쟁점시설이용료의 시가 산정에 적용한 수익률 및 원가계산은 청구법인의 회원 및 비회원의 수입금액에 의하여 산출된 수익률을 적용하여야 하는 것임.

○○○세무서장이 2009.9.8. 청구법인에게 한 법인세 2004사업연도 939,690,180원, 2005사업연도 784,096,940원, 2006사업연도 835,310,890원, 2007사업연도 791,249,060원 및 부가가치세 2004년 제2기 327,994,280원, 2005년 제2기 281,597,090원, 2006년 제2기 310,014,300원, 2007년 제2기 256,019,630원의 부과처분은, 청구법인과 사단법인 ○○○ 간의 골프장시설이용료 시가 산정시 감가상각비에 대하여 청구법인의 전체 매출액에서 골프코스 관련 매출액이 차지하는 비율(2007년의 경우 68.61%)을 배분기준으로 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○○과 2004 ~ 2007사업연도 중 매년 청구법인 소유 골프장시설에 대한 시설이용 임대차계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, 골프코스 및 기타 부대시설을 공동으로 사용하는 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하였다.
• 나. 쟁점계약에 따라, 청구법인은 인적·물적 시설을 보유하여 골프장을 운영하고, ○○○은 ○○○ 회원이 청구법인의 골프장시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)을 이용하는 대가로 청구법인에게 이용료(이하 “쟁점시설이용료”라 한다)를 지급하였으며, ○○○ 회원의 입장수입금은 ○○○의 수입으로 하고, 청구법인 회원 및 비회원의 입장수입금은 청구법인의 수입으로 하였으며, 쟁점시설이용료에서 보증금환산이용료와 월납부액을 공제한 차액을 추가로 수수하였다.
• 다. ○○○은 법인사업자 통합조사에서, 청구법인이 쟁점시설이용료를 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에 의하여 산정하였으나, ‘특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률’을 적용하지 아니하고, 용역제공에 소요된 금액(이하 “쟁점원가”라 한다)만을 쟁점시설이용료로 산정함으로써 골프코스 시설이용료를 과소 수취하였고, 쟁점시설이용료 중 월 납부액 90,000,000원(이하 “쟁점납부액”이라 한다)을 특별한 사유 없이 지연 회수하였다고 보아, 동 규정에 의하여 수익률을 구하고, 수익률을 쟁점원가에 반영하여 쟁점시설이용료의 시가를 산정(쟁점원가 + 쟁점원가 × 수익률)한 후, 각 사업연도 과소수취금액(합계 9,8554,486,000원)을 익금산입하고, 쟁점납부액 지연회수에 따른 인정이자(합계 125,185,000원)를 익금산입하여, 2009.9.8. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 939,690,180원, 2005사업연도 784,096,940원, 2006사업연도 835,310,890원, 2007사업연도 791,249,060원 및 부가가치세 2004년 제2기 327,994,280원, 2005년 제2기 281,597,090원, 2006년 제2기 310,014,300원, 2007년 제2기 256,019,630원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ⒧ 쟁점①, 쟁점거래 등이 부당행위계산 부인대상인지 여부 ㈎ 시설이용임대차계약 쟁점거래는 ○○○이 1972.8.28. 자체 골프장용지 대부분을 ○○○에 기부하고 나머지 매각대금으로 청구법인의 주식을 취득함으로써 자체 골프장시설을 갖추지 못하게 됨에 따라 부득이 청구법인의 골프장시설을 이용하게 된 거래이며, ○○○은 비영리사단법인의 특성상 수익이 외부로 유출되기보다 내부에 유보되며, 청구법인은 ○○○의 100% 자회사로서 수익에 따른 잉여금은 다시 주주인 ○○○에 배당하게 되므로 청구법인이 ○○○에게 이익을 분여하기 위하여 시설이용료를 적게 받을 이유가 없다. 