재활용폐자원 매입세액을 공제하여 달라는 청구주장의 당부

주 문 ◯◯세무서장이 2010.9.13. 청구인에게 한 2008년 제1기분 부가가치세 5,412,320원 및 2009년 제1기분 부가가치세 11,757,120원은 이를 취소한다. 이 유

• 가. 청구인은 ◯◯종합폐차장이라는 상호로 폐차를 주된 업무로 하는 사업자로, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 71,843천원, 2009년 제1기 중에 170,170천원 합계 242,013천원의 취득금액(이하“쟁점취득금액”이라 한다)에 대한 재활용폐자원 매입세액 13,698,760원(2008년 제1기 4,066,520원, 2009년 제1기 9,632,240원)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. ◯◯지방국세청장은 처분청에 대한 감사결과, 쟁점취득금액은 청구인이 2008년 제1기 중에 ◯◯◯으로부터 71,843천원, 2009년 제1기 중에 ◯◯◯으로부터 170,170천원을 취득한 것으로 신고되었는 바, 위 ◯◯◯과 ◯◯◯은 연간 공급가액이 48,000천원 이상이어서 간이과세자에 해당하지 않는다하여 쟁점취득금액은 재활용폐자원 매입세액 공제 대상이 아니라는 감사결과를 통보하였고, 처분청은 위 감사결과에 따라 2010.9.13. 청구인에게 2008년 제1기분 부가가치세 5,412,320원 및 2009년 제1기분 부가가치세 11,757,120원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 세무대리인은 부가가치세 신고시 계산의 편의를 위해 더존프로그램으로 전체가 집계된 임시방과 실제 폐자원매입처방 2개를 사용하다가 착오로 전체가 집계된 임시방을 첨부하여 부가가치세를 신고하였을 뿐, 처분청의 의견과 같이 공급자를 허위로 기재하여 매입세액을 공제받은 경우가 아닌 바, 착오로 제출하지 못한 실지 재활용페자원 및 중고품 매입세액공제신고서와 폐차인수증명서에 의하여 쟁점취득금액에 대한 개인별 취득금액(1인별 취득금액이 대부분 200천 -300천원의 폐차가액임)이 확인되고, ◯◯◯과 ◯◯◯이 위 신고서상에 기재되어 있어 공급자를 허위로 기재한 것이 아닌 것이 확인되며, ◯◯◯외1인이 71,843천원, ◯◯◯1인이 170,170천원의 폐자원을 공급하기는 불가능한 점 등으로 보아 쟁점취득금액은 청구인이 부가가치세 신고시 착오로 재활용폐자원신고서를 잘못 제출한 것이 확인되므로 재활용 폐자원 및 중고품 매입세액 신고서를 허위로 작성한 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 사업자가 재활용폐자원매입세액공제신고서에 공급자의 인적사항을 허위로 기재하여 매입세액을 공제 받은 후, 관할세무서장의 조사에서 그 사실이 밝혀져 매입세액 공제가 부인됨에 따라 이를 대체하기 위해 실거래처로부터 교부받은 증빙서류를 제시한 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없는 것이고(부가가치세과-477. 2009.4.7) 청구인이 이 건 과세일 이후에 제시한 재활용 폐자원 및 중고품 매입세액공제 신고서에는 대금지급에 대한 증빙이 첨부되지 않아 실지 취득내역이 확인되지 않으므로 쟁점취득금액에 대하여 재활용폐자원 매입세액을 공제하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 제시한 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제 신고서는 당초에 공급자를 허위로 신고하고 경정결정 후에 제시하였다 하여 매입세액 공제대상이 아닌 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가, 지방자치단체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 110분의 10을, 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 각각 적용한다)을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조제1항 에 따른 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 부가가치세법 제18조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 (2) 조세특례제한법 시헹령 제110조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례】

① 법 제108조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 삭제 <2006.2.9 >

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

2. 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자

3. 한국환경공단법에 따른 한국환경공단

4. 제4항제2호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제50조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 영 제110조제3항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다. ※ 조세특례제한법 기본통칙 108-110…4 【 공제하지 아니한 재활용폐자원 매입세액의 구제방법 】 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 공제하지 아니한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액은 다음 각호와 같이 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 제출하는 경우에는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제할 수 있다.

