건축물에 대한 20년간 독점사용권을 제공받고 부가가치세만 지급하였을 뿐, 공급대가를 지급하거나 지급하여야 할 부채로서 인식한 바 없고, 건축물의 형식적 등기명의 이전 사실만으로는 정상적인 재화나 용역의 거래로 볼 수 없음
건축물에 대한 20년간 독점사용권을 제공받고 부가가치세만 지급하였을 뿐, 공급대가를 지급하거나 지급하여야 할 부채로서 인식한 바 없고, 건축물의 형식적 등기명의 이전 사실만으로는 정상적인 재화나 용역의 거래로 볼 수 없음
심판청구를 기각한다.
(1) ○○○이 쟁점건축물의 등기명의를 청구인에 이전하였고, 청구인에게 쟁점건축물에 대한 독점사용권을 20년간 부여한 것에 대하여 세금계산서를 발급한 것이므로 이는 단기임대와는 다른 무형의 재산권을 양도·양수한 것으로 거래대상이 존재하는 정당한 세금계산서 거래에 해당한다. 또한, ○○○이 쟁점건축물 독점사용권에 대한 세금계산서를 교부한 것은 그것이 단순한 임대권이 아니고 안정적인 영업권과 지상권보호를 위한 등기명의 권리까지 부여되는 무형의 재산권이기 때문에부가가치세법에서 요구하는바 그대로 과세표준을 정하고 세금계산서를 교부한 것이므로 이에 대해 가산세까지 부과한 것은 부당하다.
(2) 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청에서 부가가치세 관련 세무조사를 받았는데도 ○○○이 이를 다시 조사하여 과세처분한 것은 중복조사에 해당되므로 위법하다.
(1) 건축물 사용권이 부가가치세 과세대상에 해당하는 재화의 공급에 해당하기 위해서는 공급받은 자가 사용기간 동안 건축물을 배타적으로 사용할 수 있어야 하는 것이나, 본 사안의 경우에는 쟁점건축물을 사용하는 청구인이 그 사용에 대한 대가로 매월 1억원을 ○○○에 지급하고 있는바, 건축물 독점사용권이라는 별도의 독립된 권리로서 부가가치세법상 재화를 ○○○이 청구인에게 6,740,226,455원에 공급하였다고 볼 여지가 없으며, 단지 ○○○이 청구인에게 쟁점건축물을 20년간 장기 임대한 것에 지나지 아니하므로 임대용역의 제공으로 매월 받기로 한 사용료 1억원에 대한 세금계산서만 당사자간에 수수하면 되는 것이어서 쟁점세금계산서 거래를 실체가 있는 정당한 세금계산서 거래로 보기는 어렵고, 등기명의를 가질 수 있다는 것이 무형재산에 해당한다는 청구주장도 이유없다. 또한, 쟁점세금계산서를 수수한데 대하여 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다는 점에 관하여는 입증책임이 청구인에게 있음에도 청구인은 쟁점세금계산서를 수수한 것은 정당하다는 주장만을 되풀이하고 있을 뿐 정당한 사유를 입증하지 못하고 있으므로 이 건 가산세 부과도 정당하다.
(2) 쟁점세금계산서 수수가 정당한지 여부를 확인하는 것은 소득세 조사 범위 내에서 당연히 검토해야 할 사항이며, 처분청의 부가가치세 환급조사는 부가가치세 환급세액을 확인하기 위한 것으로 소득세 조사와는 조사범위와 내용이 다른 것이어서 중복조사금지원칙에 반한다고 할 수 없으며 특히, 처분청의 조사는 2008년 제2기 부가가치세 환급조사로서 이는 국세기본법제81조의4 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제2호에서 정한 중복조사 예외사유에 해당하므로 청구인에 대한 소득세조사를 실시하면서 쟁점세금계산서 수수거래의 실물거래 여부를 확인하는 것은 중복조사금지원칙에 반하지 아니한다.
