거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 취득가액은 자산취득에 소요된 실지거래가액에 의함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은충청남도 ○○○ 답 126㎡ 외 7필지를 경락을 원인으로 1989.10.23.에, 같은 동 358-14 답 189㎡를 매매를 원인으로 1993.9.27.에 각각 취득하여 합계 9필지의 토지 2,199㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2필지로 합병한 다음, 2009.6.30. 양도(공공용지 협의취득)하고 양도가액을 보상가액인 546,827,000원으로 하고, 취득가액을 기준시가에 의하여 환산한 가액인 306,738,001원으로 하여 2009.8.31. 양도소득세 30,661,209원과 농어촌특별세 1,703,400원을 신고 ․ 납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 중 경락받은 8필지에 대해서는 그 경락가액인 12,400,000원을, 매매취득한 1필지에 대해서는 실지 취득가액이 확인되지 아니한 것으로 보고 환산가액인 33,511,154원을 그 취득가액(합계: 47,911,154원)으로 하여, 2010.9.8. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 58,953,560원 및 농어촌특별세 2,662,160원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지 중 일부를 경매로 취득하였으나, 그 경락일자가 1989.10.23.로 20년 전의 일이라 오랜 기간이 경과하여 관련서류를 찾을 수 없어 전체를 환산가액으로 양도소득세를 신고 ․ 납부하였는데 처분청에서는 법원으로부터 20년 전의 경매서류를 찾아내어 과세하였는 바, 처분청은국세기본법제18조에 의하여 세법을 적용함에 있어서 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 침해되지 아니하도록 하여야 함에도, 이 건 양도소득세 과세시 취득가액의 조사가 어려운 납세자는 환산가액으로 하고 조사가 용이한 청구인의 경우 실지거래가액을 적용하는 불공평한 과세방법을 채택하였고 그에 따라 납세자간의 형평성을 상실하였으므로 이 건 양도소득세는 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제16조는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 장부 및 이에 관계되는 증거자료에 의하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지 중 경락받은 토지에 대하여는 대전지방법원 홍성지원에서 확인한 경락가액을 취득가액으로, 매매취득한 토지에 대해서는 부동산 거래 신고업무를 담당하는 보령시청에 확인한 결과 보존기간 경과로 실지 취득가액이 확인되지 아니하여 소득세법령에 따라 환산가액을 취득가액으로 한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 중 취득가액이 확인되는 부분(취득당시 8필지)은 실지 취득가액으로, 확인되지 아니하는 부분(취득당시 1필지) 환산가액으로 취득가액을 각각 계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 소득세법(2009.12.31 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (3) 소득세법 시행령(2009.12.31 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것) 제163조【양도자산의 필요경비】⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액" 이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ 건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 등기부등본, 토지수용확인서 등의 심리자료를 종합하면, 아래 <표1>과 같이 청구인이 쟁점토지 중 일련번호 ①~⑧의 토지는 경락을 원인으로, 일련번호 ⑨의 토지는 매매를 원인으로 취득하였으며, 취득 후 토지의 합병에 따라서 경락을 원인으로 취득한 일련번호 ①~⑥의 토지와 매매를 원인으로 취득한 일련번호 ⑨ 토지가 1필지○○○로, 경락을 원인으로 취득한 일련번호 ⑦~⑧의 토지가 1필지○○○로 등기된 후, ○○○ 문화관광사업지구 조성사업을 위한 공공용지 협의취득에 따라 충청남도 보령시에 합계 546,827,000원에 수용된 사실이 나타나고 위 양도가액에 대하여는 처분청과 청구인인 사이에 다툼이 없다.

(2) 처분청이 제출한 대전지방법원 홍성지원의 위 일련번호 ①~⑧의 토지에 대한 경락대금지급표(1989.11.23.), 처분청이 보령시장에게 한 쟁점토지 전체에 대한 취득세 및 등록세 납부내역 조회에 대한 보령시장의 회신공문(세무과-10941, 2010.7.20.)과 양도소득세경정결의서 등에 의하면, (가) 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 양도가액을 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 하여 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지 중 경락으로 취득한 일련번호 ①~⑧의 토지는 경락가액으로, 매매취득한 일련번호 ⑨의 토지는 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 취득가액을 각 산정하여 아래 <표2>와 같이 이 건 과세처분을 하였다. (나) 경락취득한 토지의 취득가액은 대전지방법원 홍성지원의 경락대금지급표상 경락가액에 의하였으며, 매매취득한 토지는 보령시장 에게 조회하는 등 하여도 그 실지 취득가액을 확인할 수 없다는 이유로 양도가액을 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 산정하였다.

(3) 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 전체 취득가액을 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 하여 양도차익을 산정하였고, 이에 대하여 처분청이 실지 취득가액이 확인되는 토지에 대하여는 그 가액으로 취득가액을 경정하여 양도차익을 산정하였는 바,소득세법제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 및 제3항, 제164조 제4항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 취득가액은 자산취득에 소요된 실지거래가액에 의하되 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하도록 규정하고 있고, 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 위 법령에 근거하여 취득에 소요된 실지거래가액이 확인되는 것에 대하여는 동 가액에 의하여 양도차익을 산정하는 등 적법하게 이루어진 것으로서 달리 잘못이 없다고 판단되므로, 세법 적용의 형평성을 이유로 하여 이 건 과세의 잘못을 주장하는 청구주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.