수도권외 지역이전에 대한 감면대상 소득에 포함되는 토지 양도차익은 ‘주택정착면적의 5배’를 초과하지 아니하는 양도차익으로 봄이 타당하고, ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 이자소득금액’은 지급명세서 제출의무를 면제함이 타당하며, 교통영향평가비 등은 건물과 관련된 매입세액이므로 토지에 대한 자본적 지출로 보아 과세함은 부당함
수도권외 지역이전에 대한 감면대상 소득에 포함되는 토지 양도차익은 ‘주택정착면적의 5배’를 초과하지 아니하는 양도차익으로 봄이 타당하고, ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 이자소득금액’은 지급명세서 제출의무를 면제함이 타당하며, 교통영향평가비 등은 건물과 관련된 매입세액이므로 토지에 대한 자본적 지출로 보아 과세함은 부당함
OOO세무서장이 2010.6.1. 청구법인에게 한 2005사업연도～2008사업연도 법인세 <별지1> 및 2005년 제2기～2008년 제2기 부가가치세 <별지2>의 부과처분은
1. 지급명세서미제출가산세를 제외하여 각 사업연도 법인세의 세액을 경정하고,
2. 건물 신축 공사와 관련하여 <별지2>의 OOO개발사업 관련 군부대 진지 신축공사비 합계 OOO원, OOO개발사업 관련 교통 영향평가 비용 합계 OOO원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 에 따라 매입세액을 과·면세로 안분하고, OOO개발사업 도시가스 간선시설 공사비 합계 OOO원, 아파트 옹벽설치공사비 관련 매입세액 합계 OOO원은 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 각 과세기간 부가가치세의 세액을 경정하며,
3. 나머지 청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 신축ㆍ분양한 공동주택(OOO1차 아파트)과 관련하여, 주택정착면적의 5배를 초과하는 토지의 양도차익을 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2에 따른 본사이전 감면대상소득에서 차감·제외하였으나, 청구법인이 2001.12.20. 본사를 이전할 당시 시행되던 구 조특법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제63조의2가 감면대상에서 제외한 ‘토지 및 건물의 양도차익’은 비영업이익만을 의미한다고 보아야 하고, 청구법인과 같이 주택신축판매업을 영위하는 경우 주택과 주택부수토지는 재고자산으로서 사업소득을 구성하므로 감면소득에 포함되어야 한다. 또한, 재정경제부 예규(재조예 46019-36, 2001.2.28.)에서는, 조특법 제63조의2 제2항 가목이 규정하고 있는 감면대상인 ‘토지 및 건물의 양도차익’에는 법인세법 제100조 제1항 제5호 에 따라 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득금액을 포함한다고 하였고, 재재산-813(2006.7.11.)에서는 특별부가세가 비과세되는 주택부수토지는 주택연면적과 정착면적의 5배(도시지역 내) 중 큰 면적을 비교하도록 회신한바, 결국, 주택연면적과 주택정착면적의 5배 중 넓은 면적 이내의 토지 양도소득은 조특법상 감면대상소득에 포함된다. 한편, 재조예-427(2006.7.11.)에서는 감면대상이 되는 주택신축판매법인의 주택 및 주택부수토지를 주택정착면적의 5배로 해석한 바 있으나, 이는 청구법인이 본사를 이전한 후 개정된 구 조특법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)에 관한 것이므로, 청구법인에는 적용되지 아니한다.
(2) 청구법인은 자금사정으로 관계회사로부터의 차입금에 대한 이자를 약정일에 지급하지 못하고 그 다음 연도에 지급하게 되었고, 청구법인으로부터 약정일에 이자를 수령하지 못한 관계회사는 미수이자에 대하여 법인세를 신고하면서 과세표준에 모두 신고한 바 있다. 법인세법 제73조 제1항 및 같은 법 시행령 제111조 제1항 제3호에서 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득에 대하여는 원천징수 의무를 면제한바, 이 경우 과세자료로 활용할 가치가 없는 증빙서류인 지급명세서 제출을 요구하는 것은 조세협력비용증가뿐만 아니라 선량한 납세자의 기본권을 침해하므로 지급명세서의 제출의무는 마땅히 면제되어야 할 것으로서, 지급명세서미제출가산세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.
(3) 처분청이 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 세액 중 아래 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하는 매입세액이 아니므로 매출세액에서 공제하여야 한다.
