청구법인은 공정거래법 제2조 제2호, 같은 법 시행령 제3조 제2호 다목 및 라목에 따라 대규모기업집단 엘지의 계열회사에 해당되며, 청구법인의 2000 및 2001사업연도는 조세특례제한법제2조에 규정하는 중소기업의 요건을 충족하지 못하였으나, 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 조세특례제한법 시행령의 부칙 제15조 제2항의 규정에 의하여 2001.1.1.이후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 간주되므로 처분청이 청구법인을 중소기업에 해당하지 아니한다 하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 잘못이 있음
심판청구를 인용한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조세특례제한법(2005.7.13. 법률 제7577호로 개정된 것, 시행일 2005.7.13.) 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 1998.12.31. 대통령령 제15976호로 개정된 것(시행일 1999.1.1.) 제2조 (중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(소득세법 시행령 제31조 의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제2항의 규정에 의한 방송업(이하 "방송업"이라 한다), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"이라 한다) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 "폐수처리업"이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다.
1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법 시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 별표 2의 기준 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제2조 제2호 의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1 또는 별표 2의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지 중소기업으로 본다. (나) 2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정된 것(시행일 2000.1.10.) 제2조【중소기업의 범위】① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(소득세법 시행령제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제3항의 규정에 의한 방송업(이하 "방송업"이라 한다), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"이라 한다) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 "폐수처리업"이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다.
1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법 시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 별표 2의 기준 이내일 것
중소기업기본법 시행령제2조 제2호의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1 또는 별표 2의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다. (다) 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 것(시행일 2001.1.1.) 제2조 (중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(소득세법 시행령제31조의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제3항의 규정에 의한 방송업(이하 "방송업"이라 한다), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"이라 한다), 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 "폐수처리업"이라 한다), 종자 및 묘목생산업 또는 축산업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상이거나 자기자본이 1천억원 이상인 경우 또는 매출액이 1천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표의 범위기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령제3조 제2호의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 부칙 제15조 (중소기업판정 등에 관한 경과조치) ① 이 영 시행전에 개시한 과세연도에 중소기업 해당여부를 판정하는 경우에는 종전의 제2조 및 대통령령 제17026호 중소기업기본법 시행령개정령으로 개정되기 전의 중소기업기본법 시행령을 적용한다.
② 이 영 시행당시 종전의 제2조 제1항의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다. (라) 2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것(시행일 2005.2.29.) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① (삭 제)
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.
③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. [(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)]
④ 제3항의 산식 중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 재정경제부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인 등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 재정경제부령이 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병 등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인 등"이라 한다)로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 연구 및 인력개발비로 본다. (3) 중소기업기본법 시행령 (가) 1998.2.28. 대통령령 제15729호로 개정된 것(시행일 1998.2.28.) 제2조(중소기업의 범위) 법 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 업종별 규모가 제1호에 적합하고, 실질적인 독립성이 제2호에 적합한 기업으로 한다.
1. 별표 1의 업종을 주된 사업으로 하는 기업으로서 상시근로자수가 동 표에 규정된 수 이내이고 자산규모가 별표 2에 규정된 자산총액 이내일 것
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 의 규정에 의하여 동법 제9조 제1항의 대규모기업집단에 속하는 회사로 통지받은 회사가 아닐 것 (나) 2000.12.27. 대통령령 제17026호로 개정된 것(시행일 2001.1.1.) 제3조(중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호에 해당하는 기업을 말한다. 다만, 상시근로자수가 1천인 이상인 기업은 이를 중소기업에서 제외한다.
1. 별표의 업종을 주된 사업으로 하는 기업으로서 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표의 기준에 적합한 기업
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 제1항 의 규정에 의한 대규모기업집단에 속하지 아니하는 회사 (다) 2002.5.20. 대통령령 제17606호로 개정된 것(시행일 2002.5.20.) 제3조(중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 기업을 제외한다.
2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련) 독립성 기준 적용시한 독립성 기준 적용시기
○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 2005년 3월 31일까지
○제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식(상법제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업(이하 “중소기업제외대상기업”이라 한다)이 아닐 것 2005년 4월 1일부터 (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 (가) 1999.12.28. 법률 제6043호로 개정된 것(시행일 2000.4.1.) 제9조(상호출자의 금지 등) ① 일정규모 이상의 자산총액 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업집단(이하 "대규모기업집단"이라 한다)에 속하는 회사는 자기의 주식을 취득 또는 소유하고 있는 계열회사의 주식을 취득 또는 소유하여서는 아니된다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 회사의 합병 또는 영업전부의 양수
2. 담보권의 실행 또는 대물변제의 수령 제14조(대규모기업집단의 지정 등) ① 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 대규모기업집단 및 채무보증제한대규모기업집단을 지정하고 동 기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다.
② 제9조(상호출자의 금지 등) 내지 제11조(금융회사 또는 보험회사의 의결권 제한) 및 제13조(주식소유현황 등의 신고)의 규정은 제1항의 규정에 의한 통지를 받은 날부터 적용한다.
