임차인이 건축물을 신축하여 일정기간 사용 후 임대인에게 기부채납하는 경우, 건축물의 신축가액을 후불임대료는 동 시설물의 소유권이 이전되는 시점의 시가를 기준으로 각 과세기간별로 안분계산하는 것임
임차인이 건축물을 신축하여 일정기간 사용 후 임대인에게 기부채납하는 경우, 건축물의 신축가액을 후불임대료는 동 시설물의 소유권이 이전되는 시점의 시가를 기준으로 각 과세기간별로 안분계산하는 것임
1. OOO세무서장이 2009.10.12. 청구법인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 OOO원, 법인세 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원의 부과처분은, (가) [별첨] <표1>에 기재된 쟁점건축물 중 OOO의 건물가액은 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준에서 제외하고, OOO를 제외한 나머지 8개건축물은 각 임대차계약기간 만료 시의 각 건축물의 시가를 평가한 후 그 가액을 임대차계약기간 동안 각 사업연도 및 과세기간별로 임대료를 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, (나) [별첨] <표3>과 같이 지출된 쟁점조성비용 중 향후 OOO가 건설됨으로써 골프장으로 존치하지 아니할 부분에 투입된 금액을 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준에 포함시키지 아니하며, (다) 건설본부 소속 명예퇴직자 12인이 청구법인에 총 복무한 기간과 OOO당시에 건설본부에 근무한 기간 등에 대한 추가조사를 실시하여, 건설본부 소속 명예퇴직자 12인의 전체 복무기간 중 건설본부에 근무하였던 기간에 대한 비율로 [별첨] <표4>와 같이 지출된 쟁점명예퇴직금을 안분(쟁점명예퇴직금 × 공항건설당시 건설본부 근무기간 / 전체 복무기간)계산하여 산정한 금액만을 건설자산의 취득가액에 산입하고, (라) 청구법인이 OOOOOO 배후지원단지 공용주택용지내 8-1블럭 26,618㎡에 근로복지주택을 분양함에 있어 직원들로부터 지연회수한 토지대금에 대하여 인정이자의 익금산입 및 관련 지급이자의 손금불산입 대상이 아닌 것으로 하여, 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 2000년 중 별첨 <표1>과 같이 OOO 등 9개 법인(이하 “쟁점임차인”이라 한다)과 OOO 국제업무지역내 업무용시설의 설계․시공․분양과 관련하여 “쟁점임차인이 위 지역 내에 쟁점건축물을 신축하여 사용하되 토지사용기간(5년～50년)이 경과한 이후에는 이를 청구법인에게 기부채납하고, 토지의 사용에 대한 대가로 쟁점건축물의 사용승인일 이후부터 쟁점건축물이 점유하는 토지 부분의 개별공시지가에 대한 50/1000을 토지임대료로 지급한다”라는 내용의 실시협약을 체결한 다음, 2003년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 및 2003～2007사업연도 법인세 신고시 토지에 대한 임대료 부분을 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액에 산입하면서, 쟁점건축물의 임대와 관련한 부분은 포함하지 아니하였고,
(2) 2002.7.24. OOO(이하 OOO라고 한다)에게 신불도 일대 공유수면을 매립하여 취득할 토지 934,611㎡(18홀), 제5활주로 예정지역 2,734,374㎡(54홀), 공통 경관개선지구 283,414㎡ (합하여 3,952,399㎡를 이하 “쟁점골프장부지”라 한다)를 골프장(이하 “쟁점골프장”이라 한다)의 설립을 위하여 2006년 7 월경부터 2020.12.31.까지 임대하여 주기로 약정하였고, 이후 2005년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 및 2005～2007사업연도 법인세 신고시, OOOOO가 쟁점골프장의 건설을 위하여 지출한 총공사비 OOO원(공유수면매립비용: OOO원, 기타 부지조성공사비용: OOO원, 골프코스 및 시설조성작업비용: OOO원) 중 공유수면매립비용 및 이에 대한 부가가치세를 합한 OO,OOO,OOO,OOO 원만을 쟁점골프장부지의 취득원가 및 선수임대료(부가가치세 과세표준)에 포함하였으며,
(3) 2005, 2006사업연도 중 명예퇴직자 51명에게 퇴직금과 별도로 특별명예퇴직금으로 OOO원을 지급하고, 영업외비용(잡손실)으로 회계처리 한 다음 법인세 신고시 전액을 손금산입하였고,
(4) 1996년 12월부터 1999년 10월까지 공사비 OOO원을 지출하여 OOO 공정(이하 “쟁점송수관공사”라 한다)을 완료하고, 배후지원단지 배부액으로 인천광역시가 분담한 OOO원을 제외한 나머지 OOO원을 수도시설이용권인 무형자산(이하 “쟁점무형자산”이라 한다)으로 계상한 다음, 2001～2007사업연도 법인세 신고시 내용연수(10년)에 따라 각 사업연도별로 OOO원을 감가상각비로 손금산입하였으며,
(5) 1994년 9월 청구법인의 전신인 OOO이 설립되자, 본사건물 및 직원숙소 등의 용도로 사용하기 위하여 가설건축물 138개동(연 구동 51개동, 숙소동 87개동으로, 이하 “쟁점가설건축물”이라 한다)을 공사비 OOO원에 건축하면서 “건설중 자산”으로 계상하였다 가, 2001년 3월에 1단계 건설 완료로 OOO이 개항하게 되자 본사를 신청사로 이전하면서 쟁점가설건축물에 대하여 “건물”로 대체하여 회계처리한 다음, 138개동 중 13개동은 2004.6.30.까지 OOO에게 임대(나머지 125개동은 미사용)하였고, 이후 2005년 5월경 해당부지에 화물터미널을 신축하기 위하여 쟁점가설건축물을 모두 철거하였는바, 2001～2004사업연도 법인세 신고시 내용연수(8년)에 따라 매년 OOO원을 감가상각비로, 2005사업연도 법인세 신고시에는 쟁점가설건축물의 잔존가치(OOO원)에서 철거에 따른 부산물 판매수익(OOO원)을 제외한 나머지 OOO원(= OOO원 - OOO원)을 처분손실로 각각 손금산입하였고,
(6) 1992.5.4. 인천광역시로부터 OOO건설을 위한 공유수면매립승인을 받을 당시 조건에 따라, 영종도와 용유도를 잇는 연륙도로를 대체하기 위하여 2000.11.11. 남․북측 방조제도로를, 2000.8.4. 북측진입도로(이하 각 도로를 합하여 “쟁점도로”라 한다)를 각각 준공한 다음, 2001.4.1. 개항과 함께 쟁점도로의 취득가액 OOO원을 구축물로 계상한 다음, 2001～2007사업연도 법인세 신고시 쟁점도로의 내용연수(50년)에 따라 각 사업연도별로 OOO원을 감가상각비로 손금산입하였으며,
(7) 2001.7.13. 기상청에 1단계 공항건설기간 중 제작하여 설치한 기상시설(이하 “쟁점기상시설”이라 한다)을, 2003.7.14. OOO에 도착수하물 X-Ray검색장비(이하 “쟁점검색장비”라 한다)를 각각 기부채납한 다음 위 자산들의 취득가액인 OOO원(쟁점기상시설: OOO원, 쟁점검색장비: OOO원)을 기타무형자산(사용수익기부자산)으로 계상하였고, 2007.12.31. OOO세관으 로부터 쟁점검색장비 중 2기(이하 “쟁점검색장비2기”라 한다)에 대하여 관리전환을 받으면서 이를 기타무형자산에서 유형자산(장부가액: OOO원)으로 계정대체한 다음, 2003～2007사업연도 법인세 신고시 쟁점기상시설과 쟁점검색장비의 내용연수(10년)에 따라 OOO원(2003～2006사업연도: 각 OOO원, 2007사업연도: OOO원)을 감가상각비로 손금에 산입하였고,
(8) OOO 배후지원단지 공용주택용지내 8-1블럭 26,618㎡에 공동주택 377세대를 공급하기 위하여 2000.4.3. 인천광역시와 용지공급협약을 체결하고, 2000년 11월경 위 공동주택 중 197세대(이하 “쟁점근로복지주택”이라 한다)를 청구법인의 직원들에게 우선 분양 하면서 주택의 토지 부분에 대한 대금의 납부를 유예하여 주어, 입주 개시일(2002.6.26.)로 부터 약 2년이 경과한 후인 2004년 6월부터 12월 까지 입주직원들로부터 쟁점근로복지주택의 토지대금 OOO원(= 1인당 OOO원 × 197명, 이하 “쟁점토지대금”이라 한다)을 수령한 다음, 2003․2004사업연도 법인세 신고시 쟁점토지대금과 관련하여 인정이자 내지 지급이자와 관련된 세무조정을 하지 아니하였으며,
(9) 2004년 9월 중 하계성수기 공항운영의 원활한 처리와 성공적 운영에 대한 노고치하 차원에서 운영협력업체의 직원들에게 특별성과금 으로 1인당 OOO원씩 합계 OOO원(이하 “쟁점특별성과금”이라 한다)을 지급하고, 2004사업연도 법인세 신고시 쟁점특별성과금을 인건비로 손금산입하였고,
(10) 1992년 5월경 인천직할시장으로부터 영종도 등 4개 섬 주위를 매립하여 OOO을 건설하기위한 공유수면 매립권을 부여받아, 2001년도 1단계 사업을 완료하면서 매립된 일부 토지의 소유권을 취득하고 2002.2.28.부터 9,568천㎡ 상당의 부지를 조성하는 등의 2단계 사업을 진행한 다음, 2005.12.28. 자유무역단지 부지를, 2008.6.30. 2단계 공사가 완공됨에 따라 조성된 부지(자유무역단지 부지와 합하여 이하 “쟁점매립조성부지”라 한다)를 각각 청구법인의 자산으로 계상한 다음, [별첨] <표5>와 같이 2003년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점매립조성부지의 취득가액(총 합계: OOO,OOO,OOO,OOO원)을 과세 표준에 산입하지 아니하였고, 기존에 존재하던 토지만이 아닌 공유수면 매립으로 취득한 쟁점매립조성부지 의 조성공사와 관련된 매입세액(총 합계: 잘못된 계산식 원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을부가가치세법제17조 제2항 제4호 소정의 토지 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.
