국세부과제척기간이 경과한 후 이월결손금이 확인된 경우 공제여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○으로부터 127,800,000￥(이하 “쟁점채무”라 한다)을 대출받아 사업 목적으로 사용하였는데, 2003년 중 쟁점채무와 관련하여 발생한 외화상환 및 평가손실 94,757,854원(이하 “쟁점손실”이라 한다)이 발생하였으나, 2003년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비로 산입하지 아니하여 소득금액을 18,199,372원으로 하였고, 2004년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점채무와 관련하여 발생한 외화평가이익을 2002년말 환율과 2004년말 환율을 비교하여 산정한 722,400원으로 계상하여 소득금액을 23,965,129원으로 하였다.
• 나. ○○○은 2010년 4월 처분청에 대한 정기종합감사를 실시하여 2004년 중 청구인의 외화평가이익은 2003년말 환율과 2004년말 환율을 비교하여야 한다고 보아 현지시정 조치를 하였고, 이에 따라 처분청은 청구인의 2004년도 외화평가이익을 97,099,590원으로 산정하여 신고가액(722,400원)과의 차액 96,377,190원을 수입금액에 산입하여, 2010.5.13. 청구인에게 2004년 귀속 종합소득세 45,786,280원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.7.29. 이의신청을 거쳐 2010.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제45조 제3항 단서가 개정되기 전에는 부과제척기간이 경과된 이월결손금도 공제가 가능하였고, 같은 법 부칙 제5조 단서는 “신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하였는데, 청구인은 2009.12.31. 이전인 2004.5.31. 2003년 귀속 종합소득세를 신고하였던바, 2003년도 소득금액 18,199,372원과 쟁점손실(94,757,854원)의 차액인 △76,558,482원(이하 “쟁점결손금”이라 한다)을 이월결손금으로 2004년도 소득금액에서 공제하여야 하고, 이와 같이 보지 아니하면 발생하지도 아니한 소득에 대하여 소득세를 납부하게 되어 지나치게 부당한 결과가 발생한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제45조 제3항 단서는 “ 국세기본법 제26조 의 2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다”라고 규정하였고, 같은 법 부칙 제5조는 “위 개정규정은 이 법 시행(2009.12.31.) 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다”라고 규정하였던바, 2004년 귀속 종합소득세 소득금액 계산시 국세 부과제척기간이 경과한 2003년 귀속 종합소득세와 관련 이월결손금을 공제하여서는 아니된다.

• 가. 쟁 점 2004년 귀속 종합소득세 관련 사업소득금액을 계산함에 있어 신고당시 누락되었고 부과제척기간이 도과한 2003년분 쟁점결손금을 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도등】

① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제45조【결손금 및 이월결손금의 공제】

③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, 국세기본법 제26조 의 2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.

1. 제1항에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다.

○ [부칙] (2009. 12. 31. 법률 제9897호) 제2조【일반적 적용례】

① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

○ [부칙] (2009. 12. 31. 법률 제9897호) 제5조【이월결손금의 공제에 관한 적용례】 제45조 제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

○ 소득세법 시행령 제97조 【외화자산 및 부채의 평가】

① 법 제39조의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 화폐성외화자산ㆍ부채(이하 이 조에서 “화폐성외화자산ㆍ부채”라 한다)의 원화기장액과 당해연도 종료일 현재의 환율(외국환거래법에 의한 기준환율 또는 재정환율을 말한다)에 의하여 평가한 원화금액과의 차손익은 이를 당해연도의 필요경비 또는 총수입금액에 산입한다.

② 사업자가 상환받거나 상환하는 화폐성외화자산ㆍ부채의 원화기장액과 상환받거나 상환하는 원화금액과의 차손익은 당해연도의 필요경비 또는 총수입금액에 산입한다.

○ 국세기본법 제26조 의 2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 주유소업을 영위하는 사업자(2003년: 공동사업자로 지분율 87.5%, 2004년: 단독사업자)로, 아래 <표>와 같이 2002.9.26. ○○○를 차입하여 2007.3.15. 전액 상환하였는데, 2003년 중 발생한 외화부채 관련 상환·평가 차손은 108,294,690원이고 이 중 청구인에게 귀속되는 부분은 94,757,854원(쟁점손실)이다. <표> 쟁점차입금 관련 평가․상환 손익내역 (단위: ¥, 원) 일자 외화부채 환율 (/100¥) 원환금액 환산손익 비고 2002.9.26. 127,800,000 998.08 1,275,546,240 2002.12.31. 127,800,000 1012.87 1,294,447,860 △18,901,620 2003.3.31. 90,300,000 1044.65 943,318,950 △11,917,500 상환차손 2003.12.31. 90,300,000 1119.60 1,010,998,800 △96,377,190 평가차손 2004.12.31. 90,300,000 1012.07 913,899,210 97,099,590

(2) 청구인은 2003년 귀속 종합소득세 신고 당시 쟁점손실 전액을 필요경비에 산입하지 아니하여 소득금액을 18,199,372원으로 하였고, 2004년 귀속 종합소득세 신고 당시 2002.12.31. 당시 기준 환율(1012.87원)과 2004.12.31. 당시 외화부채(90,300,000원) 및 기준 환율(1012.07원)의 차액인 0.8원(/100￥)을 적용하여, 722,400원만을 외화평가차익으로 수입금액에 산입하였다.

(3) 처분청은 2004년말 당시 외화부채(90,300,000원)에 대하여 2003년말(2003.12.31.) 당시 기준 환율(1119.60원)과 2004년말(2004.12.31.) 기준 환율(1012.07원)의 차액인 107.53원(/100￥)을 적용하여, 외화평가차익으로 97,099,590원을 수입금액에 산입하였다.

(4) 소득세법제45조 제3항(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정) 본문은 “이월결손금은 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산시 공제한다”라고 규정하였고, 단서는 “국세기본법제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다”라고 규정하였으며, 같은 법 [부칙] (2009.12.31. 법률 제9897호) 제2조 제1항은 “이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다”라고 규정하였고, 제5조 본문은 “제45조 제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용 한다”라고 규정하였으며, 같은 조 단서는 “신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하였다.

(5) 위와 같은 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 처분청은 2003년 귀속 종합소득세에 대한 부과제척기간(2009.5.31.)이 도과되고, 2009.12.31. 개정된소득세법의 시행일(2010.1.1.) 이후인 2010.5.13. 이 건 2004년 귀속 종합소득세를 경정·고지한 점, 청구인은 2009.12.31. 이전에 쟁점결손금을 2004년 귀속 종합소득세 소득금액에서 공제하여 과세표준을 신고하지 아니하여, [부칙] (2009.12.31. 법률 제9897호) 제5조 단서에 해당한다고도 보기 어려운 점 등을 종합하였을 때, 2004년 귀속 종합소득세 소득금액을 계산함에 있어소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제45조 제3항 단서 및 부칙 제5조에 따라 2003년 중 발생한 쟁점결손금을 이월결손금으로 공제하여서는 아니된다 할 것이다.

(6) 따라서, 2004년 귀속 종합소득세 소득금액 계산시 쟁점결손금을 이월결손금으로 공제하지 아니한 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.