쟁점토지가 공장용지, 농지 및 건축물의 부속토지로 사용되지 아니하였는 바, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음
쟁점토지가 공장용지, 농지 및 건축물의 부속토지로 사용되지 아니하였는 바, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
○ 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)제96조【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 〃실지거래가액〃이라 한다)에 의한다.
② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.
8. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우
○ 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】
① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.
1. 전․답 및 과수원(이하 이 조서에 〃농지〃라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
- 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
2. 임야. 다만, 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. 가.～다. (생 략)
3. 목장용지로서 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 것 (단서 및 각목 생략)
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
- 가. 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
- 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
- 다. 토지의 이용상황․관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것
5. 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
6. 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양․피서․위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지(이하 단서등 생략)
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지
② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지․임야․목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 소득세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것)제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하는 기간
- 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
- 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
- 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
○ 소득세법 시행령 제168조의7 【토지지목의 판정】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지․임야․목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.
○ 소득세법 시행령 제168조의8 【농지의 범위 등】
① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 〃농지〃라 함은 전․답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소(지소)․농도․수로 등의 토지부분을 포함한다.
○ 소득세법 시행령 제168조의11 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】
① 법 104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1.～14. (생 략)
○ 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】
① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 〃비사업용 토지〃라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간
② ～③ (생 략)
○ 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것)제182조【과세대상의 구분】
① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
- 가. 이 법 또는 관계법령이 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
- 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각목의 1에 해당하는 토지
- 가. 공장용지․전․답․과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지 나.～다. (생 략)
- 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지
- 마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지
○ 지방세법 시행령(208.12.31. 대통령령 제21215호로 개정되기 전의 것) 제131조【건축물의 범위 등】
① 제131조의2 제1항의 규정에 의한 건축물의 범위에는 행정안전부령이 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물 및 건축중인 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물을 제외한다.
② 제131조의2 및 제132조의 규정에 의한 공장용 건축물의 범위에 관하여는 행정안전부령으로 정한다.
○ 지방세법 시행령 제131조의2 【별도합산과세대상토지의 범위】
① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 〃대통령령이 정하는 건축물의 부속토지〃라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.
1. 특별시지역․광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지
- 가. 읍․면지역
- 나. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지
- 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 지정된 공업지역
2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지
- 가. 법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의 부속토지
- 나. 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지
② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다. 용 도 지 역 별 적용배율 도시지역
5배
2. 준주거지역: 상업지역 3배
3. 일반주거지역: 공업지역 4배
7배
4배 도시지역외의 용도지역 7배
③ 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1.～17. (생 략)
○ 지방세법 시행령 제132조 【분리과세 대상토지의 범위】
① 법 제182조의 제1항 제3호 가목에서 〃공장용지․전․답․과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지〃라 함은 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
제131조의2 제1항 제1호 각목에서 정하는 지역에 소재하는 공장용 건축물의 부속토지(건축중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다)로서 행정안전부령이 정하는 공장입지기준면적 범위 안의 토지
2. 전․답․과수원
○ 지방세법 시행규칙 제72조 【공장용 건축물의 정의】 영 제131조 제2항의 규정에 의한 공장용 건축물은 영업을 목적으로 물품의 제조․가공․수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 제조시설용 건축물, 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 다음 각호의 부대시설용 건축물 및 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제33조 의 규정에 의한 산업단지관리기본계획에 의하여 공장 경계구역 밖에 설치된 종업원의 주거용 건축물을 말한다.