골프장시설이 유형자산에 해당하는 것은 명백한 사실이며, 쟁점거래는 ○○○이 청구법인으로부터 쟁점시설을 빌려 골프장영업을 하는 동안 ○○○ 회원들은 골프장시설을 누구로부터도 방해받지 않고 배타적으로 이용할 수 있게 한 것으로서, 청구법인이 ○○○에게 쟁점시설을 배타적이고 독점적으로 이용할 수 있는 권리(임차권)를 설정해준 것이므로 쟁점거래는 유형자산의 임대차거래에 해당한다. 따라서 처분청이 부당행위계산 부인규정 적용시 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 (유형자산임대)에 의하여 시가를 산정하여야 함에도 같은 항 제2호(기타용역제공)를 적용하여 부당행위로 보아 과세한 처분은 부당하다. ㈏ 지연회수 특수관계자간 거래에서 채권의 회수지연이 발생하더라도 경제적 합리성 및 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때, 예를 들어 제3자간 거래였다 하더라도 회수가 지연되었을 것이라는 사정이 있다면 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것인바, ○○○은 청구법인의 유일한 임차인이고, 골프장업의 특성상 불가피한 계절적 비수기에는 쟁점시설이용료 지급이 어려운 상황이었으며, 청구법인은 자금규모에 비추어 쟁점납부액의 지연회수로 인한 이자부담(최저 74,153,000원, 최고 252,127,000원)이 과중하지 않았고, 청구법인으로서는 계절 요인을 감안하여 단기간 지급유예를 해주는 것이 거래통념에 부합하며, 청구법인의 유일한 채무자인 ○○○이 추후 상환능력을 회복한 후에 채권을 회수하는 것이 경제적으로 합리적이므로, 제3자간 거래였다고 하더라도 지급유예를 하였을 개연성이 충분하며, 조세회피의 의도가 전혀 없었다. 특히 청구법인은 ○○○으로부터 쟁점시설이용료를 매월 징수하였고, 그동안 1 ~ 111일의 지연기간에 대한 인정이자를 산정하였던바, 동종업계 평균 매출채권 회수기간(최대 62일)보다 짧은 기간의 지연회수까지 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세하는 것은 부당하다. ⑵ 쟁점②, 시가 산정시 적용한 수익률 및 원가계산의 당부 설령 쟁점거래가 기타용역제공거래로서 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 가 적용된다 하더라도, 수익률은 청구법인이 제3의 골프장 사업자에게 골프장시설을 대여하였더라면 실현하였을 적정한 이익률로 해야지, 청구법인이 골프장을 운영하면서 얻은 이익률로 할 것은 아니므로, 쟁점거래와 유사한 거래라 할 수 있는 ○○○의 비거주용 건물임대업의 평균수익률(2007년의 경우 연 17%)을 적용하여야 한다. ⑶ 쟁점③, 국세청장의 해석에 따를 경우, 쟁점거래가 시가보다 낮은 이용료를 수수하는 거래에 해당하지 아니하는지 여부 국세청장의 회신○○○은, 부당행위계산 부인규정 적용시 ○○○이 청구법인에게 지급할 시설이용료의 시가는 청구법인 회원의 입장료를 기준으로 산정하는 것이 타당하며, 청구법인과 청구법인의 회원은 특수관계가 아니므로 청구법인의 회원으로부터 징수하는 골프장의 입장료를 쟁점시설이용료의 거래실례가격으로 본다는 내용인바, 청구법인 회원의 입장료를 기준으로 계산한 시설이용료를 시가로 보는 경우에는 청구법인이 ○○○으로부터 실제 받은 쟁점시설이용료는 시가보다 훨씬 높으므로 청구법인이 시가보다 낮은 시설이용료를 받았다는 것을 전제로 하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 ⒧ 쟁점①, 쟁점거래 등이 부당행위계산 부인대상인지 여부 ㈎ 시설이용임대차계약 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에서 규정하는 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우’라 함은 자산을 제공받는 자가 그 자산을 단독으로(배타적으로) 사용할 경우라 할 것이나, 쟁점거래는 ○○○의 회원, 청구법인의 회원, 비회원 등이 공동으로 사용하는 골프장을 ○○○ 회원이 입장할 수 있도록 그 권리를 부여한 것으로서 자산의 제공이 아니라 같은 항 제2호의 ‘건설 기타 용역의 제공’에 해당한다. 