부가가치세 공통매입세액의 안분계산

심판청구를 기각합니다.

가.청구법인은 철도여객 및 화물운송사업 등을 목적으로한국철도공사법에 따라철도산업발전기본법에서 규정하고 있는 철도운영자산·부채를국유재산의 현물출자에 관한 법률에 따라 현물출자받아 2005.1.1. 정부가 전액 출자하여 신설된 법인으로 다수의 사업장이 있고, 여러 가지 종류의 과세사업과 면세사업을 영위하고 있다.

• 나. 청구법인은 2005년 제1기부터 2008년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고·납부하면서 부가가치세법 시행령제61조 제5항 및 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제4항에 따라 해당 과세기간에 발생한 모든 사업장의 총공급가액과 면세공급가액의 비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하였다. 다.○○○은 청구법인(본점)이 2005년 제1기부터 2008년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하면서 경유 등의 주요 매입 재화 및 용역과 관련한 공통매입세액을 안분계산하며 동 재화 및 용역이 실지로 귀속되는 사업부문별 총공급가액에서 면세사업 수입금액이 차지하는 비율(이하 “사업부문별 면세비율”이라 한다)을 면세비율로 산정하여야 함에도, 모든 사업장의 총공급가액에서 면세사업부문 수입금액이 차지하는 비율(이하 “모든 사업장 면세비율”이라 한다)을 면세비율로 적용하였다는 이유로 과다하게 공제받은 부가가치세 상당액인 78,403,405,896원을 추징하라는 취지의 감사시정요구를 하였고, 처분청은 이를 근거로 하여 청구법인(본점)으로부터 철도차량 가운데 ○○○ 객차와 화물차량의 수리용역을 제공하고 있는 청구법인(지점)의 2005년 제1기 여객 및 화물 매출액을 제시받아 공통매입세액을 다시 안분계산하여 2010.7.2. 청구법인에게 2005년 제1기 부가가치세 65,314,600원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 (1) 부가가치세법 시행령제61조 제1항 및 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제1항에서 사업자는 자기의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 해당 세액에 당해 과세기간의 총공급가액과 면세공급가액의 비율을 곱하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있고, 위 시행령 제61조 제1항에 대한 예외규정으로 같은 조 제5항 및 위 시행규칙 제18조의2 제4항을 마련하고 있기 때문에 위 각 규정을 적용하면 청구법인의 공통매입세액은 해당 과세기간의 모든 사업장의 총공급가액과 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산할 수 있다.

(2) 이미 신고한 바와 같이부가가치세법에서 청구법인의 모든 공통매입세액은 해당 과세기간의 모든 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분계산할 수 있음을 명시하고 있음에도, 처분청이 자의적으로 청구법인의 공통매입세액 중 관련된 사업부문이 구분되는 세액에 대하여 같은 법 시행령 제61조 제5항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 명시하고 있는 위 공급가액 비율이 아니라 관련된 사업부문별 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분계산하여야 한다고 판단한 것은 조세법의 유추해석·확대해석을 금지하는 조세법률주의에 위배되며, 과세관청의 해석사례(서면3팀-2329, 2004.11.16.)도 같은 법 시행령 제61조 제1항을 적용함에 있어 여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 사업장 단위로 하는 것이 원칙이나, 예외적으로 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장 공급가액의 합계액에 의하여 안분계산하는 것으로 보고 있다.