(1) 쟁점임차인이 쟁점건축물을 신축하여 일정기간 사용한 이후 이를 청구법인에게 기부채납하는 경우, [별첨] <표2>와 같이 쟁점건축 물의 신축가액인 OOO원(이하 “쟁점신축가액”이라 한다)이 토지 사용에 대한 후불임대료에 해당한다고 보아, 이를 청구법인의 부가가치세 과세표준 및 법인세 익금에 산입하여야 하고,
(2) OOO가 지출한 총공사비용 중 청구법인이 소유한 토지의 가치 증대분에 해당하는 부분은 선수임대료에 해당한다고 보고, OOO가 지출한 쟁점골프장 조성비용 중 감가상각자산인 건물․도로 등 구축물에 공여된 부분을 제외한 나머지 토지조성 직접비인 OOO원(이하 “쟁점조성비용”이라 한다)을 선수임대료로 보아, [별첨] <표3>과 같이 쟁점조성비용을 쟁점골프장의 준공일(OOO: 2005.7.8., OOOO OOOOOOO: 2005.9.1.)부터 2020.12.31.(임대종료일)까지 과세기간별(OOO: 186개월, OOO․OOO: 184개월)로 안분계산하여 부가가치세 과세표준 및 법인세 익금에 산입하여야 하며,
(3) 청구법인은 2005, 2006사업연도 중 OOO 2단계 건설을 진행하였는바,법인세법제41조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 제2호에 따라 명예퇴직자(51명) 중 [별첨] <표4>와 같이 건설본부 소속 직원 12명에게 지급한 특별명예퇴직금 OOO원(2005사업연도: OOO원, 2006사업연도: OOO원으로 이하 “쟁점명예퇴직금”이라 한다)은 영업외비용(잡손실)이 아닌 건설자산의 취득가액에 해당하므로 쟁점명예퇴직금을 손금불산입하여야 하고,
(4) 청구법인과 OOO(이하 “상수도사업본부”라 한다)는 당초 OOO 공사가 모두 마무리된 후에 최종 정산을 하기로 협약을 하였는데, 쟁점송수관공사가 종료된 후 청구법인의 1단계 시설 총투자비(OOO원) 중 OOO원(이하 “쟁점분담금”이라 한다)이 초과 지출되었음이 확인되어 이를 정산받았는바, 총투자비에서 기존에 인천광역시가 분담한 금액(OOO원)과 위 상수도사업본부로부터 지급받은 정산금을 제외한 나머지 OOO원(= OOO원 - OOO원 - OOO원)만을 쟁점무형자산의 가액으로 평가하여야 하므로, 쟁점무형자산에 대한 감가상각비에서 쟁점분담금(OOO원)과 관련된 부분을 손금불산입하여야 하며,
(5) 쟁점가설건축물은 독립적인 고정자산이 아니라 공항의 건축을 위하여 공여되었는바, 그 취득가액인 OOO원을 공항시설의 취득원가에 산입하여 감가상각비를 재계산하여야 하고, 이 경우 공항시설의 내용연수(대부분 50년)에 따른 2003～2005사업연도 감가상각비인 OOO원만을 손금에 산입할 수 있으므로, 이를 초과하는 OO,OOO,OOO,OOO원(2003․2004사업연도: 각각 OOO원, 2005 사업연도: OOO원)을 손금불산입(유보)하여야 하고,
(6) 쟁점도로는 OOO의 건설로 인하여 철거된 영종도와 영유도 사이의 연륙도로를 대체하기 위하여 설치되어 지역주민 등 불특정 다수인이 이용하는 것으로, 인천광역시의 도시계획결정고시(인천광역시 고시 제1999-40, 1999.3.30. 및 인천광역시 고시 제2000-117, 2000.7.3.)로 도시계획시설로 편입되었는바, 쟁점도로는 청구법인의 공항운영에 직접적으로 사용되는 사업용 고정자산에 해당하지 아니하고, 장래 인천광역시에 기부채납되어야할 시설로서 토지에 대한 자본적지출에 해당하므로 쟁점도로에 대한 감가상각비를 손금불산입하여야 하며,
(7) 청구법인은 기상청(항공기상대)에게 쟁점기상시설을, OOOOO O에게 쟁점검색장비를 각각 기부한 다음 이를 사용한다거나 이로부터 수익을 얻지 아니하였는바, 쟁점기상시설과 쟁점검색장비는 법인세법 시행령제24조 제1항 2호 사목에 따른 청구법인의 사용수익기부자산에 해당하지 아니하고, 법정기부금 내지 비지정기부금으로 국가(기상청 내지 OOO)의 소유물에 해당한다고 보아야 하므로, 2003～2007사업연도 중 쟁점기상시설과 쟁점검색장비에 대한 감가상각비를 손금불산입하여야 하고, 2007사업연도에 OOO으로부터 무상으로 취득한 쟁점검색장비2기의 장부가액을 무상으로 받은 자산의 가액으로 익금에 산입하여야 하고,
(8) 청구법인은 특수관계자인 직원들로부터 쟁점토지대금을 지연하여 회수하였는바, 쟁점토지대금이 특수관계자에게 청구법인의 업무와 관련없이 지급된 가지급금에 해당한다고 보아, 법인세법 시행령제88조 제1항 제6호에 따라 부당행위계산 부인하여 쟁점토지대금에 대한 인정이자를 익금산입하여야 하며, 이와 함께 법인세법제28조 제1항 제4호 나목 및 같은 법 시행령 제53조 제1항, 제2항에 따라 쟁점토지대금 관련 지급이자를 손금불산입하여야 하며,
(9) 청구법인이 운영협력업체의 직원들에게 당초 쟁점특별성과금을 지급할 의무가 없었음에도 이를 임의로 지급하였는바, 쟁점특별성과금은법인세법제25조 소정의 접대비에 해당하다고 보아 2004사업연도 접대비 한도초과액 OOO원을 손금불산입하여야 하고,
(10) 설립당시부터 부가가치세 과세사업자인 청구법인이 법률적인 원인으로 국가에게 공유수면 매립건설용역을 제공하고 그 대가로 쟁점매립조성부지를 취득하였는바, 이는부가가치세법상 용역의 공급에 해당하므로 [별첨] <표5>와 같이 쟁점매립조성부지의 취득가액을 과세표준에 산입하여야 하고 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에게 통보하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점조성비용을 선수임대료로 볼 수 있는지 여부 관련 청구법인은 사용기간(2006년 7월경～2020.12.31.)이 종료시 OOO로 및 교통중추지역 등으로 활용하기 위하여 건물, 교량 등 다른 자산과 마찬가지로 쟁점골프장부지에 있는 골프코스 등을 모두 철거하여 부지를 다시 조성하게 될 수 있는 점, 기획재정부의 예규에 의하더라도 사업자가 임차한 토지에 골프코스를 조성하면서 지출한 골프코스조성비용은 임차인의 사업과 관련된 매입세액으로 공제되는데(재부가-72, 2010.2.4.), OOO는 자신의 사업을 위하여 쟁점조성비용을 지출하였는바, OOO의 사업용 자산에 해당하는 쟁점조성비용을 청구법인이 보유한 쟁점골프장부지에 대한 자본적 지출로 보아서는 아니되는 점, 청구법인과 OOO가 작성한 사업계획서 및 협약서에 의하더라도 사용기간 종료시 청구법인이 쟁점골프장부지를 공항시설로 활용할 것이라고 나타날 뿐만 아니라, 이후 청구법인은 불가피하게 취득하였던 OOO의 주식을 전부 매각하였던 점, OOO는 쟁점조성비용을 자산이 배타적으로 소유하고 운영하는 “코스시설”이라는 유형자산으로 계상하여 감가상각하는 것으로 회계처리한 점, 쟁점골프장 조성공사가 비록 토지조성의 형식을 구비하였다고는 하나 실질적으로는 골프장 코스개발을 위한 것으로, 결국 공유수면매립을 통한 공항부지의 가치증가를 제외하면 청구법인이 소유한 쟁점골프장부지의 가치증대에 기여하지는 아니한 점, 청구법인은 골프장 운영매출액의 9.11% 이상을 쟁점골프장부지에 대한 임대료로 수취하고 있는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점 골프장 건설 당시 청구법인과 시행사인 OOO는 사업계획서 및 협약서를 통하여 일관되게 사업 운영기간 동안 공유수면매립토지를 제외한 각종 시설 등의 소유권을 OOO가 확보․운영하도록 약정하였다고 보아야 하는바, 청구법인의 사업목적 및 사업의도와 전혀 관계 없이 OOO가 쟁점골프장을 조성 하기 위하여 지출한 쟁점조성비용을 선수임대료로 보아서는 아니된다.
