비거주자인 청구인에게 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 적용 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.3.12. 일본국으로 출국하여 2008.7.11. 일본국의 영주권을 취득한 자로, 2000.5.31. ○○○(건물 91.89㎡)을 취득하여 보유하던 중 2001.5.30. 재건축사업이 진행되어 2004.4.28. ○○○(건물 185. 893㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)로 재건축된 후, 2009.3.16. ○○○ 외 1인에게 쟁점아파트를 양도하고, 2009.5.11. 처분청에소득세법제95조 제2항 단서 표1에 의한 장기보유특별공제액 121,194,383원을 차감하는 등으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 117,932,640원을 신고․납부하였다가, 2009.7.28. 처분청에소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액 323,185,025원을 차감하는 등을 하여 청구인이 이미 납부한 2009년 귀속 양도소득세 63,627,050원을 환급할 것을 구하는 내용의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2009.10.12. 비거주자인 청구인에게는소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 차감할 수 없다는 이유로 하여 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법제95조(장기보유특별공제) 제2항 단서에는 1세대 1주택에 해당하는 자산을 양도한 경우 표2에 의한 장기보유특별공제액을 차감한다고 규정하고 있는데도, 조세심판원의 결정에서 비거주자에게는소득세법제95조 제2항 단서 표2에 의한 장기보유특별공제액을 차감할 수 없다고 결정(○○○, 2008.7.11.)한 바 있다. 하지만, 현행소득세법은 거주자의 종합소득, 퇴직소득 및 양도소득에 대한 납세의무는 물론, 비거주자의 양도소득을 포함한 모든 소득에 대한 납세의무를 함께 규정하고 있으므로 비거주자에게도소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 차감함이 타당하다. 또한, 장기보유특별공제는 물가상승으로 인한 자산의 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 방지하기 위하여 일정기간 이상 자산을 보유한 경우에 양도차익의 일정비율 만큼을 공제하는 제도이고, 계속적․반복적으로 발생하는 사업소득과는 달리 양도소득은 장기간 자산을 보유함으로 인하여 형성된 소득이 양도시점에 비로소 실현된다는 점 등을 고려하면, 명목소득의 성격이 강한 물가상승분에 대해서는 보유기간에 상당한 장기보유특별공제액을 차감할 필요가 있다. 따라서 비거주자인 청구인이 1주택인 쟁점아파트를 양도한 것에 대하여소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제154조에서는 거주자가 보유한 1세대 1주택을 양도소득세 비과세대상으로 규정하고 있으므로 비거주자에게는소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 차감할 수 없다. 따라서 청구인이 제기한 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 비거주자인 청구인에게도 거주자와 동일하게 소득세법제95조 제2항 단서 표2에서 규정하고 있는 바 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제1조 【납세의무】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 “비거주자”라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(괄호 생략)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 15 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 18 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 21 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 24 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 27 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제119조【비거주자의 국내원천소득】 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산ㆍ권리의 양도소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산ㆍ권리가 국내에 있는 경우에 한정한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 같은 항 제4호 가목ㆍ나목에 따른 자산 또는 권리 제121조【비거주자에 대한 과세방법】

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(괄호 생략)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. (단서 생략) 제159조의 2【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】 법 제95조 제2항 제3호 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제159조의 2【장기보유특별공제】(2008.2.2. 제목개정) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도한 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액―6억원 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × ───────── 양도가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 일본국의 외국인등록증명서 및 여권의 기록내용을 보면, 청구인이 1997.3.12. 일본국으로 출국하여 매년 여러 차례 국내를 출입(최근 3년간 출입국내역은 아래 <표>와 같음)하고 있으며, 청구인은 2008.7.11. 일본국 영주권을 취득한 사실이 나타난다. <표> 최근 3년간 출입국내역(2009년 국내체류기간: 38일) 출 국 입 국 출 국 입 국 2008.12.21. 2009.2.3. 2009.2.6. (3) 2009.2.24. 2009.2.27. (3) 2009.3.17. 2009.3.20. (3) 2009.4.8. 2009.4.11. (3) 2009.5.19. 2009.5.22. (3) 2009.6.16. 2009.6.19. (3) 2009.7.22. 2009.7.25. (3) 2009.8.11. 2009.8.14. (3) 2009.9.9. 2009.9.12. (3) 2009.10.7. 2009.10.10. (3) 2009.11.3. 2009.11.7. (4) 2009.12.8. 2009.12.12. (4) 2010.1.19. 2010.1.22. 2010.2.9.

(2) 이 건 양도소득세 경정청구서를 보면, 청구인은 2009.3.16. ○○○ 외 1인에게 쟁점아파트를 9억7천5백만원에 양도하고소득세법제95조 제2항 단서 표1에 의한 장기보유특별공제액을 적용하여 양도소득세 117,932,640원을 신고ㆍ납부하였다가, 같은 항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 적용하여 양도소득세 63,627,050원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였음이 확인된다.

(3) 처분청은 2009.10.12. 비거주자인 청구인에게는소득세법제95조 제2항 단서 표2(1세대 1주택)에 의한 장기보유특별공제액을 차감할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(4) 이를 바탕으로 하여 비거주자인 청구인의 양도소득금액 계산시소득세법제95조 제2항 단서 표2의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제액을 차감할 수 있는지에 대하여 살펴보면,소득세법제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항 본문에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 집단으로 규정하고 있으므로 비거주자는 국내에 1세대를 구성할 수 없고, 나아가 비거주자를 거주자와 동일한 것으로 보아 양도소득세 과세특례규정인소득세법제95조 제2항 단서 표2의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없으므로, 비거주자인 청구인에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제액을 차감할 수 없다 할 것이다(○○○, 2009.7.8. 외 다수 같은 뜻임). 따라서 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.