1. 사무실․창고․경비실․전망대․주차장․화장실 및 자전거 보관시설
2. 수조․저유조․싸이로(silo)․저장조 등 저장용 옥외구축물
3. 송유관․옥외주유시설, 급․배수시설 및 변전실
4. 폐기물 처리시설 및 환경오염 방지시설
5. 시험연구시설 및 에너지이용 효율증대를 위한 시설
6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설
7. 식당․휴게실․목욕실․세탁장․의료실․옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설
○ 지방세법 시행규칙 제78조의7 【공장용 건축물의 범위】 영 제139조에서 “행정안전부령이 정하는 공장용 건축물”이라 함은 별표 3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당․휴게실․목욕실․세탁장․의료실․옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소․무기고․탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인이 이 건 양도토지를 취득하여 양도하고, 양도소득세를 신고한 내용은 국세청 전산자료에 의하여 아래와 같이 확인된다. (가) 2004. 6.14.: 매매 취득(전소유자: ○○○) (나) 2008.10.28.: 양도(후소유자: ○○○) * 청구인의 양도토지 보유기간: 4년 4개월 (다) 2008.12.30.: 양도토지를 사업용 토지로 보아 양도소득세 신고
(2) 처분청이 2009년 6월경 양도토지에 대하여 현지확인을 실시하고 작성한 보고서에 의하면, 양도토지의 내역은 아래 <표>와 같고, 처분청이 양도토지 중 쟁점토지를 비사업용 토지로 본 이유가 아래와 같이 기재되어 있다. <표> 양도토지의 내역
○○○ (가) 양도토지 중 같은 리 78-1 및 79-2는 지목이 ‘대지’로 330㎡규모의 조직배양실이라는 단층건물(3동)이 있고, 재산세를 별도합산하여 과세하였음이 확인되므로 사업용 토지로 판단되고, 같은 리 78-2는 지목이 ‘도로용지’로 확인일 현재 진입도로로 사용하고 있음이 확인되므로 사업용 토지로 판단된다. (나) 그러나, 쟁점토지는 양도일 현재 공부상 지목은 ‘전’이나, 토지취득일 이후 토지이용현황을 확인한 바, 토지 취득후 양도일까지 ○○○에게 토지를 임대하고 임대에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였으며, ○○○는 동 토지에 건축물을 착공하기 위하여 토지소유자인 청구인의 사용승낙을 받아, 2005.6.14. 그 중 전 8,609㎡에 ○○○ 명의로 공장신설승인(농지전용허가 포함)을 득하였고, 2005년 12월경 그 중 전 3,890㎡에 ○○○의 대표자 ○○○의 명의로 제1종근린생활시설(소매점) 및 단독주택 부지조성을 위한 개발행위(토지형질변경) 허가를 득하였는 바, 청구인이 지목이 전인 쟁점토지를 농지로 사용한 사실이 없고, 건축물을 착공하기 위하여 농지전용허가도 토지소유자인 청구인의 명의로 받지 아니하였고 타인명의로 받았음이 확인되므로 비사업용 토지로 판단된다.
(3) 청구인이 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지의 사용내역은 처분청의 현지확인조사 및 이의신청 과정에서 청구인이 처분청에 제출한 자료 등에 의하여 아래와 같이 확인된다. (가) 청구인은 양도토지를 취득한 후, 2004.6.29. 양도토지의 전 소유자인 ○○○과 양도토지에 소재하는 시설의 임대차(위탁영농)계약을 체결한 사실이 있는 바,
1. 청구인이 2004.6.29. ○○○과 체결한 ‘토지 임대차(위탁경영) 계약서’에는 ‘양도토지에 소재하는 조직배양실과 비닐하우스 시설에 대하여 2004.6.29.부터 2007.12.31.까지 ○○○이 위탁영농을 하되, 계약기간 중이라도 임대인(청구인)이 명도를 요구할 경우에는 임차인○○○은 즉시 명도하며, 명도기간은 5개월로 한다’는 취지의 계약내용이 기재되어 있다.
2. 청구인이 양도토지의 양도당시의 현황이라며 제시한 항공사진(촬영시점 2008년 5월～2008년 10월)에는 양도토지에 여러 동(청구인은 14개 동이라고 주장함)의 비닐하우스 시설이 존재한 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점토지를 양도할 당시 쟁점외토지상의 조직배양시설(330㎡)을 함께 양도한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 2004.6.21.경 쟁점토지에서 ‘○○○’이라는 상호로 부동산임대업의 사업자등록을 하고, 쟁점토지를 청구인이 대주주로 되어 있는 ○○○에게 2004.6.21.부터 2009.3.23.까지 임대(보증금 2억원, 월 임대료 9백만원)하였으며, 동 임대소득에 대하여 부가가치세와 종합소득세를 신고납부한 사실이 처분청의 전산자료 등에 의하여 확인된다. (다) 청구인으로부터 쟁점토지를 임차한 ○○○는 쟁점토지에 공장 및 제1종근린생활시설 등을 신축하기 위하여 아래와 같이 공장신설승인 및 개발행위 허가 등을 받았다.