쟁점거래는 ○○○이 청구법인에게 일정액을 지급하고 ○○○ 회원이 시설을 제한 없이 사용하는 것이 아니라 ○○○의 회원 입장객수에 따라 이용료가 달라지므로 유형자산 임대가 아닌 시설물이용 즉, 기타용역의 제공으로 보아야 하고, 국세청장의 답변○○○도 같은 입장이며, 청구법인도 시설물이용료 정산시 수익률만 반영하지 않았을 뿐, 같은 항 제2호를 적용하여 시설물이용료를 산정하였던바, 청구법인과 ○○○은 법인세법 시행령 제87조 의 규정에 의한 특수관계자에 해당하며, 특수관계자 간에 ‘금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공하는 경우’ 즉, 같은 법 시행령 제89조의 규정에 의한 시가보다 낮은 가액으로 용역을 제공함으로써 청구법인의 법인세 부담을 부당하게 감소시켰고, 이로 인하여 ○○○에 이익을 분여하였으므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. ㈏ 지연회수 특수관계자와의 거래에서 외상매출금 회수가 지연된 경우에도 정상적인 사인 간의 거래, 경제적 합리성 및 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때에는 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보지 아니하나○○○, 청구법인의 경우 청구법인의 임원 임명권을 행사하는 등 사실상 경영을 지배하는 ○○○으로부터 매월 수취할 시설물이용료를 지연 수취하고 있었던바, 매년 거액의 이자비용을 부담하는 청구법인이 정기적으로 임대료를 지연 수취하고, 지연수취 이용료에 대한 이자비용을 대신 부담함으로써 청구법인의 조세부담을 감소시켰으므로, 쟁점납부액의 지연회수는 정상적인 사인 간의 거래, 경제적 합리성 및 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 부당하며, 부당행위계산 부인 대상이다. ⑵ 쟁점②, 시가 산정시 적용한 수익률 및 원가계산의 당부 처분청은 적정 시설이용료(시가) 산정시 당사자 간 정산하였던 시설물이용료의 투입원가를 기준으로 배분하였으며, 청구법인이 투입원가로 계상한 클럽하우스 감가상각비, 골프장 직원급여, 복리후생비 등은 골프장의 수입을 발생시키는 간접 원가로서 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에서 규정하는 ‘용역의 제공에 소요된 금액’에 해당한다. 만약 위 ○○○ 감가상각비 등을 배분 대상에서 제외할 경우 청구법인의 회원과 비회원만 원가를 부담하고 ○○○ 회원은 부담하지 않게 되어 불합리하게 된다. 비회원 수입금액을 포함하여 수익률을 계산함으로써 수익률이 과다하게 산정되었다고 주장하나, 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에서는 수익률을 ‘당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률’로 규정하고 있으므로 특수관계자 외의 자인 비회원의 수입금액을 포함하여 수익률을 계산하는 것이 정당하며, 만약 ○○○과 시설물이용계약이 없고 ○○○ 회원이 입장하지 않았다면 그 자리에 청구법인의 비회원이 입장하였을 것이므로 청구법인의 수익률은 처분청이 계산한 수익률보다 높아질 것이다. ⑶ 쟁점③, 국세청장의 해석에 따를 경우, 쟁점거래가 시가보다 낮은 이용료를 수수하는 거래에 해당하지 아니하는지 여부 국세청장의 회신○○○은 시설이용료 시가는 청구법인의 회원 입장료를 기준으로 산정하는 것이 타당하다는 것이나, 청구법인의 회원은 청구법인의 특수관계자는 아니지만 법인세법 시행령 제89조 제1항 에서 규정하는 ‘특수관계자 외의 불특정다수인’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 위 회신은 법적인 근거는 없어 적정하지 아니하다. 따라서 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에 의하여 당해 용역의 제공에 소요된 금액과 원가에 수익률(청구법인의 회원과 비회원의 입장수입금 기준)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 적정 이용료로 보고, 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점거래 및 쟁점납부액의 지연회수가 부당행위계산 부인 대상인지 여부

