국가에 소유권을 귀속시킴으로써 발전시설에 대하여 장기간 사용・수익할 권리만을 가지고 처분권을 가지고 있지 않은 점, 국가에 기부채납한 것을 두고 감면세액 추징사유인 “처분”에 해당한다고 보기는 어려운 점 등으로 보아 쟁점발전시설에 대해 에너지 절약시설 투자에 대한 세액공제를 적용함이 타당함
국가에 소유권을 귀속시킴으로써 발전시설에 대하여 장기간 사용・수익할 권리만을 가지고 처분권을 가지고 있지 않은 점, 국가에 기부채납한 것을 두고 감면세액 추징사유인 “처분”에 해당한다고 보기는 어려운 점 등으로 보아 쟁점발전시설에 대해 에너지 절약시설 투자에 대한 세액공제를 적용함이 타당함
○○○세무서장이 2009.11.19. 청구법인에게 한 2007.1.1. ~ 2007.12.31. 사업연도 법인세 34,567,310원, 2008.1.1. ~ 2008.12.31. 사업연도 법인세 865,147,430원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제146조【감면세액의 추징】제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며，당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.
(2) 구 조세특례제한법 시행령(2005.4.22. 대통령령 제18796호로 개정되고, 2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 【에너지절약시설의 범위】① 법 제25조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 에너지절약시설”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.
1. 에너지이용 합리화법에 의한 에너지절약형시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다) 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설
2. 석유 및 석유대체연료 사업법 제2조 제2호 의 규정에 의한 석유제품 중 중유를 재가공하여 유황성분의 제거ㆍ분해ㆍ정제과정을 통하여 휘발유ㆍ등유ㆍ경유를 생산하는 시설
3. 수도법에 의한 중수도시설과 절수설비 및 절수기기
② 법 제25조의 2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제137조【감면세액의 추징】① 법 제146조에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 법인세법 제50조 의 적용을 받는 교환，통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우
2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우
3. 국가ㆍ지방자치단체 또는 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우 (2009.2.4. 신설, 대통령령 제21307호)
(3) 구 조세특례제한법 시행규칙(2005.3.11. 재정경제부령 제421호로 개정되고, 2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제13조의 2 【에너지절약시설의 범위】영 제22조의 2 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 시설”이라 함은 별표 8의 5의 에너지절약시설을 말한다. 〔별표 8의5〕에너지절약시설(제13조의2 관련)
대체에너지 생산시설 대체에너지개발 및 이용·보급촉진법 제2조의 규정에 의한 대체에너지를 이용하여 연료·열 또는 전기를 생산하는 시설
(4) 구 대체에너지개발 및 이용·보급촉진법(2003.5.27. ○○○로 개정된 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "대체에너지"라 함은 석유·석탄·원자력 또는 천연가스가 아닌 에너지로서 다음 각목의 1에 해당하는 것을 말한다.
3. "대체에너지설비"라 함은 대체에너지를 생산하거나 이용하는 설비로서 산업자원부령이 정하는 것을 말한다.
(5) 구 대체에너지개발 및 이용·보급촉진법시행규칙(2005.2.2. 사업자원부령 제254호로 개정된 것) 제2조 (대체에너지설비) 대체에너지개발및이용·보급촉진법(이하 "법"이라 한다) 제2조제3호에서 "산업자원부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 설비를 말한다.
8. 폐기물에너지설비: 폐기물을 열분해·고형화 등의 처리를 통하여 연료화 및 에너지를 생산하는 설비
(6) 사회기반시설에 대한 민간투자법(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정된 것) 제4조 (민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.
