이자소득을 고유목적사업준비금에서 누락한 경우 경정청구로 이자소득을 손금에 산입하여 원천징수된 세액을 환급받을 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009. 6. 26. 한국◈◈재단법에 따라 한국과학▣▣, 국제♣♣기술협력재단 및 한국◉◉진흥재단 (합하여 이하 “통합전법인들”이라 한다)이 통합되어 설립된 비영리내국법인으로 2009. 1. 1.부터 같은 해 6. 25. 까지 한국과학▣▣, 국제♣♣기술협력재단, 한국◉◉진흥재단이 수취한 분을 포함한 이자소득 7,467,927,815원을 수입금액에 계상하면서 동 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 환급신청세액을 1,042,292,870원으로 하여 2009. 6. 26. ~ 2009. 12. 31. 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 청구법인은 2010. 5. 14. 처분청에서 한국◉◉진흥재단이 수취하였던 이자소득 1,151,408,900원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 청구법인의 수입금액 및 손금인 고유목적사업준비금으로 추가산입하여 쟁점이자소득에 대한 2009. 6. 26. ~ 12. 31. 사업연도 법인세 원천징수분인 △158,415,590원을 추가 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 비영리내국법인이라 할지라도 법인세 신고당시 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니하였다면, 법인세법제62조, 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수는 없다고 보아, 2010. 7. 13. 청구법인의 위 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010. 8. 10. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구법인 주장 통합전법인들이 한국◈◈재단법에 따라 청구법인으로 통합되면서 해산될 당시 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였던 점, 관할 과세관청이 통합전법인들에게 환급을 하지 아니함에 따라서 청구법인이 통합전법인들의 이자소득을 대부분 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하면서, 단순한 오류로 인하여 한국◉◉진흥재단의 이자소득 중에 일부인 쟁점이자소득만을 신고누락하였던 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 쟁점이자소득을 청구법인의 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세를 경정청구할 수 있다고 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제62조, 같은 법 시행령 제99조 제2항에 의하면 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우 이자소득을 법인세 과세표준에 포함하여 신고할 것인지 여부를 선택할 수 있도록 규정하고 있어, 신고기한 내에 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 아니하였다면 동 이자소득에 대하여는 원천징수로서 과세절차가 종결되고 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 다툴 수 없다 할 것인데, 비록 통합전법인들이 법인세 신고시 쟁점이자소득을 포함한 이자소득을 손금에 산입하였다 하더라도 청구법인이 법인세 신고당시 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니한 이상, 쟁점이자소득에 대하여는 원천징수방식에 의하여 과세절차가 종결되었다고 보아야 하므로 청구법인의 경정청구에 의하여 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여서는 아니된다.

• 가. 쟁 점 통합전법인들의 권리, 위무를 포괄적으로 인수한 청구법인이 법인세 신고시 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금에서 누락한 경우, 경정청구로 이자소득을 손금에 산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도 에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법제16조 제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의 금액 제60조 【과세표준등의 신고】① 납세의무있는 내국법인은 각사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무장에게 신고하여야 한다. 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자 ․ 할인액 및 이익(소득세법제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제99조 【비영리법내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함 시킬 수 없다.

(3) 한국◈◈재단법 제1조 【목적】이 법은 한국◈◈재단을 설립하여 학술 및 연구개발 활동과 관련 인력의 양성 및 활용 등을 보다 효율적이고 공정하게 지원하는 것을 목적으로 한다. 제2조【법인】 ① 한국◈◈재단(이하“재단”이라 한다)은 법인으로 한다.