② 이 건 부과처분 관련 부가가치세 조사가 중복조사에 해당하여 위법한지 여부
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제7조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제13조【과세표준 】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 제17조【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조 【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위 】
② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다. 제48조 【과세표준의 계산】
① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (3) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지 】
① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2 【중복조사의 금지 】 법 제81조의 4 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
(1) 등기부등본 처분청 조사내용 등에 의하면, 청구인(공동사업자인 김OO 등 11명)은 ○○○ 토지 8,462.5㎡를 2007년 1월에 매입하였고, 공동사업자 11인중 8인은 상기 토지상의 기존 창고 건축물 3,384㎡를 2007.7.2.에 매입하였으며, ○○○에 토지를 임대(2007.9.10. 사용 제공)할 목적으로 김○○○를 공동사업장 대표로 선임하고 공동사업을 개시한 것으로 나타나고, ○○○은 청구인 소유 토지와 기존 건축물에 농산물창고를 증개축하여 창고업(농산물 수입 다국적기업 ○○○에 농산물 보관창고로 제공)을 영위할 목적으로 ○○○의 공동사업구성원 중 6명과 그 외 공동사업구성원의 배우자 5명, 기타 2명 등 총 13명이 자본금 30억원(기타출자자의 출자금 6천만 원 포함)을 출자하여 설립하였으며, 또한, ○○○은 기존 창고 건축물에 연면적 10,038.07㎡의 쟁점건축을 증축하고 2008.9.12. 사용승인을 받았고, ○○○의 주식 소유자 중 98%는 ○○○ 공동사업자들과 동일인이거나 특수관계에 있는 자들로 나타난다.
(2) 청구인과 ○○○간에 체결하였다고 주장하며 제출한 쟁점건축물에 대한 사용권 계약서(2007.9.10.)의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 계약당사자는 ○○○(이하 ‘갑’이라 한다)와 ○○○(이하 ‘을’이라 한다)으로 계약의 목적(제1조)은 ‘갑’ 토지상의 기존건물을 증축하는 비용과 행위를 ‘을’이 부담한 뒤 ‘을’이 ‘갑’에게 20년간 건물사용권을 선수양도하고 20년간 ‘갑’으로부터 사용료를 지급받고자 하는데 있고, 계약의 존속기간(제2조)은 제3조에 따른 증축이 완료되어 사용승인이 발부된 일자로부터 20년간으로 하고, 계약기간 만료 이후의 계약 지속 여부는 상호 협의하여 결정한다고 되어 있다. (나) ‘갑’의 의무(제4조 제1호, 제2호)로 ‘갑’은 ○○○ 대지 8,462.5㎡를 증축에 사용되는 대지로 제공하여야 하고(제1호), 사용대지면적은 8,462.5㎡로 간주한다(제2호)고 되어 있으며, ‘을’의 의무(제5조)로 증축에 소요되는 건축비 및 부수적으로 요구되는 제세 공과금은 ‘을’이 부담한다고 되어 있다. (다) 대지사용료의 지불(제6조)과 관련하여, ‘을’은 2008.1.1.부터 증축 건물의 사용승인일자까지의 기간 동안 ‘갑’의 대지를 사용하게 되므로 1평방미터당 매월 5,000원의 대지사용료를 ‘갑’에게 지불하여야하고, 증축면적의 명의(제9조)와 관련하여 기존건물 면적에 추가되는 증축면적의 등기는 비록 그 증축비용이 ‘을’의 책임으로 지급된다 할지라도 ‘갑’의 명의로 ‘을’이 수행한다고 되어 있다. (라) 사용권(제10조)과 관련하여, ‘을’이 증축을 완료하고 사용승인을 받은 날부터 ‘갑’은 증축면적 전체(기존건물면적을 포함)에 대해 20년간 사용권을 보유하고, 사용료의 지불(제13조)과 관련하여, ‘갑’은 ‘을’에게 위 제10조에 따라 사용료 1억 원을 매월 선금으로 지급하며, 사용료는 ‘갑’과 ‘을’의 상호 협의를 통해 매년 그 인상률을 조정할 수 있다고 되어 있다.