1. 2004.6.21.: 임차토지에 대하여 공장건설승인 및 건축허가 등을 받기 위하여 청구인으로부터 양도토지와 양도토지에 존재하는 지상건물에 사용승낙서를 발급받았다.
2. 2004.10.14.: 공장신설승인, 개발행위, 농지전용 협의 등 인․허가에 필요한 설계도면 작성을 위하여 ○○○와 용역대가를 3,300만원(부가가치세 포함), 용역기간을 2004.10.14.부터 2004.11.2.까지로 한 ‘토목설계용역’계약을 체결하였다.
3. 2005.1.5.: 양도토지에 대한 진입로 공사를 위하여 ○○○주식회사와 공사기간을 2005.1.5.～2005.3.15.로 하는 내용의 민간건설공사 도급계약을 체결하였다.
4. 2005.6.14.: 쟁점토지 중 같은 리 78, 79, 79-1 8,609㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)에 공장을 신축하는 내용으로 ○○○으로부터 공장신설승인(농지전용허가, 개발행위허가 포함)을 받았는 바, 동 승인서○○○상 공장연면적은 7,245㎡로, 신청인은 ‘○○○’로, 착공예정일은 ‘2005년 9월’로 각각 기재되어 있다.
5. 2005.8.23.: 양도토지에 대한 지적측량을 위하여 대한지적공사로부터 견적서를 받았다.
6. 2005.11.8.: 개발행위 및 농지전용 협의신청 등 인․허가에 따른 설계도면 작성을 위하여 ○○○와 토목설계 용역계약을 체결하였다.
7. 2005년 12월: 쟁점토지 중 나머지 79-1, 79-3 3,890㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)에 제1종 근린생활시설(소매점) 및 단독주택 부지를 조성하는 내용으로 ○○○으로부터 개발행위(토지형질변경) 허가를 받았는 바, 동 허가서○○○상 수허가자는 ‘○○○’으로, 허가기간은 ‘2005년 12월～2007.11.30.로 기재되어 있다.
8. 2006.1.12.: ○○○에 토지형질변경 등에 따른 보험료를 예치하고, 보험기간은 2005.12.14.～2008.7.30.로 한 인․허가 보증보험증권을 발급받았다.
9. 2006.5.22.: 쟁점토지에 연면적 7,245㎡의 공장과 연면적 700㎡의 근린생활시설 등을 신축하는 내용으로 주식회사 ○○○과 2건의 건축물 설계용역계약을 체결하였다.
10. 위 4)의 공장신설승인과 관련하여 ○○○는 2006.7.11. ○○○으로부터 공장신축허가○○○를 받았으나, 허가받은 착공기한(2007.7.11.)내에 공장건물의 착공신고를 하지 못하고 있다가 ○○○에게 착공연기 승인신청을 하여 2007.6.11. ○○○으로부터 ‘본인의 부득이한 사정’을 이유로 2008.7.10.까지 착공기한 연기에 대한 승인○○○을 받았으며, 2008.8.4. 착공신고○○○를 하였다.
11. 위 7)의 개발행위 허가와 관련하여 ○○○은 2006.7.10. ○○○으로부터 제1종근린생활시설 신축허가○○○를 받았으나, 허가기간 내에 건축물에 착공신고를 하지 못하고 있다가, ○○○에게 착공연기신청을 하여 2006.5.29. ○○○으로부터 ‘개인적인 사정’을 이유로 2008.7.10.까지 착공연기 승인을 받았고, 설계변경(제1종근린생활시설 및 단독주택 → 제1종근린생활시설)을 이유로 ○○○에게 개발행위 변경허가 신청을 하여 2008.8.14. ○○○으로부터 개발행위(농지전용허가 의제/설계변경) 허가를 받았는 바, 동 허가서상 허가기간은 2005년 12월에서 2008.11.30.까지로 기재되어 있다.
12. 2008.9.11.: 청구인이 양도토지를 ○○○에게 양도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.
13. 2008.10.16.: 위 10)의 공장신설승인과 관련하여 ○○○이 ○○○에게 공장신설변경(수허가자 변경) 승인신청을 하여 ○○○으로부터 승인을 받았다.