① OOO 군부대 진지 신축공사비: 청구법인은 주식회사 OOO건설과 OOO산업개발 주식회사와 함께 OOO일원(이하 “OOO지구”라고 함) 약 30만평에 도시개발사업을 시행하여 아파트 신축분양업을 진행하여 왔으며, OOO지구 인근에는 군부대(OOO부대)가 소재하여 군사시설보호구역에 해당되는 지역으로 건축고도가 60m이하로 건물의 높이를 제한하고 있었고 군사보호시설을 해제하는 경우 90m까지 높게 아파트신축이 가능하다는 군협의 결과를 통보받았다. 이에 따라 청구법인은 아파트 건물높이를 상향조정받기 위하여 군부대와 협의한 결과 OOO 및 OOO에 군부대 진지를 신축하여(OOO지구내 소재하던 군부대의 이전이 아니라 지구 외에 소재하던 군부대를 다른 곳으로 이전한 것이다) 국방부에 기부채납하고 아파트 건축높이를 90m까지 허용 받기로 합의하였고, 그 설치비용 중 청구법인 지분 OOO원을 부담하여 진지 신축공사를 하였으며, 용적율은 동일하여 토지의 가치를 증진시키기 위해 진지 신축공사를 수행한 것이 아니고 건물높이를 상향조정 받기 위하여 지출하였던바, 그 비용은 건물에 투자된 매입세액이므로 매출세액에서 공제되어야 한다.
② OOO 등 교통 영향평가 비용: 도시교통정비촉진법 및 같은 법 시행령에 따르면, 도시교통정비 지역에서 일정한 규모 이상의 도시개발사업 또는 건축물의 건축을 위하여는 교통영향분석·개선대책을 수립하여야 하고, 이에 따라 청구법인이 시행한 OOO지구 도시개발사업은 상기 도시개발사업과 건축물 모두의 계획수립대상으로서 교통영향평가를 실시하게 되었는바, 도시개발사업과 관련된 교통영향평가(토지관련 교통영향평가)는 OOO지구 도시개발사업조합에서 실시하여 매입세액을 불공제하였고, 이는 청구법인과는 무관한 비용이다. 청구법인이 실시한 교통영향평가는 모두 건축물에 대한 교통영향평가로서 용역공급에 따른 부가가치세는 모두 매입세액공제대상이며, 이러한 점은 교통영향평가 용역계약서 제1조[목적]에 보면 ‘본 계약은 OOO 도시개발사업 A1, A2, A4 블럭 공동주택(아파트) 신축공사 계획에 따른 교통영향을 비교분석하고’라고 표현되어 있어 건축물에 대한 교통영향을 평가하였음이 확인됨에도 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
③ 도시가스 간선시설공사비: 청구법인은 OOO도시개발사업지구 및 OOO아파트에 도시가스를 공급하기 위하여 OOO주식회사 OOO지사 등 도시가스 공급회사와 간선시설 공사계약을 체결하여 공사비를 지급하였고, 주식회사 OOO 등 통신회사와도 통신선로등을 설치하고 그 대가를 지급하였는바, 위 시설들은 모두 구축물로서 감가상각대상자산이므로 이를 설치하기 위하여 지급한 비용은 모두 토지의 자본적지출이라고 볼 수 없어 매출세액에서 공제되어야 할 매입세액이다.
④ OOO 아파트 옹벽설치공사비: 청구법인은 경사가 심한 산지를 절개하여 OOO 아파트를 신축·분양하였던바, 처분청은 부지조성공사인 절토·잔토정리 등의 공사비에 대한 부가가치세는 토지의 자본적 지출로 매입세액을 불공제하였으나, 건물의 안전을 보장하기 위하여 절개면에 반드시 보강공사를 실시하여야 할 토지의 특성으로 인하여 옹벽을 설치하게 되었으며, 이와 같이 건물보호를 위하여 설치한 옹벽공사비에 대한 부가가치세 매입세액은 마땅히 공제되어야 한다.
