대토농지 취득 후 3년 이상 재촌・자경하지 아니한 것으로 보아 비과세 배제한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.3.9. 취득한 경기도 ○○○ 답 397㎡, 같은 동 143-2 답 2,975㎡(이하 “종전농지”라 한다)를 2004.6.18. 양도한 후 2004.8.19. 양도소득세를 예정신고·납부하였다. 이후 청구인은 2005.3.2. 경기도 ○○○ 답 244㎡, 같은 리 973 답 972㎡, 같은 리 974 답 146㎡, 같은 리 976 답 1,236㎡, 같은 리 124 답 330㎡, 같은 리 1224-1 답 429㎡, 같은 리 1224-3 답 138㎡, 같은 리 1224-4 답 785㎡(이하 합하여 “대토농지”라 한다)를 취득한 후 2005.3.10. 종전농지의 양도로 인한 양도소득세가 비과세된다는 이유로 ○○○세무서장에게 경정청구를 하여 2005.6.30. 위 예정신고·납부한 양도소득세를 환급받았다.
• 나. 처분청은 2009년 9월 대토농지에 대하여 현지확인조사를 실시한 결과 청구인이 대토농지 비과세요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2009.12.31. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 44,362,160원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 종전농지가 택지개발사업에 편입되어 2004.6.18. 협의양도된 토지이고, 동 토지보상금으로 대토농지를 2005.3.2. 취득하여 소득세법 시행령제153조 제2항 제1호의 규정에 따라 대토농지의 취득일인 2005.3.2.부터 2008.3.2.까지(이하 “사후관리기간”이라 한다) 농지 소재지에 거주하면서 청구인의 책임하에 자경한 사실이 농지원부, 조합원증명서, 영농자재구입확인서, 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증 등에 의하여 확인되고 있으며, 대토농지의 적정여부에 대하여 2005년 6월 ○○○세무서장으로부터 실지조사를 받아 양도소득세 비과세에 해당되어 기납부한 세액을 환급받았는 바, 실지조사를 받을 당시와 사후관리기간 종료시점까지 청구인의 주소, 배우자 및 자녀의 주소와 거주지가 변함이 없는 데도 청구인이 사후관리기간동안 농지 소재지에 실제 거주하지 아니한 것으로 보아 대토농지에 대한 비과세규정의 적용을 배제한 처분은 부당하다.

(2) 청구인은 이 건과 관련하여 당초 세법이 정한 기한내에 정당하게 양도소득세를 신고 및 납부하였고, 당시 관할세무서장은 청구인이 대토농지를 취득한 후 제출한 과세표준 및 세액의 경정청구서에 의하여 실지조사를 하고 양도소득세 비과세를 인정하여 환급하였으며, 납세의무 불이행에 대한 청구인의 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 공인회계사로서 대토농지를 취득하기 이전인 1996년부터 현재까지 계속하여 서울특별시 용산구에 소재한 회계법인에 근무하고 있고, 청구인의 배우자와 자녀는 2004.11.25.부터 현재까지 서울특별시 ○○○신시가지 아파트에 거주하고 있어 청구인의 거주여부를 확인한 바, 당해 아파트 입주자관리카드에 의하면 청구인 및 그 배우자, 자녀 등 가족이 오래 전부터 거주하고 있는 것으로 나타나고, 청구인의 주민등록상 주소인 경기도 용인시○○○는 청구인의 부(父) ○○○이 2002.3.25. 취득한 다가구주택의 1층에 있는 방이고, ○○○은 3층에 거주하고 있으나 조사권의 한계가 있어 실 거주여부를 확인할 수는 없지만 이는 양도소득세 감면을 위한 전입으로 보아야 할 것이며, 공인회계사는 사회통념상 수행하는 일이 전문적이고 비교적 연봉도 많은 편이며, 통상 업무시간도 09:00~18:00 근무하여야 하는 등 실지 농사를 지을 수 있다고 보기 어려우므로 대토농지 비과세 요건을 갖추지 못하였다고 보아 대토농지에 대한 비과세규정의 적용을 배제한 처분은 정당하다. (2)소득세법제114조 제3항에 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견되는 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정되어 있는 바, 청구인의 경우 경정한 후 비과세를 받은 양도소득세에 오류가 있음이 현지조사를 통해 확인되어 즉시 경정한 건에 해당하므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

