종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액 비율을 모두 적용한 처분은 정당함

2010.2.22. 청구법인이 경기도 ○○○ 외 주택 및 토지에 대한 2009년 귀속 종합부동산세에 대한 심판청구는 각하하며, 2009.11.23. ○○○세무서장이 청구법인에게 한 2009년 귀속 종합부동산세 1,020,365,020원 및 농어촌특별세 204,073,000원은 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009.11.19. 청구법인이 소유하고 있는 경기도 ○○○ 외 주택 및 토지(이하 “쟁점1토지 등”이라 한다)가 2009년 종합부동산세의 과세대상 주택 및 토지에 해당된다고 보아 2009.11.19. 2009년 종합부동산세 신고․납부하였으나, 처분청○○○은 청구법인이 쟁점1토지 등에 대하여 2009년 귀속 종합부동산세를 무신고한 것으로 보아 종합부동산세액을 7,018,893,253원으로 하고 해당 년도 공제할 재산세액 2,519,048,678원(주택분 12,369,590원, 종합합산토지분 108,808,737원, 별도합산토지분 2,397,870,349원)을 공제하여 2009.11.23. 청구법인에게 2009년 귀속 종합부동산세 4,499,844,570원과 농어촌특별세 211,590,660원을 결정․고지한 후 청구법인의 위 자진신고사실을 확인하고 2009.12.18. 위 결정처분을 취소하였다.
• 나. 처분청○○○은 서울특별시 ○○○ 외 주택 및 토지(이하 “쟁점2토지”라 한다, “쟁점1토지 등”과 “쟁점2토지 등”을 합하여 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 2009년 귀속 종합부동산세의 과세대상 주택 및 토지에 해당된다고 보아 해당 년도 공제할 재산세액 616,435,042원(주택분 526,520원, 종합합산토지분 50,331,757원, 별도합산토지분 565,576,765원)을 공제하여 2009.11.23. (주)○○○에게 2009년 귀속 종합부동산세 1,020,365,020원 및 농어촌특별세 204,073,000원을 결정․고지하였으며, (주)○○○은 2009.12.31. 청구법인인 ○○○ 주식회사에 흡수합병되었다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 본 부과고지서는 공정시장가액 비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액 비율만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로 최종적으로 종합부동산세액을 증가시키고 동일 부동산에 대한 이중과세에 해당하므로 초과납부된 2009년 귀속 종합부동산세 1,313,057,910원 및 농어촌특별세 262,611,610원 합계 1,575,669,520원은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다. < 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3의 개정내용 > 개정전(2008년까지 적용) 개정후(2009년부터 적용) 재산세 부과세액 Ｘ 과세기준금액 초과분에 대한 재산세 상당액 재산세 부과세액 Ｘ 과세표준에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 동 규정의 개정 이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 과세표준 전체에 대한 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산시에 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하며, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 문제가 발생하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는 바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 공시가격으로, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 해당 금액에 대한 재산세 상당액을 개정 규정에 따라 공제하고 있으므로 더 이상 이중과세 문제는 발생하지 아니하게 된다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점1토지에 대하여 ○○○주식회사가 제기한 심판청구가 적법한 것인지 여부

② 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정한 처분이 정당한지 여부

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다. 제45조의 2【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제55조【불복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】제61조 제3항 및 제4항ㆍ제63조ㆍ제65조와 제65조의 2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. (2) 국세기본법 시행령 제10조의2 【납세의무의 확정】① 법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다. 1.소득세ㆍ법인세ㆍ부가가치세ㆍ특별소비세ㆍ주세ㆍ증권거래세ㆍ교통세ㆍ교육세 또는 종합부동산세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2.제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때 2의2. 종합부동산세에 있어서는 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때. 다만, 납세의무자가 종합부동산세법제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에는 그 신고하는 때로 한다. (3) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의 2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (4) 종합부동산세법 시행령 제2조의4 【공정시장가액비율】① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 (5) 지방세법 제187조 【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (6) 지방세법 시행령 제138조 【공정시장가액비율】법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 본안심리에 앞서 쟁점1토지에 대한 ○○○주식회사의 심판청구가 적법한지를 살펴본다. (가) 청구법인은 2009.11.19. 쟁점1토지 등이 2009년 종합부동산세의 과세대상 주택 및 토지에 해당된다고 보아 2009.11.19. 2009년 종합부동산세 신고․납부하였고, 처분청○○○은 청구법인이 쟁점1토지 등에 대하여 2009년 종합부동산세를 무신고한 것으로 보아 2009.11.23. 청구법인에게 2009년 종합부동산세 4,499,844,570원과 농어촌특별세 211,590,660원을 결정․고지한 후 청구법인의 위 자진신고사실을 확인하고 2009.12.18. 위 결정처분을 취소하였으며, 청구법인은 경정청구없이 2010.2.22. 이 건 심판청구를 제기하였다. (나)국세기본법제22조 제1항에서는 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제10조의2에서 법 제22조 제1항에서 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다고 규정하면서 그 제2의2에서 종합부동산세에 있어서는 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때로 하면서 다만, 납세의무자가 종합부동산세법제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에는 그 신고하는 때로 규정하고 있다. (다) 위 관련규정에 의하면, 종합부동산세는 납세의무자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 이른바 신고납세제도를 원칙으로 하면서 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때도 과세표준과 세액이 확정되는 제도를 선택적으로 채택하고 있는바, 청구법인은 2009.11.19. 2009년 귀속 종합부동산세를 신고하였으므로 동 종합부동산세의 과세표준과 세액은 청구법인의 신고에 의하여 확정되었다 할 것이며, 청구법인은국세기본법제45조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 과다하게 신고ㆍ납부한 과세표준 및 세액이 있는 경우 먼저 처분청에 경정청구를 하였어야 하고, 이에 대하여 처분청이 거부처분을 하면 이를 근거로 심판청구를 제기하였어야 하나, 청구법인은 종합부동산세를 자진 신고한 후 경정청구 없이 불복제기를 하였으므로 ‘위법 부당한 처분을 받은 경우’나 ‘필요한 처분을 받지 못한 경우’에 해당하지 아니한 것을 알 수 있다. (라) 그렇다면 청구법인이국세기본법제45조의 2의 규정에 의한 경정청구를 제기하는 것은 별론으로 하더라도 불복청구의 대상이 있음을 전제로 제기한 심판청구는 부적법한 청구로 판단된다.○○○

(2) ○○○세무서장의 (주)○○○에 대한 과세자료 등에 의하면, 처분청이 종합부동산세를 계산함에 있어 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 과세표준 및 세액을 산정하여 이 건 과세한 데 대하여, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액 비율을 모두 적용하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법제187조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면, 주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 주택 또는 종합․별도합산과세대상 토지를 합산하여 주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 의하면, “과세표준 표준세율 재산세액”을 “(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”의 금액으로 하도록 규정하고 있다. (나) 살피건대, 종합부동산세법상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 또는 종합․별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것이다. (다) 따라서, 처분청이 종합부동산세법 시행령제5조의3에 규정된 재산세 공제액의 산출방식에 대하여 “과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 “과세대상의 토지분 과세표준”으로 개정된 것을 반영하여 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세 상당액을 차감하는 것으로 보아 종합부동산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.