골조공사한 상태에서 건물을 양도한 경우 부가가치세 과세대상인지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2003.8.8.부터 2005.12.31. 폐업할 때까지 ○○○를 사업장으로 하여 방음자재 제조업을 영위한 법인으로, ○○○세무서장은 청구법인이 ○○○ 외 5필지 토지(전, 답) 4,221㎡와 공장용 건축물 1,402.6㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매각하고 이를 매출누락한 사실을 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 나. 처분청은 이를 근거로 하여 쟁점부동산의 양도가액을 20억원으로 하고 그 중 건축물 양도가액을 701,271천원으로 하여 2009.6.11. 청구법인에게 2004년 제1기 부가가치세 122,778,590원을 경정·고지하였다.
• 다. 그 후 처분청은 직권으로 쟁점부동산의 양도가액을 12억원으로 정정하고, 그 중 건축물 양도가액을 649백만원으로 하여 부가가치세를 117,578,580원으로 감액경정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.9. 이의신청을 거쳐 2010.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산 중 토지에 공장을 건축하기 위하여 허가를 받고 ○○○와 공사대금을 908,600천원(부가가치세 별도)으로 하여 공사도급계약을 체결한 후 토목 및 철골공사를 진행하면서 공사대금으로 432백만원(부가가치세 포함)을 지급한 상태에서 2003. 7.16. ○○○와 매매대금을 12억원으로 하여 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하여 계약금을 수령하였고, 중도금 지급일에 ○○○가 매매계약을 변경할 것을 요청하여 양수자를 ○○○으로 변경하기로 합의한 후 합의서를 공증받고 잔금을 지급받았다. 매매대금은 실제 대주주인 ○○○ 대표이사 ○○○가 모두 지불하였고 공장의 신축공사가 완료되어 공장등록을 한 후에 소유권 이전등기를 하기로 하고 청구법인의 인감만 날인한 매매계약서를 법무사가 보관하게 하였다. 그런데, 2004년 1월에 공장건축공사가 완료되어 쟁점부동산 중 토지(전, 답)를 공장용지로 지목변경한 뒤, 실제 양수자인 ○○○는 법무사가 보관하는 매매계약서에 임의로 양수자를 ○○○로 하고 매매대금을 12억원(토지 551백만원, 건축물 649백만원)으로 기재하였고, ○○○는 2006.11.17. 처분청에 쟁점부동산을 1,686백만원에 매수하였다고 허위진술을 하였으며, 청구법인이 이를 알고 ○○○ 대표이사 ○○○에게 항의하자 ○○○는 전적으로 책임을 진다는 내용의 사실확인서를 작성한 사실이 있다. 위와 같이 청구법인은 쟁점부동산 중 공장용 건축물에 대한 일부 공사만 진행한 상태에서 매각한 것이며, 토지와 신축 중인 건축물을 매각하였으나 건축물이 아닌 시설물 상태에 불과한 경우에는 양도가액 전액을 토지의 대가로 본다는 해석사례(○○○, 2009.7.31.) 등을 고려하면, 청구법인은 토지를 매매하며 건축물이 아니라 정착물인 미완성건축물을 양도한 것이므로 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 매매계약서상 토지와 건물의 가액이 각각 구분되어 있기 때문에 시설물 상태에서 양도한 당해 부동산의 매매대금 전체를 토지의 양도가액으로만 보아야 한다는 청구법인의 주장은 위 매매계약서의 내용과 다르며, 매매계약서가 허위로 작성되었다는 점에 대한 입증책임은 청구법인에게 있는데, 소유권이전등기를 하기 위하여 정상적으로 제출한 검인계약서가 허위로 작성한 것임을 입증할 수 있는 증빙의 제시가 없는 만큼, 당해 계약서상 건축물의 가액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지와 건축물의 매매대금을 구분하여 작성한 매매계약서를 근거로 건축물 양도에 대하여 부가가치세를 과세하였으나, 매매당시 골조공사만 한 상태라 건축물을 양도한 경우에 해당되지 아니므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. 제12조【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다. 제48조의2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[괄호 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점부동산 중 토지상에 공장을 신축하기 위하여 2002.9.30. ○○○와 공사도급금액을 908,600천원으로, 착공일을 2002.10.10로, 준공예정일을 2002.12.25.로 하는 공사도급계약을 체결하였고, ○○○에게 공사기성금으로 2003.1.23. 88백만원, 2003.1.29. 150백만원, 2003.2.14. 194백만원 합계 432백만원(부가가치세 포함)을 지급하고, 공사대금에 대하여 세금계산서를 2002.12.30.과 2003.1.24. 및 2003.2.10. 각각 수취하였다는 내용의 공사도급계약서와 공사비집행내역서를 증빙서류로 제출하고 있다.