(1) 대토농지 취득 후 3년 이상 새로운 농지소재지에서 거주하면서 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 비과세규정의 적용을 배제한 처분의 당부(주위적 청구)

(2) 종전농지의 양도로 인한 양도소득세가 비과세될 수가 없다 하더라도 납부불성실가산세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (2) 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조【농지의 비과세】② 법 제89조 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우

③ 제1항 제3호 단서 및 제2항 제1호에서 "농지소재지" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)을 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2009년 9월 대토농지에 대하여 현지확인조사를 실시하였는 바, 그 조사복명서 내용을 보면, 아래와 같다. (가) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 공인회계사로서 1996년부터 이 건 심리일 현재까지 삼일회계법인(서울특별시○○○)에 재직 중이며, 아래 <표>와 같이 근로소득이 발생한 사실이 나타난다. (나) 경기도○○○구청장이 2009.11.19. 발급한 청구인에 대한 가족관계증명서를 보면, 청구인은 배우자 및 2명의 자녀가 있고 배우자는 2004.11.25.부터 심리일 현재까지 자녀와 함께 서울특별시 양천구 ○○○에 거주하고 있었다. (다) 2009.12.2. ‘입주자관리카드 발급의뢰’ 협조공문을 갖고 서울특별시○○○신시가지 아파트관리사무소를 방문하여 확인 바, 청구인, 배우자 및 자녀 등 가족이 오래 전부터 같이 거주하고 있었다. (라) 청구인의 주소지인 경기도 용인시 ○○○를 확인하기 위해 2009.12.3. 방문 확인한 바, 청구인의 부(父) ○○○이 1998.3.6. 신축된 3층 다가구주택을 2002.3.25. 취득한 것으로 3층은 ○○○이 거주한 것으로 보이고, 그 중 1층 106호로 청구인의 주소가 등재되어 있으나, 1층 106호는 평수도 작고 다가구주택이 오래 전에 신축되어 낡아 보이고, 관리가 제대로 안되었을 뿐만 아니라 각 방문의 호수가 없는 것도 있으며, 큰 도로까지의 접근성이 수월하지 아니하는 등 고액의 연봉을 받는 사람이 동 주택에 살기에는 적절하지 아니한 것으로 판단된다. (마) 청구인이 종전농지를 양도한 후 1년 이내에 대토농지를 취득한 사실, 대토농지가 종전농지의 면적 이상인 사실, 청구인의 주소지가 대토농지와 연접한 시·군·구인 사실, 종전농지의 경작기간이 3년 이상인 사실에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구인은 사후관리기간동안 대토농지 소재지에 실제 거주하면서 청구인의 책임하에 자경한 사실이 농지원부, 조합원증명서, 영농자재구입확인서 등에 의하여 확인되므로 대토농지에 대한 비과세규정의 적용을 배제하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 경기도 용인시 ○○○이 2009.11.18. 발행한 주민등록표 초본을 보면, 청구인은 2002.3.19.부터 심리일 현재까지 경기도 용인시 ○○○에서 주소를 두고 있는 사실이 나타난다. (나) ○○○조합장이 2009.10.29. 발행한 조합원증명서를 보면, 청구인은 2002.7.23.에 당해 조합에 가입(출자좌수 2,124좌, 납입출자금액 1,062만원)하고, 2005.4.8. 최초 작성된 대토농지의 농지원부를 보면, 재배작물은 벼이고 경작구분은 자경으로 기재되어 있다. (다) 경기도 ○○○이 2009.9.21. 발행한 자경증명서를 보면, 청구인이 대토농지를 자경하는 내용을 증명하고 있고, 첨부된 ○○○ 공무원의 출장복명서에 의하면 농지이용실태조사 요청에 따라 2009.9.10. 현지확인한 후 대토농지의 이용현황은 자경으로 기재되어 있다. (라) ○○○지점장이 2009.9.2. 발행한 영농자재구입확인서를 보면, 청구인은 비료 및 농약(2007년 22만원, 2008년 24만원, 2009년 46만원)을 구입한 사실이 나타난다. (마) 논의 공익기능 보전을 위한 관리협약서를 보면, 경기도○○○과 ○○○ 마을대표), ○○○(마을운영위원) 등이 2005년 4월에 논의 공익기능 보전을 위한 관리협약을 체결한 사실이 나타나고, 첨부된 마을협약 대상농지 및 구성원 현황에 청구인이 포함된 사실이 나타난다. (바) 경기도 ○○○구청장이 발급한 2006~2008년 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증을 보면, 청구인에게 쌀소득등보전직접지불금 등록증이 교부된 사실이 나타난다. (사) 위 (마)의 ○○○이 연명으로 날인한 농지이용 및 경작현황 확인서를 보면, 대토농지는 1998년부터 2000년까지 논농업에 이용되었으며, 현재도 논농사에 이용되고 있다는 내용이 기재되어 있다. (아) 청구인이 2009.9.3. 작성한 확인서를 보면, 청구인은 대토농지를 경작하면서 농사에 필요한 농약, 비료 등 농자재를 직접 구매하였고, 농기계를 보유하고 있는 경기도 ○○○에 거주하고 있는 ○○○에게 마지기당 14만원을 지급하는 조건으로 농기계를 대여받았으며, 월 2회(주말) 정도 방문하여 물고정리, 피뽑기 등을 직접 수행하고 모내기, 벼베기 등은 ○○○과 함께 작업하였다는 내용이 기재되어 있다.