⑤ 공사용 도로 설치 비용: 청구법인이 시행한 OOO 아파트 신축현장은 기존아파트가 밀집한 지역에 소재하여 아파트 단지 인근 도로를 사용하여 공사용 차량이 통행할 경우 발생되는 민원을 방지하기 위하여 허가관청은 별도의 공사용 도로를 개설할 것을 건축허가 조건으로 부여하였던바, 청구법인은 공사용 도로를 개설하기 위한 공사를 시행하여 이에 따른 공사비가 지출되었고, 아파트공사가 완료된 후 원상회복하여 토지 소유자에게 반환하였는바, 청구법인이 신축중인 OOO아파트 토지의 가치를 실질적으로 증진시킨 사실이 전혀 없으므로 위 공사비 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
(1) 2001년 당시 구 조특법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)에서는 감면배제대상으로서 ‘토지 및 건물의 양도차익’만 규정하고 있을 뿐 아무런 보충규정을 두고 있지 아니하므로 모든 토지 및 건물의 양도차익은 감면대상소득이 아니라고 볼 것이나, 다만, 2001.2.28. 해석(재조예 46019-36, 2001.2.28.)상으로 당시 법인세법상 특별부가세 비과세 대상 규정을 인용하여 주택 및 주택정착면적의 5배 이내의 부수토지 양도차익은 감면대상으로 인정하고, 이후 동일 내용을 2001.12.29. 조특법 개정 및 2006.7.11 해석(재조예-427, 2006.7.11.)에 반영하였으며, 대법원(2008두11372, 2009.8.20.)도 동일한 내용으로 확정판결하는 등 조특법령 개정 및 해석·판례 모두 2001년 이후 감면대상 양도차익의 범위는 주택정착(바닥)면적을 기준으로 하고 있고, 어떠한 태도변화도 없다. 한편, 2006.2.9. 법인세법 시행령 개정에서 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세시 주택연면적과 주택정착면적의 5배 면적 중 넓은 면적의 토지 양도차익은 비과세하도록 규정하고, 특별부가세 규정에 따른 비과세대상에 대해서도 동일하게 소급하여 적용하도록 해석(재재산-813, 2006.7.11.)하였으나, 이는 주거환경 개선을 위하여 여유공간을 넓게 활용할 수 있도록 세정환경을 반영한 것으로 각 사업연도소득에 대한 법인세와 별도로 추가과세되는 법인세만 비과세 하겠다는 조세정책일 뿐이므로, 법인세법의 해석변경을 이유로 조특법 해석이 당연히 변경된 것으로 볼 수도 없고, 조세정책상 변경할 필요도 전혀 없다.
(2) 청구법인은 관계회사로부터의 차입금에 대한 이자비용을 자금사정으로 약정일에 지급하지 못하고 그 다음연도에 지급하게 되었고, 약정일에 이자를 수령하지 못한 관계회사는 미수이자에 대하여 법인세를 신고하였다고 주장하고 있는바, 비영업대금이익의 경우 지급시기는 약정에 의한 이자지급일이며, 청구법인이 관계회사에게 지급해야 할 이자상당액은 모두 정상적으로 약정일에 지급하였음에도 관련 지급명세서를 제출하지 아니하였고, 청구법인이 지급한 이자소득금액은 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 소득이 아니어서 원천징수의무가 면제되더라도 지급명세서 제출의무는 면제되지 아니하므로(법인46013-776, 1999.3.3, 국심 2000부1116, 2000.9.15.) 지급명세서 미제출가산세를 부과하는 것이 정당하다.
(3) 청구법인은 건물 신축과 직·간접으로 관련된 공사비의 매입세액이라고 주장하나 토지조성과 관련된 것으로 보이므로 매입세액 공제를 할 수 없다.
① OOO 군부대 진지 신축공사비 OOO원에 대하여 청구법인은 건물높이를 상향조정 받기 위한 건물 투자비용으로 매입세액 공제가 타당하다고 주장하고 있으나, 제출된 OOO의 공문과 ‘OOO구역 도시개발사업 관련 재협의 요청에 따른 작전성 검토결과’에 의하면 도시개발사업 승인을 위해 반드시 이행 하여야 하는 인ㆍ허가 조건과 관련된 기반시설 공사도 아니며 개발구역 외에 소재한 인근 군사시설보호구역으로 인해 건축고도가 60m로 개발이 제한되자, 개발이익 목적으로 청구법인의 필요에 의해 전투시설물과 관련 매입부지를 국방부에 기부채납 하게 되었고 이러한 일련의 과정은 개발구역 토지조성 등 개발계획 수립 단계와 건축물 시공 전에 이루어진 사항으로 토지 관련 매입세액으로 봄이 타당하다.