1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)
2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식
3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식
4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식
(1) 먼저, 사실관계를 본다. (가) 청구법인은 ○○○을 본점소재지로 하여 2003.4.29. 설립(사업자등록번호 ○○○, 사업개시일 2003.4.30.)되었으며, 사회기반시설에 대한 민간투자법및 수도권매립지 매립가스 자원화사업 민간투자시설사업계획에 의하여 폐기물에너지인 수도권매립지의 매립가스를 포집하여 이를 전기에너지로 전환하는 발전시설을 건설한 후 생산된 전기에너지를 수요자에게 공급하는 발전 및 전기사업을 영위하고 있다. (나) 청구법인은 2003.3.21. 환경부장관과 수도권매립지 매립가스 자원화 민간투자시설사업 실시협약을 체결하고, 2007.3.5. 쟁점발전시설○○○ 및 ○○○)을 준공하여 국가에 기부채납하였으며, 2007.3.7.~2018.3.6.(11년간) 쟁점발전시설의 관리운영권을 취득하였다. (다) 청구법인이 2003.3.21. ○○○과 체결한 수도권매립지 매립가스 자원화 민간투자시설사업 실시협약에 따르면, 당해 사업은 “대체에너지개발 및 이용보급촉진법에 의한 폐기물에너지인 수도권매립지1, 2매립지의 매립가스를 포집하여 전기에너지로 전환하는 발전시설을 개발하는 사업”으로 정의하고 있고, 정부는 민간투자법, 민간투자법시행령, 시설사업기본계획 및 당해 협약에 따라 (가칭)○○○(청구법인의 ○○○를 사업시행자로 지정하고 운영개시일부터 사업시행자에게 쟁점발전시설에 대한 관리운영권을 설정, 부여하는 것으로 되어 있으며, 사업시행자는 실시설계 및 실시계획에 따라 쟁점발전시설을 설치, 건설하고 당해시설을 관리·운영한다고 되어 있고, 당해 협약에 따른 사업시행자의 쟁점발전시설에 대한 무상사용기간은 11년간으로 하되, 정부는 사업시행자에게 무상사용기간동안 당해 사업시설에 대한 관리운영권을 부여한다고 되어 있으며, 실시계획에 따른 쟁점발전시설의 소유권은 준공과 동시에 정부에 귀속되는 것으로 되어 있고, 사업시행자는 당해 사업을 협약에 따라 자신의 위험과 비용으로 수행함을 원칙으로 하며, 사업시행자는 쟁점발전시설의 기능이 정상적으로 유지되도록 시설에 대한 유지보수 및 관리업무를 성실히 수행하여야 하고, 쟁점발전시설의 총 투자비는 94,971백만원(2001년5월 불변가격기준, 총사업비 77,242백만원, 예비비 12,939백만원, 건설자금이자 4,790백만원)으로 협약하였음이 나타난다. (라) ○○○장관의 준공확인필증(2007.3.5.), 사회기반시설관리운영권 등록 통지 공문(○○○ 2007.3.15.)에 의하면, 청구법인은 쟁점발전시설을 2006.12.16. 준공하였고, 2007.2.22. ○○○에 의하여 ○○○에 기부채납하였으며, 쟁점발전시설 건설에 투입된 민간자본 투자비를 회수하기 위한 관리운영권(11년)을 2007.3.15. 환경부로부터 부여받았음을 알 수 있다. (마) 건축물대장에 의하면, 청구법인의 쟁점발전시설 중 ○○○도 설비가 설치된 건축물은 2007.3.5. ○○○ 명의로 소유권 등기를 하였고, 사회기반시설관리운영권 등록부에는 청구법인이 2007.3.7. 쟁점발전시설의 관리운영권을 설정한 것으로 나타난다. (바) 청구법인의 경정청구서, 계정원장 등에서 쟁점발전시설의 연도별 투자금액은 아래와 같으며, 총 투자금액은 95,995,247,578원으로 나타난다.
(2) 쟁점발전시설은 구 조세특례제한법 시행령(2005.4.22. 대통령령 제18796호로 개정되고, 2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항 제1호와 구 조세특례제한법 시행규칙(2005.3.11. 재정경제부령 제421호로 개정되고, 2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 및 별표 8의5에서 규정하는 대체에너지 보급시설로서 에너지절약시설에 해당하며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.
