토지를 매입하여 공장용지로 개발한 후 양도한 것은 부동산매매업에 해당

심판청구를 기각한다.

1.처분개요

• 가. 청구법인은 2000.3.27.부터 현재까지 제조업(반도체장비)과 도소매업(무역, 전자부품) 및 부동산임대업을 영위하고 있는 법인으로, 2007사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면과 관련하여 감면대상사업인 제조업과 도소매업 중 결손이 발생한 도소매업을 제외하고 제조업 부분에 대하여만 감면신청을 하였다.
• 나. ○○지방국세청장이 2009년 6월 처분청에 대한 종합감사시, 청구법인이 감면세액 계산시 감면소득을 제조업 소득과 도소매업 소득(결손금)을 통산하여 계산하였어야 함에도, 도소매업 소득을 제외함으로써 감면세액이 과다계상 되었다는 감사지적과 함께 감면세액을 재계산하여 신고오류에 대한 시정지시를 하였고, 처분청은 청구법인의 감면세액을 재계산하여 2009.11.12. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 9,467,500원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.13. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견
• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제7조 및 제143조를 보면, 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 구분 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제136조 제2항에서 같은 법 제143조에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 소득세법제19조를 준용하여 소득유형별로 제조업 소득금액, 도매업 소득금액을 계산 하고 감면세액은 조세특례제한법 제7조 에서 규정한 감면업종의 소득금액에 감면율을 적용하도록 규정하고 있을 뿐, 일부 감면사업에서 결손금 발생시 타 감면사업소득과 통산하여야 한다는 규정은 세법 어디에도 없고, 감면소득의 통산여부와 관련한 예규에 의하면, 2008년 이전까지는 예규(국세청 서이 46012-10133, 2003.1.21.)와 심사 결정(법인 2003-73, 2003.7.7.)을 통하여 감면소득을 통산하지 않는다고 하였다가 2008년 예규(국세청 법인-3033. 2008.10.23., 조특-167. 2009.2.13.)에서 통산한다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때, 2008년 이후 생산된 새로운 예규는 일방적인 과세관청의 예규변경으로서 일반적으로 납세자에게 받아들여질 정도로 공표된 것은 아니라 할 것이어서 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제143조 에서 같은 법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받는 사업과 기타사업을 겸영하는 경우 구분 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제136조의 구분경리 방법은 법인세법 제113조 의 규정을 준용하도록 규정하고 있으며, 같은 조 및 같은 법 시행령 제156조 같은 법 시행규칙 제75조에서 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산 ․ 부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 영위하는 제조업과 도매업은 모두 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업특별세액공제가 적용되는 사업으로 같은 법 제143조에 따라 과세사업과 구분하여 경리하여야 함에도, 청구법인은 일부 감면사업에서 발생한 결손금을 타 감면사업 소득과 통산하지 아니하고 감면소득을 계산하여 결과적으로 감면사업에서 발생한 결손금을 과세사업에서 차감하는 효과가 나 감면사업과 무관한 과세사업 소득이 감소하게 되었으며, 이는 조세특례제한법 제143조 의 규정에 의한 과세사업과 감면사업을 구분 경리하여야 한다는 규정에 부합되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2개 이상의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 그 중 한 사업만을 선택하여 중소기업특별세액 감면신청을 할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 복수의 감면대상 사업을 겸영하는 경우 그 중 한 사업만을 선택하여 감면신청을 할 수 없는 것으로 보아 청구법인에게 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 선택하여 감면신청을 할 수 있다고 주장 하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구법인은 2000.3.27. 부터 현재까지 제조업, 도소매업 및 부동산업을 영위하는 중소기업으로서, 2007사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업특별세액 감면소득을 산정함에 있어 2개의 감면사업 소득(제조업, 도소매업)과 비감면사업소득(부동산임대업) 중 제조업 부문에 대해서만 감면신청을 하여 감면세액을 계산하였고, 처분청은 청구법인의 도소매업 부문에서 발생한 결손금을 다른 감면사업소득에서 차감하여 감면소득과 감면세액을 재계산하여 이 건 처분을 한 것으로 나타난다. (2) 조세특례제한법 제7조 제1항 에서 규정하고 있는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 위 규정에서 열거하고 있는 업종에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련산업을 정책적으로 육성 ․ 발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로, 위 관련법에 열거된 사업을 겸영하는 사업자는 어떤 사업을 임의로 선택하여 감면받을 수 없고 해당되는 사업 모두를 감면되는 사업으로 분류하여 소득금액을 계산하는 것이 타당하다 할 것이다.

(3) 한편, 청구법인은 국세청의 예규(서이 46012-10133,2003.1.21.) 및 심사결정례(법인 2003-73, 2003.7.7.)와 같이조세특례 제한법제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면은 감면대상사업별로 계산하여야 하는 것이므로 결손금을 통산하지 아니하고 각 사업 연도 소득금액 범위내 금액을 감면대상소득금액으로 하여 특별세액 감면을 계산하여야 한다고 주장하나, 위 국세청의 예규 및 심사결정례는 감면율이 서로 다른 2개 이상의 감면사업을 영위하고 별도의 과세소득이 발생한 법인에 대해 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 1개 감면 사업에서 결손이 발생한 경우 당해 결손금을 다른 감면사업의 소득에서 공제하지 아니하고 감면소득고 감면세액을 계산하여야 한다는 것으로 보이고(다른 감면소득의 결손금을 통산하지 아니하고 소득이 발생한 감면사업소득에 대하여만 감면을 적용), 그 후 국세청의 예규 (서일46011-10977, 2003.7.22. 및 법규과-1062, 2007.3.9.)는 이 건 과세 처분과 같이 감면사업에서 발생한 결손금을 다른 감면소득에서 공제하는 것이 타당하다는 것으로 해석한 사실이 있다.

(4) 따라서, 청구법인의 경우처럼 비록 제조업 부문과 도소매업 부문의 사업장이 별도로 있고 구분경리를 하였다 하더라도, 각각의 사업에서 발생한 소득을 더하여 소득금액을 계산하여 감면신청을 하는 것이 타당하다고 보이는 바, 사업장별로 청구법인이 유리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하고 불리하다고 판단되는 사업장에 대한 소득은 감면신청을 하지 아니하여도 된다는 취지로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 제조업에서 발생한 소득과 도소매업에서 발생한 소득을 더하여 청구법인의 감면세액을 계산한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2009구2002, 2009.8.27. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.