(2) 청구법인이 2003.7.16. ○○○와 체결한 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산 중 토지를 포함한 ○○○(480-5, 483-2, 483-4, 484, 484-2, 484-6, 491-2, 491)의 토지 5,624㎡{매매계약서상 목적물은 9필지이나 첨부서류인 부동산목록에는 10필지(485-3 추가)로 되어 있음}에 대하여 매매대금을 1,250백만원으로 하고 잔금을 2003.8.20. 지급하기로 하는 계약을 체결하였으며, 당해 매매계약서의 특약사항으로 ① 양도자는 양수자가 계약과 동시에 공사를 진행할 수 있도록 적극 협력하며, 전 시공자의 공사포기각서를 첨부하고, ② 중도금은 7억원으로 하되, 융자금액이 더 발생될 경우 양수자는 모든 금액을 양도자에게 지불하며, ③ 계약금은 계약당일에 50백만원을 현금으로 지급하고, 나머지 75백만원은 2003.7.18. 지급하기로 하고, ④ 잔금지급일은 2003.8.20.로 하며, ⑤ 양수자는 소유권이전등기가 원활하게 추진될 수 있도록 경기도 광주시로 주소지를 이전하며, 양도자는 은행대출, 농지전용허가 명의변경 등 행정 전반에 관하여 적극 협력하고, ⑥ 융자에 관하여 이자 및 수수료는 양수자가 부담하고, 잔금 이후에 발생하는 준공에 관한 일체의 비용도 양수자가 부담하며, ⑦ 상기 계약금 125백만원에 대하여 공증하기로 하며, 기한내 미지급할 경우 양수자는 계약금을 포기하고, 민·형사상 어떠한 이의도 제기하지 아니한다는 내용 등을 약정하고 있는 사실이 확인된다.

(3) 청구법인이 2003.8.21. ○○○와 2003.7.16. 체결한 위 매매계약에 대한 재약정 합의서의 주요내용은 아래와 같다. (가) 양수자는 1차 중도금 지불을 이행하지 못한 것을 확인하고 금일 3억원을 양도자에게 지불하고, 양도자의 은행융자금 59백만원을 2003.8.21. 인수하고 그 날부터 양수자가 이자를 부담한다. (나) 양도자는 금일 쟁점부동산을 양수자에게 인도하고 양수자는 건축물공사를 시공하여 준공허가를 받기로 한다. (다) 양수자는 2003.10.20.까지 잔금 235백만원을 양도자에게 지불하기로 한다. (라) 양수자가 2003.10.20.까지 잔금을 지불하지 못할 때에는 별도의 통고없이 매매계약을 해약하기로 하고 양수자는 계약금과 건축공사비에 대한 권리를 포기한다. 이 경우 양도자는 해약 1개월 후 양수자에게 중도금 3억원을 반환하기로 한다. (마) 양도자는 양수자 앞으로의 소유권이전등기에 필요한 서류 일체를 법무사 정양진에게 보관시킨다.

(4) ○○○ 대표이사 ○○○은 2003년 10월에 청구법인에게 2003.7.16. 체결한 위 매매계약에 관하여 권리 일체를 포기하며 가등기를 말소한다는 내용의 포기각서를 작성하여 교부하였다.

(5) 경기도 광주시장은 2004.1.29. 지방법원 등기소에 ○○○ 2,227㎡의 지목을 전에서 공장용지로 변경하는 토지표시변경등기를 촉탁하였음이 등기촉탁서에 의하여 확인된다.

(6) 청구법인이 2004.2.5. ○○○와 체결한 것으로 표시되어 있는 부동산 매매계약서에는 쟁점부동산의 매매대금을 1,200백만원으로, 계약금을 200백만원으로, 잔금 10억원의 지급일을 2004.2.11.로 하는 내용의 매매계약을 체결한 것으로 기재되어 있으며, 당해 매매계약서 특약사항에 토지대금이 551백만원, 건물대금이 649백만원으로 약정되어 있다.