(3) 구 조세특례제한법(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정되고, 2008. 9.26, 법률 제9131호로 개정되기 전의 것) 제25조의2 제1항에서 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2008년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 것으로 규정하고 있고, 제146조에서 에너지절약시설투자에 대하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하는 것으로 규정하고 있다.
(4) 쟁점발전시설을 청구법인이 투자하여 취득하였는지에 대하여 살펴보면, 청구법인은 사회기반시설에 대한 민간투자법제4조 제1호의○○○에 따라 청구법인이 자금을 투자하여 쟁점발전시설을 준공하였으며, 비록 소유권이 국가에 귀속되었으나, 소유명의와 처분권만을 상실하였을 뿐 11년이라는 장기간에 걸쳐 배타적이고도 전면적인 관리사용권을 가지고 그 위험을 부담하는 등 경제적 실질에 있어서는 청구법인이 소유권을 가지고 있는 경우와 다를 바 없다 할 것이고, 금융리스의 경우에도 법률적 소유권은 리스회사에 있으나, 리스자산의 소유에 따른 대부분의 위험과 효익이 리스이용자에게 이전되어 실질적인 소유는 리스이용자에게 있는 것으로 보아 세무회계상 리스이용자의 감가상각자산으로 계상하고 있으며, 조세특례제한법상의 투자세액공제를 적용(○○○ 판결, 1998.8.21.선고, 기획재정부 ○○○ 1996.10.12. 등 같은 뜻)하고 있음을 감안할 때, 이 건 쟁점발전시설도 준공과 동시에 소유권이 국가에 귀속되었다 하더라도 쟁점발전시설에 대한 위험과 효익이 청구법인에게 귀속되어 청구법인이 사실상의 소유권을 취득하여 현실적인 지배력을 행사하고 있는 것으로 보아 감가상각자산으로 회계처리하고 있으므로 쟁점발전시설을 청구법인이 취득한 자산으로 봄이 상당하다 할 것이다.
(5) 설령, 청구법인이 쟁점발전시설을 취득한 것으로 보기 어렵다고 하더라도 임시투자세액공제는 조세특례제한법 시행령제23조 제1항에서 “새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자”로 규정하고 있는 반면, 에너지절약시설투자에 대한 세액공제는 같은 법 제25조의2 제1항에서 “시설에 투자”하는 경우로 규정하고 있어 문리해석상 에너지절약시설투자에 대한 세액공제는 당해시설의 소유권을 반드시 취득하여야 적용을 받을 수 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이며, 이 건의 경우 청구법인이 에너지절약시설에 투자를 한 동시에 동 시설의 관리운영자이므로 에너지절약시설에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로 판단된다.
(6) 청구법인이 쟁점발전시설을 국가에 기부채납한 것을 감면세액의 추징사유인 2년 이내에 “처분”한 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, ① 청구법인은 쟁점발전시설에 대하여 장기간(11년간) 사용·수익할 권리만을 가지고 있고, 처분권을 가지고 있지는 아니한 점, ② 조세특례제한법상 투자세액 공제제도에서 공제세액을 추징하는 목적은 세액공제의 대상인 투자자산을 단기간에 처분하여 투자의 효과를 얻지 못하는 것을 방지하고자 함인데, ○○○의 투자는 국가에 소유권을 귀속시킴으로써 오히려 사업시행자의 단기간내 처분의 가능성을 배제하여 공제세액 추징제도를 두는 목적에 부합하는 점, ③ 쟁점발전시설이 ○○○와의 협약에 따라 폐기물에너지인 수도권매립지매립가스를 포집하여 전기에너지로 발전하는 용도 외의 목적으로 사용할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점발전시설을 국가에 기부채납한 것을 두고 감면세액의 추징사유인 “처분”에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것(○○○, 2007.10.7.선고, 2007.11.16. 확정 등 같은 뜻)이다.
(7) 따라서, 청구법인의 쟁점발전시설에 대하여 조세특례제한법 제25조의2 의 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제를 적용함이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.