최저한세 적용대상 공제감면은 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면보다 우선 적용함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2005.1.3.부터 산업용유리제품을 제조하는 사업을 영위하고 있는 법인으로, 2005사업연도와 2006사업연도 임시투자세액공제액이 이월공제됨에 따라 2006사업연도와 2007사업연도에 임시투자세액공제와 외국인투자세액감면이 동시에 적용되어법인세법제59조에 근거하여 외국인투자세액감면을 우선 적용하는 것으로 보아 2006사업연도 법인세 신고시 외국인투자지역내 외국인투자세액감면액 1,190,394천원을 공제한 후 임시투자세액 889,987천원을 공제하여 2007.3.30. 신고하였고, 2007사업연도 법인세 신고시에도 외국인투자지역내 외국인투자세액감면액으로 2,455,309천원을 공제한 후 임시투자세액 932,088천원을 공제하여 2008.3.31. 신고하였다.
• 나. 처분청은 ○○○국세청장의 외국인투자법인 등 부당공제감면 기획분석결과보고서 등을 근거로 청구법인의 2006사업연도와 2007사업연도 법인세 신고에 대하여 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자세액감면을 동시에 적용하는 경우 우선적으로 이월된 임시투자세액공제를 적용한 후 외국인투자세액감면을 적용하는 것으로 하여 납부할 법인세를 산출하여 2009.7.11. 청구법인에게 2006사업연도 농어촌특별세 22,518,310원 및 2007사업연도 법인세 116,388,960원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.25. 이의신청을 거쳐 2010.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 외국인투자에 대한 법인세 감면규정은 입법취지상 감면대상기간에는 다른 어떤 조세지원보다 우선적용되어야 하는 것으로,법인세법제59조의 규정에 의하면 공제감면 순위는 ① 세액감면, ② 세액공제순으로 적용하도록 규정하고 있음에도 처분청이 위 규정과는 달리 ① 세액공제, ② 세액감면 순으로 과세한 처분은 법적근거가 없는 위법한 처분으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제59조 제1항에서 “이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다”라고 규정하고 있어 적용순위에 관한 별도의 규정에 있는 경우에는 같은 법 제59조 제1항을 적용할 수 없는 것이며, 법인세법의 위임규정(법인세법제60조 제2항→ 법인세법 시행령제97조 제3항→ 법인세법 시행규칙제82조 제1항 제3호)에 따라 적법하게 제정된 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에서 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 우선 적용하고 그 다음에 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 적용하도록 하고 있으며 청구법인이 주장하는 근거인 같은 법 제59조 제1항을 적용할 수 없는 것○○○이며, 조세특례제한법제132조의 최저한세 규정은 과다한 조세감면을 방지하고 최소한의 과세공평을 기하기 위하여 감면의 한도를 제한하는 특별규정으로 최저한세 적용대상 세액공제는 차감세액이 있는 경우 산출세액에서 최저한세를 한도로 하여 세액공제를 적용받고 나머지는 이월공제하여야 하는 체계로 볼 때 이월공제액을 임의로 조절하는 것은 인정되지 않는 점에서 ① 세액공제, ② 세액감면 순으로 공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 최저한세 적용대상인 ‘임시투자세액공제’와 최저한세 적용대상이 아닌 ‘외국인투자에 대한 법인세 감면’을 동시에 적용받는 경우, 임시투자세액공제를 우선 공제한 후 외국인투자에 대한 법인세 감면을 하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산 】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의 3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 (2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (3) 법인세법 시행령 (2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제97조 【과세표준의 신고】

① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각호와 같다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류 중 당해 법인과 관련된 서류로 한다.

3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 (5) 조세특례제한법 (2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제132조 【최저한세】

① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세ㆍ 법인세법 제96조 의 규정에 의한 법인세에 추가하여 납부하는 세액ㆍ가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 15(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 13, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제4조, 제8조의2，제9조, 제17조, 제28조, 제30조, 제55조，제55조의2 제1항, 제75조, 제104조의9, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조，법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금

2. 제13조, 제14조, 제49조, 제55조, 제55조의2 제4항，제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제15조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제3항의 규정에 의한 소득공제금액ㆍ익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제5조의3，제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조，제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조, 제104조의8，제122조의2, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제21조，제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제64조, 제68조(농업소득외의 소득에 한한다)，제102조, 제121조의17 제2항, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 및 제16조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제35조의 개정규정에 한한다)ㆍ제4항의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면 (6) 조세특례제한법 (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조，제5조의3, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항，제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. (7) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제126조 【최저한세】