(3) 다른 사업자도 공통매입세액이 여러 사업장에 걸치는 경우 관련된 모든 사업장의 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있도록 해석하고 있는 바, 처분청의 과세논리에 의하여 공통매입세액을 안분하여야만 한다면, 청구법인의 공통매입세액에 대하여 부가가치세법 시행령제61조 제1항을 적용하는 경우와 비교하여도 차이가 발생하지 아니하므로 결국은 같은 조 제5항의 규정이 필요가 없게 되며, 처분청의 부과근거에 의하면 청구법인은 공통매입세액에 대하여 관련되는 사업부문을 판단하고 각각의 사업장 및 사업부문별 공급가액을 확인하여 공통매입세액을 안분계산하여야 하는데, 그 방법은 현실적으로 매우 어렵고 과도한 납세협력비용이 발생할 것으로 예상되는 바, 이는 위 시행령 제61조 제5항 및 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제4항의 입법취지에 부합되지 아니하는 만큼, 청구법인 ○○○ 공통매입세액은 청구법인(지점)이 이미 신고한 바와 같이 위 시행령 제61조 제5항 및 위 시행규칙 제18조의2 제4항에 따라 해당 과세기간의 모든 사업장의 공급가액 비율에 의하여 안분계산하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법 시행령제61조 제1항 및 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하도록 규정하고 있고, 다만, 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 당해 사업에 한정하여 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 공통매입세액에 곱하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하되, 여러 가지 종류의 사업부문을 영위하면서 각각 그 과세사업 및 면세사업의 범위가 다양하고 사업장이 전국에 산재되어 있는 청구법인은 사업장 단위로 안분계산하는 경우에 발생하는 어려움 등을 고려하여 예외적으로 관련된 사업부문별 면세비율에 의하여 안분계산할 수 있도록 2004.12.31.(대통령령 제18626호) 부가가치세법 시행령제61조 제5항을 개정하였다. (2)청구법인은 부가가치세법 시행령제61조 제5항 및 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제4항에서 당해 법인 등의 경우 공통매입세액을 해당 과세기간의 모든 사업장의 공급가액을 기준으로 안분계산할 수 있는 것으로 명시적으로 규정하고 있으므로 처분청이 조세법률주의의 원칙 및 법령의 입법취지와 부합하지 아니하는 과세를 하였다고 주장하고 있으나, 조세법 전반의 실질과세원칙과 전단계 매입세액공제방식 및 면세분 매입세액의 불공제를 근간으로 하는 부가가치세제의 기본원리상 매입세액의 계산은 실지 귀속을 원칙으로 하지만 이를 구분할 수가 없는 경우에 한하여 공통매입세액을 계산하도록 한 것이므로 과세사업 및 면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역의 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에도 실제 사용되는 관련 사업장에 대해서만 공통매입세액을 안분계산함이 입법취지에 가장 부합된다.

(3) 청구법인의 주요한 업무는 철도차량 가운데 ○○○ 제외한 ○○○ 객차 및 화물차량을 수리하는 것이므로 과세사업과 면세사업을 영위하고 있음에도, 주된 매입 재화와 용역이 실제로 귀속되는 관련 사업부문을 구분하지 아니한 채, 전체 사업장을 대상으로 하여 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율로 면세사업과 관련되는 매입세액을 안분계산한 것에 대하여, 처분청이 실지 귀속에 따라 공통매입세액을 유형별로 나눈 후에 사업부문별 면세비율을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 다시 안분계산하여 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 철도운영사업자인 청구법인의 부가가치세 공통매입세액의 안분계산시 해당 사업부문별로 실지 귀속이 구분되는 경우에도 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 하여 적용할 수 있는지 여부 나.관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제4조 【사업장의 범위】① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다. 10.한국철도공사법에 의한 한국철도공사가 영위하는 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 지역별로 총괄하는 장소 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액 × ────── 총공급가액

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및한국철도공사법에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18626호로 2004.12.31. 개정된 것) 면세사업에 관련된 전 사업장의 면세공급가액 ＝공통매입세액 × ──────────── 매입세액 전 사업장의 총공급가액

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및고속철도건설촉진법에 의한 고속철도의 운영사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18175호로 2003.12.30. 개정된 것) 면세사업에 관련된 전 사업장의 면세공급가액 ＝공통매입세액 × ──────────── 매입세액 전 사업장의 총공급가액 (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】①영 제61조제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

④ 영 제61조제5항의 산식에서 “전 사업장의 총공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, “전 사업장의 면세공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.(신설 2007.4.2)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 영위하고 있는 사업의 유형을 과세사업과 면세사업으로 분류하여 보면, 과세사업의 경우 ① 고속철도사업(신선구간)으로 고속철도 신선구간 여객운송용역, ② 화물운송사업으로 화물 및 소화물 운송용역, ③ 고속철도유지보수 위탁사업으로 고속철도 신선구간 유지보수사업, ④ 일반철도유지보수 위탁사업으로 일반철도 선로구간 유지보수사업, ⑤ 수탁사업으로 국가, 지방자치단체 등 수탁공사, ⑥ 기타 사업으로 임대, 광고 등이며, 면세사업의 경우 ① 일반철도사업으로 ○○○ 동차 여객운송용역, ② 고속철도사업(기존선 구간)으로 고속철도 기존선 구간 여객운송용역, ③ 광역철도사업으로 전철여객운송용역을 제공하는 사업임이 확인된다.