② 재단은 그 활동과 운영에 있어서 독립성과 자율성이 보장된다. 제13조【사업연도】 재단의 사업연도는 정부의 회계연도에 따른다. 부칙 ＜제9518호, 2009. 3. 25＞ 제4조 【공공기관 지정에 관한 경과조치】 이 법 시행 당시 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 기획재정부장관이 공공기관으로 지정한 한국과학▣▣법에 따른 한국과학▣▣, 학술진흥 및 학자금 대출 신용보증 등에 관한 법률에 따른 한국◉◉진흥재단돠 민법에 따라 설립된 국제과학기술협력재산은 이 법에 따른 재단에 대하여 지정한 것으로 본다. 제5조 【재단의 권리 ․ 의무의 승계】 ① 이 법 시행 당시 종전의 한국과학▣▣법에 따른 한국과학▣▣, 학술진흥 및 학자금대출 신용보증 등에 관한 법률에 따른 학술진흥재단과 민법에 따라 설립된 국제♣♣기술협력재단에 속하는 모든 재산과 권리 ․ 의무는 재단의 설립과 동시에 재단이 포괄 승계한다. 다만, 법률 제9415호 한국장학재단 설립 등에 관한 법률 부칙에 따라 학국장학재단이 장학 및 장학금 지원사업과 관련하여 승계하는 권리와 의무는 제외한다.

② 제1항에 따르 포괄승계된 재산과 권리 ․ 의무에 관한 등기부나 그 빡의 공적 문서와 장부에 표시된 한국과학▣▣법에 따른 한국과학▣▣, 학술진흥 및 학자금대출 신용보증 등에 관한 법률에 따른 학국학술진흥재단과 민법에 따라 설립된 국제♣♣기술협력재단의 명의는 재단의 설립과 동시에 재단의 명의로 본다.

③ 이 법 시행 당시 종전의 한국과학▣▣법에 따른 학국과학재단 학술진흥 및 학자금대출 신용보증 등에 관한 법률에 따른 학국학술진흥재단과 민법에 따른 국제♣♣기술협력재단의 행위는 재단의 행위로 보며, 한국과학▣▣ 및 한국◉◉진흥재단, 국제♣♣기술협력재단의 행위는 재단에 대한 행위로 본다. 다만 법률 제9415호 한국장학재단 설립 등에 관한 법률 부칙에 따라 학국장학재단 및 학자금 지원사업과 관련하여 승계하는 권리와 의무에 관련된 행위는 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009. 6. 26. 한국◈◈재단법에 따라 설립되었고, 같은법 부칙 제5조에 따라 한국과학▣▣, 국제♣♣기술협력재단 및 한국◉◉진흥재단의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하였다.

(2) 통합전법인들 중 학국과학재단, 국제♣♣기술협력재단은 2009년 9월경 아래 ＜표＞와 같이 이자소득을 익금산입 및 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하였고, 한국◉◉진흥재단이 법인세를 신고할 당시 제출할 당시 제출한 손익계산서에 의하면 부동산임대수입이 152,791,420원, 이자수익이 868,866,967원, 고유목적사업준비금 420,384,556원, 결산서당 당기순손익 453,571,821원으로 나타난다. ＜표＞한국과학▣▣, 국제♣♣기술협력재단의 법인세 신고내역 (단위:원) 통합전법인들 이자소득 기납부세액 환급신청세액 비고 한국과학▣▣ 2,478,732,743 346,993,900 △346,993,900 이자소득 만 있음 국제♣♣기술협력재단 242,086,867 33,886,410 △33,886,410

(3) 청구법인은 2010. 3. 23. 법인세 신고당시 이자소득을 7,467,927,815원, 준비금 손금산입액을 7,467,927,815원으로 하여 1,042,293,870원에 대하여만 환급신청을 하였으나, 이 후 2010. 5. 14. 쟁점이자소득을 추가로 수입금액 및 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 158,415,590원을 추가로 환급신청하였다.

(4) 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 분리과세를 할지 아니면 합산과세를 할지 여부를 법인세 신고기한 내에 선택할 수 있으나, 기한 이내에 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하지 아니하면 이에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 보아야 할 것이다(조심 2009중3518, 2010. 3. 18. 같은뜻임)

(5) 이와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건데, 청구법인이 2009. 6. 26. ~ 2009. 12. 31. 사업연도 법인세를 신고할 당시 쟁점이자소득을 수입금액 및 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니한 이상, 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다 할 것이고, 법인세 신고기한(2010.3.31.)이 지난 이후인 2010.5.14. 경정청구로서 쟁점이자소득을 수입금액 및 손금인 고유목적사업준비금으로 산입할 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.