③ 제2항의 규정에 불구하고 제1항의 규정에 의하여 대규모기업집단으로 지정되어 동 기업집단에 속하는 회사로 통지를 받은 회사 또는 제14조의2(계열회사의 편입 및 제외 등) 제1항의 규정에 의하여 대규모기업집단의 계열회사로 편입되어 동 기업집단에 속하는 회사로 통지를 받은 회사가 통지받을 당시 제9조(상호출자의 금지 등) 제1항·제3항 또는 제10조(출자총액의 제한) 제1항의 규정을 위반하고 있는 경우에는 다음 각호의 구분에 의한다.
1. 제9조(상호출자의 금지 등) 제1항 또는 제3항의 규정을 위반하고 있는 경우에는 지정일 또는 편입일부터 1년간은 동항의 규정을 적용하지 아니한다.
2. 제10조(출자총액의 제한) 제1항의 규정을 위반하고 있는 경우에는 지정일 또는 편입일부터 1년간은 지정일 또는 편입일의 출자총액을 출자한도액으로 본다. 다만, 순자산액이 증가하여 출자한도액이 출자한도액으로 보는 금액을 초과하게 되는 때에는 그러하지 아니하다. 제14조의2(계열회사의 편입 및 제외 등) ① 공정거래위원회는 대규모기업단체의 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 할 사유가 발생한 경우에는 당해 회사(당해 회사의 특수관계인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 요청이나 직권으로 계열회사에 해당하는지 여부를 심사하여 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 한다. (나) 2002.1.26. 법률 제6651호로 개정된 것(시행일 2002.4.1.) 제9조(상호출자의 금지 등) ① 일정규모 이상의 자산총액 등 대통령령이 정하는 기준에 해당되어 제14조(상호출자제한기업집단 등의 지정) 제1항의 규정에 따라 지정된 기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 회사는 자기의 주식을 취득 또는 소유하고 있는 계열회사의 주식을 취득 또는 소유하여서는 아니된다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 회사의 합병 또는 영업전부의 양수
2. 담보권의 실행 또는 대물변제의 수령 (5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2000.4.1. 대통령령 제16777호로 개정된 것, 시행일 2000.4.1.) 제3조(기업집단의 범위) 법 제2조(정의) 제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 회사를 말한다.
1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각목의 1에 해당하는 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 당해 회사의 발행주식 [ 상법 제370조 (의결권 없는 주식)의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2(기업집단으로부터의 제외), 제17조의2(출자총액제한의 예외) 제1항 제8호 가목, 제17조의5(신규채무보증 금지대상의 제외요건) 및 제18조(기업결합의 신고 등)에서 같다] 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사
- 가. 배우자, 8촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척(이하 "친족"이라 한다)
- 나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30 이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자 중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다)
- 다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용 등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체
- 라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사
- 마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다)
2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 상당한 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사
- 가. 동일인이 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 의하여 대표이사를 임면하거나 임원의 100분의 50 이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사
- 나. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 당해 회사의 조직변경 또는 신규사업에의 투자 등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 회사
- 다. 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우에는 동일인을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)와 당해 회사간에 다음의 1에 해당하는 인사교류가 있는 회사
(1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사간에 임원의 겸임이 있는 경우
(2) 동일인이 지배하는 회사의 임·직원이 당해 회사의 임원으로 임명되었다가 동일인이 지배하는 회사로 복직하는 경우(동일인이 지배하는 회사 중 당초의 회사가 아닌 회사로 복직하는 경우를 포함한다)
(3) 당해 회사의 임원이 동일인이 지배하는 회사의 임·직원으로 임명되었다가 당해 회사 또는 당해 회사의 계열회사로 복직하는 경우
- 라. 통상적인 범위를 초과하여 동일인 또는 동일인관련자와 자금·자산·상품·용역 등의 거래를 하고 있거나 채무보증을 하거나 채무보증을 받고 있는 회사, 기타 당해 회사가 동일인의 기업집단의 계열회사로 인정될 수 있는 영업상의 표시행위를 하는 등 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사
(6) 법인세법 제72조(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. (7) 법인세법 시행령 제110조(결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산) ① 법 제72조 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다.
② 법 제72조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.
1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액
2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 "소급공제 결손금액"이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액
③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. [법 제72조 제3항의 규정에 의한 환급세액(이하 이 조에서 "당초 환급세액"이라 한다)] 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액 소급공제 결손금액
⑤ 법 제72조 제5항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액
2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율
⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.
⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 제출한 2000사업연도~2006사업연도 세액공제조정명세서에 의하면, 청구법인은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 2000사업연도에 190,589,458원, 2001사업연도에 615,048,744원, 2002사업연도에 282,531,990원, 2003사업연도에 243,634,636원, 2004사업연도에 257,539,201원을 신청하였고, 2004사업연도 법인세 신고시 2004사업연도에 발생한 결손금을 소급공제하여 법인세 128,379,674원을 환급받았음이 확인된다.