(3) 처분청의 조사내용에 의하면, 청구인이 무형자산이라고 주장하는 쟁점건축물 독점사용권(20년)에 대해 ○○○은 공급가액 6,740,226,455원, 부가가치세액 674,022,645원, 합계 7,414,249,100원을 ‘청구’하는 것으로 2008.11.19. 세금계산서를 발행한바 있으나, 청구인이 ○○○에 공급가액 상당액을 지급한 사실이 없고, 양당사자가 채권·채무로 인식한 바도 없으며, 부가가치세액 674,022,645원만 2009.1.21. 청구인이 ○○○에 지급한 것으로 조사되었고, 쟁점건축물 사용에 대한 사용료 지급과 관련하여서도 양당사자간 쟁점건축물 사용에 대한 별도의 계약을 하지 않고, 상기 (2)의 사용권 계약 내용에 따라 청구인이 ○○○에게 매월 창고사용료로 1억원(세발가격)을 지급하고 세금계산서(매입)를 수취한 것으로 나타난다.
(4) 건축물 대장 기재사항을 보면, 기존건축물은 1층 창고 3,384㎡로 2003.4.4. ○○○가 취득하여 2003.4.22. 소유권 보존등기 경료하였으며, 2007.7.2. 강○○○이 각각 352.5/3384 지분을, 조○○○가 564/3384 지분 취득한 것으로 나타나고, 쟁점건축물은 1층 창고 2,219.94㎡, 2층 창고 760㎡, 3층 창고 3,925.83㎡, 3층 공장 1,674.15㎡, 4층 창고 1,458.15㎡, 합계 10,038.07㎡로 2008.9.12. 강○○○이 각각 10.63/100 지분을, 정○○○가 14.174/100 지분을, 박○○○가 각각 4.986/100 지분을 취득한 것으로 나타난다.○○○
(5) 청구인이 주장하는 공동사업자인 김○○○ 등 11명의 투자지분과 ○○○ 공동사업자 및 그 관련자의 ○○○에 대한 투자지분 내역은 아래 <표>와 같다. ○○○
(6) 공동사업자들간에 2007.5.1. 작성하였다고 제출한 동업계약서 내용은 다음과 같다. (가) 계약당사자는 김○○○(이하 ‘을’이라 한다)로, 지분율은 ‘갑’ 10%, ‘을’ 90%(조○○○)로 하고, ‘갑’은 선량한 관리자로서 창구를 신축·건립·운영하여야 하며 이를 위하여 ○○○이 주식회사를 그 대리인으로 위임 고용할 수 있고, ‘을’은 ‘갑’이 ‘갑’의 의무를 수행하는데 있어 필요하다고 판단되는 경우 건축계획에 따라 창고의 건축면적에 해당되는 지분만을 우선적으로 선택하여 사용할 수 있다고 하고 있다(제2조 및 제4조). (나) ‘갑’은 ‘갑’의 의무를 수행함에 있어 필요한 거래, 계약, 영업, 경영 등의 행위에서 ‘을’을 법적으로 대표하고(제8조), 본 계약의 존속기간은 특별한 사정이 없는 한 10년간 존속하며, 기간만료의 경우 만료 1개월 전까지 ‘갑’ 혹은 ‘을’의 이의가 문서로 제출되지 않는 한 같은 기간동안 연장되고(제16조), 본 계약은 법원의 확정판결이 있을 때 까지는 해지될 수 없다고 하고 있다(제18조).
