양도당시 농지대토 감면요건을 충족하고 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.6.29. 취득한 ○○○ 전 1,323㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2006.12.26. 한국토지공사 등에 양도하고, 2007.2.28. 양도소득세 신고시 조세특례제한법 제70조 의 규정에 의한 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점농지 수용당시 농업손실보상금의 1/2을 김학수가 수령하였으며, 수용이후 청구인이 대체농지 소재지에 거주하지 아니한 사실을 확인하고 청구인이 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 감면신청을 부인하고 여타 토지 양도소득금액을 합산하여 2009.12.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 47,148,300원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2000.6.29. 김학수로부터 쟁점농지를 취득하면서 당시 심어졌던 고추를 김○○○가 수확키로 하여 2001년부터 2005년까지는 직접 쟁점농지에서 콩과 고추를 경작하여 가족들과 나누어 소비하였으나, 2006년 4월부터 지병인 고혈압과 퇴행성 관절염이 악화되어 부득이 전 소유자인 김○○○에게 1년간만 농사를 짓도록 부탁을 하고 수확물을 반반씩 나누기로 하였고 이에 따라 영농보상금도 1/2로 나누어 수령하였고, 쟁점농지가 2006.12.26. 수용당하여 청구인은 부득이 2006.12.15. 청구인의 주소지○○○로부터 20㎞ 이내인 경기도○○○ 소재 답 3,993㎡(이하 “대체농지”라 한다)를 취득하고 벼를 직접 경작하고 있는 바, 농사 외 달리 직업이나 소득이 없고, 2001년 1월부터 2005년 12월까지 3년 이상 쟁점농지 소재지에 거주하면서 이를 직접 경작하였음에도, 2006년 당시 경작인인 김○○○가 영농보상금을 수령할 목적으로 작성한 경작사실확인서만을 근거로 청구인이 3년 이상 경작한 사실을 부인한 것이며, 대체농지는 청구인의 주소지로부터 20㎞내에 있어서 그 농지를 2008.2.22. 이후 양도하는 경우에는 농지소재지에 거주하는 것으로 보아야 하고 현재 위 대체농지를 경작하고 있어 농지대토에 대한 감면요건을 충족하고 있으므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 농업손실보상금은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제48조 의 규정에 따라 실제 경작자에게 지급하는 것으로서 보상금신청서 등에 실제 경작자와 농지소유자가 구분․기재되어 있고, 신청서에 첨부한 인감증명서도 청구인이 직접 발급받은 점 등으로 보아 청구인은 농업손실보상금의 취지나 실제 경작자가 수령한다는 것을 충분히 인식할 수 있었을 것으로 보이며, 김○○○가 쟁점농지를 경작하였다는 취지의 확인서와 합의서를 제출하였고, 이외 제출한 사진은 직접 경작을 인정할 만한 객관적인 증거자료라고 볼 수 없으며, 김○○○가 2009.12.3. 작성한 확인서는 사인간 임의작성이 가능한 것이므로 보상금수령당시에만 김○○○가 경작하였다는 주장은 받아들이기 어렵고, 아울러, 청구인의 주민등록변경내역을 확인한 바 대체농지 소재지에 거주한 사실이 없고, 청구인이 주장하는 통작거리 규정은 2008.2.22. 이후 감면대상 농지를 양도한 경우에만 적용되는 것이어서 이 건과는 무관한 것인 바, 청구인은 쟁점농지 양도시 대토농지 감면요건을 충족하지 아니하므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지 양도시 청구인이 농지대토 감면요건을 충족하고 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우" 라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 부 칙 (2008.2.22. 대통령령 제20620호) 제2조【일반적 적용례】

