쟁점부동산의 시설물 철거 및 보수 공사비를 양도가액에서 차감함이 타당한지 여부

○○○세무서장이 2009.9.16. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 49,112,040원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 711-1 ○○○타워 5층 504호, 505호 및 506호(3호, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.5.17. 이○○○로부터 373,670,000원에 취득하여 2006.12.28. 김○○○에게 499,216,000원에 양도하면서 필요경비를 141,520,430원으로 하여 2007.2.28. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 필요경비 중 108,200,000원(이하 “쟁점공사비”라 한다)은 객관적인 증빙이 없는 것으로 보아 필요경비에서 제외하여 2009.9.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 49,112,040원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.26. 이의신청을 거쳐 2010.3.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 매수인 김○○○와 쟁점부동산의 매매계약을 체결하면서 특약사항에 “매수인은 위층(6층)의 사우나 시설로 인한 누수와 시설물의 철거 등에 대한 공사비용은 매도인이 부담하기로 하며, 매수인은 누수 및 철거 등을 시행하고 소요된 비용을 매도인에게 청구하기로 한다”라고 명시하였고, 김○○○는 당해 공사를 시행하고 지출한 쟁점공사비를 잔금에서 공제한 후 나머지 금액만을 청구인에게 지급하였으므로 쟁점부동산의 양도가액에서 쟁점금액을 차감하여야 하고, 청구인이 비록 쟁점금액을 양도가액에서 차감하지 아니하고 필요경비로 보아 신고하였다 하더라도 양도소득금액은 변동이 없으므로 처분청의 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 매매계약서에 명시된 특약사항을 볼 때, 쟁점공사비가 양도가액에서 차감되는 사항인지 또는 양도가액에 직접 대응되는 필요경비인지를 알 수 없고, 쟁점공사비에 대한 사실관계를 입증할 만한 시공업체의 세금계산서, 도급계약서 및 당사자간 쟁점부동산의 매매대금 수수내역 등을 제시하고 있지 아니하여 매수인의 영수증만으로 쟁점금액을 양도가액에서 차감하기는 어려우므로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 시설물 철거 및 보수 공사비를 양도가액에서 차감함이 타당한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 조사공무원의 양도소득세 조사종결복명서에 따르면, 쟁점부동산의 양도가액 499,216,000원은 매수인인 김○○○에게 문의한 바, 청구인의 신고금액과 같고 부동산매매계약서와도 같으므로 적정한 것으로 보았으며, 취득가액 373,670,000원은 전 소유자인 이○○○의 신고내역에서 2005년 제1기 확정 부가가치세 신고시 건물분 207,872,000원의 매출세금계산서를 교부하였음이 확인되고, 부동산매매계약서상 금액도 건물 및 토지가액 합계액이 373,670,000원으로 양도소득세 신고내역과 같으므로 적정한 것으로 본 반면, 신고된 필요경비 141,520,000원 중 쟁점공사비 108,200,000원은 사인간의 영수증 이외에는 증빙서류가 없고 김○○○의 배우자 송○○○에게 문의한바, 상가 취득 후 타용도로 사용하기 위해 공사를 하였다고 구술하는 것으로 보아 청구인의 필요경비라고 보기 어려우므로 이를 부인하여 양도소득세를 과세하였음이 나타난다.

(2) 쟁점부동산의 양도시 부동산매매계약서(계약일 2006.12.9.)에 의하면, 총 매매대금은 499,216,000원(504호 238,381,000원, 505호 130,418,000원, 506호 130,418,000원)으로서 계약금 20,000,000원(계약시 지불), 중도금 80,000,000원(2006.12.21. 지불), 잔금 399,216,000원(2006.12.29. 지불)으로 되어 있고, 특약사항에 『위층(6층)의 사우나 시설로 인한 누수와 시설물의 철거 등에 대한 공사비용은 매도인이 부담하기로 하며, 매수인은 누수 및 철거 등을 시행하고 소요된 비용을 매도인에게 청구하기로 한다』로 되어 있다.