(3) 쟁점명예퇴직금을 영업외비용으로 볼 수 있는지 여부 관련 명예퇴직금은 경영진의 의사결정에 따라 일시우발적으로 발생한 위로금 성격의 비용으로 자산의 취득과 관련된 노무비가 달라지고, 쟁점명예퇴직금을 취득원가로 보는 경우 명예퇴직의 실시 여부 내지 명예퇴직금의 지급여부에 따라 자산의 취득원가가 상이해 지게 되는 불합리한 결과가 초래되는 점, 세법에서 달리 규정하고 있지 아니하다면 기업회계기준에 따른 회계처리를 존중하여야 하는 것인데, 기업회계기준서 제21호 재무제표작성과 표시 결론도출근거 OOO은 “판매비와 관리비는 명예퇴직금(조기퇴직의 대가로 지급하는 인센티브 등을 포함한다), 대손상각비 등 매출원가에 속하지 아니하는 모든 영업비용을 포함한다”고 규정하였고,법인세법은 이와 다른 규정을 하지 아니한 점 등을 종합하였을때, 일시 우발적으로 지급된 쟁점명예퇴직금은 노무비가 아닌 위로금 성격의 비용에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 기업회계기준에 따라 지급시점에 즉시 손금으로 인정되어야 한다. (
4. 쟁점무형자산의 평가시 쟁점분담금을 제외할 것인지 여부 관련 (가) 주위적 청구 청구법인은 2001년부터 당초 지출한 공사비 OOO원에서 인천광역시가 분담한 OOO원을 제외한 나머지 OOO원을 수도시설이용권인 쟁점무형자산으로 계상하여 상각하였고, 이로 부터 상당기간이 지난 후인 2002년 6월에 상호 협약에 의하여 1, 2단계 공사비를 최종정산하기로 합의하였으며, 세법상 상수도 시설의 이용자가 상호간 협약으로 결정하게 될 지급금액 및 지급시기를 인정하여야 하는바, 청구법인이 상수도시설과 관련하여 지출한 금액을 기준으로 쟁점무형자산의 가액을 계상하여서는 아니되고, 기존에 계상한 금액(OO,OOO,OOO,OOO원) 을 수정할 필요 없이 2단계 사업에서 추가로 분담할 금액을 증액하여야 한다. (나) 예비적 청구 설령 쟁점분담금을 쟁점무형자산의 가액에서 제외한다 하더라도, 송수관공사 2단계 관로부분 중 일부 완공되어 청구법인이 분담한 OOO원은 쟁점무형자산의 가액에 포함되어야 한다. (5) 쟁점가설건축물의 취득가액을 공항시설의 취득원가로 볼 것인지 여부 관련 쟁점가설건축물은 청구법인의 본사로 사용되었고, 본사업무범위에는 공사현장관련 업무 뿐만 아니라 사업계획업무 및 일반적인 관리업무 등 다양한 업무가 포함되는바, 건설현장을 지휘․감독하기 위하여 임시․보조로 설치되는 가설사무소와 성격이 다른 점, 일반적인 가설사무소와 다르게 공사완료 후에도 바로 철거하지 아니하고 일부 임대 목적으로 사용된 점 등을 종합하였을 때, 독립적인 자산으로 감가상각의 대상이 되는 쟁점가설건축물을 건설공사만을 위한 임시건물로 보아서는 아니되고, 설령 쟁점가설건축물을 공항시설 1단계 공사만을 위한 임시사무소로 보아 공사원가에 배분하는 경우에도, 쟁점가설건축물 중 위 공사시설의 준공일 이후에도 계속하여 공항경찰대에게 임대된 건물(13개동, 4,368㎡)은 독립적인 유형고정자산에 해당한다 할 것이므로, 이에 대한 감가상각비는 인정하여야 한다.
(6) 쟁점도로의 토지에 대한 자본적 지출 여부 관련 (가) 청구법인은 소유토지의 경제적 가치를 증가시킬 목적이 아니라 교통분산 처리를 통한 공항접근 서비스의 향상 및 공항이용객의 편의증진 등 공항 고유의 사업에 필요한 외곽도로의 체계를 구비하기 위하여 쟁점도로를 구축하였고, 이로 인하여 공항이용객 및 관광객이 증대되는 효과가 발생하는 등 경제적 효익을 얻을 수 있었던 점, 쟁점도로는 청구법인의 OOO 등의 시설을 연결하였고 공항확장사업 등에도 활용되고 있는 점, 청구법인은 공유수면매립 승인조건 및 도시계획시설 고시를 근거로 정부 및 인천광역시에게 7회에 걸쳐 쟁점도로에 대한 소유권의 인수를 요청하였으나, 인천광역시(3회)와 정부(4회) 모두 인수를 거부한 점 등을 종합하였을 때,인천국제공항공사법부칙 제8조 제1항에 의하여 청구법인의 소유인 쟁점도로는 독립적인 경제적 효익을 제공한다고 볼 수 있으므로 기존 자산에 대한 자본적 지출이 아니라 사업용 개별자산(구축물)에 해당한다고 보아야 한다. (나) 설령 자본적 지출에 해당한다고 보더라도, 쟁점도로는 공항건설사업에 필수적인 시설로 계획되어 실시계획 승인을 받았는바, 청구 법인이 보유한 토지의 원가에 산입하여서는 아니되고, 공항건축물 내지 청구법인이 보유한 공항 전체 자산의 취득가액에 안분하여야 한다.
(7) 쟁점기상시설과 쟁점검색장비의 사용수익기부자산 여부 관련 (가) 기상법제13조는 기상청장이 일반인에게 기상정보를 제공하여야 한다는 포괄적인 의무규정을 둔 것에 불과하고, 같은 법 제15조 및 같은 법 시행령 제12조 제1항 제3호에 의하여 기상청장은 처분청에게 기상특보 및 특보의 해제를 통보할 의무가 있으나,기상법제37조는 기상청장은 항공기상정보를 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있다고 규정하고 있는바, 위와 같은 통보의무가 있다고 하여 사용료를 징수할 수 없다고 보아서는 아니되는 점, 그런데 청구법인은 기상청(항공기상대)과 항공기상정보료 위․수탁협약을 체결하여 쟁점기상시설을 기부한 대가로 항공기상정보료를 면제받고 있는 점(일반 항공사는 항공기상정보료를 납부함) 등을 종합하였을때, 청구법인은 쟁점기상시설을 기부하고 항공기상정보료 상당의 수익을 얻었다고 보아야 하므로, 쟁점기상시설은법인세법제24조 제1항 제2호 사목 소정의 사용수익기부자산에 해당한다고 보아야 한다. (나) 청구법인이 공항을 운영함에 있어 도착수하물을 X-Ray로 검색하는 작업은 보안 및 안전의 측면에서 필수적인 사항으로, 비록 쟁점검색장비가 세관구역 내에 위치하여 OOO에서 운용을 담당하고 있기는 하나 청구법인으로서는 공항의 보안검색 강화라는 편익을 취하게 되는 점, 청구법인은 2007.12.31. OOO으로부터 쟁점검색장비2기를 반환받아서 현재 사용하고 있는바, 단순한 기부자산이라면 청구법인이 이를 반환받을 이유가 없고 업무에도 활용할 여지가 없는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점검색장비는 청구법인의 사용수익기부자산에 해당한다고 보아야 한다. (다) 위에서 본 바와 같이 쟁점검색장비는 모두 청구법인의 사용수익기부자산에 해당한다 할 것이므로, 이 중 쟁점검색장비2기를 반환받았다면 무형자산에서 기계장치로 계정과목만 변경됨에 불과하므로, 쟁점검색장비2기의 장부가액을 무상으로 받은 자산의 가액”으로 2007사업연도 익금에 산입하여서는 아니된다. (8) 쟁점토지대금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부 관련 청구법인은 인천광역시로부터 용지대금의 납부를 유예받은 기간의 범위내에서 쟁점토지대금의 납부를 유예해 주었고, 소속직원을 대신하여 토지대금을 지급한 사실이 없는 점, 청구법인은 공동시행자로서 특수관계가 없는 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 토지대금을 회수하면서 2년간 선이자 상당액을 제외해 주는 등 납부유예에 따른 혜택을 주었던 점, 일반분양자로부터 토지대금을 수취하는 것은 OOO의 의사결정사항으로 청구법인이 관여할 사항이 아니었는바, OOO이 일반분양자로부터 토지대금을 청구법인보다 미리 수취하였다 하더라도 이를 비교대상으로 하여서는 아니되는 점, 근로복지주택의 건설을 추진하던 2000년 당시 금융위기의 여파로 국내 건설경기는 매우 위축되어 있었고, 인천광역시는 토지대금의 납부를 유예하여 공동주택건설에 대한 수요를 창출하려 한 것인바, 마찬가지로 청구법인이 분양을 성공적으로 완수하기 위하여 납부유예의 혜택을 주었음에 대하여, 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니되는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점토지대금을 특수관계자에 대한 업무무관 대여금으로 보아 인정이자를 익금산입하고, 관련 지급이자를 손금불산입하여서는 아니된다.