② OOO 등 교통영향평가비 OOO원 및 ③도시가스 간선시설공사 등 비용 OOO원에 대해 청구법인은 건축물과 관련된 비용 및 감가상각대상 자산인 구축물과 관련된 비용으로 매입세액공제가 타당하다고 주장하고 있으나, 도시개발법 제5조 (개발계획의 내용) 제1항에 의하면 개발계획에는 교통처리계획과 도로, 상하수도 등 주요 기반시설의 설치계획이 반드시 포함 되어야 하는바, 교통영향평가와 간선시설 공사는 전체 도시개발계획과 연계된 일련의 과정에서 이루어 진 것으로 이를 구분하여 별개의 공사로 판단할 사항은 아니며, 관련 비용은 토지조성 단계 내지는 건축물 시공 전에 수립하여 사업승인 받은 도시개발사업의 설계도면에 따라서 행해진바, 토지 관련 매입세액으로 봄이 타당하다.
④ OOO아파트 옹벽설치공사비 OOO원에 대해 청구법인은 건물의 안전을 보장하기 위해 절개면에 설치한 옹벽이므로 매입세액이 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 토지의 절개면에 보강공사를 통하여 옹벽을 설치한 것은 아파트를 건설하기 위한 토지 정지과정의 한 부분이며 옹벽설치로 인해 토지의 이용편의와 가치가 증진되었으므로 토지 관련 매입세액으로 봄이 타당하다.
⑤ 공사용 도로 설치비용 OOO원에 대해 청구법인은 민원방지를 위한 공사용 도로로 아파트 공사 완료 후 원상회복 하여 토지소유자에게 반환한바, 실제 토지가치를 증진시킨 사실 없으므로 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 토지의 취득원가는 토지의 취득 및 토지를 본래의 목적에 사용할 수 있도록 하는데 투입된 모든 원가로 구성된다고 할 수 있으며, 공사용 도로가 이후 원상회복된바, 토지와 구분되는 별도의 구축물 공사도 아니므로 공사용 도로비는 토지 관련 매입세액으로 판단된다.
① 주택신축판매업자 본사의 수도권외 지역이전에 관한 감면대상 소득금액 산정시, 감면대상 소득에 포함되는 토지 및 건물의 양도차익 대상을 주택정착면적의 5배 이내의 부수토지로 볼 것인지, 주택의 연면적과 건물정착면적의 5배 중 큰 면적 이내의 토지로 볼 것인지 여부
② 관계회사에 지급한 이자비용이 원천징수 의무가 면제되는 소득으로서 지급명세서 제출의무가 없는 것인지 여부
③ 부가가치세 과세표준에서 불공제한 매입세액이 토지관련 매입세액으로 불공제 대상인지 여부
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1990.6.5. 설립한 주택신축판매업을 영위하는 법인으로서 OOO에 본사를 두었다가 2001.12.20 OOO으로 본사를 이전한 것으로 나타나고, OOO아파트는 대지면적이 58,361.3㎡으로서, 주택정착면적 9,097.92㎡의 5배인 45,480㎡보다 초과하나, 주택연면적 143,017.97㎡은 초과하지 아니하는 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 본사 이전일로 나타나는 2001.12.20. 당시 시행된 구 조특법(2000.12.29 법률 제6297호로 일부개정되어, 2001.12.29. 법률 제6538호로 일부개정되기 전의 것) 제63조의2 제1항, 제2항 제2호에 따르면, 본사를 수도권외 지역으로 이전한 법인은 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을 감면하도록 규정하고 있다. 이후 2001.12.29. 법률 제6538호로 일부 개정된 구 조특법 제63조의2 제2항 제2호에서는 감면배제 대상인 토지 및 건물의 양도차익에서 ‘주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’은 제외하였고, 같은 법 시행령 제60조의2 제5항에서는 위 조항의 “대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지”는 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 도시계획구역내의 토지 5배(도시계획구역 외의 토지는 10배)를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지로 규정하였다. (다) 청구법인이 제시한 재조예 46019-36(2001.2.28.)은 법인세법 제100조 제1항 제5호 의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득금액은 조특법상 감면대상이라고 회신하였고, 재재산-813(2006.7.11.)은 특별부가세 비과세 대상은 주택의 연면적과 건물이 정착된 면적에 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적 이내의 토지라고 회신한 것으로 나타난다. (라) 처분청이 제시한 재조예-427(2006.7.11.)