(7) 이 건 관련 청구인의 세부주장 및 처분청의 의견을 요약하면 다음과 같다. (가) 청구인은 ○○○이 쟁점건축물 소유권을 가지고 있고, 그 에 대한 독점사용권을 청구인에게 20년간 부여한 것에 대하여 세금계산서를 발급한 것은 단기임대와는 다른 무형의 재산권을 양도·양수한 것으로 정당하다고 주장하고 있고, 처분청은 청구인이 20년 독점사용권을 무상으로 취득하여 자산수증이익으로 계상한 사실이 없고, 그 외에도 경제적 대가관계, 별도의 사용료 지급금액과 지급기간, 사용료인상률 조정 여부, 계약의 취소권 여부 등을 종합적으로 고려하여부가가치세법상 과세대상인 재화를 유상 또는 무상으로 공급했다고 볼 아무런 근거가 없다는 의견이다. (나) 청구인은 쟁점세금계산서상 공급가액과 매월 청구인으로부터 ○○○이 수취하는 건물사용에 대한 사용료 1억원이 경제적 대가관계에 있다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점건축물의 사용료는 건물을 1개월간 실제 사용한 대가로서 지급된 것이지(건물임대용역을 제공한 대가임) 20년 독점사용권이라는 재화를 별도로 공급한 것에 대한 대가로 지급한 것이 아니라고 하면서 20년 독점사용권과 매월 받는 사용료 1억원이 대가관계가 있다고 주장하는 것 자체가 결과적으로 쟁점세금계산서상 공급가액과 ‘건물사용권’과는 아무런 대가관계가 없다는 점을 청구인 스스로 인정하는 것이라는 의견이다. (다) 청구인은 처분청의 세무조사 전부터 이미 쟁점세금계산서 거래에 대해 건물선수사용권(대변)으로 회계처리하였고 ○○○도 건물선급사용권(차변)으로 회계처리하는 등 당사자간에 채권·채무로 인식하고 있었다고 주장하고 있고, 처분청은 청구인과 ○○○은 각각 가공자산 및 가공부채를 계상한 후 각각 20년간 균등상각으로 상각하기로 계약되어 있으므로 실질적으로 주고받을 채권, 채무관계가 없으며 단지 부가가치세액 상당액만 청구인이 ○○○에 지급한 점 등으로 미루어 보아부가가치세법상 정상거래로 보기는 어렵고, 쟁점세금계산서상 공급가액은 ○○○이 건물을 증축하는 데 소요된 증축비용일 뿐, 쟁점건축물 독점사용권(20년) 공급에 대한 공급가액으로 볼 수 없다는 의견이다. (라) 가산세 부과와 관련하여 청구인은 쟁점세금계산서를 쟁점건축물 독점사용권 공급에 따라 수취한 것이므로 가산세 부과도 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 거래대상 물건 및 대금 수수가 없고, 청구인이 주장하는 쟁점건축물 사용권과 쟁점세금계산서상 공급가액과는 대가관계가 없다는 점을 청구인 스스로 인정하고 있으며, 기타 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 청구인의 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 없으므로 가산세 부과도 정당하다는 의견이다. (마) 중복조사 해당 여부와 관련하여 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청에서 부가가치세 관련 세무조사를 받았는데도 ○○○이 이를 다시 조사하여 과세처분한 것은 중복조사에 해당되므로 위법하다는 주장이고, 처분청은 청구인에 대한 ○○○의 소득세 조사는 ○○○에 대한 법인세, 부가가치세 등에 대한 조사를 하면서 거래관계에 있는 거래상대방인 청구인의 쟁점세금계산서부분에 대하여 적정한지 여부를 확인한 것으로, 이는 세무조사의 기본에 해당하는 사항이고 더욱이 본건과 같이 쟁점세금계산서의 적부가 문제가 되는 건에 대하여는 반드시 확인이 필요한 사안인바, 이는국세기본법제81조의4 제2항 제2호의 규정에서 정한 중복조사 예외사유에도 해당됨이 명확하다는 의견이다.