(2) 처분청이 제출한 2004사업연도 소급공제 법인세액 환급경정결의서 및 2006사업연도 법인세 경정결의서에 의하면, 2004사업연도에는 당초 청구법인이 소급공제받은 결손금액 475,480,275원을 공제부인하여 당초 환급세액 128,379,674원과 이자상당액 64,587,813원을 가산하여 차감징수세액을 192,967,487원으로 경정하였고, 2006사업연도에는 당초 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제 106,228,004원을 공제하였으나 처분청이 6,695,689원만 세액공제하여 법인세를 경정하였음이 확인된다.
(3) 1998.12.31. 대통령령 제15976호로 개정되어 1999.1.1.부터 시행된 조세특례제한법 시행령 및 2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정되어 2000.1.10.부터 시행된 조세특례제한법 시행령제2조에서 중소기업의 범위를 제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서, 당해 기업의 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법 시행령 별표 1의 기준(청구법인이 영위하는 업종인 산업용 냉장 및 냉동장비 제조업의 경우 500명) 이내이고, 자산총액이 중소기업기본법 시행령별표 2의 기준(산업용냉장 및 냉동장비 제조업의 경우 800억원) 이내이며, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제2조 제2호의 규정에 적합할 것(1998.2.28. 대통령령 제15729호로 개정되어 1998.2.28.부터 2000.12.31.까지 시행된 중소기업기본법 시행령제2조 제2호에는 “독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항의 규정에 의하여 동법 제9조 제1항의 대규모기업집단에 속하는 회사로 통지받은 회사가 아닐 것”으로 규정)으로 규정하였다가, 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되어 2001.1.1.부터 시행된 조세특례제한법 시행령제2조에서는 중소기업의 범위를 제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서, 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표의 범위기준(청구법인과 같은 제조업의 경우 상시근로자는 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하) 이내일 것과, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제2호의 규정에 적합할 것(2000.12.27. 대통령령 제17026호로 개정되어 2001.1.1부터 시행된 중소기업기본법 시행령제3조 제2호에서는 “ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 제1항 의 규정에 의한 대규모기업집단에 속하지 아니하는 회사”라고 규정하였다가, 2002.5.20. 대통령령 제17606호로 개정되어 2002.5.20.부터 시행된 중소기업기본법 시행령제3조 제2호에서는 “소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업”으로 규정하였고, 별표 2에서는 독립성 기준을 “ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것”으로 규정)으로 규정하면서, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상이거나 자기자본이 1천억원 이상인 경우 또는 매출액이 1천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니하는 종소기업 졸업요건이 추가되었으며, 그 부칙 제15조 제2항에서 종전 중소기업에 해당하는 기업이 개정된 조세특례제한법 시행령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 시행일(2001.1.1.)이후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하고 있다.
(4) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 2000사업연도(1999.12.1.~2000.11.30.) 청구법인의 상시 종업원수는 471명, 자산의 장부가액 합계액은 753억이고, 2001사업연도(2000.12.1.~2001.11.30.)에는 상시 종업원수는 425명, 자산의 장부가액 합계액은 796억원으로 나타나고, ○○○을 조회해 본 결과, 2000년 이전은 청구법인이 대규모기업집단에 속하는지 여부를 조회할 수 없으나, 2001년 이후에는 ○○○의 기업집단에 속하지 아니한 것으로 확인되며, 우리 원이 공정거래위원회 담당부서(경쟁정책국 기업집단과)에 조회한 결과 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 2000년에도 엘지의 대규모기업집단에 속하지 않는 것으로 확인된다.
(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2000사업연도(1999.12.1.~2000.11.30.) 및 2001사업연도(2000.12.1.~2001.11.30.)에는 조세특례제한법 시행령제2조의 규정에 의한 중소기업의 요건(상시 종업원수 요건, 자산의 장부가액 합계액 요건, 실질적 독립성 요건)에 모두 해당하여 중소기업에 해당하나, 2002사업연도(2001.12.1.~2002.11.30.)에는 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 에 의하여 변경된 중소기업의 요건 중 소위 실질적인 독립성 요건을 제외한 나머지 요건(상시 종업원수 300명 미만, 자본금 80억원 이하)을 충족하지 못하고(청구법인의 경우 상시 종업원수 300명 이상, 자본금 300억원), 중소기업 졸업요건(상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상이거나 자기자본이 1천억원 이상인 경우 또는 매출액이 1천억원 이상)에도 해당(청구법인의 경우 2002사업연도 매출액 1,016억원)하여 종소기업에 해당되지 아니하게 되었으나, 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 조세특례제한법 시행령의 부칙 제15조 제2항의 규정에 의하여 2001.1.1.이후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 간주되므로 처분청이 청구법인을 중소기업에 해당하지 아니한다 하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.