과세예고통지이후 수정신고한 경우 가산세

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○○ 주식회사〔이하 “○○○라 한다〕로부터 수입의뢰를 받은 타워크레인을 수입하면서 2009.6.5. ○○○세관장으로부터 총 공급가액 2,986,867,990원의 세금계산서 3매(이하 “쟁점수입세금계산서”라 한다)를 교부받고 2009년 제1기 부가가치세 확정신고시 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 조기환급 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 조사를 통하여 쟁점수입세금계산서가 수입자인 ○○○에게 발행되어야 함에도 청구법인에게 발행되었으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 관련 매입세액 불공제 및 가산세에 대한 과세예고 통지를 한 후, 청구법인이 가산세를 제외하여 수정신고하였으므로 2009.11.6. 청구법인에게 가산세를 가산하여 2009년 제1기 부가가치세 60,146,540원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 부과하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○○세관장이 발행한 쟁점수입세금계산서에 따라 부가가치세를 신고하였다가 ○○○세관장이 착오발급한 사실을 인정하고 수입자를 ○○○로 정정하면서 청구법인에게는 쟁점수입세금계산서상의 각 과세표준 및 세액을 차감한 세금계산서(이하 “정정수입세금계산서”라 한다)를 교부함에 따라 정정수입세금계산서를 제출하여 적법하게 수정신고를 하였으며, 수정신고를 늦게 한 사유가 ○○○세관장이 정정수입세금계산서를 늦게 발급하였기 때문이고, 이는국세기본법제48조(가산세의 감면 등) 규정에서의 ‘정당한 사유’에 해당하며, ○○○에게 부가가치세를 환급하고 청구법인에게는 쟁점가산세를 부과한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인 것에는 다툼이 없고, 청구법인의 2009년 제1기 부가가치세 확정신고시 조기환급 신고에 따른 현지확인 조사 후 2009.9.8. 과세예고 통지를 한 후인 2009.9.23. 정정수입세금계산서를 교부받아 2009.10.5. 수정신고를 하였는바, 청구법인은 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고를 한 경우에 해당되므로 정당한 사유를 인정하지 아니하고 쟁점가산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 수입대행업자 명의로 발행된 세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고를 한 데 대하여 처분청의 과세예고통지 후 수정신고를 한 경우, 가산세 부과가 정당한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다. 제47조의3【과소신고가산세】① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의4【초과환급신고가산세】① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (단서 생략) 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. 다만, 제1호의 경우에는 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50, 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20, 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 10에 상당하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 제45조의 규정에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3ㆍ제47조의4 및 부가가치세법 제22조 제7항 에 따른 가산세에 한하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다) (2) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등 신청】① 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 신청서를 관할세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받고자 하는 가산세에 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 당해 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우에 한한다)

(3) 부가가치세법 제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 제22조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 따르면, 청구법인은 2009.6.5. ○○○세관장으로부터 쟁점수입세금계산서를 교부받아 2009.7.27. 처분청에 2009년 제1기 부가가치세 조기환급 신고를 하였으며, 처분청이 2009.8.19.~2009.8.26. 현지확인 조사를 통해 쟁점수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보아 2009.9.8. 청구법인에게 매입세액 불공제 및 가산세 부과에 대한 부가가치세 과세예고 통지를 하자 청구법인은 2009.10.5. 가산세를 제외한 부가가치세를 수정신고 및 납부한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 종결보고서(2009.8.26.)를 보면, ○○○와 ○○○ 크레인 수출업체)간의 수입대행계약서 등에서 청구법인은 단순히 수입대행만 수행하는 업체이고 실제 수입자는 ○○○로 되어 있으므로 수입세금계산서상 공급받는 자(수입자)가 ○○○로 기재되어 발행되어야 함에도 청구법인으로 기재되어 발행되었다고 보아 당초 ○○○세관장이 발행한 쟁점수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 하여 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 판단하였다.

(3) 청구법인이 쟁점수입세금계산서 교부시 ○○○세관장에게 제출한 수입신고필증(3건)상 신고내역을 보면, 신고일 2009.6.3., 품명 타워크레인, 수입자 ○○○, 납세의무자 청구법인으로 기재되어 있다.

(4) 청구법인과 ○○○간 수입대행계약서(2009.6.2.)를 보면, 수입대행자 청구법인, 수입위탁자 ○○○, 수입대행 품명 타워크레인 1세트로 기재되어 있다.

(5) 청구법인은 2009.9.8. 처분청의 부가가치세 과세예고 통지 후인 2009.9.18. ○○○세관장에게 ‘쟁점수입세금계산서 수정교부신청서’를 제출하였고, ○○○세관장은 2009.9.23. ○○○를 수입자로 하는 수입세금계산서 3매를 교부하고 청구법인에게는 정정수입세금계산서를 교부하였는바, 그 비고란에는 ‘수입자 정정 감액(2009.9.23.)’이라고 기재되어 있다.

(6) ○○○의 부가가치세 사업장 관할 ○○○세무서장은 2009.9.23. ○○○세관장이 ○○○에게 다시 발급한 2009년 제1기분 수입세금계산서상의 관련 매입세액(298,686,730원)을 공제하여 환급하였다. (7)부가가치세법제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 있으며, 같은 조 제2항은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.

(8) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것○○○ 외 다수 판결 참조)으로서, 청구법인은 처분청이 쟁점수입세금계산서의 매입세액이 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로서 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 과세예고 통지를 한 후에 쟁점수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 인정하여 수정신고를 하였는바, 수입대행업자인 청구법인이 당초 처분청에 환급신고한 쟁점수입세금계산서상의 매입세액은 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하고○○○같은 뜻임), 청구법인이 당해 쟁점수입세금계산서의 매입세액 신고에 대한 부가가치세의 경정이 있을 것을 미리 알고 난 후에 쟁점수입세금계산서에 대한 수정신고를 하였으므로, 처분청이 가산세에 대한 정당한 사유를 인정하지 아니하고 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.