연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.4.8.부터 현재까지 통신기기 및 방송장비 제조업을 영위하고 있는 비상장법인으로, 2004~2008사업연도 법인세 신고시, 주주겸 임원인 노○○○의 인건비 393,244,013원(2004사업연도 67,180,150원, 2005사업연도 73,257,330원, 2006사업연도 79,616,467원, 2007사업연도 85,915,733원, 2008사업연도 87,274,333원, 이하 ‘쟁점 금액’이라 한다)을 조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 제9조에 의한 연구 및 개발인력비로 계상하여 세액공제를 받았다.
• 나. ○○○국세청장은 2009년 10월 청구법인의 연구개발비 관련 서류를 검토한 결과, 노○○○가 청구법인의 등기임원으로 총 발행주식의 10% 이상을 소유하고 있음을 확인하여 쟁점금액이 세액공제대상인 연구개발비에 해당되지 아니한 것으로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 처분청은 위의 통보자료에 의해 쟁점금액을 세액공제대상에서 부인하고 2009.11.6. 청구법인에게 2004~2008사업연도 법인세 73,238,690원 (2004사업연도 15,159,050원, 2005사업연도 15,326,910원, 2006사업연도 18,843,100원, 2007사업연도 18,162,980원, 2008사업연도 5,746,650원)을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인의 연구소 실장인 노○○○가 총 주식의 10%이상 지분을 소유한 임원이므로 해당 인건비인 쟁점금액이 연구개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 이 건을 처분하였으나, 조세 특례제한법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상은 ‘과학 기술 분야의 연구업무에 종사하는 연구요원과 이들의 업무를 직접적으로 지원하는 자로 규정하면서 지원하는 자의 경우 주주임원으로서 일정요건에 해당하는 자는 제외 한다’고 규정하고 있을 뿐, 직접 연구 활동에 종사하는 연구요원에 대해서는 별도 규정하고 있지 아니한 바, 주주임원 등이 직접 연구활동에 종사할 경우 요건제한이 없이 모두 인정함이 타당하다고 할 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 법인설립 요건을 충족하기 위해 노○○○를 관리 임원으로 등재하였을 뿐, 실제 관리임원이 존재할 수 없고, 노○○○는 연구 활동에 직접 종사한 연구요원임이 청구법인이 제출한 조직도와 노○○○의 이력사항 및 개발실적 등으로 알 수 있으므로 노○○○를 관리임원으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 기업의 기술개발을 지원하기 위하여 개발비용에 대한 손금산입과는 별도로 조세 정책적 목적으로 세액공제를 추가 허용하고 있는 것으로써 부당공제를 방지하고자 공제대상 비용의 범위를 조세특례제한법 시행령 [별표 6]에 규정하고 있고, [별표 6]에서는 기술개발 또는 문화산업진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비를 공제대상비용으로 명시하고 있으며, 조세특례제한법 시행규칙제7조 제2항에서는 실제 연구 활동에 종사했는지 여부와는 상관없이 ‘주주인 임원으로서 당해 법인 발행 주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 자는 제외 한다’라고 규정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 상법상 법인의 임원은 그 임명과 직무수행에 있어 엄격한 절차와 책임이 수반되고, 그 중요성으로 인하여 법인등기부등본에 등재하도록 규정되어 있는 것임에도 서류상으로만 등재된 임원이라는 청구법인의 주장은 대외적으로 공시한 법인등기부등본의 내용을 부인하는 결과를 초래하므로 신의성실의 원칙에 위배되고, 노○○○이사는 상법에 규정된 이사의 직무를 해태하였다고 밖에 볼 수가 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인의 10% 이상 지분을 보유하고 있는 주주이자 임원인 노○○○의 인건비인 쟁점금액(393,244,013원)을 조세특례제한법상 세액공제대상인 연구개발비로 볼 수 있는지 여부

② 등기부등본 상 관리임원으로 등재되어 있는 노○○○를 관리임원이 아닌 연구원으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도 까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】

⑧ 법 제15조 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 종업원 등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 제외한다.

법인세법시행령 제87조 제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2007.3.30. 재정경제부령 제548호로 사제되기 전의 것) 제6조【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원 하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법제10조, 같은 법 시행령 제9조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항을 보면, 세액공제 대상이 되는 연구 및 인력개발비는 재료ㆍ제품ㆍ기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산 방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비ㆍ기술정보비 등의 비용으로서 연구개발 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비이고, 여기서 ‘전담부서에서 근무하는 직원’이라 함은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원 하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제13조 제8항 제2호에 당해 법인의 주주로서 법인세법 시행령 제87조 제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주의 인건비는 세액공제대상에 해당하지 아니 한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 등기부등본과 국세통합전산망자료에 의하면, 노○○○(1963.6.27.)는 1999.4.8.부터 현재까지 청구법인의 관리이사로 재직하고, 2004~2008사업연도 기간에 청구법인 총 발행주식의 17.83%지분을 보유하고 있는 주주로 나타난다. (다) 위 법령과 사실관계를 종합하면, 조세특례제한법상 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10를 초과하여 소유하는 임원의 인건비는 세액공제 대상인 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니하고, 노○○○는 과세기간 중 청구법인 총 발행주식의 17.83%지분을 소유하면서 관리임원으로 재직하였음이 확인되는 바, 노○○○의 인건비인 쟁점금액은 세액공제 대상인 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다 할 것이다. (라) 한편, 청구법인은 법령의 취지상 연구 활동에 직접 종사하는 연구요원의 경우는 주주임원 등의 요건제한이 없이 세액공제 대상으로 인정하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법령은 국가정책상 세액공제 등 조세특례를 정하는 것이어서 그 법령을 해석함에 있어 엄격히 해석하여야 하고, 유추 및 확장하여 해석할 수 없다 할 것이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려우므로, 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 노○○○는 1999.4.8.부터 현재까지 청구법인 총 발행주식의 17.83%을 소유한 대주주이자 관리임원으로 재직하고 있음이 청구법인의 등기부등본과 주주현황자료에 의해 확인되는 점에 비추어 노○○○가 청구 법인의 단순한 연구원이라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단되므로 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.