1. 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우

2. 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우

3. 국세기본법시행령 제25조 의 4의 규정에 의한 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우

4. 부가가치세법 제21조 의 경정에 있어서 교부받은 계산서 또는 영수증을 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인은 쟁점취득금액에 대하여 재활용폐자원 매입세액 13,698,760원(2008년 제1기 4,066,520원, 2009년 제1기 9,632,240원)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 쟁점취득금액을 공급한 ◯◯◯과 ◯◯◯은 연간 공급가액이 48,000천원 이상이어서 간이과세자에 해당하지 않아 쟁점취득금액을 재활용페자원 매입세액 공제 대상이 아닌 것으로 보아 이 건 과세처분 하였음이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 심판청구시 제시한 재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제 신고서에 의하면, 청구인은 2008년 1월 중에 104명으로부터 32,323천원 상당의 중고자동차를 취득한 것으로 집계하였고, 위와 같이 집계한 월별집계표에 의거 2008년 제1기 중에 71,843천원, 2009년 제1기 중에 170,170천원의 중고자동차를 취득한 것으로 기재되어 있으며, 1인당 취득금액이 대부분 1,000천원 미만이고 2,000천원을 초과하는 금액은 확인되지 않는다.

(3) 청구인은 위(2) 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제 신고서상의 공급자로부터 받은 폐차인수증명서를 제시하고 있고, 동 신고서상의 공급자에게 폐차대금으로 지급한 금액의 명세서를 제시하고 있다.

(4) 청구인의 2008년 제2기 부가가치세과세표준신고서 및 부속서류에 의하면, 청구인은 2008년 제2기에 361건, 취득금액 253,950천원에 대하여 14,374,310원의 폐자원 매입세액을 공제받은 것으로 나타나고, 청구인은 2008년 제1기 이전에도 모두 정상적으로 폐자원매입세액을 공제받았으나, 2008년 제1기(1기중에서도 예정분만) 및 2009년 제1기만 세무사 여직원의 실수로 신고서를 잘 못 제출하였단느 주장이다.

(5) 청구인의 기장업무를 대리하였던 ◯◯◯세무사사무실 직원은 자신의 착오로 재활용폐자원 및 중고품 맹비세액공제서를 잘 못 제출하여 청구인에게 부과된 이 건 부가가치세를 이 납부하고 있다고 주장하면서 분납분에 대한 송금영수증을 제시하고 있다.

(6) 살피건데, 처분청은 사업자가 재활용폐자원 매입세액공제신고서에 공급자의 인적사항을 허위로 기재하여 매입세액을 공제받은 후, 관할 세무서장의 조사에서 그 사실이 밝혀져 이를 대체하기 위하여 실거래처로부터 교부받은 증빙서류를 제시한 경우에는 매입세액을 공제받을 수 없다고 보아 쟁점취득금액에 대한 매입세액을 공제할 수 없다는 의견이나, 청구인은 착오로 제출하지 못한 실지 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제 신고서와 동 신고서상의 폐차인수증명서 및 대금지급명세서를 제시하고 있는 점, 쟁점취득금액에 대한 개인별 취득금액에 대한 개인별 취득금액이 대부분 200천원-300천원의 폐차가액이고 2,000천원을 초과하는 금액이 확인되지 않아 쟁점취득금액의 공급자가 간이과세자 기준금액(연간 48,000천원)을 초과하지 않는 것으로 확인되는 점, ◯◯◯ 1인이 71,843천원 ◯◯◯ 1인이 170,170천원의 폐자원(폐차)을 공급하기는 불가능한 것으로 보이는 점, 2008년 제2기에 361건 취득금액 253,950천원에 대하여 14,374,310원의 폐자원매입세액을 공제받는 등 다른 과세기간은 정상적으로 폐자원매입세액을 공제 받은 것으로 확인되는 점, 세무사 사무실 여직원의 자신의 착오로 재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제 신고서를 잘 못 제출한 것을 인정하여, 청구인에게 부괴된 이 건 부가가치세를 여직원이 대신 납부하고 있는 점 등으로 보아 청구인의 세무대리인이 부가가치세 신고시 계산의 편의를 위해 더존프로그램으로 전체가 집계된 임시방과 실제 폐자원매입처방 2개를 사용하다가 착오로 전체가 집계된 임시방을 첨부하여 부가가치세를 신고하였다는 청구주장이 신빙성 있는 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점취득금액에 대하여 공급자를 허위로 기재하여 매입세액을 공제받은 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘 못이 있다고 판단된다(조심2008중2124, 2009.5.26. 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.