의 내용은 조특법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제63조의2의 규정을 적용함에 있어 감면대상인 주택신축판매법인의 주택 및 주택에 부수되는 토지라 함은 구 조특법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제92조의2 제5항의 규정에 따라 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별 배율(도시계획구역내 5배, 도시계획구역외 10배)을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지로 회신한 것으로 나타난다. (마) 청구법인 본사 이전 당시 시행되던 구 법인세법(2001.12.31, 법률 제6558호로 일부개정되기 전의 것) 제100조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령(2001.12.31, 대통령령 제17457호로 일부개정되기 전의 것) 제142조 제3항에 의하면, 주택신축업자의 특별부가세 비과세 대상은 주택 및 주택부수토지로서 건물이 정착된 면적에 5배(또는 10배)를 곱하여 산정한 면적 이내인 토지의 양도소득으로 나타나고, 이후 특별부가세 제도가 폐지되고 추가법인세 납부제도로 변경된 후, 2006.2.9. 개정된 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 에서는 주택신축업자의 추가법인세 비과세 대상은 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 주택의 연면적과 건물이 정착된 면적에 5배(또는 10배)를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적 이내의 토지의 양도소득으로 변경된 것으로 나타난다. (바) 이상의 관련 규정을 종합하여 보면, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원2002두9537, 2003.1.24. 참고), 청구법인 본사 이전 당시 적용되던 구 조특법(2000.12.29 법률 제6297호로 일부개정된 것)상 토지 및 건물의 양도차익에 대하여는 아무런 제한 없이 감면대상에서 배제하였으므로, 법률상으로는 영업이익인지 또는 비영업이익인지를 불문하고 ‘토지 및 건물의 양도차익’은 감면대상이 아니라고 할 것이고, 한편, 재조예 46019-36(2001.2.28.)에서는 법인세법 제100조 제1항 제5호 의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득금액은 조특법상 감면대상이라고 회신하였던바, 그 당시 시행되던 구 법인세법(2001.12.31, 법률 제6558호로 일부개정되기 전의 것) 제100조 제1항 제5호에 의하면, ‘건물이 정착된 면적’만을 기준으로 토지의 양도에 대하여 특별부가세를 비과세하였으므로, 청구법인의 본사 이전 당시 조특법상의 감면대상은 건물이 정착된 면적을 기준으로 보아야 할 것이다. 청구법인은 재정경제부 예규(재재산-813, 2006.7.11)를 인용하고 있으나, 이는 청구법인의 본사 이전 이후 개정된 구 법인세법상의 특별부가세 및 추가법인세(토지 등 양도소득에 대한 법인세)와 관련된 해석으로서, 법인세법과 조특법은 입법목적이 서로 다르므로 원용하기 어려운 점(국심 2006전4437, 2007.5.21. 참고) 등을 고려하면, 처분청이 주택정착면적의 5배를 초과하는 부수토지에 대하여 구 조특법(2001.12.29. 법률 제6538호로 일부개정되기 전의 것) 제63조의2에 따른 감면대상 소득에서 차감하여 법인세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청 및 청구법인 제출자료에 의하면, 청구법인은 청구법인이 시행하는 아파트 건설사업의 투자자금을 관계회사로부터 차용하여 이자비용 OOO원이 발생하였고, 처분청은 청구법인이 관계회사에 지급할 지급이자에 대하여 지급명세서를 제출하지 아니하였으므로 지급명세서미제출가산세를 가산하여 법인세를 경정한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 증빙에 의하면, 채권자인 관계회사 중 주식회사 OOO는 이자수익을 발생한 당해 사업연도의 법인세과세표준에 산입하고 미수금으로 계상하였다가 다음 사업연도에 미수금을 회수한 것으로 처리(대여금으로 대체)한 것으로 나타나고, 합병전 OOO주식회사도 이와 동일하다는 점에 대하여 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다. (다) 살피건대, 처분청은 원천징수와 지급명세서 제출은 제도의 취지가 다르고 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급이자소득에 대해 지급명세서 제출의무를 면제하는 규정이 없으므로 지급명세서미제출가산세를 부과하여야 한다는 의견이나, 법인세법 제73조 제1항 에는 이자소득금액을 내국법인에게 지급하는 자를 