(1) 이중계약서를 작성하여 과소신고한 것은 사기에 해당 10년의 부과제척기간 적용 (2) 실지가액보다 낮게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고납부한 경우 포괄양수도에 해당 하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 602 대지 668.9㎡(이하 “부속토지”라 한다)의 지상에 지하 1층 ․ 지상 10층의 근린생활시설 및 업무시설 4,623.12㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 부속토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축한 후, 건축주를 ◈◈◈씨◈◈공파종중(이하 “◈◈종중”이라 한다)으로 변경하여 2003. 12. 20. 쟁점건물을 준공하고, 2003. 12. 12. 매매계약을 체결하여 잔금은 2004. 1. 8. 지급받은 조건으로 한 뒤 쟁점부동산을 동 종중에게 5,180,000,000원에 양도하였으나, 부속토지만을 매매대금 1,150,000,000원에 ◈◈종중에게 양도하는 것으로 하여 검인계약서를 작성하고 2004. 2. 12. 양도소득세 예정신고를 하였으며, 2003. 12. 29. 쟁점건물에 대하여 공급가액 2,480,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 ◈◈종중에게 교부하고, 2003년 제2기 부가가치세 신고당시 이를 납부하였다.
• 나. ○○세무서장이 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 양도가액이 5,180,000원인 사실을 확인한 뒤에, 재화인 쟁점건물의 공급에 대하여 부가가치세를 추징하라는 내용으로 2009. 6. 26. 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 위 통보받은 자료를 근거로 하여 청구인이 쟁점건물의 부가가치세의 과세표준을 779,043,171원 만큼 신고누락한 것으로 보아 2010. 1. 14. 청구인에게 2003년 제2기 부가가치세 144,154,140원을 경정 ․ 고지하였다가, 2010. 4. 12. 당초에 산정한 과세표준에 오류가 있었음을 인정하여 직권으로 당초 고지세액에서 7,913,310원을 감액경정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010. 3. 8. 이의신청을 거쳐 2010. 1. 24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점건물에 대한 사용승인을 받기 전에 쟁점부동산을 양도하고, 2003. 12. 29. 폐업신고를 하여 사업자등록(부동산/임대)을 말소한 청구인의 경우에 2003년 제2기 부가가치세 확정신고기한이 2004. 1. 23. 인바, 그렇다면 처분청이 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이 건 부가가치세 부과처분을 한 것은 위법 ․ 부당하다.(주위적 청구)

(2) 청구인은 ◈◈종중과의 약정에 따라 쟁점건물의 실제 공급가액인 3,215,914,382원 중 2,480,000,000원에 대하여만 세금계산서를 교부하였으나, 쟁점부동산의 양도가 부가가치세법에서 규정한 사업의 양도에 해당하므로 과소하게 신고한 쟁점건물의 공급가액인 735,914,382원을 부가가치세 과세대상에서 제외하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산의 매매와 관련하여 2003. 12. 12. 토지만을 거래대상으로 하여 매매대금을 1,150,000,000원으로 기재한 양도소득세 신고용 검인계약서와 쟁점부동산 전체를 거래대상으로 하여 매매대금을 5,180,000,000원으로 기재한 계약서(이하 “실지계약서”라 한다)를 이중으로 작성하고, 또한 실지계약서상의 특약사항에 따라 쟁점건물의 공급가액을 과소하게 기재한 쟁점세금계산서를 ◈◈종중에게 교부하여 부가가치세의 신고를 누락하였는바, 이는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하므로, 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.(주위적 청구)

(2) 구 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호의 단서 및 같은법 시행령 제17조 제3항에 의하면, 사업자가 세금계산서를 교부한 경우로서 사업양도자가 거래징수한 세액을 신고 ․ 납부한 경우에는 재화의 공급으로 보는 것인바, 따라서 청구인이 ◈◈종중에 쟁점세금계산서를 교부하고, 징수한 부가가치세를 신고 ․ 납부한 이상, 쟁점부동산의 양도는 재화의 공급에 해당하는 것이므로 청구인의 주장과 같이 과소신고한 부분만을 떼어 내어 사업의 양도로 보아 부가가치세 과세대상에서 제외할 수는 없다.