(9) 쟁점특별성과금을 접대비로 볼 수 있는지 여부 관련 공항이용 성수기에는 여객수요가 폭증함에 따라 협력업체에서도 근무시간 연장, 휴일근로 등 노동의 강도가 높아지면서 협력사 직원들의 협조가 매우 중요해지는데, 청구법인은 이와 같은 근로의 대가로 쟁점특별성과금을 협력업체가 아닌 각 직원들에게 지급하였는바 그 성격을 인건비로 보아야 하는 점, 처분청은 쟁점특별성과금을 약정없이 지급하였다고 보았으나, 단지 사기를 진작하기 위하여 추석명절 이전에 지급하였을 뿐 청구법인은 내부방침을 확정하고 이사회 의결을 거쳐서 최종적으로 용역계약을 변경한 점, 협력사 직원에게 1인당 OOO원을 지급한 본 건의 경우 부당한 자금의 유출이 있었다고 보기 어려운바, 사전약정이 없었다는 사유만으로 타당한 용역비용을 접대비로 보아서는 아니되는 점, 접대비는 주로 매출증대 등을 위하여 매출거래처에게 지급하는 것이 일반적인바, 사실상 아웃소싱업체인 협력업체에게 접대비를 지급할 이유가 없는 점, 청구법인은 2004사업연도에 대규모 순이익으로 전환을 이루는 등의 경영성과를 이루었는바, 하계성수기 근무에 대한 보상으로 1인당 OOO원 정도를 지급하였다 하여 합리적인 범위를 벗어났다고 볼 수는 없는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점특별성과금을 용역비로서 손금에 산입하여야 한다.
(10) 쟁점매립조성부지의 취득을 부가가치세법상의 과세거래로 볼 수 있는지 여부 처분청이 과세근거로 제시한 판례(대법원 2002두172, 2002.10.25.)는공유수면매립법에 의한 매립면허권자가 매립공사에 소요된 총사업비에 해당하는 토지를 취득한 경우에 대한 것이나, 청구법인은 인천국제공항공사법부칙 제8조에 의하여 정부로부터 쟁점매립조성부지를 현물출자받아서 취득하였는바 위 판례의 법리를 적용할 수는 없는 점, 비록 청구법인은 쟁점매립조성부지를 취득할 당시 현물출자로 회계처리를 하지 아니하였으나, 이는 토지재평가 문제 등 기업회계 기준을 위배하지 아니하기 위한 것일뿐 회계처리와 관계없이 그 실질은 법률에 의하여 현물출자인 점, 청구법인은 2008년 2기 이후에 취득한 매립조성부지에 대하여 부가가치세를 신고․납부한 사실이 있으나, 이는 처분청의 의견을 수용하였기 때문이 아니라 향후 조세불복의 결과를 예측할 수 없는 상황에서 가산세 발생 등 위험을 최소화하기 위한 조치에 불과한 점 등을 종합하였을 때, 쟁점매립조성부지를 조성하여 취득한 것을 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보아서는 아니된다.
(2) 쟁점조성비용을 선수임대료로 볼 수 있는지 여부 관련 OOO는 청구법인이 소유한 쟁점골프장부지에 쟁점조성비용을 투자한 다음 그 대가로 쟁점골프장의 운영권만을 취득하였는바, 청구법인이 보유한 쟁점골프장부지의 가치가 증가되었다고 보아야 하는 점, 청구법인은 OOO가 등록․취득세를 부담하였으므로 토지의 가치가 증가되지는 아니하였다고 주장하나, 위 등록․취득세도 실질적으로는 청구법인이 부담하였어야 하는 부분인 점, 청구법인의 내부품의서인 사업실시협약변경안에 의하면 2020.12.31.까지 골프장의 운영을 중지할 가능성이 매우적은 것으로 보고되었고, 2005.10.7. 제256회 정기국회 건설교통위원회에 제출한 국정감사요구자료에 의하면 OOO의 지분에 참여한 목적에 대하여 청구법인은 2020년 소유권 귀속시 운영노하우를 배우기 위해서라고 답변한 점, OOO가 쟁점골프장부지의 조성공사를 하지 아니하였다면 골프장의 운영이 불가능하여 청구법인은 향후 최소 OOO원 상당의 임대료를 수령하지 못하였을 것일 뿐만 아니라, 청구법인이 쟁점조성비용을 부담하였다면 사회통념상 위 최소임대료에 쟁점조성비용이 가산되었을 것이라고 봄이 합리적인 점, 쟁점골프장부지는 당초부터 청구법인의 소유이고 OOO는 이에 대하여 소유권을 주장할 수 없는 점 등을 종합하였을 때, 향후 공항활주로 부지로 개발하기 위하여 쟁점골프장을 철거하는지 여부를 불문하고 골프장 공사완료시에 쟁점조성비용을 선수임대료로 보아야 한다.
(3) 쟁점명예퇴직금을 영업외비용으로 볼 수 있는지 여부 관련 일반적으로 특별명예퇴직금은 당기 비용에 해당한다고 볼 수 있지만 쟁점명예퇴직금을 지급할 당시 청구법인은 OOO 건설공사를 진행 중이었는바, 동 기간 중 건설본부에 근무하던 직원에게 지급된 명예퇴직금은 공항자산을 취득하기 위하여 지출된 비용에 해당한다고 봄이 합리적이므로, 법인세법제41조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 제2호에 따라 명예퇴직자(51명) 중 OOO 소속 직원 12명에게 지급한 쟁점명예퇴직금은 건설자산의 취득가액에 해당한다고 보아야 하고, 이를 지급연도의 손금(영업외비용)에 산입하여서는 아니된다.
(4) 쟁점무형자산의 평가시 쟁점분담금을 제외할 것인지 여부 관련 (가) 주위적 청구에 대한 답변 청구법인과 상수도사업본부는 쟁점송수관공사의 비용과 관련하여 용수수요량에 따라 분담하기로 협약을 체결하였고, 공항용수공급 1단계 분담금 산정내역에 의하면 상수도사업본부와 청구법인은 공사비용으로 총 OOO원(상수도사업본부: OOO원, 청구법인: OOO원)을 우선 지출한 다음, 이후 정산과정에서 청구법인은 위 공사비 중 OOO원(상수도사업본부 공사분: OOO원, 청구법인 공사분: OOO원)만을 분담하게 되어, 2단계 송수관 공사가 완료된 후에 상수도사업본부로부터 OO,OOO,OOO,OOO원(쟁점분담금)을 보전받게 되었는바, 수도시설이용권인 쟁점무형자산의 가액은 청구법인이 최초 부담한 금액(OOO원)에서 인천광역시로부터 보전받은 금액OOO원) 및 쟁점분담금(OOO원)을 제외한 나머지 OOO원으로 평가하여야 하고, 동 금액을 기준으로 감가상각비를 계상하여야 하므로 2003～2007사업연도 중 쟁점무형자산의 감가상각비로 초과 계상된 OOO원(= OOO원 × 5사업연도)은 손금불산입하여야 한다. (나) 예비적 청구에 대한 답변 청구법인은 쟁점송수관공사와 관련 공사비 OOO원 중 2단계 공사비로 OOO원을 2단계 공사비로 선투자하기로 하면서, 상수도사업본부와 1단계 사업비 분담금의 정산을 완료하기로 협약하였는바, 쟁점분담금 전액을 쟁점무형자산의 가액에서 제외하여야 한다. (5) 쟁점가설건축물의 취득가액을 공항시설의 취득원가로 볼 것인지 여부 관련 청구법인은 쟁점가설건축물을 OOO의 건축 및 개항을 위한 임시본사로 사용하였고, 공항청사의 준공(2001.3.23.)으로 본사를 이전하여 전부를 사용하지 아니하다가, 2002.1.1.부터 OOO 부지개발을 위한 철거직전인 2004.6.30.까지 일부(13개동)만을 일시적으로 임대하였음에 불과한 점, 쟁점가설건축물은 당초부터 OOO 개발 예정부지에 건설되었던 점, OOO이 2001년 11월에 2001.9.30.을 기준으로 작성한 감정평가서에 의하면 “가설건물(가설사무소, 숙소, 홍보관, 국제회의센터 등)은 제시목록에 의하여 평가하였으나, 공사를 위한 임시건물로 간접비 성격의 자산으로 사료됨”이라고 기재되어 있는 점, 청구법인은 1단계 건설공사 이후에도 쟁점가설건 축물 중 13개동을 계속하여 자가 및 임대용도로 사용하였다고 주장하나, 실질적으로는 1단계 건설공사가 종료된 2001.4.1.부터 2004.6.30. 까지 일시적으로 임대하였을 뿐인 점 등을 종합하였을 때, 쟁점가설건축물 전부는 공항 1단계 공사를 위한 임시사무소 및 임시숙소로서 축조되었음이 명백한바, 이를 청구법인의 고유사업에 공여된 유형고정자산으로 보아서는 아니되고, 그 건축가액을 청구법인의 공항시설 1단계 건설자산들의 취득가액에 배분하여야 한다.