원천징수의무자로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제111조 제1항 에서는 법인세법 제73조 에 규정한 이자소득금액은 ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급소득’을 제외한다고 규정하고 있으므로 청구법인은 법인세법 제73조 제1항 에 규정한 원천징수의무자가 아니며, 법인세법 제120조 의 규정은 법인세법 제73조 제1항 의 규정에 의한 원천징수의무자로 하여금 납세지 관할세무서장에게 지급명세서를 제출할 의무를 지우고 있으므로 법인세법 제73조 제1항 에 규정한 원천징수의무자가 아닌 청구법인에게 지급명세서 제출의무를 강제할 수 없다고 할 것이며, 과세자료의 수집 및 파악이라는 지급명세서 제도의 취지와 국세기본법 제85조의2 에 규정된 지급명세서 자료의 이용용도를 감안하면, 거래상대방의 법인세과세표준에 이미 산입된 이자소득에 대하여는 과세자료 수집의 필요성이나 그 활용도가 없는 것이므로, 실제 이자소득금액을 지급한 사실이 없을 뿐만 아니라 원천징수의무가 없는 청구법인에게 원천징수대상소득이 있음을 전제로 지급명세서미제출가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이라 하겠다(조심 2010중3296, 2011.8.31. 참고).
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) OOO 군부대 진지 신축공사비에 대하여 본다.
1. 청구법인은 OOO 군부대 진지 신축공사비와 관련하여 OOO시장의 ‘OOO구역 도시개발사업 군협의 결과 통보’(2005.3.2.), OOO토지개발조합, 청구법인, OOO산업개발주식회사 등과의 사이에 체결된 공사도급계약서(2006.10.30.) 및 아래 <표1>과 같은 세금계산서 등을 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO(OO: OO)
2. 청구법인이 제출한 OOO시장의 ‘OOO구역 도시개발사업 군협의 결과 통보’(2005.3.2.) 및 작전성 검토결과에 의하면 OOO지구 인근에 군부대(3182부대)가 소재하여 군사시설보호구역에 해당되는 지역으로 건축고도가 60m이하로 개발을 제한하고 있고, 해제지역은 건축고도 90m 개발시 조합에서 제안한 방공진지를 군에서 요구하는 장소에 확장·이전하고 국방부로 기부채납하여야 한다’는 내용으로 나타난다.
3. 살피건대, 처분청은 군부대 신축공사비는 개발계획 수립 단계와 건축물 시공 전에 이루어진 사항으로서 토지 관련 매입세액으로 보아야 한다는 의견인바, 군부대 신축공사비가 OOO구역 도시개발사업을 진행하는 과정에서 군부대를 개발지구로부터 더 원거리로 이전시키는 데 소요되어 그 결과 제한 고도가 높아짐으로써 현실적으로 토지의 가치를 증가시킨 것으로 볼 수 있으나, 아울러 고양식사구역 도시개발지구 외부에 소재하던 군부대가 더 원거리로 이전되고 도시개발지구 내부에서는 토지의 형질변경 등이 수반되지 아니한 점, 건물 높이를 60m에서 90m로 상향함으로써 건물 자체의 조망권 확보 등 건물의 가치를 증가시킨 것으로도 볼 수 있는 점 등을 고려하면, OOO 군부대 신축공사비는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 에 따라 매입세액을 과·면세로 안분하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. (나) 도시개발사업과 관련된 교통영향평가 비용에 대하여 본다.
1. 청구법인은 OOO 등 교통영향평가 비용과 관련하여 청구법인과 주식회사 OOO 사이에 체결된 ‘교통영향평가 용역계약서’(2007.5.) 및 아래 <표2>와 같은 세금계산서 등을 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO(OO: OO)
2. 청구법인은 주식회사 OOO로부터 제출받은 ‘OOO구역 1,2,4블럭 공동주택 신축 교통영향평가’(2007년 6월) 및 OOO구역 도시개발사업조합이 주식회사 OOOOO로부터 제출받은 ‘OOO구역 도시개발사업 교통영향평가 본보고서’(2005년 9월)를 각각 제출한바, 청구법인이 제출받은 ‘OOO구역 1,2,4블럭 공동주택 신축 교통영향평가’ 보고서는 건축연면적 6만㎡ 이상의 주거시설에 대하여 교통영향평가를 실시하도록 한환경·교통·재해등에 관한 영향평가법 제4조 제1항 제15호, 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호 및 별표1 제2호 나목 (1)(가)에 따라 작성되었고, OOO구역 도시개발사업조합이 제출받은 ‘OOO구역 도시개발사업 교통영향평가 본보고서’는 도시개발사업 중 면적이 25만㎡인 것에 대하여 교통영향평가를 실시하도록 한 환경·교통·재해등에 관한 영향평가법 제4조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 별표1 제2호 가목(1)에 따라 작성된 것으로 나타난다.
