양도소득세 감면대상인 8년 이상 자경농지에 해당하는지 여부

1. ○○○세무서장이 2009.12.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 150,341,470원(2010.4.22. 취득시기의 변경으로 48,389,065원이 감액됨)의 부과처분은 청구인이 2006.12.18. 양도한○○○ 전 3,193㎡, 같은 리 329-21 답 664㎡, 같은 리 329-22 전 496㎡, 같은 리 329-24 전 1,150㎡, 같은 리 331-2 전 1,795㎡, 같은 리 331-3 전 2,291㎡, 같은 리 331-4 답 294㎡, 같은 리 산 71-1 496㎡, 같은 리 산 71-2 임야 23,702㎡ 중 청구인 지분토지(공유자지분 6분의 1) 및 같은 리 330-1 답 615㎡, 같은 리 330-2 전 208㎡ 중 청구인 지분토지(공유자지분 3분의 1)를 8년 이상 자경한 농지로 보아 그 과세표준및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 전 3,193㎡, 같은 리 329-21 답 664㎡, 같은 리 329-22 전 496㎡, 같은 리 329-24 전 1,150㎡, 같은 리 331-2 전 1,795㎡, 같은 리 331-3 전 2,291㎡, 같은 리 331-4 답 294㎡, 같은 리 산 71-1 496㎡, 같은 리 산 71-2 임야 23,702㎡ 중 청구인 지분토지(공유자지분 6분의 1) 및 같은 리 330-1 답 615㎡, 같은 리 330-2 전 208㎡ 중 청구인 지분토지(공유자지분 3분의 1)를 1992.4.27. 상속으로 취득하여 2006.12.18. 임의경매로 위 청구인 지분토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매각하였으나 이에 대한 양도소득세는 무신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 경락가액 516,550,000원을 양도가액으로 하고 1999.6.8.(1992.4.27. 협의분할에 의한 상속 등기원인으로 한 등기접수일)의 기준시가를 취득가액으로 양도차익을 산정하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 150,341,470원을 경정?고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지가 소재하는 지역에 현재도 거주하고 있고(8년 이상 거주요건 충족), 해당토지와 임야는 농지와 과수재배를 하는 임야로서 조세특례제한법제69조에 의거 양도소득세가 감면되어야 한다.

(2) 처분청은 경매가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정하였으나, 기준시가 적용이 원칙인 2006년 양도소득에 대한 세법규정에 따라 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 제시한 농업관련 공개강좌 수료증, 농민후계자집합교육 수료증, 농지확인서 등으로는 실제 자경한 사실이 확인되지 아니하고, 쟁점토지가 소재하는 경기도 남양주시는 2004.2.26.에 소득세법제96조 제1항 제7호의 지정지역에 지정되어 2008.11.7.로 해제되어 쟁점토지의 양도시에는 실지거래가액 신고대상이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지가 양도소득세 감면대상인 8년 이상 자경농지에 해당하는지 여부

② 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[중략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[중략] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만，상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2006.4.17. 재정경제부령 제504호로 개정된 것) 제27조 【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사, 농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사，농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

③ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만 제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

(4) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. (삭제, 2000. 12. 29.)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. 제104조의2 【지정지역의 운영】① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2006.12.18. 임의경매로 쟁점토지를 매각하였으나 이에 대한 양도소득세는 무신고한데 대하여, 처분청은 쟁점토지의 경락가액 516,550,000원을 양도가액으로 하고 1999.6.8.(1992.4.27. 협의분할에 의한 상속 등기원인으로 한 등기접수일)의 기준시가를 취득가액으로 양도차익을 산정하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 150,341,470원을 경정?고지하였다가 2010.4.22. 취득시기가 등기접수일(1999.6.8.)에서 상속개시일(1992.4.27.)로 변경되어 양도소득세가 48,389,065원이 감액된 내용이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점토지가 소재하는 지역에 현재도 거주하고 있고(8년 이상 거주요건 충족), 해당토지와 임야는 농지와 과수재배를 하는 임야로서 조세특례제한법제69조에 의거 양도소득세가 감면되어야 한다고 주장하고 있다. (나) 쟁점토지 등기부등본에는 ○○○(청구인의 아버지)이 쟁점토지와 관련된 토지를 1981.5.22. 소유권보존으로 취득하여, 청구인이 1992.4.27. 쟁점토지를 상속으로 취득하여 2006.12.18. 임의경매로 매각되어 소유권이 이전된 내용이 나타난다. (다) 청구인의 주민등록내역은 아래 <표1>과 같으며,

○○○ 청구인의 아버지 이용문의 주민등록내역은 아래 <표2>와 같다.

