 취득할 수 있는 경우에 해당하지 않음에도 주식의 양도시 취득가액을 산정하는데 필요하고 추후 배당소득에 대한 종합소득세 등의 과세자료로 보유할 필요가 있으며, 이를 통해 조세채권의 일실을 방지하고 과세의 형평을 기하기 위한 자료로 금융감독위원회 등에 보고되는 주식변동상황에 대한 정보의 제공범위와 내용과는 차이가 있는 것이므로 청구법인이 주식변동내역을 불성실하게 기재한 것에 대하여 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판시하고 있고, 국세청장도 조사청의 가산세부과여부에 대한 과세기준자문신청(2009.9.22)에 대하여 “개별주주의 주식변동상황을 누락하거나 다른 주주의 변동상황과 혼동하여 실제 변동상황보다 과다 또는 과소하게 기재하여 제출함으로써 주식의 변동상황을 알 수 없는 때에는 해당 법인이 제출한 주식변동상황과 실제 변동된 주식의 차이에 해당하는 주식의 액면가액에 대하여법인세법제76조 제6항에 따른 가산세를 적용한다”고 회신(2009.11.30)하고 있는 바, 가산세 부과처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 청구법인은 2010.6.30. 조사청이 증권예탁원에 조회한 자료를 토대로 변동상황명세서상의 오류를 발견하였다는 사실이 증권예탁원의 주주명부만으로도 변동상황명세서의 내용이 확인됨을 반증하는 것이라는 취지의 항변서를 제출하였으며, 2010.10.5. 조세심판관회의에 출석하여서도 종래의 관행이 감사보고서나 증권예탁원의 명의개서내역 등으로 변동상황이 파악될 수 있다면 가산세 부과대상에서 제외(국심2004서493, 2004.8.10)한다고 결정하고 있고, 금융감독원에서 공시하는 대주주 변동상황이나 쉽게 열람이 가능한 증권예탁원의 주주명부 원본 등 다른 자료를 통하여 변동내역 확인이 가능하며, 예탁원의 주주명부가 명부상 주주(실물거래)·실질주주(계좌거래) 등 4가지 형태를 모두 포함하여 작성되므로 변동상황명세서 작성시 오류가 발생할 소지가 높으므로 청구법인이 고의적으로 변동상황명세서를 불성실하게 작성하지 않은 이상 불성실가산세를 부과한 처분은 가혹하다는 취지의 의견진술을 하였다.

(5) 살피건대, 주식변동상황명세서 제출에 관한 제도는 과세관청이 주식 등의 변동상황과 관련하여 발생하는 과세자료를 수집하여 주식의 양도차익, 의제배당, 증여의제, 부당행위계산부인 등 다양한 과세자료로 활용하며 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법인에게 협력의무를 부여하고 있는 제도인 바, 청구법인이 법인세법 시행령제120조 제1항 제1호의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부를 잘못 기재한데 대한 정당한 사유를 발견할 수 없고, 증권예탁원의 주주명부만으로 주식등변동상황명세를 알 수 있다고 하더라도 이는 결과적으로 그렇다는 것이지 청구법인의 변동상황명세서 제출시점에서는 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없으므로 청구법인에 대하여 변동상황명세서 제출불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.