교육프랜차이즈 목적용 신축건물에 대한 부가가치세 매입세액 공제여부

○○○세무서장이 2010.1.4. 청구법인에게 결정고지한 2009년 제2기 부가가치세 6,518,181원의 부과처분은, 청구법인이 ○○○로부터 2009.9.10. 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 26,090,909원, 2009.9.28. 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 39,090,909원, 합계 65,181,818원을 공제하여 이를 경정한다.

• 가. 청구법인은 ○○○ 지상에 교육연구시설(연면적 4,053.81㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 시공자인 ○○○과 도급공사금액 3,801,600,000원(부가가치세 포함)에 신축하는 것으로 하여 2009.7.14. 도급계약을 체결하고 신축중이며, ○○○로부터 공사기성분으로 수취한 매입세금계산서 공급가액 651,818,182원(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)에 대하여 2009.10.25. 2009년 2기 부가가치세 예정신고시 65,181,818원을 조기환급 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 2009.2기 예정 부가가치세 현지확인 조사에서 쟁점건물은 교육시설로 신축중인 건물로서 면세사업인 수강생 교육을 위한 시설로 보아 2010.1.4. 청구법인에게 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하고 2009년도 제2기분 부가가치세 6,518,181원(초과환급신고가산세)원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 주된 사업은 지식서비스를 활용할 수 있는 인프라구축, 교육훈련프로그램 개발 및 공급, 지식기반서비스를 통한 지식제공 등을 교육프랜차이즈 형태(가맹비, 월회비 등)로 운영하는 것으로, 사업초기에 서비스 인프라를 구축하는 과정에서 연구프로젝트 창업준비를 위한 합숙과정운영과 연구프로젝트 시범운영이 필수적인바, 쟁점건물의 신축공사는 이러한 용도로 사용하기 위해 하는 것이며, 현재의 사무실이 소재한 ○○○ 지상의 건물(○○○ 학습프로그램 운영)과는 전혀 다른 용도로서 ○○○이 청구법인의 업종을 소프트웨어개발 및 공급업으로 인정하여 창업중소기업 육성자금을 지원함에 따라 쟁점건물을 신축하는 것이므로 처분청이 쟁점매입세금계산서를 면세사업에 관련된 것으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고, 초과환급신고가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 사업자등록상 과세·면세사업자로 되어 있으나, 개업일이후 청구일 현재까지 교육용역에 대한 수입금액만을 면세로 신고하고 있으며, 쟁점건물의 신축공사에 대한 건축허가서에서 건물의 주용도가 교육연구시설로서 학습 및 세미나실, 연수원, 교육생 숙소 등 교육연구목적임이 확인되고, 청구법인의 인터넷홈페이지에 소개된 교육과정, 신입생 모집요강 등에 적시된 사항에 비추어 볼 때, 쟁점매입세금계산서의 매입세액은 부가가치세법제17조 제2항 제4호의 규정에 의한 면세관련 매입세액에 해당되므로 이를 공제하지 아니하고, 초과환급신고가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 건물신축공사에 따른 매입세금계산서를 과세사업에 관련된 것으로 보아 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법률

(1) 부가가치세법 제12조 【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 납부하여야 한다.

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제30조 【교육용역의 범위】법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 기타 비영리단체 및 청소년활동진흥법 제10조제1호 의 규정에 의한 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술등을 가르치는 것으로 한다. 제60조 【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항의 규정에 의한 신용카드매출전표등의 수취명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등수취명세서"라 한다)를 국세기본법 시행령 제25조제1항 에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액 × (면세공급가액 / 총공급가액)

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2제3항제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의 2 【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 × [1－과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 / 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적] － 기공제세액}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 사실관계를 본다. (가) 처분청의 ○○○ 사업자등록사항에 의하면, 청구법인은 본점 소재지를 ○○○으로 하고, 법인명을 “주식회사 ○○○”로 하여 인문 및 사회과학연구개발업을 영위하는 것으로 나타나고, 2006.11.27. 개업한 이래 면세사업인 평생교육시설을 운영하였으나 2008년 7월 주업종을 서비스 인문 및 사회과학연구개발업으로 변경하고, 부업종을 서비스 / 소프트웨어개발 및 공급업으로 추가하였으며, 부가가치세 과세사업자로 변경·등록하였음이 나타난다. (나) 청구법인의 법인등기부상 목적사업은 인문 및 사회과학연구개발업, 소프트웨어개발 및공급업, 프랜차이즈관련업, 노인복지시설운영업, 교육프로그램 개발업, 교육상담·자문업, 교육훈련업, 교육위탁업, 건강관리업, 평생교육업, 관광레저스포츠산업, 위와 관련된 부대사업 등으로 나타난다. (다) 청구법인이 ○○○과 2009.7.14. 체결한 쟁점건물의 신축공사 도급계약서에 의하면, 쟁점건물은 2009.7.20. 착공하여 2010.6.19.에 완공하는 것으로 되어 있고, 총 계약금액은 3,801,600,000원(부가가치세 포함)으로 기성율에 의하여 지급하는 것으로 되어 있으며, 쟁점매입세금계산서를 수취한 내역은 아래와 같다.