14. 2008년 12월: ○○○가 ○○○지방법원에 파산신청을 하였다.
15. 2009.6.10.: ○○○지방법원이 ○○○에 대한 파산선고○○○를 하였다.
(4) 처분청이 쟁점토지에 대한 재산세 과세내역 조회 요청○○○에 대한 ○○○의 조회 회신 공문○○○ 및 2005～2008년도 양도토지의 정기과세내역서에 의하면, 양도토지 13,641㎡ 중 쟁점토지 전 12,497㎡에 대하여 토지분 재산세를 부과함에 있어 0.07%의 저율로 분리과세되었음이 확인된다. <표> 2005년도 쟁점토지의 재산세 정기과세내역서
○○○
(5) 먼저, 청구인이 쟁점토지를 농지로 사용하였는지, 아니면 공장용지로 사용하였는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법제104조의3 제1항 제1호 가목 및 제4호 나목에서 농지소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지와 농지․임야․목장용지 외의 토지 중 지방세법 제182조 제1항 제3호 의 규정에 의한 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 비사업용 토지라고 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우 청구인은 2004.6.14. 양도토지를 취득하고 부동산입대업을 영위하기 위하여 ‘○○○’이라는 상호로 사업자등록을 한 후 양도토지를 ○○○에게 2004년부터 2008년까지 임대하면서 건축행위 및 공장등록허가를 위해 양도토지 및 건물의 사용을 승낙한 점, ○○○는 2005.6.14. 쟁점토지 12,497㎡중 8,607㎡에 대하여 ○○○으로부터 공장신설승인을 받은 점, ○○○이 2005년 12월 쟁점토지 중 나머지 3,890㎡에 제1종근린생활(소매점) 시설 및 단독주택 부지조성을 위한 개발행위(토지형질변경)허가를 받은 점 등을 감안할 때, 청구인이 쟁점토지를 지방세법 제182조 제1항 제3호 의 규정에 의한 분리과세대상 중 재산세 0.2%가 적용되는 공장용지로 사용하였다고 보기 어렵다. 또한, 청구인이 쟁점토지가 농지로 사용되었다고 주장하면서 그 증빙으로 2009.6.16. 및 2009.6.17. 제출한 쟁점토지의 양도와 관련 소명자료에 ○○○과의 위탁영농에 대한 임대차내역이 없었는 바, 청구인이 양도토지를 2004.6.29.부터 2007.12.31.까지 ○○○에게 임대하였다고 주장하면서 그 증빙으로 제출한 토지임대차(위탁영농) 계약서는 신빙성이 부족하여 쟁점토지가 농지로 사용한 것으로 보기도 어렵다.
(6) 쟁점토지를 화훼시험장(건축물)의 부속토지로서 지방세법 시행규칙제72조의 규정에 의한 ‘시험연구시설’로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법제104조의3 제1항 제4호 나목은 농지․임야․ 목장용지 외의 토지 중 지방세법 제182조 제1항 제2호 의 규정에 의한 재산세 별도합산이 되는 토지를 제외한 토지는 비사업용 토지라고 규정하고 있다. (나) 쟁점토지상의 조직배양실은 지방세법 시행규칙 <별표3>에서 규정하고 있는 공장에 포함되지 아니하여 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 부대시설용 건축물인 ‘시험연구시설’로 보기 어렵고, ○○○이 2005～2007사업연도 법인세 신고시 제출한 손익계산서에는 연구비, 경상개발비가 계상되어 있지 아니하고 대차대조표에서도 무형자산이 계상되지 아니한 점, 쟁점토지는 재산세가 입지기준면적내의 공장용지(코드 0301)로서 0.2%의 세율이 분리과세된 것이 아니라 개인소유농지 및 분리과세대상 법인소유농지(코드 0302)로서 0.07%의 낮은 세율로 분리과세된 점 등을 감안할 때, 쟁점토지를 지방세법 시행규칙 제72조 의 규정에 의한 ‘시험연구시설’로 보기는 어려워 보이는 바, 쟁점토지는 지방세법 시행령제131조의2의 별도합산 과세대상에 해당되지 아니한다.
(7) 위 (5)과(6)에서 검토한 바와 같이 쟁점토지가 공장용지, 농지 및 건축물의 부속토지로 사용되지 아니하였는 바, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.