(3) 청구인이 제출한 김○○○의 쟁점공사비 영수증(2007.2.17.)에는 쟁점부동산의 매매계약시 특약사항에 근거하여 매수인이 누수 및 철거 보수공사를 시행하고 그 비용으로 108,200,000원을 정히 영수한 것으로 되어 있고, 김○○○의 건축복구비용 영수확인서(2009.12.18.)에는 쟁점부동산을 매매하는 과정에서 계약의 특약조건에 따른 건물 복구비용의 합의가 되지 않아 잔금지불을 유보하였다가, 2007년 2월 중순경 매도인과의 복구비용 최종합의로 쟁점부동산의 복구비용(누수공사 및 소방, 전기, 천정, 칸막이 등 대부분의 시설 철거·복구공사) 243,500,000원 중 최종합의금을 198,000,000원(501호~503호 채○○○분 89,800,000원, 504호~506호 청구인분 108,200,000원)으로 하고, 당해 금액을 공제하고 매매대금의 잔금을 완불한 것으로 나타난다.

(4) 처분청의 국세통합전산망 신고자료에 의하면, 쟁점부동산과 연접한 501호, 502호 및 503호를 김○○○에게 양도한 채○○○도 위 공사비용 89,800,000원을 청구인처럼 필요경비에 산입하여 양도소득세를 신고하였으며, 청구일 현재 처분청이 양도소득세를 경정한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(5) 이의신청과정에서 처분청 조사공무원의 확인시 매수인 김○○○의 배우자 송○○○은 “쟁점부동산과 같은 곳 501호, 502호 및 503호를 노인복지시설을 운영할 목적으로 2006년 12월 취득하였으나, 취득할 당시 천장, 칸막이, 전기 등 정상적으로 사용하기 힘들 정도로 파손되어 방치되고 있었으며 당해 상가(6호)를 취득하고 4억원 이상의 대공사를 하여 그 중 쟁점부동산의 원상복구에 해당하는 누수 및 철거, 전기공사 등에 대한 비용을 청구인에게 청구하여 영수증에 기재된 금액인 108,200,000원을 잔금에서 공제하고 지급하였다. 매수인은 사업경험도 없고, 공사당시 사업자가 아니어서 공사비관련 세금계산서 등을 수취하지 않았고, 동 공사를 싸게 할 목적으로 40여개의 업체에 도급을 주어서 매도인에게 쟁점공사비를 청구하는 과정에서 다툼이 많이 있었다”고 진술하였음이 나타난다.

(6) 살피건대, 소득세법제96조 제1항에서 토지 또는 건물의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액으로 규정하고 있는바, 쟁점공사비는 청구인이 아닌 매수인이 시행하여 당해 공사와 관련된 구체적인 증빙을 제시하지 못한다 하더라도, 처분청이 실제계약서로 인정한 쟁점부동산의 매매계약서에 당해 공사비를 매도인이 부담하는 것으로 약정되어 있는 점, 매수인도 공사비 영수증, 건축복구비용 영수확인서, 이의신청시 진술 등을 통하여 쟁점공사비를 제외하고 잔금을 지급하였다고 확인하고 있는 점, 이의신청 과정에서 송○○○은 총 공사비가 4억원 이상(원상복구 공사비와 타용도로 사용하기 위한 공사비 전체를 말한 것으로 보임)이었고 매도인들이 부담한 원상복구에 해당하는 누수 및 철거, 전기공사 등에 대한 공사비는 최종합의금인 198,000,000원(쟁점공사비 포함)이었다고 진술한 것으로 보아 처분청이 조사시 쟁점공사비를 원상복구 공사비가 아닌 타용도로 사용하기 위한 공사비로 본 것은 착오로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점부동산의 양도가액에서 쟁점공사비를 차감함이 타당하며, 처분청이 쟁점공사비를 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.