○○○ (라) 청구법인은 2009년 2기 예정 부가가치세 신고(2009.10.25.)시 ○○○ 수취한 쟁점매입세금계산서를 과세사업관련 매입으로 보아 매입세액 65,181,818원을 환급신고하였으나, 처분청은 이를 면세사업과 관련된 매입으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고, 이 건 부가가치세 6,518,181원(초과환급신고가산세)을 결정·고지하였음이 처분청의 과세관련 심리자료에 나타난다. (마) 쟁점건물의 건축허가서(2008.6.5.허가, 2009.12.11.변경)에는 쟁점건물의 주용도가 교육연구시설〔연면적 4,053.81㎡, 지하 1층 845.49㎡ 교육(연수)원 학습 및 세미나실, 지하 2층 1,312.6㎡ 교육(연수)원 강의실, 지상 1층 398.85㎡ 교육(연수)원, 지상 2층 497.27㎡ 교육(연수)원 교육생숙소, 지상 3층 502.33㎡ 교육(연수)원 교육생숙소, 지상 4층 497.27㎡ 교육(연수)원 교육원숙소〕로 되어 있다. (바) 쟁점건물은 ○○○에서 창업초기기업육성자금(시설자금) 30억원을 지원(○○○ 2009.3.24. 지원통보)받아 신축하고 있으며, 자금지원 심사시 동 공단에서는 청구법인의 사업내용을 “스터디프로 S/W개발 및 프랜차이즈화 사업”으로 업종분류는 “S/W개발 및 공급업”으로 조사(2009.5.21.)하였음이 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점건물의 부지인 ○○○(1,957㎡)의 농지전용허가시 2008.6.3. 농지보전부담금 19,374,300원을 ○○○에 납부한 영수증을 제시하면서, 농지법제38조 및 같은 법 시행령 제52조, 별표2에서 “평생교육법에 의한 교육시설”은 농지전용시 농지보전부담금이 감면되나, 쟁점건물은 프랜차이즈 사업의 교육연구시설이어서 감면을 받지 못하였다고 진술하고 있다. (아) 한편, 청구법인의 본점 소재지인 ○○○ 위의 기존건물은 평생교육시설로 신고(신고증 교부일 2008.4.28, 발급기관 강원도 ○○○교육청교육장)되어 있으며, 개업일 이후 현재까지 신고한 평생교육시설의 면세수입금액은 2008년 2기 39,035천원, 2009년 1기 59,820천원, 2009년 2기 예정 41,639천원이고, 과세사업과 관련된 수입금액은 없는 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 기술개발촉진법 시행령 제15조 제2항 및 동 시행규칙 제8조 제2항에 따라 동 법인의 소프트웨어연구개발팀을 연구전담부서로 하여 2009.9.4. 연구개발전담부서인정서(발급기관 사단법인 ○○○)를 교부받았다. (차) 청구법인은 사업계획서 등에서 교육의 새로운 패러다임을 제시하고 교육의 혁명자적 역할을 수행하는 것으로 학원 스터디프로(통합형 자기주도 학습코치) 창업을 통해 자기주도 학습정착, 스터디프로 교육전문가 양성 및 스터디프로 프랜차이즈시스템을 전국망으로 구축하여 창업을 지원함을 사업목적으로 하고 있고, 청구법인의 프랜차이즈 사업규정에는 수강생을 연 4회 공개모집하되 전원 교육기간(3개월 과정) 동안 기숙사 생활을 해야 하며, 수강료는 3개월과정(교육비, 숙박비, 식사비 포함)은 6백만원이며, 창업가맹비(브랜드사용권, 지역영업권보장, 학습프로그램 제공)는 2천만원~5천만원으로 되어 있다. (2) 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분 계산하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제3호는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산함에 있어 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 적용하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조의2는 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 과세사업을 영위하고자 사업자등록을 과세사업자로 변경하였고, 사업계획서 등에서 청구법인의 상호, 상표 등의 사용 및 자체개발한 교육프로그램, 학원경영 노하우 등을 제공하고 가맹비 및 월회비를 받는 프랜차이즈사업을 예정하고 있으며, 동 사업을 위하여 쟁점건물을 신축하는 것으로 보이는 점, 쟁점건물은 중소기업 창업초기기업육성자금을 지원받아 신축하고 있는바, ○○○에서 동 자금의 지원여부 심사시 청구법인의 업종을 “S/W개발 및 공급업”으로 조사하여 지원하고 있는 점, 청구법인이 기존에 운영하고 있는 평생교육시설은 농지전용시 농지보전부담금이 감면대상이나, 쟁점건물은 프랜차이즈 형태의 교육연구시설로 사용하고자 농지보전부담금 19,374,300원을 납부한 것으로 보이는 점, 쟁점매입세금계산서를 과세사업과 관련된 것으로 보아 매입세액을 공제하더라도 쟁점건물이 완공되어 과세사업이 아닌 면세사업에 일부면적 또는 전체면적이 사용되는 경우에는 정산하게 됨으로써 향후 과세에 어려움이 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점건물은 부가가치세가 과세되는 교육프랜차이즈화 사업에 사용될 예정이므로 건물신축에 따른 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 공제함이 타당하다 할 것이며, 처분청이 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하고, 초과환급신고가산세를 부과한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.