• 가. 쟁 점

① 이중계약서를 작성하여 부가가치세 과세표준을 과소신고한 것에 대하여 부과제척기간 10년을 적용한 것의 당부 (주위적 청구)

② 건물의 공급가액을 실제보다 낮게 하여 세금계산서를 교부하고 사업양도자가 거래징수한 부가가치세를 신고 ․ 납부한 경우, 과소신고분만을 사업의 양도로 인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 (2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하니 아니하는 경우네는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간.

(2) 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것, 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령 (2006.2.9. 대통령령 제19330홀 개정되기 전의 것) 제17조 【담보제공 ․ 사업양도 및 조세의 물납】

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2003. 12. 12. 자 실지계약서에는 다음과 같은 사항이 나타난다. (가) 부동산의 표시의 거래상대 구분에는 ‘토지 및 미준공 건물’로 기재한 다음 토지는 대지 668.9㎡, 건물은 철근콘크리트라멘조 업무 및 근린생활시설 4,623.12㎡로 각각 명시하였다. (나) 쟁점부동산의 매매대금 및 지급시기 (단위:천원) 항 목 금 액 지급일자 비 고 매매대금 5,180,000 부가가치세 포함 계 약 금 1,000,000 2003.12.12. 계약시 지불 중 도 금 1,000,000 2003.12.26. 잔 금 1,980,000 2004.01.08. 융 자 금 1,200,000 하나은행 ◈◈종중이 승계 (다) 특약사항에는 아래의 3가지가 약정되어 있다.

① 계약한 후 하나은행 융자금을 ◈◈종중이 승계하여 즉시 ◈◈종중으로 건축주를 변경하여 건물을 시공하고 2003. 12. 30. 준공한다.

② 본 계약서는 내부 기본계약서로 신고하지 아니한다.

③ 매도인은 매매대금 중 4,180,000,000원을 합법적으로 처리할 수 있는 세금계산서 및 대금으로 정산한다.

(2) 2003. 12. 29. 자 매매계약서에 의하면, 청구인과 ◈◈종중은 부가가치세의 신고와 관련하여 실지계약서의 특약사항에 따라 쟁점부동산 중 쟁점건물만을 거래대상으로 하여 매매대금을 2,480,000,000원으로 기재한 계약서를 별도로 작성하였으며, 동 계약서상의 매매대금 지급시기와 특약사항은 실지계약서의 그것과 일치한다.

(3) 2003년 제2기 부가가치세 확정신고서에 의하면, 2003. 12. 29. 청구인은 쟁점물건에 대하여 공급가액 2,480,000,000원의 쟁점세금계산서를 ◈◈종중에게 교부하였으며, 2004. 1. 26. 동 세금계산서상의 매출세액 248,000,000원에서 쟁점건물의 공사비 관련 매입세액 97,013,638원을 공제하여 부가가치세 150,986,360원을 확정신고 ․ 납부하였다.

(4) 한편, 청구인과 ◈◈종중은 2003. 12. 12. 쟁점부동산의 부속토지만을 거래대상으로 하여 매매대금이 1,150,000,000원인 양도소득세 신고용의 매매계약서를 작성하여 2003. 12. 15. ◎◎광역시 ◎◎장의 검인을 받았으며, 동 검인계약서에 약정되어 있는 매매대금 지급시기와 특약사항 또는 실지계약서의 그것과 일치한다.

(5) 청구인은 쟁점부동산을 일괄하여 양도하였음에도 검인계약서를 첨부하여 그 중에 부속토지만을 2004. 1. 15. 양도소득세 예정신고를 하였다. (6) ◎◎세무서장의 양도소득세 조사보고서에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 쟁점부동산의 양도가액을 조사한 바, 청구인은 토지 및 건물을 일괄하여 양도하였음에도 토지에 대하여만 양도가액을 1,150,000,000원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하고, 당시에는 준공검사를 받지 아니한 상태였던 쟁점건물에 대하여는 공급가액을 2,480,000,000원으로 하여 쟁점세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하였으며, 청구인은 토지에 대하여만 양도소득세 신고를 한 사유에 대하여 건물은 미완성상태이므로 과세대상이 아닌 것으로 알았다고 주장하나, 양도당시에는 쟁점건물은 사실상 준공만 아니 된 상태일 뿐이고 실질적으로 완성되어 있었으므로 양도소득세 과세대상에 해당한다. (나) 거래당사자들은 쟁점부동산 매매대금이 5,180,000,000원이라고 일관되게 답변하고 있다. (다) 또한 청구인은 쟁점건물에 대하여 공급가액을 2,480,000,000원으로 하여 양수자인 ◈◈종중에게 쟁점세금계산서를 교부하고, 해당 부가가치세 만큼 신고 ․ 납부하였음이 확정신고서에 의하여 확인되는 바, 쟁점부동산을 일괄하여 양도한 가액인 5,180,000,000원을 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 에 의하여 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 산정하고, 청구인이 과소신고한 부가가치세를 과세하도록 사업장 관할세무서장에게 과세자료를 통보하고자 한다.