○○○ (라) ○○○이 2010.4.13. 발행한 청구인의 세목별 과세(납세)증명서에는 청구인이 1995년 수시분 농업소득세로 61,500원을, 1996년 신고분 농업소득세로 115,500원을, 1998년 수시분 농업소득세로 159,410원을, 2000년 수시분(2월분) 농업소득세로 72,000원(1999년 배로 기재되어 있음)을 납부한 것으로 나타난다. (마) 국세청통합전산망에는 청구인이 소득을 신고한 내용이 나타나지 아니한다. (바) ○○○이 청구인의 대출과 관련하여 2001.9.13. 작성한 간이 감정평가표에는 ① ○○○ 전 532㎡, ② 같은 리 329-21 답 111㎡, ③ 같은 리 329-22 전 83㎡, ④ 같은 리 329-24 전 192㎡, ⑤ 같은 리 331-2 전 299㎡, ⑥ 같은 리 331-3 전 382㎡, ⑦ 같은 리 331-4 답 49㎡, ⑧ 같은 리 330-1 답 205㎡, ⑨ 같은 리 330-2 전 69㎡, ⑩ 같은 리 산 71-2 임야 3,950㎡, ⑪ 같은 리 산 71-17 임야 83㎡를 267,975천원(1㎡ 당 45,000원)으로 평가하면서 이용상황에는 과수원으로 기재되어 있는 것으로 나타나고 있다. (사) 청구인은 2010.4.29. 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 쟁점토지와 관련한 토지는 종중토지로서 할아버지가 청구인의 아버지와 그 형제들에게 상속한 토지인데, 동 토지를 아버지가 과수원으로 경작하다가 청구인에게 지분으로 상속되어 청구인도 과수원(○○○농장)으로 경작(1993년도에는 영농후계자로 선정되었음)하면서 전업농 지원자금을 지원받았으나 태풍과 배값 하락으로 지원받은 자금을 상환하지 못하여 쟁점토지가 경매되었다고 주장하였다. 청구인은 다른 직업이 없었고, 농업소득세는 담당 시청 농지과에서 과실수의 개수로 산정한 농업소득세를 납부하였으며, 배 1,200주, 포도나무 300주에서 나온 과실을 판매하였으나 현재 동 과일상회가 재개발로 없어져 관련 자료를 제출하지 못한다고 주장하면서 청구인의 아버지가 작성하였다는 영농현황일지와 청구인의 문호농장에 대한 내용이 게재된 전업농신문을 제시하고 있는바, 영농현황일지는 1984년과 1985년 중 일자별로 작성된 것으로서 포도 및 배와 관련된 농약구입, 비료구입, 봉지구입 등이 구체적으로 자세히 기재되어 있다. 또한, 청구인이 제시한 ○○○(1996년 6월 창간당시 ○○○기자가 작성한 것으로 나타남)에는 청구인이 운영하는 ○○○의 사진과 청구인 사진을 게재하면서, 청구인이 ○○○에서 생산하면서 ○○○에 뒤지지 않는 당분을 유지하고 있고, 9천여 평의 농장에서 생산되는 ○○○는 생산자 실명제로 유통회사에서 일괄적으로 구입하여 판로에 애로가 없으며, 청구인은 농사를 업으로 삼고 살아 온 부모님밑에서 자연스럽게 농사를 배웠고, 대학을 중퇴하고 아버지의 일을 도맡아 농사를 시작해 농어민후계자로 전업농으로 농사에 몰두하고 있으며, 올해부터는 ○○○에 개설된 농업관련 2년 과정에 입학해 공부하고 연구하는 농민으로 활동하고 있다는 내용이 나타난다. (아) 청구인은 1996.3.22.부터 1996.12.10. ○○○을 이수하였음을 인정하는 수료증서 사본, 1993.7.12.부터 1993.7.13.동안 ○○○군의 1993년 신규농민후계자반을 수료한 수료증을 제시하고 있다. (자) ○○○ ○○○ ○○○은 청구인과 청구인의 아버지가 45년간 쟁점토지를 경작하였고, 청구인이 1992년 상속으로 배나무 1,200주 등으로 쟁점토지를 경작하였다고 확인하고 있고, 청구인이 제시한 농지경작확인서에는 ○○○ 거주하는 ○○○ 외 4인이 쟁점토지와 관련한 토지들이 청구인의 친인척들의 공유토지이나, 1990년부터 현재까지 청구인이 계속 경작하였음을 확인하고 있다. (차) 살피건대, 쟁점토지가 아버지로부터 상속받은 토지이고, 청구인이 다른 사업을 영위한 내역이 국세청 전산자료에 나타나지 아니하며, 청구인과 청구인의 아버지가 쟁점토지 인접에서 거주한 것으로 나타나고, 청구인이 1995년부터 2000년까지 농업소득세를 납부한 점, ○○○의 청구인의 대출과 관련한 감정평가표의 이용상황에 과수원으로 기재되어 있는 점, 청구인이 제시한 아버지의 영농현황일지에는 포도 및 배와 관련한 농약 및 비료구입 등이 구체적으로 기술되어 있는 점, 청구인이 제시한 ○○○에 청구인이 ○○○농장에서 먹골배를 생산한 내용에 대하여 기술되어 있는 점, ○○○ 수료한 수료증, ○○○ 등의 확인서내용 등으로 보아 청구인의 아버지와 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 과수원으로 경작하였다고 보이므로 쟁점토지는조세특례제한법제69조에 의한 양도소득세 감면대상 토지에 해당된다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 처분청이 경매가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정하였으나, 기준시가 적용이 원칙인 2006년 양도소득에 대한 세법규정에 따라 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다고 주장한다. (나) 재정경제부 투기지역 지정ㆍ해제현황에 의하면 쟁점토지가 소재하는 경기도 남양주시는 2004.2.26. 주택외투기지역으로 지정되었다가 2008.11.7. 해제된 것으로 나타난다. (다) 살피건대, 쟁점토지가 2004.2.26.부터 2008.11.7.까지 주택외투기지역으로 지정된 사실이 확인되는바, 쟁점토지는 이 건 양도일(2006.12.18.) 당시 소득세법제104조의2 제2항의 지정지역에 해당한다 할 것이므로, 쟁점토지 양도에 따른 양도차익은 실지거래가액에 의하여 산정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.