매매계약서를 분실하여 계약금 지급사실이 불분명하지만 농지를 담보로 대출을 받아서, 1억6,000만원을 지급하여 전체 대금의 88%가 지급된 점, 농업기반공사가 계약금으로 지급한 2,927만원이 입금된 계좌에서 2000.4.28 같은 금액이 자납부담금으로 농업기반공사에 대체 납부된 점 등을 고려할 때, 1999.12.29. 쟁점농지의 잔금을 지급하였으므로 이날이 쟁점농지의 취득시기라는 주장이 신빙성 있어 보임
매매계약서를 분실하여 계약금 지급사실이 불분명하지만 농지를 담보로 대출을 받아서, 1억6,000만원을 지급하여 전체 대금의 88%가 지급된 점, 농업기반공사가 계약금으로 지급한 2,927만원이 입금된 계좌에서 2000.4.28 같은 금액이 자납부담금으로 농업기반공사에 대체 납부된 점 등을 고려할 때, 1999.12.29. 쟁점농지의 잔금을 지급하였으므로 이날이 쟁점농지의 취득시기라는 주장이 신빙성 있어 보임
00세무서장이 2009.11.6. OO인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 110,314,950원의 부과처분 중 2009.12.16. 감액경정한 91,937,500원을 제외한 나머지 세액 18,377,450원은 이를 취소한다.
1.처분개요
2. OO인 주장 및 처분청 의견
(1) 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정 되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년 [제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같 다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. ~ 2. (생략)
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지를 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.
⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.
(3) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것) 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정된 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일
2. ~4.(생략)
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
(5) 농업기반공사및농지관리기금법(1999.2.5. 법률 제5759호로 개정된 것) 제18조 【농지매매사업등】 ①공사는 전업농업인의 육성과 농업인이 아닌 자의 농지소유를 억제하기 위하여 농업인이 아니거나 전업 또는 은퇴하고자 하는 농업인등의 농지를 매입하여 전업농업인으로 육성하고자 하는 대상자(이하 “전업농육성대상자”라 한다) 및 농업법인에게 우선적으로 매도할 수 있다.
② 공사는 전업농육성대상자 및 농업법인에게 농지구입에 필요한 자금을 우선적으로 지원할 수 있다. 제23조 (농지매매사업자금의 융자 등) ①농림부장관은 제18조․제19조 및 제22조의 규정에 의한 농지매매사업, 농지의 장기임대차사업, 농지의 교환․분합사업에 소요되는 자금을 제31조의 규정에 의한 농지관리기금에서 융자할 수 있다.
(1) OO인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OO인은 1968.10.20.부터 쟁점농지의 양도일 현재까지 쟁점농지가 소재하는 강원도 00시 OO읍에 거주하여 왔고, 쟁점농지를 자경한 사실이 OO인의 주민등록초본과 처분청이 청구인의 대토농지에 따른 감액경정(2009.12.16., 91,937,500원) 관련자료에서 확인된다. (나) OO인과 OO의 쟁점농지 양수도 거래와 관련하여 OO인은 매매계약서를 분실(거래상대방인 OO도 사망)하여 제출하지 못하고 있으나, OO인이 1999.11.25. 농지구입자금의 용도로 1억원의 담보대출을 받을 수 있는지에 대하여 OO농협과 대출상담하였고, 2009.12.14. 청구인이 OO(OO의 처)의 OO은행 계좌(302-21-1144-)로 7,000만원을 입금하였으며, 1999.12.29. OO농협으로부터 OO인인 1억1,000만원을 신용대출(이자율 11.8%)받고 OO인의 배우자 김OO이 쟁점농지에 근저당을 설정(채권최고액 2억원)하고 9,000만원을 대출(이자율 13.5%)받아 같은 날 1억6,000만원을 OO의 계좌(302-21--)로 입금한 사실이 OO농협의 대출상담서, OO의 OO은행 계좌 조회자료 등에 나타난다. (다) OO와 농업기반공사의 쟁점농지 양수도 거래내역을 보면, 농업기반공사는 2000.3.29. 