실제거래가 확인됨에도 가공세금계산서로 보아 매입액을 손금불산입하여 법인세를 과세함은 부당함(인용)

○○○세무서장이 2009.9.16. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 13,934,430원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)로부터 2008.1.31. 5,017만원 및 2008.2.29. 3,742만원, 합계 8,759만원 상당의 기초화공약품을 매입하고 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 매입세액공제를 하고 법인세 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 ○○○세무서장이 통보한 자료상거래 확정자료에 의해 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입하여 2009.9.16. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 14,197,910원 및 2008사업연도 법인세 13,934,430원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 법인세 경정에 불복하여 2009.10.12. 이의신청을 거쳐 2010.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 기초화공약품은 유통구조의 특성상 상품은 생산자에서 수요자에게 직접 전달되고 판매대금과 세금계산서만 수수하는 형태로 거래되는 바, 상품판매과정, 수주현황, 매입세금계산서, 원시장부 및 거래원장 등에 의해 실물 거래를 하였고, 다른 대부분의 관련 매입자료의 경우 위장자료로 보아 부가가치세만 과세하면서 쟁점세금계산서에 대하여는 유통과정에 대한 조사 없이 가공자료로 보아 법인세를 경정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○○은 ○○○세무서 조사결과 자료상으로 확정되어 고발된 법인으로 2009.1.1. 폐업한 상태로서 다른 위장자료와는 거래시기가 다르고, 쟁점세금계산서 과세기간인 2008년 제1기에는 매출·매입의 가공비율이 96.6%에 이르며, 청구법인도 ○○○지방국세청 조사에 의해 2008.6. 가공매출 등의 혐의로 검찰에 고발된 이력이 있는 법인으로 당해 거래를 입증할 객관적인 대금지급 증빙이 없으므로 가공거래로 보아 한 법인세 손금불산입 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 가공세금계산서로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)법인세법제4조 제2항을 보면 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득, 수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용하도록 규정되어 있다.

(2) ○○○에 대한 ○○○세무서조사공무원의 조사복명서 및 전말서 등을 보면, 총대리점 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)의 대표 송○○○은 사업상 우월적 지위를 이용하여 중간판매점인 ○○○(대표 신○○○)에게 세금계산서를 발행·교부하였고, ○○○은 청구법인에게 부가가치 없이 그대로 교부한 것으로 ○○○ 대표 신○○○이 전말서 및 확인서에 의해 진술하였고, ○○○은 2009.1.1. 폐업된 상태로서 2008년 제1기 매출(5억1,000만원)·매입(4억9,300만원)의 가공비율이 96.6%에 이르는 법인으로 당해 거래를 입증할 수 있는 대금증빙 등 객관적인 증빙자료를 제시하지 못함에 따라 금융조사 등의 결과 등을 바탕으로 ○○○을 자료상으로 확정하여 고발하고 쟁점세금계산서 관련거래를 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 청구법인이 제시한 수주현황, 장부 및 거래처 원장 등은 임의적으로 작성가능한 서류이며, 장부상 2008.1.31. 및 2008.2.29. ○○○과의 거래는 모두 현금결제한 것으로 나타나나, 당해 거래를 입증할 수 있는 객관적인 대금지급증빙이 없고, ○○○지방국세청과 ○○○세무서의 조사 당시 당해 거래형태를 인정하여 위장거래로 인정하였다는 청구주장은 이 건 과세기간(2008년 제1기) 이전(2006.1.1.~2007.12.31.) 거래이므로 연관성이 없다는 의견이다.

(4) 청구법인은 청구법인이 취급하는 화공약품은 유통단위가 크고 위험물이 많아 유통구조상 각 판매상은 자체 물류창고를 보유하고 있지 아니하여 생산자로부터 최종수요자에게 직접 전달되었으나, 최종소비자에 납품권이 있는 청구법인이 공급한 것이고, ○○○세무서장은 ○○○을 조사하면서 청구법인에게 소명기회를 주지 않았으며, 처분청은 ○○○세무서장이 통보한 아래 <표>의 ○○○ 자료 내역 3억2,704만원 중 2007년도분 2억3,945만원에 대하여 실물거래에 따른 필요경비(법인세)는 인정하고 부가가가치세 매입세액에 대하여만 위장거래로 보아 매입세액 불공제 처분하였으나, 나머지 8,759만원(쟁점세금계산서 가액)에 대하여는 상품실물의 유통과정을 조사하지 않고 자료통보내용 및 대금결제내역만을 근거로 실질매입내용 및 필요경비를 모두 부인하였다며, 수주현황표, 거래처 원시장부, 거래처원장, 상품판매과정요약도 등을 제시하였다.

(5) ○○○이 ○○○에 세금계산서를 교부하고 ○○○이 ○○○주식회사에 교부한 세금계산서에 대하여 처분청이 이를 위장세금계산서로 보아 ○○○에 부가가치세 가산세를 부과한데 대한 ○○○의 청구에 대하여 우리 원은 처분청 의견대로 당해 세금계산서를 위장세금계산서로 결정○○○한 바 있다.

(6) 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 ○○○세무서장이 통보한 자료의 3억2,704만원 중 2007년 제2기분 2억3,944만원에 대하여는 이를 위장세금계산서로 보아 부가가치세만 추징하고, 같은 자료 중 2008년 제1기분(쟁점세금계산서)에 대하여는 이를 가공세금계산서로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 점에서 일관성이 없어 보이는 점, 우리 원도 ○○○이 ○○○에 교부한 세금계산서를 위장세금계산서로 보아 결정○○○한 바 있으며, 그 밖에 거래양태와 거래관행으로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서를 수수한 2008년 제1기에도 종전과 동일한 방식으로 거래하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 상품실물은 ○○○로부터 받아 매출처에 판매하고 세금계산서만 ○○○로부터 교부받은 것으로 보인다. 따라서 쟁점세금계산서를 가공세금계산서 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.