(7) 등기부등본, 건축물관리대장, 건축허가서, 착공신고서 및 건축관계자 변경신고필증 등에 의하면 부속토지는 2002. 5. 29. 한국토지공사에서 청구인에게 소유권이전등기가 경료되었다가 2004. 1. 29. ◈◈종중 앞으로 소유자의 명의가 이전되었으며, 쟁점건물의 신축에 대하여 청구인 명의의 건축허가를 2002. 6. 7. 받았고, 2003. 12. 29. 건축주가 청구인에게 ◈◈종중으로 변경되었으며, 2003. 12. 30. 사용승인이 난 후, 2004. 1. 29. ◈◈종중 명의로 소유권보존등기가 된 것으로 나타나므로 쟁점부동산의 매매계약일인 2003. 12. 12. 에는 쟁점건물의 신축공사가 사실상 완료된 것으로 보인다.

(8) 국세통합전산망에 의하면, 청구인이 쟁점부동산을 사업장으로 하여 2003. 3. 31. 사업자등록(부동산, 임대)하였다가 2003. 12. 29. 폐업신고를 하였으며, 양수자인 ◈◈종중은 개업일을 2003. 12. 26. 로 하여 2004. 1. 15. 사업자등록(부동산, 임대)을 하였음이 나타난다.

(9) 먼저 주위적 청구인 쟁점①, 부과제척기간에 대하여 본다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 납세자가 ‘사기 ․ 기타 부정한행위’로써 국세를 포탈하는 경우에는 국세부과권의 제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간이라고 규정하고 있는바, 신고한 가액에 의하여 과세표준이 결정되는 조세에 있어서 납세자가 가액을 과소하게 신고하며 그 허위의 신고가액에 신빙성을 부여하고 실지거래가액을 은닉하기 위하여 양도가액을 과소하게 기재한 허위의 이중계약서를 작성하여 함께 제출한 것은 적극적 기망행위로 조세의 부과 및 징수를 현저히 곤란하게 만드는 ‘사기․기타 부정한 행위’에 해당한다 하겠다(대법원 2004. 6. 11. 선고2004도2391 판결 참조) 이 건의 경우 청구인과 ◈◈종중 간에 쟁점부동산의 거래와 관련하여 총 3건의 매매계약서를 작성하고, 매매대금을 실제보다 낮추어 기재한 허위의 계약서를 각각 첨부하여 부가가치세 및 양도소득세를 과소신고 ․ 납부하였는바, 이를 사기 ․ 기타 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 적법 ․ 타당하다고 판단된다.

(10) 다음으로 쟁점②, 청구인이 부가가치세를 과소신고한 부분만을 사업의 양도로 인정할 수 있는지 여부를 본다. 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 이전의 것) 제6조 제6항 제3호의 단서규정 및 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통렬령 제19330호로 개정되기 이전의 것) 제17조 제3항에서는 사업자가 세금계산서를 교부하는 경우로서 사업양도자가 거래징수한 세액을 신고 ․ 납부한 경우에는 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있는데, 청구인이 쟁점세금계산서를 교부하면서 부가가치세를 신고 및 납부하였을 뿐만 아니라 세액을 과소신고한 원인도 청구인이 허위의 매매계약서를 작성하여 쟁점건물 공급가액을 낮추어 쟁점세금계산서를 교부한 때문으로 보이므로 사업의 양도라는 청구인의 주장을 받아 들이기 어렵다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.