연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 적용 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인의 대표이사인 정○○○(미용비누/화장품 제조)를 설립하고, 2004.12.16. 연구개발전담부서를 인정받아 2005년도와 2006년도에 연구인력개발비 세액공제를 받았으며, 2006.12.15. 사업포괄양수도 방식으로 개인사업자 에서 법인사업자(청구법인)로 전환하고, 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시 22,051,411원을 연구인력개발비로 세액공제하였다.

○○○국세청장은 처분청에 대한 종합감사시 청구법인이 법인사업자로서 연구개발전담부서확인서 발급일이 2008.1.24.이므로 그 이전인 2007사업연도 연구인력개발비는 세액공제 적용대상이 아님을 지적하였다. 처분청은 위의 지적에 따라 청구법인의 2007사업연도 연구인력 개발비 세액공제를 배제하여 2010.2.5. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 26,496,970원을 경정・고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 대표이사인 정○○○하여 2006.12.15. 법인사업자(청구법인)로 전환하면서 동일한 장소와 시설, 사업을 양수도하여 인격의 변화를 제외하고는 그 어떤 상황도 변화된 것이 없는 바, 단지 전담부서인정서의 명의가 법인명의로 변경되지 아니하였다는 사유만으로 연구인력개발비 세액공제를 배제하는 것은 법문구의 형식에 집착한 부당한 결과이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세감면이란, 납세자에게 혜택을 부여하는 것이고, 납세자가 조세 감면의 혜택을 받기 위해서는 조세감면의 실체적 요건 뿐 아니라, 절차적 요건도 모두 이행하여야 하는 바, 절차적 요건인 법인사업자로서 연구개발전담부서의 등록을 이행하지 아니한 청구법인에게 조세감면 적용을 배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 당초 연구인력개발전담부서를 인정받은 개인사업자가 사업포괄 양수도로 법인사업자로 전환(2006.12.15.)하고, 법인사업자로 연구개발전담부서를 인정(2008.1.24.)받기 이전인 2007사업연도 연구인력개발비 세액공제의 적용여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성 서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 "재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 개인사업자로서 인정받은 연구인력개발전담부서를 법인사업자에게 적용할 수 없는 것으로 보아 이 건을 처분하였고, 청구법인은 개인사업자가 사업양수도 방식에 의해 법인사업자로 전환하였으므로 실질과세원칙을 적용하여 개인의 전담부서를 법인의 전담부서로 인정하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】와 같은 법 시행령 제9조 규정을 보면, 연구・인력개발비는 재료ㆍ제품ㆍ기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비ㆍ기술정보비 등의 비용으로서 연구개발 전담부서에 소속된 연구원들의 인건비만이 세액공제대상이 되며, 같은 법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】를 보면, 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다고 규정하고 있고, 과학 기술부장관의 권한위임에 따라 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 부분에 한하여 지출된 인건비 등이 세액 공제대상이 되도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인의 연구개발전담부서 설립신고서 및 ○○○로 연구개발전담부서확인서를 발급받은 후, 2007.12.13. 개인사업자의 연구개발전담부서를 폐지하고 청구법인의 연구개발전담부서설립신고서를 ○○○로 연구개발전담부서인정서를 발급받은 것 으로 나타난다.

(3) 청구법인은 개입사업자가 사업양수도 방식으로 법인사업자로 전환하였으므로 실질과세원칙을 적용하여 연구개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 개인사업자와 법인사업자는 설립에 대한 근거법령과 요건이 달라 독립된 별개의 사업자에 해당하고, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구・인력 개발비가 있는 경우 일정액에 대한 세액으로 기업의 연구 및 인력 개발을 촉진하여 기업의 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충 하기 위해 국가정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인 바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석 하여야 함이 타당하다고 할 것이다.

(4) 따라서, 개인사업자가 사업양수도 방식으로 법인사업자로 전환하였다 할지라도, 개입사업자와 법인사업자는 별개의 사업자에 해당하고, 청구법인이 새로이 전담부서를 인정받지 아니하여 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제11항 의 전담부서가 없는 것으로 보아야 할 것이며, 국세기본법상 실질과세원칙은 조세특례제한법에 의해 납세자에게 혜택을 주는 경우에까지 적용하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 연구개발전담부서를 인정하지 아니하고 2007사업연도 연구개발비 세액공제 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.