(7) ○○○ 대표이사 ○○○는 2005.8.16. 자신의 필요에 의하여 청구법인 대표이사 ○○○에게 사실확인서를 요구한 것에 대하여 ○○○은 진행된 사항을 전혀 모르고 있었으나, 본인의 요구 및 요청에 의하여 확인을 받았고, ○○○에게 어떠한 피해가 가해진다면 그 점에 대하여는 ○○○가 전적으로 민·형사상 책임을 진다는 내용의 사실확인서를 청구법인에게 교부하였다.

(8) 청구법인의 ○○○-***) 거래내역에 의하면, ○○○가 2003.7.18. 75,000천원을, 2003.10.20. 191,500천원을, 2003.10.21. 590,000천원을 각각 입금한 사실이 확인된다.

(9) 처분청의 이의신청결정서에 쟁점부동산 중 건축물이 준공된 후 잔여공사 시공사가 ○○○으로 바뀌었고, 시공사가 잔여 공사비를 요구하자 그 대가로 공급가액이 300백만원인 세금계산서[○○○ 조사기 가공매입자료로 부인]만을 발행하였으며, 청구법인은 2003년 제1기 부가가치세 과세표준 신고 당시 공급가액이 312,727천원인 세금계산서를 포함한 것으로 기재되어 있다.

(10) ○○○ 대표이사 ○○○는 2006.11.17. 청구법인에게 2004년 제1기에 교부한 공급가액 285백만원의 세금계산서와 관련하여 ○○○가 청구법인으로부터 2004.1.30. 쟁점부동산을 매입할 때 청구법인이 공장을 신축 중에 있어 ○○○가 이를 매입한 후 마무리공사를 하였기 때문에 세금계산서를 교부하였고, ○○○가 지급한 공장매입대금 20억원 중 공사금액 285백만원, 부가가치세 28,500천원, 합계 313,500천원을 제외한 나머지 금액은 쟁점부동산을 매입한 대금이며, ○○○ ○○○이 매입과정에서 일을 처리하였기 때문에 문제가 발생하여 형사재판이 진행되어 위 사실을 검찰에서도 진술하였으며 대법원 확정판결이 2006.10.28. 대법원에서 종료되었고, ○○○이 악의적으로 허위사실을 진술한 것으로서 청구법인에게 교부한 세금계산서는 정당한 것이라는 내용의 확인서를 작성하여 처분청에 제출하였다.

(11) 청구법인은 1999.9.30.부터 순차적으로 공유물분할 또는 매매 등을 통하여 쟁점부동산 중 토지를 취득하였으며, 공장용 건축물은 2004.2.16. 청구법인 명의로 소유권보존등기가 되었고, 쟁점부동산은 2004.2.5. 매매를 원인으로 2004.2.16. ○○○에게 소유권이전등기를 하였고, ○○○는 2003.8.22. 매매예약(2002.10.20.)을 원인으로 쟁점부동산 중 토지에 대하여 소유권이전등기청구권가등기를 하였다가 2003.10.21. 말소하고, ○○○은 매매예약(2002.10.31.)을 원인으로 소유권이전등기청구권가등기를 하였다가 2004.2.18. 말소하였다.

(12) 청구법인은 쟁점부동산을 양도할 당시 공장용 건축물은 골조공사만 진행된 상태이므로 건축물에 해당되지 아니기 때문에 처분청이 건축물을 양도한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하며, ○○○와 체결한 매매계약서상 건축물 대금은 사실과 다르다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가)부가가치세법제1조 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제1조 제1항에서 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다고 규정하고 있으므로, 토지에 건축 중인 건축물이민법상 독립된 소유권의 객체가 되는 부동산에는 해당되지 아니한다 하더라도 재산적 가치가 있는 유체물이므로 위 규정에 의하면 건축 중인 상태의 건축물은 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구법인의 주장은 인정할 수는 없다할 것이다. (나) 또한, 청구법인이 ○○○와 체결한 매매계약서에 토지와 건물의 대금이 구분기재되어 있는 점, 쟁점부동산 중 건축물을 2004.2.16. 청구법인 명의로 소유권보존등기한 점, 청구법인이 ○○○과 체결한 매매계약을 모두 매매예약으로 하여 소유권이전등기청구권가등기가 된 점과 청구법인이 당초 시공사인 ○○○에게 공사대금 432백만원을 지급한 점 등을 감안하면, 청구법인은 공장용 건축물을 준공하여 양도하며 건물대금을 구분한 것으로 보이는 이상 건축물 가액으로 인정 하겠다.

(14) 따라서, 청구법인이 양도한 쟁점부동산 중 공장용 건축물에 대하여 매매계약서상 건축물 가액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.