(6) 쟁점도로의 토지에 대한 자본적 지출 여부 관련 (가) 청구법인은 OOO의 건설로 인하여 철거된 영종도와 용유도 사이의 연륙도로를 대체하기 위하여,수도권신공항건설촉진법제7조에 따라 정부로부터 실시계획승인(남․북측방조제도로: 건설교통부 고시 제1997-306호, 1997.9.22.; 북측진입도로: 건설교통부 고시 제1998-397, 1998.12.11.) 을 받았고, 이후 쟁점도로는 인천광역시의 도시계획결정고시(인천광역시 고시 제1999-40, 1999.3.30.; 인천광역시 고시 제2000-117, 2000.7.3.)에 의하여 도시계획시설로 편입되었으며, 청구법인이 2000.8.4 북측진입도로를, 2000.11.11. 남․북측방조제도로를 각각 준공한 이후, 지역주민 등 불특정 다수인이 쟁점도로를 이용하고 있는바, 쟁점도로는 청구법인의 공항운영에 직접적으로 사용되는 사업용 고정자산에 해당하지 아니하고 장래 인천광역시에 기부채납되어야할 시설로서 토지에 대한 자본적지출에 해당한다고 보아야 하며, 인천광역시 등이 쟁점도로의 인수를 거부하였다는 사실만으로 쟁점도로를 구축물로 계상하여서는 아니된다. (나) 쟁점도로는 영종도와 용유도를 연결하는 연륙도로를 대체하기 위하여 건설된 것으로, 지역주민 등 불특정다수인이 사용하는 도 로인바, 공항부지조성 및 공항시설 건설에도 사용되었다는 이유만으로 쟁점도로의 취득가액을 공항건설자산 전체에 안분하여서는 아니된다.
(7) 쟁점기상시설과 쟁점검색장비의 사용수익기부자산 여부 관련 (가)기상법제15조 및 같은 법 시행령 제12조 제1항 제3호에 의하면 기상청장은 청구법인에게 특보사항 등 기상정보를 의무적으로 제공하여야 하는바, 청구법인이 국가에게 기부한 쟁점기상시설을 사용하거나 동 기상시설로부터 수익을 얻었다고 보기는 어려우므로, 쟁점기상시설은법인세법제24조 제1항 제2호 사목 소정의 사용수익기부자산이 아니라 2001사업연도(결손으로 법정기부금 손금산입한도가 없음) 법정기부금에 해당한다고 보아야 한다. (나) 청구법인과 OOO이 2003.6.24. 체결한 OOO 도착수하물 X-Ray검색기 인계인수 및 유지보수에 관한 합의서” 제1조에 의하면 OOO 국제선 도착수하물 검색용으로 설치한 쟁점검색장비의 원활한 인계인수 및 유지보수를 목적으로 한다고 나타나고, 청구법인이 쟁점 검색장비를 인계한 후 동 장비를 사용하거나 이로부터 수익을 얻은 사실이 확인되지 아니하는 점, 위 합의서 제5조에 의하면 OOO이 2003.12.31.이후부터 유지보수 책임을 부담한다고 되어 있는 점, 청구법인이 2007.12.31. 작성한 “X-Ray검색장비” 인수관련 내부시행문서에 의하면 청구법인은 2003년 7월에 OOO에게 쟁점검색장비를 지정기탁하였다고 나타나는 점, 청구법인과 OOO의 직원들이 2007.12.21. 서명한 인계인수증에 의하면 청구법인은 쟁점검색장비를 “무상양여”하였다고 나타나는 점, 청구법인이 국가에게 기부한 쟁점검색장비를 사용하거나 동 검색장비로부터 수익을 얻었다고 보이지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점검색장비는법인세법제24조 제1항 제2호 사목 소정의 사용수익기부자산이 아니라 2003사업연도(결손으로 법정기부금 손금산입한도가 없음) 비지정기부금에 해당한다고 보아야 한다. (다) 청구법인이 OOO에게 쟁점검색장비를 무상으로 기부하였다고 보는 이상, 2007.12.31. 그 중 쟁점검색장비2기를 재차 양도받았다면 이는 OOO이 보유한 자산을 무상으로 취득한 경 우에 해당한다고 보아야 하므로, 그 장부가액인 OOO원을 “무상으로 받은 자산의 가액”으로 2007사업연도 익금에 산입하여야 한다. (8) 쟁점토지대금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부 관련 청구법인의 사업기획팀이 2002.11.15. 작성한 공항신도시 근로복지주택 분양대금 전산계획(안)에 의하면, 청구법인은 2002.6.5. OOO이 일반분양자로부터 선지급받은 토지대금을 확보하기 위하여 준공과 동시에 이를 수령하면서, OOO에게 향후 2년간 발생할 이자(약 OOO원으로 예상)를 선지급하는게 유리하다고 보았음에도, 직원들에게는 쟁점 토지대금의 납부를 2년간 유예해 주면서 2년 만기 예금증서로 대체납부하거나 담보가등기를 설정할 수 있도록 하였는바, OOO과 직원들에게 동일한 혜택을 주었다고 보기는 어려운 점, 부당행위계산부인 제도의 취지는 법인과 특수관계자 사이의 거래가 부당하다고 보이는 경우 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었다고 의제하여 조세회피를 방지함에 있는데, 위와 같은 사정에 비추어 보았을 때 청구법인이 특수관계자인 직원들로부터 쟁점토지대금의 회수를 2년간 지연한 행위에 경제적 합리성이 있다고 보기는 어려운 점, 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 “특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급된 가지급금”에는 대여금에 해당한다면 명칭 여하를 불문하고 포함된다고 보아야 하는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 쟁점토지대금을 지연회수함으로써 직원들에게 이익을 분여하였다고 봄이 합리적이므로, 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여야 한다.
(9) 쟁점특별성과금을 접대비로 볼 수 있는지 여부 관련 청구법인은 2004년 9월 쟁점특별성과금을 지급한 다음 같은 해 12월 계약조건을 사후에 변경하였는바, 지급당시에는 별도의 약정 없이 지급의무가 없음에도 쟁점특별성과금을 지급하였다고 보이는 점, 협력업체의 직원들에게 지급된 특별성과금은 협력업체가 독립적으로 결정하고 지급하여야 하는 것으로, 사후적인 계약조건의 변경에 의하여 청구법인이 이를 지급함은 사회통념상 정상적이라고 보이지도 아니하는 점, 청구법인이 쟁점특별성과금을 지급할 당시에는 아무런 약정이 없었는바, 국세청 질의회신(서면2팀-266, 2005.2.7.)은 약정 및 그에 따른 거래실적을 전제로 하는데, 쟁점특별성과금은 약정도 없고 거래실적과도 무관하게 지급된 점,법인세법제25조 제5항에 의하면 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 의미하는바, 매출거래처에게 지급됨을 전제로 하지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점특별성과금은 청구법인의 접대비에 해당한다고 보아야 한다.