② 쟁점시설이용료의 시가 산정에 적용한 수익률 및 원가계산이 적정한지 여부

③ 국세청장의 해석○○○에 따를 경우, 쟁점거래가 부당행위계산 부인 대상에서 제외되는지 여부

• 나. 관련 법령 ⑴ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ⑵ 법인세법 시행령 (2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호，제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 한국증권선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ⑶ 부가가치세법 (2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

• 나. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구법인은 1964.9.1. 개업하여 ○○○에서 골프장서비스업을 영위하는 영리법인이고, ○○○은 1954.5.30. 개업하여 현재는 청구법인과 같은 사업장에서 골프장서비스업을 영위하는 비영리사단법인이며, 처분청과 청구법인이 제출한 서류 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. ㈎ ○○○은 1972.8.28. 청구법인이 발행한 주식 전부를 취득하였고, ○○○ 부지로 기증한 후에 청구법인과 청구법인 소유의 골프장시설을 공동으로 사용하면서 청구법인에게 사용료를 지급하는 시설이용임대차계약을 체결하였다. 시설이용임대차계약서에 의하면, ○○○은 청구법인이 소유한 골프코스(36홀), 클럽하우스, 식당 및 부대시설 일체를 청구법인과 공동으로 사용하고, 시설이용보증금 2,167,000,000원과 월 90,000,000원을 청구법인에 납부하며, 매년 말일을 기준으로 각 클럽 회원의 입장객 비율로 산정한 적정이용료에서 보증금환산사용료와 월 납부액을 차감하여 잔액을 정산하고, 시설물은 청구법인의 책임 하에 관리·유지하며, 일체의 공동부담금, 공과금 및 기타 비용도 청구법인의 책임 하에 지급하고, ○○○의 회원 및 가족회원의 입장수입금은 ○○○의 수입으로 하도록 계약한 것으로 나타난다. ㈏ 처분청은 ① 배분대상 원가에 ○○○의 입장객 비율을 적용하여 쟁점시설이용료(쟁점원가)를 구하고, ② 쟁점원가에 청구법인의 수익률을 곱하여 쟁점시설이용료의 시가를 산정하였으며, ③ 쟁점시설이용료 시가에서 쟁점시설이용료를 차감한 잔액을 과소 수취금액으로 보았고, ④ 과소 수취금액 및 지연회수금액에 대한 인정이자를 익금산입하여 과세한 것으로 나타난다. ◦ 쟁점시설이용료 시가 = 쟁점원가ⅰ) + 쟁점원가 × 수익률※ ※ 수익률 = (청구법인매출액ⅱ) - 청구법인원가ⅲ))/청구법인원가 ⅰ) 쟁점원가: 배분대상원가 × ○○○입장객 비율 ⅱ) 청구법인매출액: 코스관련매출 - ○○○ 매출액 ⅲ) 청구법인원가: 배분대상원가 - 쟁점원가 ⑵ 쟁점①에 대하여 본다. ㈎ 쟁점거래가 부당행위계산 부인 대상인지 살펴본다.

1. 청구법인은 청구법인의 단독 주주인 ○○○에 잉여금을 전부 배당하므로 ○○○으로부터 시설이용료를 적게 받을 이유가 없고 쟁점거래는 부당행위가 아니라고 주장하나, 법인세법 제52조 는 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에는 부당행위계산을 부인할 수 있도록 규정하고 있는바, 쟁점거래는 ○○○의 회원, 청구법인의 회원, 비회원 등이 공동으로 사용하는 골프장을 ○○○ 회원이 입장할 수 있도록 그 권리를 부여한 것으로서 자산제공 거래가 아니라 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 의 건설 기타 용역제공 거래에 해당한다고 할 것이고, 청구법인도 쟁점시설물이용료 정산시 수익률만 반영하지 아니하였을 뿐, 같은 항 제2호를 적용하여 시설물이용료를 산정한 것으로 나타난다. 그렇다면 청구법인이 특수관계자인 ○○○에게 법인세법 시행령 제89조 에서 규정하는 시가보다 낮은 가액으로 용역을 제공하여 청구법인의 법인세 부담을 부당하게 감소시켰고, 이로 인하여 ○○○에게 이익을 분여하였으므로 쟁점거래는 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 판단된다.