(8) 위의 사실관계를 종합하여 먼저 쟁점ⓛ에 대해 살펴본다. (가) 청구인은 ○○○이 쟁점건축물의 등기명의를 청구인에 이전하였고, 청구인에게 쟁점건축물에 대한 독점사용권을 20년간 부여한 것에 대하여 세금계산서를 발급한 것이므로 이는 단기임대와는 다른 무형의 재산권을 양도·양수한 것으로 거래대상이 존재하는 정당한 세금계산서 거래에 해당하고, 따라서 가산세를 포함한 이 건 과세처분이 부당하다는 주장이다. (나)부가가치세법제6조 제1항에서 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다고 하고 있고, 제7조 제1항에서 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 하고 있으며, 제13조 제1항 제1호에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점세금계산서 거래가부가가치세법상 정상거래에 해당하기 위해서는 청구인이 주장하는 쟁점건축물 독점사용권이 부가가치세법상 재화에 해당되고, 동 사용권의 양도나 대여 등이 있어야 하며, 이러한 양도나 대여에 상응하는 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 직접적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 반대급부가 존재하여야 할 것이다. (다) 살피건대, 일반적인 경우 건축물을 신축하여 주고 일정기간 임차사용권을 가질 때에 동 임차사용권이부가가치세법상 재화의 공급에 해당하는 건물신축 공급에 대한 반대급부인 대가로서는 인식된다 할 것이나, 그 자체를 영업권으로 보는 임차권리금과 같이부가가치세법상 재화로 보는 무형의 자산으로 보기는 어렵고, 기업회계기준서(제3호, 문단75)에서도 무형자산의 종류에 산업재산권, 라이선스와 프랜차이즈, 저작권, 컴퓨터소프트웨어, 개발비, 임차권리금, 광업권과 어업권 등을 예시하고 있을 뿐, 임대차계약에 따라 자동적으로 인식되어지는 관념적이고 추상적인 개념으로서 임차권 또는 건축물 사용권 등은 열거하고 있지 아니하므로, 청구인이 주장하는 쟁점건축물에 대한 20년간 독점사용권은 영업권 등이 수반된 별도의 무형자산이라기 보다는 ○○○의 청구인에 대한 쟁점건축물 임대에 따라 자연적으로 발생하는 부수적 권리로 보는 것이 타당하다 하겠고, 또한, 청구인이 제출한 사용권계약서가 형식상으로는 무형자산에 대한 사용권계약으로 보여지는 면이 있으나, 그 내용을 보면 쟁점건축물을 사용하는 청구인이 건축물 사용에 대한 대가로 매월 1억원을 ○○○에 지급하기로 약정한 것으로 하고 있어, 그 실질은 독립적이고 재산적 가치가 있는 무형의 권리에 대한 사용계약이 아닌 청구인과 ○○○간의 쟁점건축물 사용관련 임대차계약에 불과함을 알 수 있으며, 청구인은 쟁점건축물에 대한 20년간 독점사용권을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 하나, 부가가치세만 지급하였을 뿐, 공급대가를 지급하거나 지급하여야 할 부채로서 인식한 바도 없고, 쟁점건축물의 등기명의를 청구인 명의로 한 사실은 있으나, 당사자가 실질소유권은 ○○○에게 있다고 상호 인정하고 있어 청구인에 대한 형식적 등기명의 이전 사실만으로는 쟁점건축물이부가가치세법상 재화로서 공급되었다고 보기도 어려운바, 따라서 처분청이 쟁점세금계산서 거래를부가가치세법규정에 의한 정상적인 재화나 용역의 거래로 보지 않고 관련 매입세액을 불공제하여 과세(가산세 포함)한 처분은 타당하다.
(9) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청에서 부가가치세 관련 세무조사를 받았는데도 ○○○이 이를 다시 조사하여 과세처분한 것은 중복조사에 해당되므로 위법하다는 주장이다. (나) 살피건대, 청구인에 대한 ○○○의 조사는 ○○○에 대한 조사에서 파생된 거래처에 대한 세금계산서 관련 확인조사(소득세)이고, 처분청의 청구인에 대한 조사는 2008년 제2기 부가가치세 환급조사로서 각각의 조사는 조사세목 등 그 내용과 범위가 다른바, 더욱이 ○○○의 청구인에 대한 조사는국세기본법제81조의4 제2항에 규정하는 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우이고, 처분청의 청구인에 대한 부가가치세 환급조사는 같은 법 시행령 제63조의2 제2호에서 규정하는 국세환급금의 결정을 위한 확인조사에 해당하여 이는 모두 재조사의 예외사유에 해당하므로, 중복조사를 통해 이루어진 이 건 과세처분이 위법하다는 청구주장은 타당하지 아니하다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.