(10) 쟁점매립조성부지의 취득을 부가가치세법상의 과세거래로 볼 수 있는지 여부 쟁점매립조성부지의 건설공사와 관련된 일련의 절차들은공유수면매립법의 적용을 받는 것이고,인천국제공항공사법과수도권신공항건설촉진법은 조성된 토지의 취득권자 및 그 범위와 절차를 규정하였는바,공유수면매립법에 의하여 쟁점매립조성부지를 취득하였다고 보아야 하고, 이 경우 판례(대법원 2002두172, 2002.10.25. 등)에 의하면부가가치세법상 과세거래에 해당한다고 보이는 점, 설령 공유수면매립법이 아닌 다른 법률에 의하여 소유권을 취득하였다 하더라도 부가가치세법제1조 소정의 재화 또는 용역을 공급하였다면 부가가치세 과세대상이 되는데, 같은 법 제13조 제1항 제2호에 의하면 용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받은 경우에는 자신이 공급한 용역의 시가가 과세표준이 된다고 보이는 점, 청구법인은 쟁점매립조성부지를 현물출자받았다고 주장하나, 인천국제공항공사법부칙 제8조 단서는 “ 공사가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 준공과 동시에 공사에 귀속한다”고 규정하여, 차입금에 상당하는 토지와 시설을 제외한 나머지 부분만이 현물출자에 해당하는 점, 청구법인이 작성한 “공사법 및 현물출자 관련 회의 결과보고” 및 “공사법에 다른 현물출자 검토보고”에 의하면 실시 입법미비 등의 사유로 위 나머지 부분에 대한 현물출자도 이루어지지 아니하였다고 보이는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 국가에게 토지매립용역을 제공하고 그 대가로 쟁점매립조성부지를 취득하였다고 보아야 하고, 이는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다.
① 쟁점임차인이 쟁점건축물을 신축하여 일정기간 사용후 토지소유자인 청구법인에게 기부채납(B․O․T방식)하는 경우, 쟁점신축가액을 후불임대료로 볼 수 있는지 여부
① -(1) 후불임대료로 보는 경우에도 OOOOO의 신축가액을 제외할 수 있는지 여부
② 쟁점골프장을 건립하기 위하여 지출된 비용 중 토지조성비에 해당하는 쟁점조성비용를 청구법인의 선수임대료로 볼 수 있는지 여부
③ 쟁점명예퇴직금을 영업외비용으로 볼 것인지 아니면 건설자산의 취득원가로 볼 것인지 여부
④ 수도시설이용권인 쟁점무형자산에 대한 감가상각비의 계산을 위하여 쟁점무형자산을 평가함에 있어, 청구법인이 최초 지출한 분담금(OOO원)을 기준으로 할 것인지 아니면 동 금액에서 상수도사업본부가 분담한 쟁점분담금(OOO원)을 제외하여야 하는지 여부
④ -(1) 2단계 공사 중 일부 완공되어 청구법인이 분담한 OOO원을 쟁점무형자산의 가액에 포함해야 하는지 여부
⑤ 쟁점가설건축물을 독립적인 고정자산으로 보아 8년의 내용 연수를 적용하고 2005사업연도에 처분손실로 산입할 수 있는지 아니면 공항시설의 취득원가로 보아 이에 따른 내용연수(대부분 50년)를 적용할 것인지 여부
⑥ 쟁점도로가 사업용 개별자산(구축물)에 해당하거나 공항건물에 대한 자본적 지출에 해당한다고 보아 감가상각비를 손금으로 계상할 수 있는지 아니면 감가상각대상자산이 아닌 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 볼 것인지 여부
⑦ 쟁점기상시설과 쟁점검색장비가 청구법인의 사용수익기부 자산으로 감가상각대상 자산에 해당한다고 볼 수 있는지 여부
⑧ 쟁점토지대금을 특수관계자에 대한 업무무관 대여금으로 볼 수 있는지 여부
⑨ 쟁점특별성과금을 인건비로 볼 것인지 아니면 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입할 것인지 여부
⑩ 청구법인의 쟁점매립조성부지 조성공사행위를부가가치세법상 과세거래인 용역의 공급으로 보아, 그 취득가액을 과세표준에 산입할 수 있는지 여부
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제50조 【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.
1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격
2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 제48조【과세표준의 계산】⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액 (부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.
⑥ 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다. 제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항 의 규정을 준용한다. 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
4. 제49조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (3) 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년(법정기부금의 경우에는 1년) 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 이를 손금에 산입한다. 제25조【접대비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액을 제외한다)로서 다음 각호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
2. 당해 사업연도의 수입금액(대통령령이 정하는 수입금액에 한한다)에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액. 다만, 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자와의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액으로 한다.
⑤ 제1항 내지 제3항에서 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액
② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가" 라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
② 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)
3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것 제26조【상각범위액의 계산】① 법 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 말한다.
1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다): 정액법
2. 건축물외의 유형고정자산(제4호의 광업용 유형고정자산을 제외한다): 정률법 또는 정액법
② 제1항 각호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다.
1. 정액법: 당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법 (1998. 12. 31. 개정)
2. 정률법: 당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액(이하 “미상각잔액”이라 한다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법 제44조【퇴직급여의 손금불산입】① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다. 제53조【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.
② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다) 지급이자 × ───────────────────────── 총차입금 제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산: 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 제89조【시가의 범위 등】④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 (5) 소득세법 제20조 【근로소득】① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
13. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 퇴직위로금ㆍ퇴직공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여 제42조의2【퇴직소득의 범위】① 법 제22조 제1항에서 규정하는 퇴직소득은 다음 각호에서 규정하는 금액을 포함한다.
4. 불특정다수의 퇴직자에게 적용되는 퇴직급여지급규정ㆍ취업규칙 또는 노사합의에 의하여 지급받는 퇴직수당ㆍ퇴직위로금 기타 이와 유사한 성질의 급여
(7) 국유재산법 제9조【기부채납】① 총괄청 및 관리청은 제3조제1항 각호의 재산을 국가에 기부하고자 하는 자가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 채납할 수 있다.
② 총괄청 및 관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가에 기부하고자 하는 재산이 국가가 관리하기 곤란하거나 필요로 하지 아니하는 것인 경우 또는 기부에 조건이 수반된 것인 경우에는 이를 채납하여서는 아니된다. 제25조 【사용료】① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. (8) 국유재산법 시행령 제26조 【사용료율과 사용료 산출방법】① 법 제25조 제1항에 따른 연간 사용료는 해당 재산의 가액에 다음 각호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할 계산할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다.
5. 기타의 경우: 1천분의 50이상
② 제1항의 규정에 의하여 사용료를 계산함에 있어서의 재산가액은 다음 각호의 방법에 의하여 산출한다. 이 경우 제1호 및 제2호 단서의 규정에 의한 재산가액은 사용․수익허가기간 중 연도마다 결정하고, 제2호 본문의 규정에 의한 재산가액은 결정후 3년 이내에 한하여 이를 적용할 수 있다.
1. 토지의 경우: 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 해당 토지의 개별공시지가(해당 토지의 개별공시지가가 없는 경우에는 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 금액을 말한다)를 적용한다. (9) 기상법 제13조 【일반인을 위한 예보 및 특보】① 기상청장은 기상현상에 대하여 일반인이 이용할 수 있도록 필요한 예보 및 특보를 하여야 한다.
② 기상청장은 제1항에 따른 예보 및 특보를 하는 경우에는 보도기관 또는 이동통신업체를 이용하거나 다른 적절한 방법을 통하여 이를 일반인에게 알려야 한다.
③ 제1항에 따른 예보 및 특보의 종류ㆍ내용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제15조【특보의 통보】① 기상청장은 제13조제1항 또는 제14조제1항에 따라 특보를 하거나 해제한 경우에는 다음 각 호의 기관에 즉시 그 사실을 통보하여야 한다. 다만, 항공 기상특보는 대통령령으로 정하는 항공 관계 기관에만 통보한다.
4. 그 밖에 재해의 방지를 위하여 특보의 통보가 필요한 기관으로서 대통령령으로 정하는 기관 제37조【항공 기상정보 사용료의 징수 등】① 책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률 제4조 에 따라 설치된 책임운영기관으로서 항공 기상업무를 수행하는 기관의 장은 항공 기상정보를 이용하는 자로부터 항공 기상정보 사용료를 징수할 수 있다.
② 항공 기상업무를 수행하는 기관의 장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 항공 기상업무와 관련된 수익사업을 할 수 있다. (10) 기상법 시행령 제12조 [특보의 통보 등] ① 법 제15조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 항공 관계 기관"이란 다음 각 호의 기관을 말한다.
3. 인천국제공항공사법에 따라 설립된 인천국제공항공사
(11) 인천국제공항공사법 부칙 <제5689호,1999.1.26> 제8조 (토지와 시설등의 출자등) ① 공사가 인천국제공항건설사업의 시행으로 조성하는 토지와 설치하는 시설(제2항 및 제3항의 규정에 의하여 공사에 출자하는 것으로 보는 출연금ㆍ보조금등에 상당하는 가액의 토지와 시설은 이를 제외한다)은 당해 사업의 준공과 동시에 국가가 공사에 현물출자한 것으로 본다. 다만, 국가 또는 지방자치단체가 관리할 토지와 시설은 그러하지 아니하며, 공사가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 수도권신공항건설촉진법 제12조의3 의 규정에 불구하고 준공과 동시에 공사에 귀속한다.