2. 한편, 청구법인은 쟁점시설이용료 산정방식이 1993년 처분청의 세무조사결과에 따라 적용해온 방식이므로 새로운 방식을 적용하여 과세하는 것은 신의칙에 위반된다고 주장하나, 청구법인도 시설물이용료 정산시 수익률을 제외하고는 같은 항 제2호의 규정을 적용하였고, 1998.12.31. 법인세법 시행령의 전부 개정으로 제89조 제4항 제2호에서 시가산정방식이 신설되었고, 처분청이 과세자문신청 등의 절차를 거쳐 과세한 것이므로 신의칙에 위반된다고 보기 어렵다. ㈏ 청구법인은 ○○○으로부터 쟁점납부액을 지연 회수한 것은 계절적 비수기가 존재하는 골프장사업의 특성상 계절적으로 자금사정이 원활하지 아니한 ○○○의 상황을 고려한 것이고, 지연회수로 인하여 발생하는 청구법인의 이자상환 부담은 상대적으로 과중하지 아니하며, 제3자와의 거래라고 하더라도 유예해주었을 개연성이 충분하므로, 쟁점시설이용료의 지연회수는 경제적 합리성을 지닌 거래로서 부당행위계산 부인 대상이 아니라고 주장하나, 경제적 합리성 및 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 부당함이 없다고 인정되어야 조세부담을 부당하게 감소시키는 것으로 보지 아니할 수 있는 것으로서○○○은 청구법인의 임원에 대한 임명권을 행사하는 권한이 있는 등 사실상 청구법인의 경영을 지배하고 있고, 매년 거액의 이자비용을 부담하는 청구법인으로서는 ○○○으로부터 매월 시설물이용료의 수취를 지연함으로써 해당 금액에 상당하는 이자비용을 부담하였으며, 이로 인하여 청구법인은 조세의 부담을 부당히 감소시켰으므로, 청구법인의 시설이용료 지연회수는 사인간의 거래, 경제적 합리성 및 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 판단된다. ⑶ 쟁점②에 대하여 본다. ㈎ 처분청의 적정시설사용료 산출내역을 살펴본다.

1. 처분청은 적정시설사용료 산정시, ① 손익계산서 원가 중 골프코스 이용 원가(이하 “배분대상원가”라 한다)를 산출한 후, 전체 입장객 중 ○○○의 회원 입장객이 차지하는 비율(이하 “○○○입장객비율”이라 한다)로 안분계산하고, ② 손익계산서상 원가 중 골프코스 이용과 직접 관련되지 않는 식당, 상품, 연초 등 원가는 배분대상에서 제외하며, ③ 손익계산서상 판매비와 관리비 중 청구법인 매출에만 기여하는 부분(식당, 매점, 구내식당 관리비 등), 골프코스 이용과 관련되지 않는 부분(목장, 수영장 등 감가상각비 및 수리수선비 등), ○○○의 이용이 없어도 발생하는 비용(도서인쇄비 등) 등(이하 “제외대상비용”이라 한다)은 배분대상에서 제외하고, ④ 손익계산서상 판매비와 관리비 중 코스자재비, 코스관리임금 등 골프코스의 관리를 위한 비용(이하 “현장관리비”라 한다)은 별도로 산정하여 전액 배분대상원가에 포함하며, ⑤ 손익계산서상 판매비와 관리비 중 제외대상비용 및 현장관리비를 제외한 일반관리비는 청구법인의 전체 매출액 중 골프코스 이용 관련 매출액(전체매출액 중 청구법인에만 귀속되는 비용 제외, 이하 “코스관련매출액”이라 한다)이 차지하는 비율(이하 “쟁점배분기준”이라 한다)로 안분계산한 금액을 배분대상원가에 포함하여 산정하였던바, 2007년 배분대상원가는 <표3>과 같이 8,903,993,698원, 2007년 쟁점시설이용료는 배분대상원가(8,903,993,698원)에 ○○○입장객비율(32.01%, 2007년 골프장 총 입장객 148,792명에서 ○○○ 회원 입장객 47,627명이 차지하는 비율)을 곱한 2,850,168,383원으로 나타난다. ⅰ) 배분대상기준 산출내역은 아래와 같음○○○

2. 쟁점시설이용료(2,850,168,383원)에서 월 납부액 1,080,000,000원(= 90,000,000원 × 12월)과 보증금을 환산한 이용료 99,682,000원{= 2,167,000,000원 × 4.2%(1 ~ 6월) + 2,167,000,000원 × 5.0%(7 ~ 12월)}을 차감하면, 2007년 청구법인이 ○○○으로부터 추가로 수취하는 시설이용료는 1,670,486,383원으로 나타난다.