(4) 위 사실관계 등을 종합하여 보면,소득세법제89조 제4호 및 같은 법 시행령 제153조 제2항, 제3항에서 농지대토로 인한 양도소득세 비과세의 적용을 받기 위해서는 3년 이상 종전의 농지 소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지 소재지에서 거주하면서 경작한 경우라고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우, 청구인은 공인회계사인 전문직 고소득자로 1996년부터 서울에 소재한 회계법인에서 심리일 현재까지 재직 중인 점, 청구인의 배우자 및 자녀가 2004.11.25.부터 서울특별시 목동신시가지 아파트에서 거주하고 있는 점, 청구인의 주민등록상 거주지인 경기도 용인시 ○○○1은 청구인의 부(父) ○○○의 소유로서 집 구조, 관리상태 등을 볼 때 대토농지 비과세요건을 갖추기 위해 주민등록상으로만 등재한 것으로 보이는 점 등을 고려하여 볼 때 청구인이 대토농지 소재지에서 3년 이상 거주하면서 대토농지를 직접 경작하였다고 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서, 청구인이 대토농지 비과세요건을 갖추지 못하였다고 하여 대토농지에 대한 비과세규정의 적용을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 한편, 청구인은 당초 세법이 정한 기한내에 정당하게 양도소득세를 신고납부하였고, 당시 관할세무서장은 청구인이 대토농지를 취득한 후 제출한 과세표준 및 세액의 경정청구서에 의하여 실지조사를 하고 양도소득세 비과세를 인정하여 환급하였으며, 이 후 청구인은 대토농지 사후관리기간동안 실지조사를 받았던 당시와 거주지 및 대토농지를 자경한 사실에 변함이 없어 납세의무 불이행에 대한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,소득세법제114조 제3항에 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 경정한다고 규정되어 있는 바, 이 건의 경우 처분청이 경정한 후 대토농지 사후관리기간동안 비과세요건이 결여된 사실을 현지확인조사를 통해 발견하여 즉시 경정한 경우에 해당하므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.