② 이 법 시행전에 수도권신공항건설촉진법 및 종전의 수도권신공항건설공단법에 의하여 정부가 수도권신공항건설공단에 출연하거나 지급한 출연금 또는 보조금등(수도권신공항건설공단에서 차입하여 조달한 자금외의 투자분을 포함한다)은 이 법 시행일에 국가가 공사에 출자한 것으로 본다.
③ 이 법 시행전에 정부가 수도권신공항건설공단에 출연금 또는 보조금을 출연하거나 지급하기로 한 것은 공사에 출자하기로 한 것으로 본다.
④ 제1항 본문의 규정에 의하여 국가가 공사에 현물출자하는 것으로 보는 토지와 시설의 출자가액은 준공시점에서 국유재산의 현물출자에 관한 법률에 따라 산정하되, 이 경우 재정경제부장관은 건설교통부장관으로 본다. (12) 수도권신공항건설촉진법 제7조 【실시계획의 승인】① 제6조의 규정에 의한 신공항건설사업의 시행자(이하 "사업시행자"라 한다)는 사업규모와 내용, 사업기간, 재원조달계획 기타 대통령령이 정하는 사항등을 포함한 신공항건설사업실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. 승인을 얻은 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 때에는 그러하지 아니하다.
② 건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 관계서류의 사본을 관계지방자치단체의 장에게 송부하여야 한다.
③ 제2항의 규정에 의하여 관계서류의 사본을 송부받은 지방자치단체의 장은 관계서류에 도시계획결정사항이 포함되어 있는 경우에는 도시계획법 제13조 의 규정에 의하여 지적고시승인신청등 필요한 조치를 취하여야 한다. 이 경우 사업시행자는 지적고시등에 필요한 서류를 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.
(1) 먼저, 쟁점①과
① -(1) 에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점건축물의 신축가액을 임대차계약기간의 각 과세기간에 안분하여 별첨 <표2>의 쟁점신축가액을 청구법인의 후불임대료로 보아 과세하였으나, 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 에 의하면 재화 또는 용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받는 경우 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 부가가치세 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 사업자가 다른 사업자에게 일정 시설을 설치하게 한 후 동 시설에 대한 사용권한을 부여하고 그 대가로 정기적으로 금전을 수취하면서 일정기간이 종료한 후 동 시설물에 대한 소유권을 무상으로 이전받기로 약정을 체결하는 것은 금전 이외의 대가를 받는 경우에 해당된다고 할 것이므로 이 경우 부가가치세 과세표준은 동 시설물의 소유권이 이전되는 시점의 시가를 기준으로 각 과세기간별로 안분계산하는 것(대법원 2008두18939, 2011.6.30., 조심 2012중928, 2012.12.31. 참조)인바, 청구법인이 쟁점임차인으로부터 쟁점건축물의 소유권을 이전받는 것은 임대차계약기간이 종료될 때이고, 토지 임대용역의 대가로 수취하는 것은 그 시점에서의 쟁점건축물의 시가이므로, 임대차계약기간 종료 시의 쟁점건축물의 시가를 평가하여 임대차계약기간 동안 안분계산하여 법인세 임대수입 및 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 합리적임에도 불구하고, 처분청이 쟁점건축물의 신축가액을 안분계산하여 2004～2008년 중 쟁점신축가액을 청구법인의 후불임대료로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다만, 청구법인과 OOO이 2002.7.9. 작성한 OOO 국제업무단지 업무용시설(B2)사업 실시협약변경 제9조 제1항은 “토지임대기간은 영구임대를 원칙으로 한다”고 하면서도 “영구임대라 함은 시설 내구연한(50년) 동안의 토지임대를 의미한다”고 명시하였고, 같은 조 제2항은 “토지임대기간 만료 후 입주자가 본 시설을 철거하고 본 협약기준을 만족하는 범위 내에서 신축 또는 개축하는 경우 재임차할 수 있다”고 약정하였는바, 쟁점건축물 중 OOO는 “임대기간 만료시” 청구법인에게 기부채납된다고 단정하기 어려우므로 쟁점건축물 중 OOO의 건물가액은 임대용역대가로 보기 어려우므로 법인세 임대수입 및 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 할 것이다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인과 OOO주식회사가 2005.6.3. 체결한 OOO 신불지역, OOO로 예정지역 민간투자개발사업 실시협약 제10조 제1항, 제2항에 의하면 청구법인은 쟁점골프장부지상 시설물을 인계받거나, 철거할 수 있는 선택권을 보유하였다고 나타나고, 최근 신문기사(2012.2.14.자 OOO 3면)에 의하면 국토해양부 산하 OOO 관계자는 “현재 3,500만명 수준의 OOO 연간 이용객이 2025～2030년이면 1억명을 넘어서게 된다”며 “이용객 증가에 미리 대비하는 차원에서 OOO 골프장도 OOO로 착공 이전에는 폐쇄할 방침”이라고 보도된 사실이 나타난다. (나) 쟁점조성비용은 쟁점골프장부지의 임차인인 OOO가 자신의 사업과 관련하여 지출한 공사비로, 임대기간 중에는 비록 청구법인이 쟁점골프장부지를 소유하였다 하더라도 이를 사용수익할 수 없는바, 쟁점조성비용의 지출시점에 바로 청구법인의 수익이 확정되었다고 보기는 어려운 점, OOO로부터 반환받은 이후에도 이를 골프장으로 사용하지 아니한다면 청구법인이 보유한 쟁점골프장부지의 가치가 증대한다고 보기도 어려운 점 등을 종합하였을 때, 쟁점조성비용 중 향후 OOO로를 건설하더라도 골프장으로 존치하는 부지에 투입된 부분은 선수임대료로 볼 수 있을 것이나, 제5활주로가 건설됨으로써 골프장으로 존치하지 아니할 부분에 투입된 금액을 선수임대료로 보아서는 아니된다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대 청구법인의 보수규정(2005.1.1. 개정) 제49조에 의하면 명예퇴직금이라 함은 20년 이상 장기 근무를 한 근로자에게 지급되는 것으로, 장기복무자의 퇴직에 대한 위로금의 성격을 지닌다고 볼 수 있는바, 건설본부 소속 명예퇴직자 12인이 청구법인에 총 복무한 기간과 공항건설당시에 건설본부에 근무한 기간 등에 대한 추가조사를 실시하여, 건설본부 소속 명예퇴직자 12인의 전체 복무기간 중 건설본부에 근무하였던 기간에 대한 비율로 쟁점명예퇴직금을 안분(쟁점명예퇴직금 × 공항건설당시 건설본부 근무기간 / 전체 복무기간)계산하여 산정한 금액만을 건설자산의 취득가액으로 봄이 합리적이라고 보인다.
(4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 본다. (가) OOO 및 주변지역 용수공급에 따른 사업비분담협약서에 의하면 청구법인과 상수도사업본부는 “상수도 시설 사업비 중 1단계분 정산은 본 협약으로 종결하고, 추후 건설예정인 OOO 2단계와 OOO 2단계 등 2단계 정산분을 구분하여 산정한다.”고 약정하였고, 공항용수공급 2단계 공사는 별도의 공사계약의뢰(조달청) 및 공사입찰공고를 거치는바, 2단계 공사완료시 취득하게 될 수도시설이용권은 1단계 공사에서 취득한 쟁점무형자산과 별개의 자산에 해당한다고 볼 수 있는 점, 이와 같이 볼 경우 청구법인이 2001사업연도에 취득하여 자산으로 계상한 쟁점무형자산은 공항용수공급 1단계공사에 따른 수도시설이용권인 점 등을 종합하였을 때, 총공사비(OOO원)에서 인천광역시의 분담금과 상수도사업본부로부터 보전받은 쟁점분담금을 제외한 나머지 금액만을 청구법인이 쟁점무형자산을 취득하기 위하여 실제 지출한 비용으로 보아야 한다. (나) 위와 같이 공항용수공급 2단계 공사에 의하여 취득하게 될 수도시설이용권을 1단계 공사에서 취득한 쟁점무형자산과 별개의 무형자산으로 보는 이상, 공항용수공급 2단계 공사 중 완공된 부분에 대한 청구법인의 분담액(OOO원)이 별도로 감가상각 대상자산이 될 수 있는지 여부는 별론으로 하더라도 이를 쟁점무형자산의 취득가액으로 인정하기는 어렵다고 판단된다.