3. 청구법인의 결산서에 근거하여 쟁점시설이용료와 쟁점시설이용료 지연수취에 따른 인정이자 및 청구법인의 이자수익 및 이자비용을 산정한 내역은 <표4> 내지 <표6>과 같다.○○ ㈏ 청구법인은 ① 쟁점시설이용료의 시가는 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 의 규정에 의하여 산정하여야 하고, ② 설령 쟁점시설사용료의 시가를 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 의 규정에 의하여 산정한다 하더라도 시가산정에 적용할 수익률은 개별 입장객들과의 거래에서 발생하는 수익률이 아니라 청구법인이 제3의 골프장 사업자에게 골프장 시설을 제공하였다면 발생하였을 수익률이어야 하며, ③ 쟁점시설이용료의 원가를 산정하는 항목 중에서 감가상각비의 배분기준(90%)은 다른 항목과 동일한 배분기준(68.61%)을 적용하여야 한다고 주장하고 있다. ㈐ 쟁점①㈎2)에서 살펴본 바와 같이 ① 쟁점거래는 유형자산의 임대거래가 아니라 골프장 시설을 이용할 수 있는 권리를 제공하는 기타용역제공거래이므로 쟁점시설이용료의 시가는 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 의 규정에 의하여 산정하여야 하고, ② 또한 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에서는 시가 산정에서 적용할 수익률을 ‘당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률’이라고 규정하고 있으므로, 쟁점시설이용료의 시가 산정에서는 청구법인의 매출 및 매출원가에서 ○○○에 대한 매출 및 매출원가를 차감하여 산출되는 수익률, 즉 ○○○을 제외한 청구법인의 회원 및 비회원의 수입금액에 의하여 산출된 수익률을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다. ㈑ ③ 그러나 처분청은 쟁점배분기준(청구법인의 전체 매출액에서 코스 관련 매출액이 차지하는 비율)을 2007년의 경우 공통적으로 68.61%를 적용하고, 감가상각비에 대해서만 청구법인이 신고한 배분기준 90%를 그대로 적용하였으나, 감가상각비는 이미 골프장과 관련이 없는 부분이 제외되었으므로 잔여 감가상각비에 대해서는 청구법인의 주장과 같이 다른 항목에 적용되는 배분기준(68.61%)과 동일한 배분기준을 적용하여야 할 것으로 판단된다. ⑷ 쟁점③에 대하여 본다. ㈎ 청구법인은 쟁점시설이용료의 시가는 청구법인 회원의 입장료를 기준으로 산정한다는 취지의 국세청장의 해석○○○에 따라 시가를 산정할 경우, <표7>과 같이 실지 수취한 시설사용료가 시가보다 높아지므로 시가보다 낮은 시설사용료를 받았다는 전제 하에서 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. ㈏ 청구법인이 과세근거로 제시한 국세청장의 해석○○○은 청구법인이 ○○○으로부터 수취할 쟁점시설이용료의 시가는 청구법인 회원의 입장료를 기준으로 산정하는 것이 타당하다는 취지이나, 쟁점시설이용료 시가 산정에 관련된 처분청 과세자문신청에 대한 회신일 뿐, 청구법인의 질의에 대한 회신은 아니다. ㈐ 따라서 동 과세자문 내용은 과세관청의 내부문서에 불과하고, 과세관청이 채택하여 과세하거나 공표한 사실이 없으므로, 이를 과세근거로 보기 어렵다고 판단된다. 또한, 이후○○○은 “ 법인세법 제52조 를 적용함에 있어 해당 이용대가의 시가는 기 과세기준 자문신청에 대한 회신○○○을 참고하여 판단하기 바라며, 해당 시가와 ○○○이 청구법인에게 지급한 이용대가가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것으로 판단되는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에 따라 계산한 금액을 시가로 보는 것”이라는 해석이며, 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에서는 시가산정시 “특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률”을 적용하도록 규정하고 있다. ㈑ 따라서 쟁점거래의 경우 “특수관계자 외의 자”는 ○○○을 제외한 청구법인의 회원과 비회원으로 보아야 할 것이므로, 국세청장의 해석○○○에 의하여 시가를 산정하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의의 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.