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 관련 등기부등본, 매매계약서, 토지수용합의서, 수용확인원, 농지원부, 경정결의서 등에 의하면, (가) 청구인은 2000.6.29. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득하여 약 6년 6개월 보유하다 2006.12.26. 한국토지공사와 인천광역도시개발공사에 양도○○○하였고, 쟁점농지 양도 전인 2006.12.15. 대체농지를 취득하였는 바, 대체농지 취득일로부터 1년 내에 종전의 농지인 쟁점농지를 양도하였고, 대체농지는 그 면적이 쟁점농지의 면적의 2분의 1 이상이었던 것으로 나타난다. (나) 처분청은 청구인의 농지대토에 따른 양도소득세 감면신청을 부인한 이외에 ○○○ 답 1,801㎡(2006.3.23.), 같은 리 365 답 1,117㎡(2006.12.26.) 양도에 따른 양도소득금액(202,875,953원)을 합산하고, 기납부세액(71,562,943원)을 공제하여 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 처분청이 청구인의 농지대토에 따른 양도소득세 감면신청을 부인한 근거는 아래와 같다. (가) 처분청의 요청에 따라 한국토지공사사장(인천지역본부장)이 제출한 실농보상비지급 내부공문(2008.3.18.), 김○○○ 명의 경작사실 확인서(2007년, 일자 불명), 농업손실보상합의서(2007.12.18. 영농보상용으로 발급된 청구인 인감증명서 첨부되어 있다)에 의하면, 쟁점농지 실농보상비는 3,478,844원이었는데, 토지소유자(청구인)와 실제경작자(김○○○)가 각 1/2(1,738,422원)씩 수령하기로 합의하고 이를 수령한 사실이 나타나고, 김○○○는 적어도 쟁점농지 양도당시에 이를 경작하고 있었던 것으로 나타난다. (나) 한편, 쟁점농지․대체농지 보유기간 청구인 주민등록 정보는 아래 <표>와 같은 바, 쟁점농지 소재지○○○와 당시 청구인의 주소지○○○는 연접하였으나, 대체농지 소재지○○○와 청구인의 주소지○○○는 연접하지 않은 것으로 나타난다. <표> 관련기간 청구인의 주민등록내역○○○ (다) 이상의 사실관계에 따라 처분청은 쟁점농지 실지 경작자는 임차농인 김○○○이고, 현재까지도 대체농지 소재지나 연접지역에 거주한 사실이 없어 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 판단하여 이 건 과세처분을 하였다.

(3) 이에 대하여 청구인이 제시한 반증은 다음과 같다. (가) 김○○○의 확인서, 농업손실보상합의서, 청구인 명의 우체국계좌(103895-05-XXXXXX) 거래내역, 청구인의 건강보험 요양급여내역 등에 의하면, 청구인은 2006.2.1.부터 2006.6.20.까지 요도증후군, 급성기관지염, 치아상아질 우식증, 발작성 빠른맥, 담음요통 등으로 28회의 건강보험 요양급여를 받은 것으로 나타나는데, 김○○○는 청구인이 쟁점농지를 취득한 다음 해인 2001년부터 쟁점농지를 경작하였으나 지병인 고혈압, 퇴행성 관절염이 악화되자 2006년 4월 김○○○ 본인에게 경작을 부탁하기에 본인이 경작을 하였고, 실농보상금은 쟁점농지 수용시 서로 합의하여 각 1/2씩 수령하였다고 진술하였으며, 청구인이 2003.8.25. 한국토지공사로부터 쟁점농지 실농보상금의 1/2인 1,738,422원을 이체받은 사실이 나타난다. (나) 이외 청구인은 2006년 당시 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 거주지로부터 20㎞내에 소재하면서 농업 등의 경영을 목적으로 하여야만 취득할 수 있었던 상황의 대체농지의 취득을 2006.11.20. 허가받은 것으로 나타나는 김포시장 발행 토지거래허가증, 이외 대체농지 경작 관련 ○○○ 소재 ○○○의 영수증 4매, ○○○ 영수증 1매, 2008년 대체농지 생산 백미 80㎏ 22가마를 위탁가공판매하였다고 기재된 ○○○ 명의 양곡위탁가공판매확인서, 쌀소득보조금 지급내역○○○ 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계를 종합하면, 청구인은 쟁점농지 양도시 농지대토에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하고 있었으므로 이 건 과세처분이 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조의 규정에 따른 농지대토라 함은 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 양도하고 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우를 말하는 것인 바, 양도일 현재 위탁경영ㆍ대리경작 등 경작하지 않는 농지를 양도하고 대토하는 경우는 위의 농지대토에 해당되지 않는다고 할 것이며, 2008.2.22. 시행된 조세특례제한법 시행령 제67조 제1항 제3호 의 통작거리(20㎞) 요건은 감면대상 농지를 당해 규정 시행 후 양도하는 분부터 적용하여야 할 것이므로, 청구인이 제출한 쟁점농지의 경작과 관련한 증빙에 의하면 청구인이 쟁점농지 양도당시 김○○○에게 대리경작을 시키고 있었던 것으로 나타나고 이에 대한 예외사항을 인정하고 있는 바도 없어 농지대토에 따른 양도소득세 감면을 배제할 수밖에 없는 것으로 보이며, 아울러 청구인이 대체농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역에 거주한 사실이 확인된다고 하더라도 2008.2.22. 개정된 조세특례제한법 시행령에 의한 직선거리 20킬로미터 거리규정은 감면대상 농지를 2008.2.22. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 대체농지 소재지에 거주하면서 이를 경작하였다고 보기도 어려운 것으로 보이므로 청구인의 주장은 이를 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

(5) 따라서, 처분청에서 쟁점농지 양도시 청구인이 농지대토에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 타당한 것으로 보인다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.