조세특례제한법 제99조의3 제1항의 신축주택으로 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2009.11.16. 청구인에게 한2006년 귀속 양도소득세 43,682,560원과 관련된 경정 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1988.3.31. OOOOO OOO OOO OO아파트(이하 “종전주택”이라 함)를 취득하여 보유하다가 OO아파트재건축조합(이하 “재건축조합”이라 한다)의 조합원 자격으로 2000.12.19. 재건축사업승인을 받아 재건축을 시행하여 2004.12.14. OOOOO OOO OOO OOOO OO OOOOOOOOOOO OOOOOOOO(이하 “쟁점주택”이라 함)를 취득한 후, 2006.2.15. 10억원에 양도한 것에 대하여 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 고가주택으로 보아 2006년 귀속 양도소득세 43,682,560원을 자진 신고·납부하였다가, 2009.9.21. 쟁점주택의 양도가조세특례제한법 시행령제99조 제3항 제2호의 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’에 해당된다는 이유로 기 납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 환급의 취지는 인정하나, 쟁점주택의 양도소득은 재건축 이전 종전주택의 양도소득과 재건축 이후 신규주택의 양도소득의 합계이며,조세특례제한법 시행령제99조 제3항의 규정에 의한 세액감면은 신규주택의 양도소득에 대하여만 적용하는 것이 타당하고, 동 사안에 대하여 기획재정부의 유권해석이 확정되지 아니하여 경정청구를 받아들일 수 없다는 내용의 ‘경정청구에 대한 안내문’을 2009.11.16. 청구인에게 발송하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 1988.3.31. 취득한 종전주택이 재건축됨에 따라 조합원의 자격으로2004.12.14. 취득한 쟁점주택을2006.2.15. 양도하였으나, 재건축조합은조세특례제한법제99조의3 제1항 제1호의 신축주택취득기간(2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지) 내인 2001.12.27. 일반분양을 통하여 조합원 외의 자와 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있고, 쟁점주택은 신축주택취득기간 경과후인 2004.12.14. 사용승인을 받은 사실이 확인되는 바, 쟁점주택의 양도는조세특례제한법제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정에 의거 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’에 해당되고, 청구인은 사업계획승인일인 2000.12.19. 이전인 1988.3.31. 종전주택을 취득하여 재건축조합의 조합원이 된 자로서, ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’에 해당되는지 여부에 대한 판단은2002. 12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정을 적용받고,2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된조세특례제한법부칙 제29조에 의하면, 청구인의 경우처럼, 2002.12.31. 이전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하고 받은 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우에는 재건축조합이 조합원 외의 자와 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용받는 바, 2002.12.31. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령제156조 제2호는 고급주택의 범위를 ‘주택의 전용면적이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것’라고 규정하고 있고, 쟁점주택의 전용면적은 114.09㎡이므로 쟁점주택의 양도는조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정하는 바, ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’에서 제외되는 고급주택에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세는 전액 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택의 양도소득은 재건축 이전 종전주택의 양도소득과 재건축 이후 신규주택의 양도소득의 합계이며,조세특례제한법 시행령제99조 제3항의 규정에 의한 세액감면은 신규주택의 양도소득에 대하여만 적용하는 것이 타당한 것으로 판단되는 바, 동 사안에 대하여 기획재정부의 유권해석이 진행 중이므로 정확한 환급세액을 산정하기 위하여 경정청구를 일시적으로 유보한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점주택이조세특례제한법제99조의3 제1항의 신축주택으로양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 부 칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 부 칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되고, 2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 2.조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.이하 이 호에서 같다)이주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택.다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 부 칙 제1조【시행일】이 영은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 부 칙 제11조【양도소득세가 감면되는 조합원의 범위에 관한 적용례】제99조의3 제3항 제2호 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조합원의 지위를 취득하는 분부터 적용한다.

(4) 소득세법(2002.12.18 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(5) 소득세법(2002.12.18 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 부 칙 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다.