(2) 경정결의서, 공통매입세액 안분계산 검토서 등의 심리자료에 의하면, 청구법인(지점)은 위 (1)의 사업에 제공하는 차량의 수리 등을 하는 사업단으로, 청구법인(본점)으로부터 여객 및 화물 매출액을 확인(여객분 2,680억원, 화물분 1,558억원)하여 면세비율을 63.24%로 계산하고, 매입금액 중 차량의 수리와 관련하여 매입한 부속품 등의 거래분과 기타 일반 거래분이 구분되지 아니하므로 청구법인(지점)이 당초 신고한 총 매입금액을 기준으로 하여 공통매입세액을 안분계산하고 불공제대상이 되는 면세분 매입세액을 경정한 내역은 아래 표와 같다.

○○○

(3) 2003.12.30. 개정된 대통령령 제18175호에 의하여 부가가치세법 시행령제61조 제5항에 고속철도사업자를 추가하였으며, 2004.12.31. 개정된 대통령령 제18626호에 따라 고속철도사업자를 한국철도공사로 개정하였는 바, 그 개정요강을 보면 다음과 같음이 확인된다. (가) 2003.12.30. 개정된 대통령령 제18175호와 관련한 개정요강에는 제목은 ‘고속철도사업자의 공통매입세액 안분계산방법 신설’이고, 개정내용은 부가가치세법 시행령제61조 제5항에 고속철도 운영사업자를 추가하는 것이며, 개정이유는 ‘고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개의 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통적으로 사용되어 사업장별로 계산하는 것이 사실상 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 하여 매입세액을 안분계산할 수 있도록 조치함”이라는 내용 등이 명시되어 있다. (나) 2004.12.31. 개정된 대통령령 제18626호와 관련된 개정요강에는 제목은 ‘고속철도사업자가 지정됨에 따라 고속철도사업자를 한국철도공사로의 개정’이고, 개정이유는 ‘2005년 1월 철도청이 한국철도공사로 전환됨에 따라 부가가치세 과세대상에 화물, 광고 및 선로보수 위탁사업이 추가되었고, 그 추가되는 과세용역들은 전국의 철도노선을 기반으로 하여 전 사업장이 유기적인 관계를 통하여 공급’하는 것이며, 또한 적용시기는 ‘2005.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용한다’는 취지 등이 각각 적시되어 있다.

