재개발사업 관리처분계획인가에 따라 사업자등록일로부터 5년이 경과하기 전 멸실된 임대주택은 합산배제 임대주택으로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.11.29. ○○○시 ○○○ 대지 339.1㎡ 소재 다가구주택 1~3층 각 150.52㎡ 합계 551.16㎡(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 신축취득하여, 2005.12.15. 강남세무서장에게 주택임대업으로 사업자등록을 한 다음, 2006년~2008년 귀속 종합부동산세 신고시 쟁점임대주택에 대하여 합산배제를 신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점임대주택이 2009.1.28. ‘아현제3구역 주택재개발사업’(이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)으로 멸실되자, 청구인이 임대주택 합산배제요건인 의무임대기간 5년을 충족하지 못하였다고 보아, 2009.9.29. 청구인에게 2006년~2008년 귀속 종합부동산세 28,501,940원(2006년: 7,389,690원, 2007년: 10,193,740원, 2008년: 10,918,510원), 농어촌특별세 5,700,380원(2006년: 1,477,940원, 2007년: 2,183,700원, 2008년: 2,038,740원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.4. 이의신청을 거쳐 2010.11.25. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2005.12.15. 주택임대업으로 사업자등록을 하고 쟁점임대주택에서 임대사업을 영위하던 중, 인근이 쟁점재개발사업 개발구역으로 지정되어 재개발이 진행됨에 따라서 쟁점임대주택이 멸실된 점 종합부동산세법 시행령제3조 제7항 제5호에서 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용으로 의무임대기간 요건을 충족하지 못한 경우 의무임대기간 5년이 되는 날까지 계속 임대하는 것으로 본다.’ 라고 규정하였고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제4조 제5호는 ‘국가․ 지방자치단체 ․정부투자기관 ․지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택의 건설 또는 택지의 조성에 관한 사업’을 공익사업으로 규정하고 있는 바, 도시 및 주거환경정비법에 의하여 시행되는 뉴타운 주택재개발사업은 공익사업에 해당된다고 볼 수 있는 점 등을 종합하였을 때, 청구인은 쟁점임대주택을 의무임대기간(5년)이 종료하는 날까지 계속하여 임대하였다고 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 주택임대업과 관련한 임대기간의 개시일은 임대사업자 등록일로부터 계산하는 것인데, 청구인은 2005.12.15. 주택임대업자로 등록하였고 쟁점임대주택은 2009.1.28. 멸실되어, 임대기간이 3년 3개월에 불과하여 의무임대기간(5년)을 충족하지 못하였고, 종합부동산세법 시행령제3조 제7항 제5호에 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용으로 의무임대기간 요건을 충족하지 못한 경우’ 5년이 되는 날까지 계속 임대한 것으로 본다고 규정하였으나, 쟁점 임대주택과 같이 주택재개발정비사업으로 인하여 멸실된 경우에는 협의매수 또는 수용으로 인한 것이 아니므로, 의무임대기간의 특례규정 적용대상에 해당한다고 볼 수도 없다.

• 가. 쟁점 쟁점재개발사업의 시행으로 인하여 멸실되어 5년 이상 임대하지 아니한 쟁점임대주택을 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 소정의 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1.임대 주택법 제2조 제1호 의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택 (2) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 임대주택법제2조 제4호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 “사업자등록” 이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지 및 제5호부터 제7호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

1. 임대 주택법 제2조 제2호 의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

⑦ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 합산배제 임대주택의 임대기간의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 제1항 제1호의 나목 및 동항 제3호 나목의 규정에 의한 임대기간은 임대사업자로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터, 제1항 제2호 나목의 규정에 의한 임대기간은 임대사업자로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터 기산한다.

5. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 협의매수 또는 수용으로 인하여 제1항의 요건을 충족하지 못하게 되는 때에는 제1항 제1호 및 동항 제3호의 합산배제 임대주택의 경우에는 제1호의 규정에 의한 기산일부터 5년이 되는 날까지, 제1항 제2호의 합산배제 임대주택의 경우에는 제1호의 규정에 의한 기산일부터 10년이 되는 날까지는 각각 계속 임대하는 것으로 본다. (3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】이 법에 의하여 토지등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.

5. 국가․지방자치단체․정부투자기관․지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택이 건설 또는 택지의 조성에 관한 사업

8. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업 제3조 【적용대상】이 법은 사업시행자가 다음 각호에 해당하는 토지 ․ 물건 및 권리를 취득 또는 사용하는 경우에 이를 적용한다.

1. 토지 및 이에 관한 소유권외의 권리

2. 토지와 함께 공익사업을 위하여 필요로 하는 입목, 건물 기타토지에 정착한 물건 및 이에 관한 소유권외의 권리 (4) 도시 및 주거환경정비법 제2조 【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

8. “사업시행자”라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다. 제18조 【조합의 법인격 등】①조합은 법인으로 한다.

