직권폐업된 사업자로부터 받은 세금계산서를 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2009.12.7. 청구인에게 한 2007년 제2기 부가가치세 10,921,490원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1990.6.27. ‘○○○’라는 상호로 개업하여 제조업을 영위하는 사업자로 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ‘○○용접기산업(대표자 김○○, 이하 "쟁점거래처"라 한다)으로부터 공급가액 77,855,000원 상당의 매입세금계산서 3매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2007년 제2기 세금계산서합계표 전산대사자료 일람표에 의하여 쟁점세금계산서를 쟁점거래처가 직권폐업된 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2009.12.7. 청구인에게 2007년 제2기 부가가치세 10,921,490원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점거래처와 직권폐업일(2007.6.28.) 전인 2007년 6월 중순 첫 거래를 하고 거래대금 3,000,000원을 쟁점거래처의 계좌로 송금하였고, 거래당시 사업자등록증을 확인하였는바 계속사업자로 되어 있었으며(사업자등록증명원도 계속사업자로 되어 있었음), 쟁점거래처는 2007년 제2기에 청구인 외에도 다른 업체와 거래를 하였고, 2008년 제2기까지 사업을 계속하면서 부가가치세를 신고하는 등 계속 사업을 하였으므로 쟁점세금계산서를 직권폐업 이후에 교부받았다 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하고, 쟁점거래처가 직권폐업된 사실을 알 수 있는 위치에 있지 아니한 청구인에게 과실을 물을 수 없는 것으로 청구인은 선의의 피해자이므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점거래처는 2007.6.28. 사업장에서 사업을 하지 않는다는 사유로 직권폐업되었고, 2003.10.28. 사업장 현지확인 결과, 무단폐업자로 직권폐업되었다가 2004.8.18. 폐업취소한 이력이 있는 것으로 보아 2007년 6월에도 사업장에서 정상적인 사업을 하지 않았을 것으로 판단되며, 쟁점거래처는 홈택스 미가입 사업자이고, 2006년 1월부터 2007년 6월까지 국세통합시스템상 사업자등록증명원을 발급받은 사실이 나타나지 않으므로 거래시작 시에 사업자등록증명원을 통해 계속사업자임을 확인하였다는 주장은 신빙성이 없으며, 달리 쟁점거래처와 실지 거래한 사실을 입증할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 폐업 후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 2007년 제2기 세금계산서합계표 전산대사자료 일람표(2008.10.18.)에 의하면, 청구인이 2007년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제하여 신고한 쟁점세금계산서에 대하여 쟁점거래처에서 매출로 신고하지 아니한 것으로 나타나고, 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점거래처는 ‘사업장 현지확인 무단폐업자’로 2003.10.28. 폐업(폐업처리일 2003.10.29.)되었고, ‘사업장에서 사업을 하지 않음’을 이유로 2007.6.28. 폐업 및 폐업처리된 것으로 나타난다. 한편, 처분청이 제출한 전산자료에 의하면, ○○세무서장은 쟁점거래처가 2007년 제2기 부가가치세 확정신고를 하지 아니하여 매출세액을 22,002,500원, 매입세액을 272,900원으로 하여 부가가치세 30,139,530원을 결정·고지한 사실이 나타나고(납부 사실은 없음), 2008년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 2008년 제1기 부가가치세 및 이후 부가가치세는 신고한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점거래처가 계속 사업자인 것으로 알고 거래하였고, 아래 표와 같이 쟁점거래처로부터 물품을 매입하여 페루에 수출 및 ○○테크(대표자 권○○)에 매출하였다고 주장하고 있는바, (천 원) 매입일 금액 품목 매출 금액 판매처 비고 2007.8.13 36,855 용접기 2007.8.7. 49,312 페루 수출면장 2007.9.20. 12,500 용접기 2007.10.11 28,500 고주파기

2008. 3.31. 55,000

○○테크 세금계산서 77,855 104,312

• 주) 매입일은 쟁점계산서 발행일(결제일), 금액은 공급가액임 청구인이 제시하는 청구인 명의의 ○○은행 통장(계좌번호: 169-005621--*) 및 입금표(3매)에 의하면, 2007.6.20. 쟁점거래처의 대표 김○○에게 전화이체로 3,000,000원을 송금한 것을 비롯하여 2007.7.9.부터 2008.1.24까지 6회에 걸쳐 32,785,500원을 송금하고, 3회에 걸쳐 49,855,000원을 현금으로 지급하는 등 이 건 거래대금 85,640,500원을 지급한 것으로 나타나고 있으며, 수출신고필증(2007.8.7.)에 의하면 용접기 등 49,312,260원 상당을 페루로 수출 신고한 것으로 나타나며, 제시된 세금계산서에는 2008.3.31. 청구인이 ○○테크에 고주파기계 등 공급가액 55,000,000원 상당을 매출한 것으로 되어 있다.

(3) 살피건대, 쟁점거래처는 2007.6.28. 사업장에서 사업을 하지 아니한다는 이유로 관할세무서장인 ○○세무서장에 의하여 직권폐업 처리되었으나, 청구인이 제시한 증빙에 의하면 청구인은 쟁점거래처가 폐업되기 전인 2007.6.20. 거래를 시작하여 이 건 거래대금의 일부를 쟁점거래처에 지급한 것을 비롯하여 2008년 1월까지 거래대금 전부를 쟁점거래처에 송금 및 현금 지급한 사실과 쟁점거래처가 2007년 1기 부가가치세 확정신고를 한 사실 및 쟁점거래처가 2007년 2기 부가가치세 확정신고를 하지 아니함에 따라 쟁점거래처의 관할세무서장인 ○○세무서장이 2007년 2기 부가가치세를 결정·고지한 사실 등으로 볼 때 쟁점거래처는 직권폐업일 이후에도 계속 사업을 영위하였던 것으로 보이는바, 쟁점거래처가 계속 사업자인 것으로 알고 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처로부터 실제로 물품을 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 쟁점거래처가 폐업된 후에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.