(5) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살피건대 쟁점가설건축물은 1997년 이미 건축되었음에도 청구법인은 OOO의 개항일(2001.3.29.) 이전까지 쟁점가설건축물을 “건설중 자산”으로 계상하였는바, 청구법인도 쟁점가설건축물을 공항시설 1단계 건설을 위한 것으로 인식 하였다고 볼 수 있는 점, 실제로도 OOO의 개항일(2001.3.29.) 이후 철거시(2005년 5월)까지 쟁점가설건축물 138개동 중 대부분인 125개동이 사용되지 아니하였는바, 이는 사업에 사용되지 아니하는 자산(법인세법 시행령제24조 제2항 제1호)으로 감가상각의 대상이 되지 아니한다고 볼 수 있는 점, OOO이 작성한 감정평가서에 의하더라도 쟁점가설건축물을 공사를 위한 임시건물로 간접비 성격의 자산이라고 나타나는 점, 당초 쟁점가설건축물 전체가 공항시설의 1단계 공사를 위하여 지출된 부대비용에 해당한다고 보는 이상, 공항경찰대에 임대된 13개동의 건축비도 이에 포함된다(완공된 공항시설물의 임대에 해당함)고 보아야 하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점가설건축물을 별도의 감가상각대상 자산으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(6) 다음으로, 쟁점⑥에 대하여 살피건대 인천직할시장이 1992.5.4. 공유수면 매립을 승인할 당시 부과하였던 조건 제9항에 의하면 “ 공항지역내 호안, 수로, 유수지, 도로 등 기타 공공시설은 국유로 하고 배후지원단지내 도시계획시설인 도로, 공원, 녹지 등 기타 공공시설은 도시계획시설 결정후 준공과 동시에 지방자치단체(인천시)에 귀속하여야 하며, 이의 유지보수는 5년간 피승인자의 부담으로 한다.”고 나타나고, 청구법인도 이러한 승인조건에 따라 쟁점도로가 준공된 이후인 2001.10.9.부터 수차례에 걸쳐 국가와 인천광역시장에게 쟁점도로의 소유권을 이관하여 갈 것을 요청하였던 점, 청구법인의 요청에 따라 건설교통부에서 이루어진 2006.12.5.자 협의내용에 의하면 쟁점도로를 인천광역시에게 이관함이 타당하다고 나타나는 점, 쟁점도로는인천국제공항공사법<법률 제5689호, 1999.1.26> 부칙 제8조 제1항 단서 소정의 “국가 또는 지방자치단체가 관리할 토지와 시설”에 해당하여 청구법인이 이를 현물출자받았다고 보기 어려운 점 등을 종합하였을 때, 쟁점도로는 장래 인천광역시에 기부채납되어야 할 도시계획시설로 청구 법인이 보유한 토지의 효용을 증가시키는바 그 건설비용은 토지 에 대한 자본적 지출에 해당한다고 보이고, 실질적으로 국가 또는 지방자치단체의 소유인 쟁점도로를 청구법인의 감가상각대상자산으로 보아서는 아니된다고 판단된다.
(7) 다음으로, 쟁점⑦에 대하여 본다. (가) 청구법인이 기상청장(OOO)에게 쟁점기상시설을 기부채납한 이후 이를 사용하였다고 보이지는 아니한 점, 청구법인과 OOO이 2003.6.24. 체결한 OOO 도착수하물 X-Ray검색기 인계인수 및 유지보수에 관한 합의서” 제1조, 제5조에 의하면 OOO 국제선 도착수하물 검색용으로 쟁점검색기를 설치하였고, OOO이 2003.12.31.이후부터 유지보수 책임을 부담한다고 되어 있는 점, 청구법인이 2007.12.31. 작성한 “X-Ray검색장비” 인수관련 내부시행문서에 의하면 청구법인은 2003년 7월에 OOO에게 쟁점검색장비를 지정기탁하였다고 나타나는 점 등을 종합하였을 때 청구법인이 국가에 기부한 쟁점검색장비를 사용하거나 이로부터 수익을 얻었다고 보이지 아니하는바, 쟁점검색장비를 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 사목 소정의 “사용수익기부자산”으로 보기는 어렵고, 이와 같이 보는 이상 청구법인이 2007.12.31. 쟁점검색장비2기를 재차 양도받았다면, 이는 OOO 이 보유하던 자산을 무상으로 취득한 경우에 해당한다고 할 것이다. (나) 항공기상정보사용료와 그 징수방법(기상청고시 제2005-1호, 2005.5.30.)에 의하면 항공기상대는 대한민국 공항에 착륙 또는 인천비행정보구역을 통과비행하는 경우에 항공기상정보사용료를 징수한다고 나타날 뿐만 아니라,기상법제15조 및 같은 법 시행령 제12조 제1항 제3호에 의하면 기상청장은 청구법인에게 특보사항 등 기상정보를 의무적으로 제공하여야 하는 점, 규제개혁위원회(2005.2.2.)의 기상정보료 부과 방침 최종 결정사항에 의하면 “연간 부담금액의 상한선을 정하여 국적사 및 IATA와 협의하되, 항행안전시설 사용료 등에 통합하여 징수한다.”고 나타나고, 항공기상정보사용료 징수업무 위․수탁 협정서 제6조 제1항에 의하면 “기상대는 매월 단위로 정산한 사용료 징수총액의 4.95%를 사용료 징수업무에 대한 위탁수수료로 공사에 지급하여야 한다.”고 적시되어 있는바, 청구법인이 아닌 항공사 등이 납부할 기상정보료의 징수방법에 대한 논의만이 있었다고 보이는 점, 청구법인의 내부 문건에 의하면 항공기상대가 청구법인이 납부할 기상료와 청구법인이 수령할 위탁징수에 따른 수수료의 상계를 원한다는 내용이 있지만, 청구법인이 4.95%에 달하는 위탁수수료를 받는 것으로 약정되는 등 실제 상계가 이루어졌다고 보이지 아니하는 점, OOO가 기상정보료를 지급하였다고 볼 만한 증빙도 제출되지 아니한 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 국가에 기부한 쟁점기상시설을 직접 사용하였다거나 이로 부터 수익을 얻었다고 보이지 아니하는바, 쟁점기상시설을 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 사목 소정의 “사용수익기부자산”으로 보기는 어렵다고 판단된다.
(8) 다음으로, 쟁점⑧에 대하여 살피건대 청구법인은 당초 인천광역시로부터 토지를 매입할 당시 준공일로부터 30개월 이후에 대금을 납부하기로 약정하였는바, 직원들에게 쟁점근로복지주택을 분양함에 있어서 토지부분에 대하여는 2년 이후 그 분양대금을 지급받는 것이 당연한 거래라고 볼 수 있는 점, 비록 청구법인이 OOO으로부터 토지대금을 선회수하였다고는 하나, 청구법인의 내부문건에 의하면 원래는 OOO이 토지대금을 보유할 권한이 있다고 볼 수 있는 점, 상호간 합의에 의하여 청구법인이 OOO으로부터 정기예금 이자 상당을 제외한 나머지 금액을 수령하였는데, 오히려 이와 같이 이자를 정산하면서까지 토지대금을 수령하는 경제행위가 특수한 경우에 해당한다고 볼 수 있는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 직원들로부터 쟁점토지대금을 회수한 시기가 OOO으로부터 회수한 시기보다 약 2년 정도 늦게 이루어졌다고 하여, 청구법인이 업무와 무관하게 쟁점토지대금을 대여하였다거나(지급이자 손금불산입), 청구법인의 조세에 대한 부담이 부당하게 감소되었다(부당행위계산부인)고 보기는 어렵다 할 것이다.
(9) 다음으로, 쟁점⑨에 대하여 살피건대법인세법제25조 제5항에 의하면 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 의미하는데, 청구법인은 거래상대방(협력업체 법인)도 아닌 그 직원들에게 쟁점특별성과금을 지급하였고, 지급당시에는 용역계약 등에 특별성과금의 산정에 관한 내용이 없었으며 실제 지급일 이후에 용역계약을 변경하였을 뿐인바, 이와 같이 지급에 대한 아무런 약정 없이 지급된 쟁점특별성과금은 접대비에 해당한다 봄이 합리적이라고 보인다.
(10) 마지막으로, 쟁점⑩에 대하여 살피건대 인천직할시장이 1992.5.4. 시행한 공문에 의하면 당초 정부(교통부 장관)는공유수면매립법제29조에 의하여 인천직할시장으로부터 공유수면 매립승인을 받았다고 나타나는 점, 청구법인이 2003.7.7. 작성한 공사법 및 현물출자 관련 회의 결과보고에 의하면 “정부로서는 법에 규정된 현물출자를 이행하지 않을 경우 행정책임에 대한 부담은 크나, 민영화 등과 관련한 공사의 경영환경을 고려하여 현물출자 철회방안을 긍정적으로 검토한다.”고 나타나는 점, 청구법인의 재산관리처장이 2005.3.24. 작성한 공사법에 다른 현물출자 검토보고에 의하면 현물출자의 시행여부는 건설교통부의 결정사항인데, 건설교통부(업무 담당부서: OOO)도 사실상 현물출자가 어렵다고 판단하여 주주총회에서 이에 대한 별도의 언급을 하지 않겠다는 입장이라고 나타나는 점 등을 종합하였을때,공유수면매립법제29조에 의하여 매립승인을 받은 청구법인이 국가에게 부가가치세 과세대상이 되는 매립공사 용역을 공급하고 그 대가로 쟁점매립조성부지를 취득하였다고 봄이 합리적이라고 보인다(대법원 2002두4051, 2003.9.5. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.