영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다고 하여 영세율 과세표준신고불성실가산세를 적용한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 부동산관리업을 영위하는 사업자로, 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자의 지위에서 같은 법 제4조 제2호의 규정에 의거 ○○○시립도서관을 건설하여 2009.1.2. ○○○광역시장에게 기부채납하면서 이와 관련된 세금계산서(공급가액 21,467,000,000원으로 영세율, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하고 영세율 첨부서류 제출없이 2009.4.25. 부가가치세 면세수입금액으로 전자신고한 후 2009.9.22. 국세기본법제45조에 의한 영세율서류를 첨부하여 수정신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 위 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서와 관련된 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 것으로 보아 쟁점세금계산서의 공급가액의 100분의 1에 상당하는 영세율 과세표준 신고불성실가산세에 수정신고에 따른 50% 감면규정을 적용한 신고불성실가산세(107,335,000원)를 포함하는 등 하여 2009.12.24. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 207,335,000원을 경정·고지한 후 단순착오를 원인으로 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세(100,000,000원)를 직권으로 감액경정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 ○○○시립도서관을 ○○○광역시장에게 기부채납하고 쟁점세금계산서를 교부한 것은 동 세금계산서의 공급대가를 ‘장래의 재산적 가치’로 회수하는 경우이므로 과세표준 신고시는 별도의 ‘매출=수익’이 없어부가가치세법만으로 재산적 가치가 법적으로 인정될 뿐이고, 수익의 실현은 ‘무형의 무상사용 수익권’의 사용을 통해 장래의 기간에 이루어지게 되는 것으로, 과세표준 양성화에 주된 목적을 두고 있는 영세율 과세표준신고방식과 의무불이행에 따른 세법상 제재규정의 목적과 전혀 관련이 없는 기부채납 후 임대형민자사업(BTL사업)으로 수정신고한 것에 대하여까지 영세율과세표준 신고불성실가산세를 획일적으로 적용하는 것은 가산세의 법리에 반하고, 기제출된 세무신고자료만으로도 세무행정이 가능하며, 법인등기부에 의하여 과세관청이 그 거래내역의 실질을 쉽게 파악할 수 있음에도 ‘과세적정을 위한 행정벌적 가산세’를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되는 처분으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 기부채납과 같이 영세율이 적용되어 납부할 부가가치세액이 없다 할지라도 사업시행자에게 부가가치세 영세율을 적용하여 특혜를 주는 만큼 제반의무를 이행하여야 하는 것으로, 부가가치세법 시행령제64조 및 제65조에 의하면 조세특례제한법에 의한 영세율 첨부서류 미제출시 가산세를 부과하는 것으로 명확하게 규정하고 있고, 조세특례제한법제105조 제1항의 규정에 의하여 영세율 적용대상 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 영세율 첨부서류인 “용역공급증명서”를 제출하도록 규정하고 있는 반면 기부채납과 같이 수익이 현재 실현되었는지 미래에 실현될 것인지에 따라 영세율 첨부서류를 미제출해도 된다는 별도의 규정이 없고, 등기부등본상 소유권 이전 신고는 영세율 과세대상과 관련된 세무행정에 필요한 협력의무사항에 해당하지 않는 것으로 납부세액이 없다는 이유로 영세율과세표준 신고의무가 면제되는 것은 아니므로 청구법인에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 영세율과세대상인 쟁점매출액을 부가가치세 면세사업 수입금액으로 신고하면서 영세율 첨부서류를 미제출한 경우 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. 1.·2. (생 략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

• 가. 국가 및 지방자치단체
• 나. 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다)
• 다. 한국철도시설공단법에 따른 한국철도시설공단
• 라. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자 3의2. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역 (2) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】⑫ 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호ㆍ제4호의 규정이 적용되는 경우에는 부가가치세법에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제3호의2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류 (3) 부가가치세법 제22조 【가산세】⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 경우

3. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우

⑥ 사업자가 제20조의2 제1항에 따른 현금매출명세서 또는 제20조의 2 제2항에 따른 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액(현금매출명세서의 경우에는 현금매출을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 제출하지 아니한 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

⑧ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항ㆍ제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다.

⑨ 제7항을 적용할 때 제18조에 따른 예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 부분에 대하여는 제19조에 따른 확정신고납부와 관련하여 가산세를 부과하지 아니한다. (4) 부가가치세법 시행령 제64조 【예정신고와 납부】③ 법 제18조 제1항 및 제2항 단서를 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 인하여 해당 서류를 첨부할 수 없는 때에는 국세청장이 정하는 서류로서 이에 갈음할 수 있다.

⑨ 제2항에 따라 예정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다.

1. 법 제11조 제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제3항에서 규정하는 서류 2.조세특례제한법제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 조세특례제한법 시행령제106조 제12항 및 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례 규정제4조에서 규정하는 서류

(5) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “사회기반시설”이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 극민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 가.·하. (생략)

• 고. 도서관법 제2조 제1호 에 따른 도서관

7. “사업시행자”라 함은 공공부문 외의 자로서 이 법에 의하여 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다. 제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자의 지위에서 같은 법 제4조 제2호의 규정에 의거 ○○○시립도서관을 건설하여 2009.1.2. ○○○광역시장에게 기부채납하면서 쟁점세금계산서를 교부하고 매출처별 세금계산서합계표와 영세율 첨부서류 제출없이 2009.4.25. 부가가치세 면세수입금액으로 전자신고한 후 2009.9.22. 국세기본법제45조에 의한 영세율서류를 첨부하여 수정신고한 것으로 나타난다.

○○○

(2) 처분청의 현지확인결과보고서를 보면, 청구법인이 2009년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서는 조세특례제한법상 영세율 적용대상임이 확인되나, 청구법인이 부가가치세 신고기한까지 부가가치세법 시행령제64조 제3항 제1의2호에서 규정하고 있는 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다 하여 부가가치세법제22조에 따라 쟁점세금계산서상 공급가액의 100분의 1에 상당하는 신고불성실가산세를 부과한 것으로 확인된다.

(3) 조세특례제한법제105조 제1항 제3호의2 규정에 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 같은 법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설은 영의 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제64조 제9항 제2호 에 의하면 조세특레제한법제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 대하여는 조세특례제한법 시행령제106조 제12항에 “공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류”를 제출하고 이를 제출하지 않는 경우 신고로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령제106조 제12항에서는 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 제공한 경우 부가가치세신고서에 영세율 관련 서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제9항 제2호 에 의하면 위 영세율 첨부서류를 제출하지 않는 경우에는 신고한 것으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있음에도, 청구법인은 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 예정신고시 이에 대한 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였고, 또한, 조세특례제한법의 규정은 특별한 사정이 없는 한 엄격하게 적용하는 것이 원칙이라 할 것이며, 청구법인에게 협력의무불이행에 대한 가산세 적용을 배제할 만한 특별한 사정이 없으므로 쟁점세금계산서와 관련된 영세율 첨부서류를 제출하지 않은것에 대하여 처분청이 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.