(4) 2007.4.2. 구 재정경제부령 549호로 개정된 부가가치세법 시행규칙제18조의2에 제4항을 신설하였는 바, 그 개정요강 및 청구법인이 제출한 개정건의서의 요지를 보면 다음과 같이 나타난다. (가) 개정요강에는 제목은 ‘한국철도공사의 공통매입세액 안분계산방법 개선’이고, 개정내용은 종전에 한국철도공사의 공통매입세액 안분계산 방법을 ‘공통매입세액을 전 사업장의 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 매입세액 불공제’하던 것을 ‘전 사업장의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액 대비 전 사업장의 면세사업에 대한 수입금액의 비율로 안분계산하여 매입세액 불공제’하는 것으로 하여 총공급가액 및 면세공급가액의 정의를 규정하는 것이며, 개정이유는 ‘한국철도공사는 전국적으로 각 철도사업부문이 상호 유기적인 연관성을 가지고 있어 공통매입세액의 안분계산시 당해 세액에 관련되는 사업의 총공급가액 및 면세사업의 매출액을 구분하는 것이 현실적으로 상당히 곤란하므로 이를 별도로 규정함에 따라 전 사업장의 총공급가액 및 면세공급가액에 대한 정의를 명확히 하여 납세의무자에게 편의를 제공하기 위함’이고, 적용시기는 ‘2007.4.2.이 속하는 과세기간에 공급하거나 공급받는 분부터 대상’이라는 사항 등이 기재되어 있다. (나) 청구법인이 구 재정경제부장관에게 제출한 부가가치세법 시행규칙개정건의서의 요지를 보면 다음과 같다. 현행 부가가치세법 시행령제61조 제5항에서 한국철도공사 전 사업장의 유기적 관계를 감안하여 공통매입세액을 전 사업장의 총공급가액 및 전 사업장의 면세공급가액에 의하여 계산할 수 있도록 규정하고 있으나, 그에 대한 정의가 없어 공통매입세액 안분계산에 어려움이 있고, 철도사업은 철도노선을 통하여 모든 사업장의 매출과 매입이 상호 유기적 관계를 맺고 있으므로 각 사업장의 건별 공통매입세액과 관련된 과세사업 및 면세사업의 매출액을 구분하기가 현실적으로 곤란한 만큼, ‘전 사업장의 총공급가액’ 및 ‘전 사업장의 면세공급가액’을 한국철도공사 전 사업장의 총공급가액 및 면세수입금액으로 안분계산할 수 있도록 시행규칙을 개정(신설)하여야 한다.

(5) 감사원장 질문에 대하여 2009.3.12.자로 기획재정부의 재산소비세제정책관이 답변한 요지를 보면, 다음과 같음이 인정된다. (가) 부가가치세법 시행령은 매입세액의 계산은 실지 귀속을 원칙으로 하되, 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 한하여 공통매입세액을 안분계산하도록 한 것이며, 이러한 시행령의 규정에 따라 공통매입세액의 안분계산을 하더라도 실지 귀속을 최대한 따져 보아야 할 것이며, 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 실지 귀속의 구분이 어렵고 관련 사업장을 특정할 수 없는 예외적인 경우에 국한하여 전체 사업장에 대하여 계산하도록 배려한 것이 시행규칙 규정의 취지이므로 한국철도공사의 경우에도 공통매입세액의 계산시 가능한 한 실지 귀속을 구분하여야 할 것이고, 이를 벗어나는 매입세액의 산정은 관련법령의 입법취지에 위배된다. (나) 시행규칙의 개정규정은 단지 시행령의 ‘전 사업장의 공급가액’이라는 용어의 의미를 다시 설명하는 것일 뿐이고, 실지 귀속을 구분할 수 있거나 관련되거나 관련이 없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지 귀속과는 상관이 없이 전 사업장에 대하여 안분계산할 수 있도록 한 것은 아니므로 시행령에 위배된다고 보기는 어렵다.

(6) 위 사실관계와 관련법령에 따라 청구주장이 타당한지 본다. 청구법인은 철도운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개의 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산하는 것 자체가 물리적으로 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있도록 부가가치세법 시행령제61조 제5항이 개정된 것이고, 청구법인은 일반사업자에 대한 특례로서 동항을 규정한 것이므로 공통매입세액의 계산시 모든 사업장의 면세비율로 안분계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 동항에 규정된 ‘전 사업장’의 개념은 ‘공통매입세액에 관련된 사업부문별 전 사업장’으로 보여지고, 동 규정의 입법취지를 감안하면 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분계산은 우선 사업부문별로 실지 귀속을 최대한 따져 보고, 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 구분하기가 어렵고 관련된 사업장 또는 사업부문을 특정할 수 없는 경우에 한하여 공통매입세액에 관련된 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 하여 안분계산하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제4항의 규정은 ‘전 사업장의 공급가액’이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐이고, 공통매입세액이라 하더라도 관련된 사업부문을 특정할 수 있는 경우까지 실지 귀속에 불구하고 모든 사업장 면세비율을 적용하여 매입세액을 계산할 수 있도록 개정한 것은 아니라 할 것이므로 처분청이 사업부문별 면세비율을 적용하여 청구법인의 공통매입세액을 안분계산한 후 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2009전3230, 2010.4.2. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2010년 12월 01일 주심조세심판관 ○ ○ ○