매출세액을 신고한데 대해, 실지 매출하지 아니한 것으로 보아 감액 경정・결정통지 한 것을 불복청구 대상이 되는 처분으로 보기 어려움

심판청구를 각하한다.

• 가. ○○○국세청장은 2009.5.14.부터 2009.7.8.까지 기간중 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였는바, 청구법인이 김○○○ 외 7인 소유의 기존건축물(연면적 3,384㎡)에 더하여 창고건축물(연면적 10,038.07㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 증축하기 위해 2007.9.10.부터 쟁점토지를 사용·제공받고, 토지사용료는 2008.1.1.부터 청구법인 소유 창고건축물의 사용승인일(2008.9.12.)의 전일까지만 지급한 사실과, 김○○○ 외 10인이 청구법인 소유의 쟁점건축물을 20년간 사용하는 대가로 매월 1억원의 사용료를 청구법인에 지급하기로 한 것과 관련하여 2008.11.19. 청구법인이 김○○○ 외 10인에게 건축물사용권(20년)을 공급한 것처럼 공급가액 6,740,226,455원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하고 관련 부가가치세만 수수한 후 해당 과세기간의 부가가치세 신고시 매출세액에 포함하였음을 확인하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매출세액을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세 539,218,110원을 감액경정·결정하고, 2009.10.16. 동 금액을 청구법인에게 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점건축물의 등기명의를 김○○○ 외 10인에게 이전하였고, 김○○○ 외 10인에게 쟁점건축물에 대한 독점사용권을 20년간 부여한 것에 대하여 세금계산서를 발급한 것이므로 이는 단기임대와는 다른 무형의 재산권을 양도·양수한 것으로 거래대상이 존재하는 정당한 세금계산서 거래에 해당하므로 이 건 환급결정은 부당하다.

(2) 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청에서 김○○○ 외 10인에 대한 부가가치세 관련 세무조사를 하였는데도 ○○○이 청구법인을 다시 조사하여 환급처분한 것은 중복조사에 해당되므로 위법하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 건축물사용권(20년)이 부가가치세 과세대상에 해당하는 재화의 공급에 해당하기 위해서는 공급받은 자가 20년간 건축물을 배타적으로 사용할 수 있어야 하는 것이나 본 사안의 경우에는 쟁점건축물을 사용하는 김○○○ 외 10인이 그 사용에 대한 대가로 매월 1억원을 청구법인에게 지급하고 있는바, 20년간 건축물사용권이라는 별도의 독립된 권리로서부가가치세법상 재화를 청구법인이 김○○○ 외 10인에게 6,740,226,455원에 공급하였다고 볼 여지가 없으며, 단지 청구법인이 김○○○ 외 10인에게 쟁점건축물을 20년간 장기 임대한 것에 지나지 아니하므로 임대용역의 제공으로 매월 받기로 한 사용료 1억원에 대한 세금계산서만 당사자간에 수수하면 되는 것이어서 쟁점세금계산서 거래를 실체가 있는 정당한 세금계산서 거래로 보기는 어렵고, 등기명의를 가질 수 있다는 것이 무형 재산에 해당한다는 청구주장도 이유없다.

(2) 2008년 제2기 부가가치세 환급조사는 청구법인이 아닌 김○○○ 외 10인에 대한 조사로 이 건 부가가치세 환급관련 조사는 중복조사에 해당하지 아니한다.

3. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다. 가.국세기본법제55조 제1항에서는 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

• 나. 처분청이 제출한 경정·결정 자료 등에 의하면, 김○○○ 외 10인이 청구법인 소유의 쟁점건축물을 20년간 사용하는 대가로 매월 1억원의 사용료를 청구법인에 지급하기로 한 것과 관련하여, 청구법인은 2008.11.19. 김○○○ 외 10인에게 건축물사용권(20년)을 공급한 것처럼 쟁점세금계산서를 교부하고 관련 부가가치세만 수수한 후 해당 과세기간의 부가가치세 신고시 매출세액에 포함하였음이 확인되고, 이에 대해 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매출세액을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세 539,218,110원을 감액경정·결정하고, 2009.10.16. 동 금액을 청구법인에게 환급한 사실이 확인된다.
• 다. 살피건대, 감액 경정·결정이 행하여진 경우에는 감액되고 남은 잔액에 대하여 구체적인 조세채무를 확정시키는 것이 아니라, 당초 납세의무자가 신고하여 확정된 과세표준 및 세액 중 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과하여 별개의 독립된 처분으로 보기 어렵고, 나아가 납세의무자에게 불이익한 행정행위로 보기도 어려우므로국세기본법제55조 제1항 소정의 ‘이 법 또는 세법에 의한 처분’에 해당하지 아니한다 할 것인바○○○), 이 건의 경우 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부하고 관련 매출세액을 신고한데 대해, 처분청이 쟁점세금계산서상 공급가액을 청구법인이 실지 매출하지 아니한 것으로 보아 관련 부가가치세 과세표준 및 세액을 감액 경정·결정한 것이므로 이 건 감액 경정·결정 통지(환급)를 불복청구 대상이 되는 처분으로 보기는 어렵다.

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.