② 법 제132조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 세액공제 등”이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제ㆍ세액면제 및 감면을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005사업연도와 2006사업연도 임시투자세액공제액을 이월공제함에 따라 2006사업연도와 2007사업연도에 외국인투자세액감면과 임시투자세액공제가 동시에 적용되어 외국인투자세액감면을 우선 적용하는 것으로 보아 2006사업연도 법인세 신고시 외국인투자지역내 외국인투자세액감면액 1,190,394천원을 공제한 후 임시투자세액 889,987천원을 공제하여 2007.3.30. 신고하였고, 2007사업연도 법인세 신고시 외국인투자지역내 외국인투자세액감면액 2,455,309천원을 공제한 후 임시투자세액 932,088천원을 공제하여 2008.3.31. 신고한 것으로 확인된다.

(2) 처분청은 ○○○국세청장의 외국인투자법인 등 부당공제감면 기획분석결과보고서 및 이와 관련된 해석(법규과-660)을 근거로 청구법인의 2006사업연도와 2007사업연도 법인세 신고에 대하여 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자세액감면을 동시에 적용하는 경우 우선적으로 이월된 임시투자세액공제를 적용한 후 외국인투자세액감면을 적용하는 것으로 하여 법인세로 납부할세액을 산출하여 2009.7.11. 청구법인에게 2006사업연도 농어촌특별세 22,518,310원 및 2007사업연도 법인세 116,388,960원을 경정·고지한 것으로 확인된다.

(3) 감면 및 세액공제액의 계산규정인법인세법제59조 제1항에 의하면, “이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 ① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다), ② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ③ 이월공제가 인정되는 세액공제(이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제), ④법인세법제58조의3의 규정에 의한 세액공제(이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제)의 순서에 의하고, 이 경우 ①과 ②를 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 보도록 규정하고 있으며, 같은 법 제60조 제1항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하며, 이 경우 신고서에 ① 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) ② 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다), ③ 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 하고, 이를 첨부하지 아니한 경우에는 신고로 보지 아니하도록 규정하고 있다. (4) 법인세법 시행령제97조 제3항에 의하면 “세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다”고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙제82조(서식) 제1항 제3호에 의하면, 같은법 시행령 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 규정하고 있으며,

④ 납 부 할 세 액 계 산

(120) 산출세액

(121) 공제감면세액(ㄱ)

(122) 차감세액

(123) 공제감면세액(S)

(124) 가산세액

(125) 가감계(122-123_124) 별지 제3호 서식의 “④ 납부할 세액계산”란을 보면 (120) 산출세액, (121) 공제감면세액, (122) 차감세액, (123) 공제감면세액, (124) 가산세액, (125) 가감계 순으로 작성하도록 되어 있고, 그 작성방법을 보면 (121)의 공제감면세액은 최저한세 적용대상 공제감면세액을 기재하도록 하며, (123) 공제감면세액은 최저한세 적용제외 공제감면세액을 기재하도록 하고 있어 최저한세 규정은 공제감면세액의 적용순위를법인세법제59조와는 달리 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2010.1.1. 법률 제9921호로조세특례제한법제132조 제3항이 개정되기 전에는 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하여야 한다는 명확한 규정이 없었으므로,법인세법제59조 제1항에 따라 세액감면을 세액공제보다 우선하여야 한다고 주장하나, 2010.1.1조세특례제한법제132조 제3항이 개정되기 전부터 최저한세 대상 공제감면세액을 최저한세 배제 공제감면세액보다 우선하여 적용하도록 되어 있는 법인세법 시행규칙별지 제3호 서식이 시행되어 온 점, 기획재정부의 2009년 개정세법 주요내용을 보면 2010.1.1.개정된 조세특례제한법제132조 제3항 규정의 개정이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 하고 있는바, 이는 명백히 문자화 되어 있지는 않았지만 이미 시행되고 있었던 사항에 대하여 법에 문자화하여 명확하게 한다는 확인적 규정으로 보이는 점,조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 제1항에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제 공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있는바, 이는 최저한세 대상 공제감면을 우선 적용하여야 한다는 취지로 보이는 점 등을 고려할 때,조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 규정은 명문화 하고 있지는 않았지만, 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하고 있는 것으로법인세법제59조의 별도규정이라고 보는 것이 타당하므로(조심 2009중2396, 2011.5.2. 같은 뜻), 처분청이 ‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다 우선 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.