쟁점농지에 대한 OO와의 매매계약체결과 동시에 계약금 2,927만원을 OO의 계좌(OO 335063-51-, OO인이 사실상 통장관리)로 송금하였고, 동 금액은 2000.4.12. OO의 계좌에서 농업기반공사 계좌(OO 301033-51-)로 대체 출금(OO인이 농업기반공사에 납부할 자납부담금으로 사용)되었으며, 2000.4.17. 잔금 중 2억 510만원을 OO가 제출한 대위변제 승낙서에 의거하여 OO농협의 법인계좌(OO 335063-51-)로 송금하였고, 5,833만원은 OO 계좌(OO 335063-51-)로 입금하였다. OO농협은 법인계좌로 입금된 2억 510만원을 OO인 및 OO인의 처 OO의 대출금 상환으로 처리하였고, OO 계좌로 입금된 5,833만원 중 1,942만3천원은 OO의 계좌(OO 335063-20-)로, 421만2천원은 OO인의 계좌(OO 335063-52-)로 469만4천원은 OO의 계좌(OO 33503-61-)로 각 대체되었으며, 나머지 3,000만원은 현금으로 인출되었다. (라) 농업기반공사와 OO인의 쟁점농지 양수도 거래내역을 보면, 2000.4.28. 자납부담금 2,927만원을 OO의 계좌에서 농업기반공사계좌(OO 301033-51-)로 대체하여 지급하였고, 2001.1.15.부터 매년 1.15. 원금과 이자를 상환하여 오다가 쟁점농지를 양도한 이후인 2009.1.15. 미변제 잔금을 일시에 모두 상환하였다. (마) 쟁점농지의 등기부등본에는 2000.8.21. “이 농지는 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의하여 지원된 농지로 농업기반공사의 동의를 얻지 아니하고는 매매계약일로부터 8년 이내에 전매, 증여, 임대 또는 대리 경작할 수 없다”고 등재되었으나, 쟁점농지가 강원도 삼척시에 수용(양도) 된 후인 2008.3.12. 동 내용이 말소된 사실이 확인된다. (바) OO인은 2010.9.1. 조세심판관회의에서 전화에 의한 의견진술을 통하여 1999년 11월 OO의 집에 가서 계약금 3.000만원을 지급하고 등기권리증을 받아 왔고, 1999년 12월 OO농협에서 쟁점농지를 담보로 제공하여 받은 대출금으로 나머지 매매대금을 OO에게 지급하였는데, 농업기반공사로부터 농지매입자금을 지원받기 위하여 농업기반공사와 매매형식만 취하였다고 진술하였다. (사) 한국농촌경제연구원에서 1995.12월 발간한 농지규모화사업의 평가와 발전방향에 관한 여구 90페이지~91페이지를 보면 농업기반공사의 농지매매사업은 농지매입단계에서 농업기반공사(변경 전 농어촌진흥공사)가 이․탈농하려는 농민의 농지를 매입함으로써 이․탈농을 돕고 그러한 농지를 농업기반공사가 관리하여 필요한 농민에 매입하려는 농민이 팔려고 하는 농지소유자를 스스로 물색하여 매매거래를 하게 되고 농어촌공사는 매입하려는 농민에게 장기저리의 농지매입자금을 지원하고 있다고 기술되어 있다. (2) 소득세법 시행령 제162조 제1항 은 토지의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일로 하도록 규정하고 있다.
(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건데, OO인의 쟁점농지 취득과 유사하게 농업기반공사의 농지규모화사업과 관련한 농지매매사업이 현실적으로 농지를 매입하려는 농민이 팔려고 하는 농지소유자를 스스로 물색하여 매매거래를 하게 되고 농어촌공사는 매입하려는 농민에게 장기저리의 농지매입자금을 지원하는 형태로 진행되어 온 점, OO인이 비록 매매계약서를 분실하여 계약금 지급사실이 불분명하지만 1999.12.14. 7천만원을 OO의 처 OO에게 이체한 사실과 쟁점농지를 담보로 OO농협으로부터 대출을 받아서, 1999.12.29. OO에게 1억6,000만원을 지급하여 전체 대금의 88%가 지급된 점, 농업기반공사가 2000.3.29. OO에게 계약금으로 지급한 2,927만원이 입금된 OO의 계좌에서 2000.4.28 같은 금액이 OO인의 자납부담금으로 농업기반공사에 대체 납부된 점 등을 고려할 때, 1999.12.29. OO에게 쟁점농지의 잔금을 지급하였으므로 이날이 쟁점농지의 취득시기라는 주장이 신빙성있어 보인다. 따라서 처분청이 쟁점농지의 취득일을 2000.6.20.로 보고, 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 적용을 배제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판OO는 심리결과 OO주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.