② 조합은 조합 설립의 인가를 받은 날부터 30일 이내에 주된 사무소의 소재지에서 대통령령이 정하는 사항을 등기함으로써 성립한다. 제19조 【조합원의 자격 등】① 정비사업(시장․ 군수 또는 주택공사 등이 시행하는 정비사업을 제외한다)의 조합원은 토지 등 소유자(주택재건축사업의 경우에는 주택재건축사업에 동의한 자에 한한다)로 하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 그 수인을 대표하는 1인을 조합원으로 본다. 제38조【토지 등의 수용 또는 사용】사업시행자는 정비구역안에서 정비사업(주택재건축사업의 경우에는 제8조 제4항 제1호의 규정에 해당하는 사업에 한한다. 이하 이조에서 같다)을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제3조 의 규정에 의한 토지 ․ 물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다. 제40조 【공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】① 정비구역안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차에 관하여는 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 제46조 【분양공고 및 분양신청】② 대지 또는 건축물에 대한 분양을 받고자 하는 토지 등 소유자는 제1항의 규정에 의한 분양신청기간 이내에 대통령령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 사업시행자에게 대지 또는 건축물에 대한 분양신청을 하여야 한다. 제47조 【분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치】사업시행자는 토지 등 소유자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 해당하게 된 날부터 150일 이내에 대통령령이 정하는 절차에 따라 토지 ․ 건축물 또는 그 밖의 권리에 대하여 현금으로 청산하여야 한다.

제48조의2【건축물의 철거 등】① 사업시행자는 제48조 제1항에 따른 관리처분계획의 인가를 받은 후 기존의 건축물을 철거하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1991.11.29. 쟁점임대주택을 취득(신축)하여 2005.12.13. 강남구청장에게 주택임대업으로 등록하였으며, 2005.12.15. ○○세무서장에게 다가구주택 장기임대업으로 사업자등록을 하였다.

(2) 청구인은 쟁점임대주택 이외에도 서울특별시 강남구 압구정동 소재 아파트 1채(2006년 주택공시가격: 743,000,000원), 서울특별시 광진구 군자동에 위치한 다세대주택 1채(2006년 주택공시가격: 57,000,000원)를 보유하였는데, 2006년~2008년 귀속 종합부동산세 신고당시 쟁점임대주택에 대하여 합산배제를 신청하였다.

(3) 쟁점임대주택 소재지에서 진행된 쟁점재개발사업에 대한 사업시행이 2007.8.27., 관리처분계획이 2008.5.16. 각각 인가되는 과정에서, 청구인은 토지 등의 소유자로서 쟁점 재개발사업 조합의 조합원으로 가입하였고, 동 조합은 관리처분계획인가에 따라 위의 사업자등록일(2005.12.15.)로부터 5년이 경과하기 이전인 2009.1.28. 조합의 명의로 소유권이전등기를 하지 아니한 상태에서 도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다)제48조의2 제1항에 의하여 쟁점임대주택을 멸실한 다음, 주거환경정비등기처리규칙제2조에 의하여 청구인을 대위하여 부동산의 표시변경등기를 완료하였다. (4) 종합부동산세법 시행령제3조 제7항 제5호에 의하면 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용으로 의무임대기간 요건을 충족하지 못한 경우 5년이 되는 날까지 계속 임대하는 것으로 본다.”라고 규정하였고 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제4조는 그 적용대상(공익사업)으로 “ 국가․ 지방자치단체 ․ 정부투자기관 ․ 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택의 건설 또는 택지의 조성에 관한 사업”(제5호) 및 “그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업”(제8호)을 규정하였으며, 도정법 제40조제1항은 “정비구역 안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.”라고 규정하였던 바, 도정법 및 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 주택을 협의매수 또는 수용한 경우에는 의무임대기간(5년)을 충족하지 못하였더라도, 5년이 되는 날까지 임대하는 것으로 보아 임대주택을 종합부동산세 과세표준의 합산대상에서 배제하여야 하지만, 조합원으로 재개발사업 조합에 출자한 행위를 “협의매수 또는 수용”으로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

(5) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령과 법리를 종합하여 살피건데, 청구인은 쟁점재개발사업 조합에 조합원으로 가입하였고 이후 그에 대한 관리처분계획이 인가되어 도정법 제48조의2에 따라 당해조합이 쟁점임대주택을 멸실하였고, 그 과정에서 조합 명의 소유권이전등기도 경료하지 아니하였던 바, 조합의 설립에 동의하지 아니한 토지 등 소유자가 보유한 부동산 등에 대하여 적용되는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수 또는 수용이 이루어지지 아니한 이 건이 종합부동산세법 시행령제3조 제7항 제5호 소정의 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 “협의매수 또는 수용”으로 인하여 5년 이상 임대를 하지 못한 경우에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.