3. 살피건대, 처분청은 OOO 등 교통영향평가비용은 전체 도시개발계획과 연계되고 토지조성 단계 또는 건축물 시공 전에 수립되므로 그 비용은 토지 관련 매입세액이라는 의견인바, 청구법인의 OOO 등 교통영향평가는 도시개발사업지구와 그 장소적인 면에서 중첩하고 전체 도시개발계획과 연계되어 이루어져 토지 관련 매입세액으로 볼 수 있으나, 청구법인이 비용을 지출한 OOO 등의 교통영향평가는 주거시설인 공동주택의 신축을 위하여 환경·교통·재해등에 관한 영향평가법 제4조 제1항 제15호, 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호 및 별표1 제2호 나목 (1)(가)에 따라 이루어진 것으로서, 고양식사구역 도시개발사업조합이 도시개발사업 자체에 대하여 환경·교통·재해등에 관한 영향평가법 제4조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 별표1 제2호 가목(1)에 따라 한 교통영향평가와는 그 법적근거가 상이하고 해당 도시개발사업지구 내에서의 공동주택을 신축함에 따라 소요된 비용인 점을 고려하면 주택의 신축과 관련한 매입세액으로 볼 측면도 있으므로, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 에 따라 매입세액을 과·면세로 안분하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. (다) 도시가스 간선시설공사비에 대하여 본다.
1. 청구법인은 도시가스 간선시설공사비와 관련하여 OOO주식회사와 체결한 ‘도시가스 간선시설 공급합의서’(2007.11.9.), 지장물(통신선로, 가로등, 교통시설물) 공사비 지출관련 내부결재 문서(2008.1.15, 2008.3.4.) 및 아래 <표3>과 같은 세금계산서를 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO(OO: OO)
2. 살피건대, 처분청은 간선시설의 설치는 전체 도시개발계획과 연계되고 토지조성 단계 또는 건축물 시공 전에 수립되므로 그 비용은 토지 관련 매입세액이라는 의견이나, 청구법인이 제출한 증빙에 의하면, 청구법인이 지출한 시설은 도시가스 간선시설, 통신선로 등 토지에 부합하지 아니하는 구축물로 보이므로, 이와 관련한 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (라) OOO 아파트 옹벽설치공사비에 대하여 본다.
1. OOO 아파트 옹벽설치공사비와 관련하여 OOO주식회사와 2005.9.29. 체결한 공사도급계약서 및 옹벽공사 내역서, 현장사진 및 아래 <표4>와 같은 세금계산서를 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO(OO: OO)
2. 살피건대, 처분청은 옹벽공사로 토지의 이용편의가 가치가 증진되었으므로 토지 관련 매입세액이라는 의견이나, 청구법인이 OOO 주식회사와 2005.9.29. 체결한 공사도급계약서 및 옹벽공사 내역서에 의하면, 공종은 토공(기초터파기, 외메우기, 잔토처리), L형 옹벽(1,2차 부지 경계동측), 작업로 부대공사(기존 구거이설 등) 등으로 구성된 것으로 나타나는바, 공동주택 부지의 성토 및 절토면을 보호하기 위한 철근콘크리트 구조물인 옹벽시설은 위의 감가상각 대상자산인 구축물에 해당하는 것으로 보이므로, 토지 관련 매입세액을 보고 이를 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다. (마) 공사용 도로 설치 비용 관련하여 본다.
1. 청구법인은 공사용 도로 설치 비용과 관련하여 현장사진 및 세금계산서를 각각 제출하였다.
2. 위 제출된 증빙에 의하면, 공사용 도로는 설치 및 이용 후 원상회복되어 반환된 것으로 나타나므로 토지와 구분되는 별도의 구축물로 보이지 아니하는바, 이를 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.