부과제척 기간내에 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하였는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000 ~ 2003사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제액 중 조세특례제한법 제144조 의 최저한세 적용으로 당해 사업연도의 법인세 신고 시 공제하지 못한 세액공제 이월액 143,698,919원에 대하여 2006.12.1. 처분청의 법인세 조사결정시 2004사업연도분 29,865,751원을 공제하고, 2005사업연도분은 2006.3.31. 법인세 정기신고를 통하여 54,580,504원을 세액공제하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제에 필요한 기술개발촉진법상의 전담부서 인정을 2006.8.31. 받았으므로 전담부서 인정을 받기 전에 발생한 연구 및 인력개발비는 세액공제를 받을 수 없다고 보아, 청구법인이 공제한 연구인력개발비 세액공제액 중 2004사업연도분 28,311,466원, 2005사업연도분 52,465,075원을 부인하고 가산세를 가산하여 2010.2.12. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 43,387,320원, 2005사업연도 74,657,800원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청이 2006년 10월 청구법인에 대한 2004사업연도 정기 법인세 조사 당시 2000 ~ 2003사업연도는 부과제척기간 내에 있었으므로 청구법인이 신고한 연구 및 인력개발비 세액공제가 부당하다면 조사시점에서 세액공제 전액을 부인하고 경정하여야 함에도 처분청은 당시 91,929,491원을 최저한세 적용후 이월공제 대상 세액으로 결정하였고, 이에 따라 청구법인은 2007.1.10.자로 2005사업연도분에 대한 법인세 수정신고를 마쳤으며, 처분청이 청구법인에게 과세예고 통지한 2009.12.12. 시점에서 2004사업연도의 국세부과제척기간은 법인세 과세표준 신고기한인 2005.3.31.부터 5년이 되는 2010.3.31.이므로 2004사업연도 연구 및 인력개발비 관련 세액은 2010.3.31.까지 부당공제액을 추징할 수 있겠으나, 2000 ~ 2003사업연도는 과세시점인 2010년 2월에는 이미 부과제척기간이 종료하였으므로 세액추징은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 당초 공제한 연구 및 인력개발비는 2000 ~ 2003사업연도에 발생한 것으로 이에 대하여는 공제요건 미비로 인하여 공제가 불가한 것으로 확인되었고 청구법인도 이를 인정하고 있다. 국세기본법 제26조의2 제1항 에서는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우 및 납세자가 법정신고기간 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우를 제외하고는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 기간이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세부과제척기간이 경과되었는지 여부는 당해 처분시기를 기준으로 하여야 하므로 세액공제를 적용하여 신고한 2004 ~ 2005사업연도에 대한 법인세 경정은 타당하며, 2006년 10월 처분청의 2004사업연도 법인세 정기세무조사 당시 처분청이 세액공제를 부인하지 아니하였으나, 2009년 11월 ○○○의 업무감사결과 처분지시 사항이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2000 ~ 2003사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액이 요건에 미달하므로, 2010.2.12. 이월 공제된 2004 ~ 2005사업연도 세액공제를 부인하고 과세한 처분이 부과제척기간을 경과하였는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. ⑵ 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ⑶ 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. ⑷ 국세기본법 시행령 제12조의3 【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세를 제외한다)에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세는 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구법인은 1984.5.1. 개인사업자 등록을 하였다가 1998.1.1. 법인으로 전환하여 인쇄 제조업을 영위하는 법인으로서, 1994.8.17. ○○○로부터 연구개발전담부서 인정서를 획득한 것으로 나타난다. ⑵ 청구법인은 2000사업연도 이후 법인세과세표준 신고시 ○○○를 신고하면서 최저한세를 초과하는 세액을 미공제세액으로 이월공제하였으나, 처분청은 2006년 4월 청구법인의 2004사업연도 법인세 정기조사를 실시하여 청구법인이 신고한 연구 및 인력개발비 세액공제액 143,698,919원 중 과다 신고한 2000사업연도 2,451,567원, 2001사업연도 17,739,142원, 2002사업연도 17,806,098원, 합계 37,996,837원을 감액 결정하고, 최저한세 적용후 이월공제액으로 2004사업연도 과세표준 및 세액을 결정하면서, 2000사업연도 22,998,982원, 2001사업연도 21,774,263원, 2002사업연도 34,841,365원, 2003사업연도 21,367,317원, 2004사업연도 20,812,751원, 합계 121,794,242원을 공제세액으로 경정하고, 당기 공제세액 29,865,751원을 공제한 91,929,491원을 최저한세 적용후 이월액으로 확정하였다. ⑶ 청구법인은 2000 ~ 2004사업연도 이월공제액이 변동됨에 따라 2005사업연도 법인세에 대하여 감액된 이월공제세액을 반영하여 2007.1.10. 수정신고하였으나, 처분청은 청구법인이 기술개발촉진법에 의한 전담부서인정을 2006.8.31. 받았으므로 인정을 받기 전의 연구 및 인력개발비는 공제요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아, 2010.2.12. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 43,387,320원, 2005사업연도 법인세 74,657,800원을 부과하였다. ⑷ 청구법인은 2000 ~ 2003사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비는 2010.2.12. 시점에서는 부과제척기간이 만료되었으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 ○○○에 의한 전담부서 인정(2006.8.31.)을 받기 전에 발생한 연구 및 인력개발비는 공제요건을 충족하지 아니하여 당초 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상에 해당하지 아니하고, 청구법인이 2000 ~ 2003사업연도에 발생하여 이월된 세액공제액을 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상으로 보아 2004사업연도분 및 2005사업연도분에 세액공제를 하였던 것과 같이 세액공제액이 당초 공제요건을 갖추지 아니하였다면 2004사업연도분 및 2005사업연도분에 대한 세액공제를 할 수 없다고 할 것이며, 2010.2.12. 시점에서는 2004사업연도분 및 2005사업연도분 법인세는 부과제척기간 내이므로 이 건 과세처분은 정당한 것으로 판단된다. 또한 처분청이 2006년 10월 청구법인에 대한 법인세 정기조사에서 해당 세액공제를 부인하지 아니하였다고 하여 당초 세액공제요건 미달 사유가 치유되는 것은 아니므로 2009년 11월 중부지방국세청의 업무감사에서 발견된 사실에 따라 해당 세액공제를 부인할 수 있다고 판단된다. ⑸ 따라서 처분청이 2000 ~ 2003사업연도에 발생한 세액공제액을 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상이 아니라고 보아, 이월되어 공제되었던 2004사업연도분 및 2005사업연도분의 세액공제를 부인하고 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.