연구 인력개발비가 최초로 발생한 사업연도의 연구 인력개발비에 대한 세액공제

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2000.7.1. 설립하여 ○○○에서 화학제품 제조업을 영위하는 중소기업으로, 2007사업연도 법인세 신고 시 연구 인력개발비의 연평균발생액을 2007.2.28. 개정된 조세특례제한법 시행령제9조 제4항에 의하여 계산하지 아니하고, 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「조세특례제한법 시행령”이라 한다) 제9조 제3항에 의하여 계산하여 연구 인력개발비 세액공제액을 계산하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 시행령제9조 제4항의 규정을 적용하여 2007사업연도의 연구 인력개발비를 과다 공제한 것으로 보아 2009.10.22. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 43,911,370원을 경정, 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법」제10조 제1항 제1호 가목에서 중소기업의 경우 해당 과세연도에 발생한 연구 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 50%를 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 4년간 연평균발생액을 계산함에 있어 그 발생금액이 없는 연도는 “0”원으로 계산하는 것이 보편타당성이 있음에도, 조세특례제한법 시행령제9조 제4항 후단에서는 연구 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도의 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 본다고 규정하여 실질적으로 연구 인력개발비 세액공제액이 적게 되도록 규정한 것은 모법의 위임 없이 당해 세액공제의 요건을 축소 제한한 것이므로 동 시행령은 조세법률주의에 위배되어 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은조세특례제한법제10조 제1항 제1호 가목에서 해당 과세연도에 발생한 연구 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 50%를 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는데도, 조세특례제한법 시행령제9조 제4항을 적용하여 공제세액을 축소하도록 규정하는 것은 조세법률주의에 위반한 것으로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제10조 제2항에서 “제1항 제3호에 따른 4년간의 연구 인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 그 계산방법을 구체적으로 서술하고 있는 바, 이는 세법의 기본원칙인 조세법률주의의 “모든 과세요건과 부과 징수절차를 법률로 규정하여야 하나, 현실적으로 불가능하기 때문에 이를 대통령령 또는 재정경제부령에 따라 구체적으로 개별 위임할 수 있다”는 내용을 성실히 따른 것으로 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법」제10조에서 일정한 범위의 연구 인력개발비의 성격 및 세액공제 산식을 규정하면서 세부적인 내용을 같은 법 시행령 제9조 제4항의 규정에 위임한 것이 조세법률주의에 위배된 것인지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구 인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12

○ 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2007사업연도 법인세 신고서를 보면, 아래 <표>와 같이 연구 인력개발비가 발생한 사실이 나타난다.

○○○

(2) 청구법인의 2007사업연도 법인세 신고서를 보면, 구 조세특례제한법 시행령제9조 제3항에 의하여 2003사업연도부터 2006사업연도까지의 연구 인력개발비의 연평균발생액 25,134,580원(2003년 0원, 2004년 0원, 2005년 0원, 2006년 100,538,330원, 합계 100,538,330원을 4로 나눔)을 구한 후, 2007사업연도 연구 인력개발비 발생액 160,232,350원에서 위 연평균발생액을 차감한 금액의 50%를 세액공제액으로 하여 법인세를 신고한 사실이 나타난다.

(3) 처분청의 청구법인에 대한 2007사업연도 법인세 경정결의서 등을 보면, 조세특례제한법 시행령제9조 제4항에 의하여 2003사업연도부터 2006사업연도까지의 연구 인력개발비의 연평균발생액 100,538,333원에서 2007사업연도 연구 인력개발비 발생액 160,232,351원에서 위 연평균발생액을 차감한 금액의 50%를 세액공제액으로 하여 법인세를 경정, 고지한 사실이 나타난다.

(4) 위 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 연구 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어조세특례제한법제10조 제1항의 규정에 따라 소급하여 4년간 평균을 계산함에 있어 발생금액이 없는 사업연도는 “0”원으로 계산하는 것이 일반적으로 인정된 보편타당한 수학적 계산방법이라고 주장하나, 청구법인의 연구 인력개발비가 최초로 발생한 사업연도는 2006년이라는 점을 고려할 때, 같은 법 시행령 제9조 제4항의 연구 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지 발생한 연구 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 한다는 규정에 따라 연평균발생액을 100,538,330원으로 계산하여 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

(5) 한편, 청구법인은조세특례제한법제10조 제1항에서 해당 과세연도에 발생한 연구 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 50%를 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는데도, 같은 법 시행령 제9조 제4항에 그 공제세액을 축소하도록 규정하는 것은 조세법률주의에 위반한 것이라고 주장하나, 조세특례제한법제10조 제2항에서 제1항에 따른 4년간의 연구 인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 그 계산방법을 구체적으로 서술하고 있는 바, 이는 모법인조세특례제한법제10조 제1항, 제2항에서 일정한 범위의 연구 인력개발비의 성격 및 세액공제 산식을 규정하면서 보다 세부적인 내용을 같은 법 시행령 제9조 제4항에 위임한 것인데도 이를 조세법률주의에 위배되었다는 청구법인의 주장은 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.