국가가 무단으로 군사시설용지로 사용한 것이 자경농지 감면규정에 해당하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○○ 답 2,372㎡(이하 “쟁점외농지”라 한다)를 1999.10.1. 취득하여 3년 이상 자경하고 2002.11.4. 양도한 후 처분청에 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 신청하여 처분청은 2003.3.6. 감면결정하였고, 청구인은 2003.6.10. 쟁점외농지 인근인 ○○○ 전 2,241㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득하였다.
• 나. 이후 청구인은 2009.2.19. 쟁점농지를 ○○○에 협의매수로 양도하고 처분청에 2009.3.2. 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 감면신청하였으나, 처분청은 쟁점농지의 일부인 169㎡는 ○○○ 토지이며, 13㎡는 ○○○시설용 토지이므로 이는 농지로 볼 수 없다하여 쟁점농지에서 이를 제외하여 2010.1.11. 청구인에게 2009년 양도소득세 16,731,350원 및 농어촌특별세 836,520원, 합계 17,567,870원을 경정·고지하였다.
• 다. 이에 대하여 청구인은 2010.1.12. ○○○국세청장에 이의신청을 제기하여 ○○○국세청장은 2010.2.12. 이의신청결정에서 양봉시설용 토지 13㎡만 농지로 인정함에 따라 처분청이 2009년 귀속 양도소득세 15,488,650원 및 농어촌특별세 774,430원, 합계 16,263,080원으로 감액경정하였고, 청구인은 이에 불복하여 2010.3.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원 판례에 의하면 “공부상 지목이 농지라 하더라도 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경 장애요건이 제거된다면 또 다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태로 보아야 할 것이고 그와 같은 휴경 상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것○○○으로 판시하고 있다. 쟁점농지 취득시 ○○○에서 무단으로 점유하여 예비군 훈련장으로 사용하고 있었고 청구인은 취득 후 즉시 영농목적으로 사용하여야 하므로 철거하여 줄 것을 수차례에 걸쳐 요청하였으나 예산확보 등을 이유로 철거하지 않았던 것은 처분청에서도 파악하고 있는 사항이며 처음부터 농지로 사용하지 못한 것은 국가에서 농지를 무단으로 점유하고 있어 부득이하게 사용할 수 없었던 것이 분명한 바, ○○○에서는 사유지를 무단으로 점유하여 사용할 수 없게 하고 반면에 ○○○에서는 농지로 사용하지 않았으니 과세하겠다는 처분은 분명 모순이 있는 처분이므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경 장애 원인이 제거된다면 또 다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경 상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것이라고 주장하나, 위 판결은 8년 이상 자경한 농민이 농지를 양도하는 경우에, 양도일 현재에 농지인지 여부에 대한 판단에서 휴경상태하의 양도라도 여러 사정에 비추어 농경의 장애요인이 있을 때 농지상태(양도당시 농지의 요건 충족여부)의 양도로 본다는 의미로 해석하여야 할 것이며, 이 사건과 같이 처음부터 농지로 사용하기에 불가능하여 자경을 할 수 없는 경우에는 적용할 수 없는 판례이므로 쟁점농지를 취득 후 전혀 자경한 사실이 없는 ○○○지를 자경농지 감면대상에서 제외한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점농지의 일부를 국가가 무단으로 ○○○지로 사용하여 자경할 수 없었으므로 이를 감안하여 조세특례제한법제69조에 의한 자경농지 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략) (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면 】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑥ 소득세법 제89조 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 과세경위를 보면, 청구인은 1999.10.1. 쟁점외농지를 취득하여 자경하다가 2002.11.4. 양도하고 처분청에 농지대토 감면신청하였고, 감면요건을 충족하기 위하여 2003.6.10 쟁점농지를 취득하여 자경하던 중 2009.2.19. ○○○의 협의매수에 따라 쟁점농지를 양도하고 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였는데, 처분청은 2010.1.11. 쟁점농지 중 ○○○지 169㎡, ○○○토지 13㎡는 농지에 해당하지 않는다고 보아 이를 제외한 나머지 부분만 자경농지로 인정하여 양도소득세 16,731,350원 및 농어촌특별세 836,520원, 합계 17,567,870원을 경정결정하였다가 청구인이 제기한 이의신청 결과 ○○○시설토지 13㎡는 자경농지로 보아 2010.2.12. 양도소득세 15,488,650원 및 농어촌특별세 774,430원, 합계 16,263,080원으로 감액경정하였다.

(2) 처분청의 쟁점농지의 현지확인 복명서에 의하면 청구인은 1986.12.21. 이후로 ○○○에 계속 거주하였고, 쟁점농지에는 현지확인일 현재 고추, 배추, 배나무 등이 재배되고 있어 농지로 확인되나, 쟁점농지 중 군사훈련시설인 ○○○훈련장 169㎡와 ○○○면적 13㎡가 포함되어 있어 농지가 아닌 182㎡를 감면면적에서 제외한 사실이 나타나며, 이후 청구인이 제기한 이의신청결정에서 ○○○면적 13㎡는 농지로 사용한 것으로 보아 감면결정한 사실이 나타난다.

(3) 청구인이 쟁점외농지를 3년 이상 자경한 사실과 쟁점농지 2,241㎡ 중 ○○○지 169㎡를 제외한 2,072㎡에 대하여 쟁점외농지와 통산하여 8년 이상 자경한 농지로서 감면대상이라는 사실에 대하여는 쌍방간에 다툼이 없으며, 이의신청결정서에 의하면 처분청에서 ○○○에 문의한 결과 쟁점농지 내에 ○○○지로 사용중인 169㎡는 1990.4.1.부터 ○○○에서 점유하여 현재까지 야외훈련용으로 사용하고 있으며 청구인에게 이와 관련하여 임차료 및 기타 보상금을 지급한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 2005.3.8. ○○○에게 제기한 민원에 대하여 ○○○이 회신한 2005.3.21자 공문에 의하면 청구인은 ○○○에게 쟁점농지 내의 불법건축물○○○ 철거와 철거전까지 건축물 포기각서 작성 및 개인 영농목적 활용허가를 요구하였고, ○○○은 이에 대하여 ‘예산확보 후 처리가 가능하며 건물철거는 행정적 처리기간이 다소 소요되므로 영농에 도움이 되는 창고 등으로 사용하려면 통보 후에 사용이 가능하다’는 내용으로 청구인에게 회신한 사실이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지의 취득당시부터 일부를 국가에서 무단으로 ○○○지로 사용하여 이에 대하여 민원을 요청하는 등 자경하고자 하였으나 부득이하게 자경할 수 없었으므로 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지 감면을 배제한 처분은 부당하다는 주장이나, 공부상 지목이 농지라 하더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없는 것인 바(○○○ 1990.2.13., ○○○ 1991.11.12., ○○○ 2000.5.4. 외 다수 같은 뜻), 비록 청구인이 쟁점농지 중 169㎡를 ○○○에서 점유하여 청구인의 의사와 관계없이 ○○○지로 사용되고, 청구인이 이에 대하여 민원을 제기하는 등 농지로 사용하고자 노력한 정황은 나타난다 하더라도, 해당 면적이 ○○○지로 사용됨에 따라 청구인이 취득일부터 양도일까지 농지로 전혀 사용하지 못한 데 대하여는 다툼이 없어 이를 일시적 휴경상태라고 보기 어려우므로, 쟁점농지 중 ○○○지로 사용된 면적을 자경농지 감면대상에서 배제하여 이 건 과세한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.