(6) 소득세법 시행령(2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정되고,2002. 12.30 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(7) 소득세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17302호로 개정되고,2002. 10.1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(8) 소득세법 시행령(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1988.3.31. 취득한 종전주택이 재건축되면서 재건축조합의 조합원이 된 사실, 재건축조합이 2000.12.19. 사업계획승인을 받은사실, 재건축조합이 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택에 대하여 2001. 12.27. 조합원 외의 자와 매매계약을 체결하고 계약금을 받은 사실, 동 재건축이 완료되어 재건축조합이 2004.12.14. 신축주택에 대한 사용승인을 받아 청구인이 쟁점주택을 취득한 사실, 청구인이 2006.2.15. 쟁점주택을 매매대금 10억원에 양도한 사실이 일반분양주택 공급계약서(2001. 12.27.), 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서 등 처분청과 청구인이 제출한 자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점주택의 등기부등본, 처분청 전산자료 등에 의하면, 쟁점주택의 사용승인일은 2004.12.14.이고, 전용면적은 114.09㎡인 것으로 나타나며, 청구인은 쟁점주택을 양도하기 약 2개월 전인 2005.12.23. OOO OOO OOO OOO OOOOO 소재 주택을 OOO와 공동으로 취득하였을 뿐, 그 전에 다른 주택을 취득한 사실이 없어 쟁점주택이 재건축되기 전의 종전주택은 1세대 1주택으로서 양도소득세 비과세 요건을 갖춘 주택이며, 재건축 후의 신축주택은 일시적 1세대 2주택으로서의 양도소득세 비과세 요건을 갖춘 주택으로 확인된다.

(3) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 대하여 규정하고 있는조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3 규정을 살펴보면, 주택건설업자로부터 취득한 신축주택의 경우, 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(이하 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 양도소득세의 100%를 감면한다고 규정하였고(법 제99조의3 제1항), 재건축이나 재개발 주택의 경우에는 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합으로부터 그 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택을 신축주택취득기간 내에 분양받은 일반분양자가 취득하는 주택을 포함하고(시행령 제99조의3 제3항 제1호), 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 신축주택의 경우에는 신축주택취득기간 이후에 사용승인을 받았다고 하더라도 일반분양자가 신축주택취득기간내에 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 경우(시행령 제99조의3 제3항 제2호)에는 양도소득세를 감면대상에 포함한다고 규정하고 있음을 알 수 있다. 또한,조세특례제한법제99조의3 제1항 본문 단서에서 당해 신축주택이소득세법제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세 대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 양도소득세 감면대상에서 제외한다고 규정하였으며, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된조세특례제한법부칙 제29조에서 이 법 시행전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하였는 바, 2003.1.1. 이전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 취득한 조합원이 그 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우에는 2003.1.1. 이전에 시행 중인소득세법의 고급주택 기준이 적용되어야 할 것이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령에 근거하여 이 건을 살펴보면, 쟁점주택은 청구인이 재건축조합의 조합원의 자격으로 취득한 주택으로 2004.12.14. 사용승인을 받았으나, 재건축조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여주택을 신축주택취득기간 내인 2001.12.27. 일반분양한 사실이 확인되고, 쟁점주택은 전용면적이 114.09㎡로서 2001.12.27. 시행중인 소득세법 시행령 제156조 제2항에서 규정한 고급주택 기준인 ‘전용면적이 165㎡이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상인 주택’에 해당하지 아니하므로 쟁점주택은 조세특례제한법제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택에 해당한다고 판단된다. 한편, 처분청은 쟁점주택의 양도소득은 재건축 이전의 종전주택과 재건축 이후의 신축주택의 양도소득세의 합계라는 의견을 제출하였으나, 재건축 이전의 종전주택은 1세대 1주택으로서 양도소득세 비과세 요건을 갖춘 주택이고, 재건축 이후의 신축주택은조세특례제한법 제99조의3의 양도소득세 과세특례가 적용되므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.